Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: VEPZ01004108.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00008986_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 87073
ACGTcount: A:0.32, C:0.17, G:0.18, T:0.33
Found at i:2163 original size:26 final size:28
Alignment explanation
Indices: 2127--2182 Score: 89
Period size: 26 Copynumber: 2.1 Consensus size: 28
2117 TTTTCTATTC
2127 AACTTCTCTTCTTCAA-ATAA-AAAAAA
1 AACTTCTCTTCTTCAACATAATAAAAAA
*
2153 AACTTCTCTTCTTCAACATAATAAATAA
1 AACTTCTCTTCTTCAACATAATAAAAAA
2181 AA
1 AA
2183 TGAAGCAAAA
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 1, Indels: 2
0.90 0.03 0.07
Matches are distributed among these distances:
26 16 0.59
27 4 0.15
28 7 0.26
ACGTcount: A:0.48, C:0.20, G:0.00, T:0.32
Consensus pattern (28 bp):
AACTTCTCTTCTTCAACATAATAAAAAA
Found at i:4010 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 3989--4064 Score: 109
Period size: 16 Copynumber: 4.8 Consensus size: 16
3979 ACAGTTAGTA
*
3989 ATTAGCGGTTATAAAG
1 ATTAGCGGTTAGAAAG
*
4005 ATTAGCGGTTATAAAG
1 ATTAGCGGTTAGAAAG
4021 ATTAGCGGTTAGAAAG
1 ATTAGCGGTTAGAAAG
*
4037 TTTAGCGGTTAGAAA-
1 ATTAGCGGTTAGAAAG
4052 AGTTAGCGGTTAG
1 A-TTAGCGGTTAG
4065 CAGAGTCCGA
Statistics
Matches: 56, Mismatches: 3, Indels: 2
0.92 0.05 0.03
Matches are distributed among these distances:
16 56 1.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.07, G:0.29, T:0.30
Consensus pattern (16 bp):
ATTAGCGGTTAGAAAG
Found at i:5986 original size:137 final size:137
Alignment explanation
Indices: 5794--6468 Score: 861
Period size: 137 Copynumber: 4.9 Consensus size: 137
5784 CTTTGAGACT
* ** * * * * *
5794 CACAGCTCCTACATGATGAGGAAATCTGGTTATCTAAAGG-TGACGCTGCTTCTACGTGATGAGG
1 CACAGTTCCTACGCGATAAGGAAGTCTGGCTATCT-AAGGATGACGCGGCTCCTACGTGATGAGG
* * *
5858 AGATCTGGTCGGTGGATGACACTGTTCCTACGTGATGAGGACATCTGGCTATCATTAGGGATAAC
65 AGATCTGGTCGGTGGATGACACTGTTCCTACGTGATGAGGACGTCTGGCCATCTTTAGGGATAAC
5923 GGAGATAA
130 GGAGATAA
* * * * **
5931 CACAGTTCCTATGTGATGAGGAAGTCTAGCTATCTAAGGATGACATGGCTCCTACGTGATGAGGA
1 CACAGTTCCTACGCGATAAGGAAGTCTGGCTATCTAAGGATGACGCGGCTCCTACGTGATGAGGA
* *
5996 GATCTGGTCGGTGGATGACACAGTTCCTACGTGATGAGGACGTCTGGCCATCTTTAGGGATAATG
66 GATCTGGTCGGTGGATGACACTGTTCCTACGTGATGAGGACGTCTGGCCATCTTTAGGGATAACG
6061 GAGATAA
131 GAGATAA
* *
6068 CACAGTTCCTACGCGATGAGGAAGTCTGGCAATCTAAGGATGACGCGGCTCCTACGTGATGAGGA
1 CACAGTTCCTACGCGATAAGGAAGTCTGGCTATCTAAGGATGACGCGGCTCCTACGTGATGAGGA
* * *
6133 GATATGGTCGGTGGATGACAATGTTCCTACGTGATGAGGACGTCTTGCCATCTTTAGGGATAATC
66 GATCTGGTCGGTGGATGACACTGTTCCTACGTGATGAGGACGTCTGGCCATCTTTAGGGATAA-C
6198 -GAGATAA
130 GGAGATAA
** ** *
6205 CATGGTTCCTACGCGGCAAGGAAGTCTGGCTATCTAAGGATGACGCGGCTCTTACGTGATGAGGA
1 CACAGTTCCTACGCGATAAGGAAGTCTGGCTATCTAAGGATGACGCGGCTCCTACGTGATGAGGA
* * * * * ** *
6270 TATATGGTCGGTAGATGACATTGTTCCT-CGTGATGAGGATGTCTAACCATCTTTAGGGATAATG
66 GATCTGGTCGGTGGATGACACTGTTCCTACGTGATGAGGACGTCTGGCCATCTTTAGGGATAACG
*
6334 TAGATAA
131 GAGATAA
* * * ** * *
6341 CACGGTTCCTACGTGATAAGGAAGTCTGGCTATCTAAGGGTGACGTTGCTCCCACGCGATGAGGA
1 CACAGTTCCTACGCGATAAGGAAGTCTGGCTATCTAAGGATGACGCGGCTCCTACGTGATGAGGA
* * * * *
6406 GATCGGGCCGGTGGATGACATTGTTCCTACGTGATGAGGATGTCTGACCATCTTTAGGGATAA
66 GATCTGGTCGGTGGATGACACTGTTCCTACGTGATGAGGACGTCTGGCCATCTTTAGGGATAA
6469 TGTGTTACAA
Statistics
Matches: 477, Mismatches: 57, Indels: 8
0.88 0.11 0.01
Matches are distributed among these distances:
136 119 0.25
137 358 0.75
ACGTcount: A:0.26, C:0.18, G:0.30, T:0.26
