genome.fa.s4064.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01004064.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00008886_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  146507

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1487--1683	99	2.0	99	85	2	270	34	17	17	29	1.94
2736--3057	156	2.1	156	88	3	479	37	20	14	26	1.92
3009--3176	65	2.7	65	84	4	220	38	19	14	27	1.90
3306--3889	85	6.9	85	78	4	498	34	20	18	26	1.96
3296--3889	170	3.5	170	81	2	557	34	20	18	26	1.95
3306--3875	255	2.2	255	80	4	639	34	20	18	27	1.96
5930--5970	16	2.6	16	85	11	57	29	0	2	68	1.03
5994--6018	10	2.5	10	100	0	50	0	8	0	92	0.40
6024--6095	30	2.4	30	75	13	76	27	6	1	63	1.28
6149--6214	19	3.5	19	71	26	59	13	16	0	69	1.19
6301--6353	20	2.8	19	85	5	63	16	9	1	71	1.21
6169--6363	43	4.6	43	69	19	122	17	8	3	70	1.25
9506--9541	17	2.1	17	94	0	63	44	27	5	22	1.75
16192--16225	15	2.4	15	90	9	54	64	5	5	23	1.38
16716--16845	41	3.2	41	92	0	215	17	19	24	38	1.93
16761--16830	21	3.4	21	76	4	70	17	18	30	34	1.94
16741--16845	20	5.2	20	70	4	84	14	20	25	40	1.90
16946--17011	19	3.3	19	72	12	69	40	21	19	18	1.91
16955--17284	41	8.1	40	90	4	348	37	23	20	18	1.94
16955--17284	82	4.0	81	86	5	384	37	23	20	18	1.94
17088--17280	21	9.4	21	67	6	117	35	23	20	20	1.96
17021--17284	123	2.2	122	95	0	474	36	23	20	18	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18102--18126	11	2.3	11	100	0	50	8	0	8	84	0.79
27311--27348	20	1.9	20	94	0	67	42	15	10	31	1.81
27309--27354	20	2.3	19	85	10	65	45	17	8	28	1.78
39116--39179	3	21.7	3	83	3	85	35	0	4	59	1.18
52744--52839	15	6.6	14	79	13	88	75	1	14	9	1.11
52744--52814	8	9.4	8	71	22	55	76	1	14	8	1.09
54062--54316	105	2.4	105	84	2	332	39	16	18	24	1.91
54481--54535	3	18.7	3	84	3	76	36	0	3	60	1.15
55089--55123	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
57934--57966	12	2.8	12	100	0	66	30	27	27	15	1.96
59289--59317	10	2.9	10	100	0	58	79	0	0	20	0.74
61116--61144	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
70114--70222	41	2.7	41	91	5	177	26	23	22	26	2.00
70196--70319	47	2.6	47	82	5	135	29	22	18	29	1.97
70563--70716	84	1.8	83	91	1	254	44	14	13	27	1.83
79171--79205	16	2.2	16	89	0	52	22	28	17	31	1.96
79321--79361	17	2.4	17	95	0	73	46	0	7	46	1.30
79283--79413	67	1.9	68	84	9	178	44	1	5	48	1.34
79331--79429	52	1.9	52	97	0	189	40	2	6	51	1.38
81855--81932	15	6.1	12	70	27	54	50	0	0	50	1.00
81860--81937	6	13.3	6	69	28	53	51	0	0	48	1.00
81858--81999	22	6.9	19	66	21	58	52	0	2	45	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81859--82014	31	5.0	31	70	21	96	51	0	2	44	1.19
82017--82070	14	4.0	14	76	9	58	44	3	9	42	1.54
82122--82196	21	3.6	21	72	17	66	48	6	5	40	1.52
82228--82311	13	6.8	13	66	17	54	40	10	5	42	1.64
82207--82322	60	1.9	60	98	0	223	41	12	6	40	1.67
82356--82409	21	2.6	21	88	2	83	25	1	22	50	1.59
82480--82535	30	1.9	28	85	7	76	44	5	1	48	1.36
82585--82628	21	2.1	21	82	0	52	27	0	22	50	1.50
83051--83102	21	2.5	21	81	3	61	38	19	25	17	1.93
83088--83165	41	1.9	41	86	0	111	39	21	16	21	1.92
83091--83185	20	4.7	20	80	2	91	34	24	17	23	1.96
83373--83416	22	2.0	22	95	0	79	20	45	15	18	1.85
85045--85089	18	2.5	18	88	0	72	26	44	15	13	1.83
85528--85656	20	6.3	21	76	7	106	41	17	21	19	1.91
85545--85625	21	3.9	21	80	4	101	39	17	24	18	1.92
85528--85620	41	2.3	41	100	0	186	39	18	24	17	1.91
85606--85683	41	1.9	41	84	5	104	39	20	16	23	1.92
85651--85703	20	2.7	20	93	0	88	28	28	18	24	1.98
85891--85934	22	2.0	22	90	0	70	22	45	13	18	1.84
86213--86255	20	2.2	20	95	0	77	9	18	18	53	1.70
86491--86653	2	84.5	2	67	18	87	45	4	2	47	1.35
86639--86757	4	29.8	4	93	0	202	50	22	1	25	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87045--87232	2	95.0	2	64	22	51	44	4	2	47	1.38
87103--87220	13	8.3	13	72	15	74	44	5	3	46	1.42
87166--87232	31	2.1	31	83	10	82	46	2	1	49	1.26
87165--87232	30	2.2	30	82	17	86	45	2	1	50	1.26
88854--88894	18	2.2	20	86	8	59	75	0	0	24	0.80
91660--91950	21	14.0	21	71	14	183	21	18	24	36	1.95
91686--91947	42	6.3	42	91	0	438	20	17	24	37	1.94
92662--92880	42	5.3	42	91	3	329	36	22	18	22	1.95
92662--92879	82	2.6	82	91	1	346	37	22	17	22	1.94
92687--92944	61	4.2	61	73	10	238	36	24	17	20	1.95
92949--93001	21	2.5	21	90	0	79	18	24	30	26	1.98
93673--93711	20	2.0	20	94	0	69	53	12	5	28	1.60
95684--95797	31	3.7	30	79	6	95	30	22	19	27	1.98
95713--95818	31	3.4	32	80	8	128	32	18	18	30	1.96
96154--96196	18	2.3	18	84	8	50	34	20	2	41	1.65
103115--103161	22	2.1	22	96	0	85	34	25	25	14	1.94
112160--112205	23	2.0	23	91	0	74	28	26	23	21	1.99
112183--112487	149	2.0	149	97	0	574	35	20	15	28	1.93
113828--113988	64	2.5	62	81	8	171	26	19	18	34	1.95
117859--117888	3	9.7	3	92	7	51	63	0	3	33	1.11
117853--117888	13	2.8	13	91	4	56	61	0	5	33	1.19
118083--118603	113	4.6	112	91	0	772	32	16	22	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118530--118646	48	2.4	48	97	2	218	33	15	22	29	1.94
119799--119859	15	4.0	15	72	4	50	9	16	1	72	1.19
119782--119825	22	2.0	23	86	4	63	6	18	0	75	1.02
123374--123438	25	2.6	24	78	11	60	67	1	10	20	1.28
133039--133071	10	3.4	10	91	4	50	60	0	6	33	1.21
134831--134960	69	1.9	69	95	3	235	18	32	19	30	1.96
137964--138003	21	1.9	21	89	0	62	45	5	25	25	1.73

Tables:   1

The End!