genome.fa.s4049.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01004049.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00008847_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82303

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7018--7058	21	2.0	21	85	0	55	14	19	0	65	1.26
9596--9638	20	2.2	20	86	0	59	34	13	16	34	1.88
11122--11168	20	2.3	20	78	10	51	25	27	2	44	1.65
18868--18971	23	4.7	22	82	6	113	25	30	24	20	1.98
18868--18953	23	3.8	23	89	1	120	24	30	23	22	1.99
22398--22505	24	4.6	24	69	24	79	73	0	3	22	1.05
22389--22505	47	2.4	48	78	19	127	72	0	4	22	1.07
22389--22559	51	3.6	48	75	15	144	71	1	3	23	1.09
23158--23228	37	1.9	37	94	0	124	33	12	12	40	1.81
23762--23799	17	2.1	18	85	9	51	63	13	7	15	1.51
25627--25685	20	3.0	20	70	9	59	28	25	20	25	1.99
27797--27827	13	2.3	14	94	5	55	58	0	41	0	0.98
30734--32001	8	160.5	8	96	2	1920	50	29	0	20	1.49
32341--32401	20	3.0	20	75	0	68	24	24	21	29	1.99
33339--33408	34	2.1	34	86	5	99	22	30	15	31	1.95
34767--34820	20	2.7	19	75	8	63	33	31	18	16	1.93
34807--34919	21	5.5	20	70	18	72	35	23	18	23	1.96
34870--35138	20	13.6	20	76	9	158	38	23	19	18	1.93
34870--35139	40	6.8	42	80	9	243	38	22	19	19	1.94
34870--35138	61	4.5	61	77	9	191	38	23	19	18	1.93
34950--35093	74	1.9	75	91	1	236	40	21	19	18	1.91
35658--35736	20	3.9	21	85	5	85	51	16	18	12	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35713--35791	33	2.4	33	91	0	122	48	17	21	12	1.80
39210--39244	14	2.5	14	95	0	61	34	0	22	42	1.54
39352--39441	33	2.7	33	80	0	99	46	21	16	15	1.84
39441--39534	33	2.8	33	93	0	152	13	21	19	45	1.84
39520--39621	33	3.1	32	76	12	107	15	21	21	41	1.90
39546--39573	14	2.0	14	100	0	56	14	21	21	42	1.88
39476--39587	53	2.1	52	86	1	152	14	20	19	45	1.85
39594--39667	20	3.7	20	69	16	53	24	16	25	33	1.95
42139--42192	24	2.2	24	93	0	90	42	18	16	22	1.89
42155--42206	24	2.2	24	85	0	68	38	21	17	23	1.93
43049--43235	20	9.6	20	75	11	138	18	19	21	40	1.92
43049--43235	40	4.8	40	79	9	215	18	19	21	40	1.92
43074--43217	74	1.9	75	87	1	209	18	18	21	42	1.89
43052--43296	20	12.5	20	73	7	135	18	17	22	40	1.91
44875--44944	34	2.1	32	86	5	95	21	30	15	32	1.94
47398--47453	18	3.1	18	94	0	103	23	32	16	28	1.96
49839--49907	36	1.9	36	85	5	95	46	11	14	27	1.79
51670--51696	13	2.1	13	100	0	54	37	14	18	29	1.91
52675--52721	17	2.8	16	81	12	58	55	0	4	40	1.19
55841--55877	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
57383--57443	3	20.3	3	81	18	74	67	0	1	31	1.01
57359--57398	21	2.0	20	90	5	62	72	5	2	20	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57383--57463	19	4.1	19	78	16	76	62	0	2	34	1.08
57411--57488	7	11.7	7	77	20	62	58	0	1	39	1.06
57448--57498	24	2.1	24	85	7	68	54	3	0	41	1.19
57464--57648	38	4.9	37	78	13	180	45	5	3	44	1.44
57634--57663	15	1.9	16	93	6	53	53	6	0	40	1.27
57599--57710	52	2.1	53	86	6	156	46	6	3	43	1.46
57598--57730	28	5.0	28	75	16	131	46	6	3	44	1.43
57461--57830	36	9.7	37	73	13	184	46	6	3	43	1.47
58461--59182	84	8.7	84	85	4	932	24	20	25	29	1.99
58461--59182	249	2.9	248	85	5	928	24	20	25	29	1.99
58461--59672	333	3.8	323	78	12	1199	24	20	25	29	1.99
59184--59383	83	2.4	83	84	3	242	25	20	24	30	1.98
58963--59635	219	3.0	219	83	8	729	24	19	25	30	1.98
59184--59414	83	2.8	83	81	3	241	24	20	24	29	1.99
59441--59677	80	2.9	78	75	8	222	22	20	26	30	1.98
59442--59694	82	3.1	81	76	4	258	23	20	26	29	1.99
62684--62728	19	2.4	19	92	3	74	66	8	11	13	1.44
63354--63386	17	1.9	17	93	0	57	72	9	12	6	1.26
66018--66095	24	3.8	20	75	20	63	67	3	2	25	1.20
66042--66108	3	22.3	3	79	11	75	65	1	1	31	1.10
66022--66096	34	2.2	32	84	11	89	66	2	2	28	1.18
66067--66129	19	3.5	17	81	16	51	60	0	3	36	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66134--66216	40	2.1	40	81	4	96	53	4	3	38	1.40
66129--66315	38	4.9	38	77	11	161	46	5	3	44	1.44
66174--66315	38	3.8	38	80	10	175	45	4	4	45	1.44
66282--66397	25	4.4	25	75	10	124	47	6	1	44	1.37
66301--66330	15	1.9	16	93	6	53	53	6	0	40	1.27
66266--66377	52	2.1	53	86	6	156	47	6	2	43	1.42
66265--66397	28	5.0	28	73	16	113	47	6	2	44	1.40
66174--66496	37	8.6	36	73	15	174	46	6	3	43	1.46
66130--66496	37	9.7	36	71	15	145	46	6	3	43	1.46
66368--66498	36	3.6	36	78	14	117	47	7	3	41	1.50
67031--67099	14	4.8	14	74	11	68	62	5	4	27	1.37
67032--67103	31	2.3	32	85	4	94	63	4	4	27	1.31
67687--67728	17	2.3	19	92	8	70	66	14	4	14	1.40
70673--70730	20	2.7	20	81	10	62	32	18	20	27	1.97
71507--71555	18	2.7	18	93	3	80	18	20	30	30	1.96
73731--73789	25	2.4	25	78	18	70	42	0	18	38	1.51
73746--73829	24	3.4	25	75	10	77	40	0	15	44	1.47
73750--73827	25	3.1	26	71	10	65	43	0	14	42	1.45
75889--75930	17	2.3	19	88	8	61	69	14	4	11	1.34
76391--76437	18	2.6	17	81	15	51	72	6	0	21	1.07
76722--76775	22	2.5	22	96	0	99	46	25	0	27	1.53
78926--78993	2	34.5	2	94	2	120	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80055--80106	21	2.5	21	81	3	61	38	19	25	17	1.93
80096--80209	20	5.7	20	81	6	113	30	25	18	25	1.98
80054--80223	61	2.8	62	79	5	159	34	22	18	23	1.96
80396--80439	22	2.0	22	90	0	70	20	43	15	20	1.88
80675--80727	20	2.7	20	84	0	70	18	16	26	37	1.93
80874--80928	25	2.2	24	78	15	58	20	9	18	52	1.71
82034--82078	18	2.5	18	85	0	63	26	42	15	15	1.87

Tables:   1

The End!