Consensus pattern (137 bp):
CACAGTTCCTACGCGATAAGGAAGTCTGGCTATCTAAGGATGACGCGGCTCCTACGTGATGAGGA
GATCTGGTCGGTGGATGACACTGTTCCTACGTGATGAGGACGTCTGGCCATCTTTAGGGATAACG
GAGATAA
Found at i:13356 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 13350--14209 Score: 1630
Period size: 3 Copynumber: 289.0 Consensus size: 3
13340 CAGCTACTAC
13350 TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TA- TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT
1 TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT
13397 TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT
1 TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT
13445 TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT
1 TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT
13493 TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT
1 TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT
13541 TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT
1 TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT
13589 TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT
1 TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT
13637 TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TA- TAT TAT TAT TAT TAT TAT
1 TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT
13684 TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TA- TAT TAT TAT TAT
1 TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT
13731 TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TATT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT
1 TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TA-T TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT
*
13777 TAT TAT TAT TAT TTT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT
1 TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT
13825 TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT
1 TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT
13873 TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT
1 TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT
13921 TAT TAT TA- TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TA- TAT TAT TAT TAT TAT
1 TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT
13967 TAT TA- TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT
1 TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT
14014 TA- TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TA- TAT TAT TAT TAT
1 TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT
14060 TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT
1 TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT
14108 TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TATT TAT TAT TAT TAT TAT TAT
1 TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TA-T TAT TAT TAT TAT TAT TAT
14154 TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT
1 TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT
14202 TA- TAT TAT
1 TAT TAT TAT
14210 GTCACCCATA
Statistics
Matches: 844, Mismatches: 2, Indels: 22
0.97 0.00 0.03
Matches are distributed among these distances:
2 18 0.02
3 820 0.97
4 6 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.00, G:0.00, T:0.67
Consensus pattern (3 bp):
TAT
Found at i:17890 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 17852--17910 Score: 109
Period size: 31 Copynumber: 1.9 Consensus size: 31
17842 TAATTTATGA
17852 ATAATAAACATATAACTAAAGAGGAAGATTC
1 ATAATAAACATATAACTAAAGAGGAAGATTC
*
17883 ATAATAAACATATAACTAAATAGGAAGA
1 ATAATAAACATATAACTAAAGAGGAAGA
17911 AAAACAAGTG
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 1, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
31 27 1.00
ACGTcount: A:0.58, C:0.08, G:0.12, T:0.22
Consensus pattern (31 bp):
ATAATAAACATATAACTAAAGAGGAAGATTC
Found at i:21858 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 21839--21868 Score: 60
Period size: 14 Copynumber: 2.1 Consensus size: 14
21829 ATATAAGTGT
21839 TTAATGTCAAATGA
1 TTAATGTCAAATGA
21853 TTAATGTCAAATGA
1 TTAATGTCAAATGA
21867 TT
1 TT
21869 GAAAGTTATC
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
14 16 1.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (14 bp):
TTAATGTCAAATGA
Found at i:23834 original size:84 final size:84
Alignment explanation
Indices: 23675--23954 Score: 334
Period size: 84 Copynumber: 3.3 Consensus size: 84
23665 CTGAATGAAA
* * * *
23675 TCGAACTCGAAAGGTCTCTTGTTG-GAAGATAACCCTTCTAGCCTTGAGCTATGCTACAAATGAT
1 TCGAACTCG-AAGATCTTTTGTTGTCAA-ATAACCCTTCTAGCCTTGAGTTATGCTACAAATGAT
*
23739 GTGCCTTTGAGCCGAGCGTAG
64 GTGCCTTTGAGCTGAGCGTAG
* * *
23760 TCGAACTCGGAGATCTTTTGTTAG-CAAATAACCCTTCTTGCCTTGAGTTATGTTACAAATGATG
1 TCGAACTCGAAGATCTTTTGTT-GTCAAATAACCCTTCTAGCCTTGAGTTATGCTACAAATGATG
23824 TGCCTTTGAGCTGAGCGTAG
65 TGCCTTTGAGCTGAGCGTAG
* * * ** *
23844 TCAAACTCGAAGGTC-TTTGATTGTCAGATAACCCTTCTAGCCTTGAGTTATGCTGTAAATGATA
1 TCGAACTCGAAGATCTTTTG-TTGTCAAATAACCCTTCTAGCCTTGAGTTATGCTACAAATGATG
* *
23908 TGCCTTGGAGCTGAGCGAAG
65 TGCCTTTGAGCTGAGCGTAG
*
23928 TCGAACCCGAAGATCTTTGTGTT-TCAA
1 TCGAACTCGAAGATCTTT-TGTTGTCAA
23955 GAGAAACATT
Statistics
Matches: 167, Mismatches: 23, Indels: 11
0.83 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
83 5 0.03
84 144 0.86
85 16 0.10
86 2 0.01
ACGTcount: A:0.25, C:0.20, G:0.23, T:0.31
Consensus pattern (84 bp):
TCGAACTCGAAGATCTTTTGTTGTCAAATAACCCTTCTAGCCTTGAGTTATGCTACAAATGATGT
GCCTTTGAGCTGAGCGTAG
Found at i:23983 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 23953--24004 Score: 86
Period size: 27 Copynumber: 1.9 Consensus size: 27
23943 TTTGTGTTTC
*
23953 AAGAGAAACATTTTCAAAGGTTTTTTT
1 AAGAGAAACAATTTCAAAGGTTTTTTT
*
23980 AAGAGAATCAATTTCAAAGGTTTTT
1 AAGAGAAACAATTTCAAAGGTTTTT
24005 GTGTTTCAAG
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 2, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
27 23 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.15, T:0.38
Consensus pattern (27 bp):
AAGAGAAACAATTTCAAAGGTTTTTTT
Found at i:24097 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 24006--24227 Score: 284
Period size: 36 Copynumber: 6.1 Consensus size: 36
23996 AAGGTTTTTG
* * *
24006 TGTTTCAAGAGAAAATGTCTCAAGAGCGAC-AACTT
1 TGTTTCAAGAGAAACTGTCTCAAGAGAGACAAAATT
* ** * *
24041 AGTTAAAAAAGAAACTGTCTCAAGAGAGACGAAATT
1 TGTTTCAAGAGAAACTGTCTCAAGAGAGACAAAATT
*
24077 TGTTTCAAGGGAAACTGTCTCAAGAGAGACAAAATT
1 TGTTTCAAGAGAAACTGTCTCAAGAGAGACAAAATT
* *
24113 TGTTTCAAGGGAAACTGTCTCAAGAGAGACTAAACTT
1 TGTTTCAAGAGAAACTGTCTCAAGAGAGAC-AAAATT
* *
24150 TGTTTCAAGAGAAACTGTCTCAAGAGAGAGAGAATT
1 TGTTTCAAGAGAAACTGTCTCAAGAGAGACAAAATT
* *
24186 TGTTTCAAGGGAAACAGTCTCAAGAGAGACAAAACTT
1 TGTTTCAAGAGAAACTGTCTCAAGAGAGACAAAA-TT
24223 TGTTT
1 TGTTT
24228 TGAGTACATT
Statistics
Matches: 162, Mismatches: 22, Indels: 4
0.86 0.12 0.02
Matches are distributed among these distances:
35 24 0.15
36 98 0.60
37 40 0.25
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.22, T:0.25
Consensus pattern (36 bp):
TGTTTCAAGAGAAACTGTCTCAAGAGAGACAAAATT
Found at i:24163 original size:109 final size:108
Alignment explanation
Indices: 24006--24227 Score: 331
Period size: 109 Copynumber: 2.0 Consensus size: 108
23996 AAGGTTTTTG
*
24006 TGTTTCAAGAGAAAATGTCTCAAGAGCGACAACTTAGTTAAAAAAGAAACTGTCTCAAGAGAGAC
1 TGTTTCAAGAGAAAATGTCTCAAGAGAGACAACTTAGTTAAAAAAGAAACTGTCTCAAGAGAGA-
*
24071 GA-AATTTGTTTCAAGGGAAACTGTCTCAAGAGAGACAAAA-TT
65 GAGAATTTGTTTCAAGGGAAACAGTCTCAAGAGAGACAAAACTT
* * * ** *
24113 TGTTTCAAGGGAAACTGTCTCAAGAGAGACTAAACTTTGTTTCAAGAGAAACTGTCTCAAGAGAG
1 TGTTTCAAGAGAAAATGTCTCAAGAGAGAC--AACTTAGTTAAAAAAGAAACTGTCTCAAGAGAG
24178 AGAGAATTTGTTTCAAGGGAAACAGTCTCAAGAGAGACAAAACTT
64 AGAGAATTTGTTTCAAGGGAAACAGTCTCAAGAGAGACAAAACTT
24223 TGTTT
1 TGTTT
24228 TGAGTACATT
Statistics
Matches: 103, Mismatches: 8, Indels: 5
0.89 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
107 27 0.26
108 2 0.02
109 67 0.65
110 7 0.07
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.22, T:0.25
Consensus pattern (108 bp):
TGTTTCAAGAGAAAATGTCTCAAGAGAGACAACTTAGTTAAAAAAGAAACTGTCTCAAGAGAGAG
AGAATTTGTTTCAAGGGAAACAGTCTCAAGAGAGACAAAACTT
Found at i:24168 original size:73 final size:73
Alignment explanation
Indices: 24006--24227 Score: 304
Period size: 73 Copynumber: 3.1 Consensus size: 73
23996 AAGGTTTTTG
* * * * ** **
24006 TGTTTCAAGAGAAAATGTCTCAAGAGCGAC-AACTTAGTTAAAAAAGAAACTGTCTCAAGAGAGA
1 TGTTTCAAGAGAAACTGTCTCAAGAGAGACAAAATTTGTTTCAAGGGAAACTGTCTCAAGAGAGA
*
24070 CGAAA-TT
66 CAAAACTT
*
24077 TGTTTCAAGGGAAACTGTCTCAAGAGAGACAAAATTTGTTTCAAGGGAAACTGTCTCAAGAGAGA
1 TGTTTCAAGAGAAACTGTCTCAAGAGAGACAAAATTTGTTTCAAGGGAAACTGTCTCAAGAGAGA
*
24142 CTAAACTT
66 CAAAACTT
* * *
24150 TGTTTCAAGAGAAACTGTCTCAAGAGAGAGAGAATTTGTTTCAAGGGAAACAGTCTCAAGAGAGA
1 TGTTTCAAGAGAAACTGTCTCAAGAGAGACAAAATTTGTTTCAAGGGAAACTGTCTCAAGAGAGA
24215 CAAAACTT
66 CAAAACTT
24223 TGTTT
1 TGTTT
24228 TGAGTACATT
Statistics
Matches: 134, Mismatches: 15, Indels: 2
0.89 0.10 0.01
Matches are distributed among these distances:
71 27 0.20
72 32 0.24
73 75 0.56
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.22, T:0.25
Consensus pattern (73 bp):
TGTTTCAAGAGAAACTGTCTCAAGAGAGACAAAATTTGTTTCAAGGGAAACTGTCTCAAGAGAGA
CAAAACTT
Found at i:24895 original size:106 final size:106
Alignment explanation
Indices: 24571--24941 Score: 530
Period size: 106 Copynumber: 3.5 Consensus size: 106
24561 TGCGCTGTTC
* * * * * * * *
24571 TGAGGCCAATATCCTCCTCCGTGAAGTTGAAATTGGCTATGGAACTGGGAAATTATTTGTTGACA
1 TGAGTCCAATATCCTTCGCTGTGAAATTGAAATTGGCTCTGAAACTGGGAAGTTATTTGTTGACA
*
24636 GTCAACCGCCCCTTCGTTGTGAAGTTGAGCTTGTGATGTCT
66 GTCAGCCGCCCCTTCGTTGTGAAGTTGAGCTTGTGATGTCT
* * *
24677 CGAGTCCAATATCCTTTGCTGT-AAAGTTGAAATTGGCTCTAAAACTGGGAAGTTTATTTGTTGA
1 TGAGTCCAATATCCTTCGCTGTGAAA-TTGAAATTGGCTCTGAAACTGGGAAG-TTATTTGTTGA
*
24741 CAGTCAGCCGCCCCTTCGCTGTGAAGTTGAGCTTGT-ACTGTCT
64 CAGTCAGCCGCCCCTTCGTTGTGAAGTTGAGCTTGTGA-TGTCT
* *
24784 GGAGTCCAATATCCTTCGCTGTGAAATTGAAATTGGCTCTGAAACTGGGAAGTTGTTTGTTGACA
1 TGAGTCCAATATCCTTCGCTGTGAAATTGAAATTGGCTCTGAAACTGGGAAGTTATTTGTTGACA
** * *
24849 ACCAGTCGCCCCTTCGTTGTGAAGTTGAGCTTGTGTTGTCT
66 GTCAGCCGCCCCTTCGTTGTGAAGTTGAGCTTGTGATGTCT
24890 TGAGTCCAATATCCTTCGCTGTGAAATTGAAATTGGCTCTGAAACTGGGAAG
1 TGAGTCCAATATCCTTCGCTGTGAAATTGAAATTGGCTCTGAAACTGGGAAG
24942 CTCTTTCGTC
Statistics
Matches: 237, Mismatches: 23, Indels: 10
0.88 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
105 2 0.01
106 137 0.58
107 95 0.40
108 3 0.01
ACGTcount: A:0.23, C:0.19, G:0.25, T:0.33
Consensus pattern (106 bp):
TGAGTCCAATATCCTTCGCTGTGAAATTGAAATTGGCTCTGAAACTGGGAAGTTATTTGTTGACA
GTCAGCCGCCCCTTCGTTGTGAAGTTGAGCTTGTGATGTCT
Found at i:30211 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 30160--30203 Score: 81
Period size: 16 Copynumber: 2.8 Consensus size: 16
30150 TGTAATTTTA
30160 TTTATTAAATTTATAT
1 TTTATTAAATTTATAT
30176 TTTATTAAATTTATAT
1 TTTATTAAATTTATAT
30192 TTTATT-AATTTA
1 TTTATTAAATTTA
30204 GTTTTTTAAT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 0, Indels: 1
0.97 0.00 0.03
Matches are distributed among these distances:
15 6 0.21
16 22 0.79
ACGTcount: A:0.36, C:0.00, G:0.00, T:0.64
Consensus pattern (16 bp):
TTTATTAAATTTATAT
Found at i:30222 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 30160--30222 Score: 65
Period size: 16 Copynumber: 4.2 Consensus size: 14
30150 TGTAATTTTA
30160 TTTATTAAATTTATAT
1 TTTATT-AATTTA-AT
30176 TTTATTAAATTTATAT
1 TTTATT-AATTTA-AT
*
30192 TTTATTAATTTAGT
1 TTTATTAATTTAAT
30206 TTT-TTAATTGTAAT
1 TTTATTAATT-TAAT
30220 TTT
1 TTT
30223 GTTGTTATTT
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 2, Indels: 4
0.88 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
13 6 0.14
14 10 0.23
15 6 0.14
16 22 0.50
ACGTcount: A:0.32, C:0.00, G:0.03, T:0.65
Consensus pattern (14 bp):
TTTATTAATTTAAT
Found at i:30314 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 30288--30322 Score: 54
Period size: 17 Copynumber: 2.0 Consensus size: 18
30278 AAAAATATCA
30288 TAAATAAATTTATATTTT
1 TAAATAAATTTATATTTT
*
30306 TAAAT-AATTTTTATTTT
1 TAAATAAATTTATATTTT
30323 ATTAAACAAC
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
17 11 0.69
18 5 0.31
ACGTcount: A:0.40, C:0.00, G:0.00, T:0.60
Consensus pattern (18 bp):
TAAATAAATTTATATTTT
Found at i:30360 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 30318--30360 Score: 61
Period size: 22 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
30308 AATAATTTTT
*
30318 ATTTTATTAAACAACATTATAA
1 ATTTTATTAAACAACAATATAA
30340 ATTTTATTTAAAC-ACAATATA
1 ATTTTA-TTAAACAACAATATA
30361 TGTATGTATG
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.09
Matches are distributed among these distances:
22 13 0.68
23 6 0.32
ACGTcount: A:0.49, C:0.09, G:0.00, T:0.42
Consensus pattern (22 bp):
ATTTTATTAAACAACAATATAA
Found at i:30366 original size:4 final size:4
Alignment explanation
Indices: 30359--33582 Score: 6315
Period size: 4 Copynumber: 810.8 Consensus size: 4
30349 AAACACAATA
30359 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
30407 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
30455 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
30503 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG T-TG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
30550 TA-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
30597 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
30645 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
30693 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
30741 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
30789 TATG TATG TATG TA-- TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
30835 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
30883 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
30931 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
30979 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-G TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
31026 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
31074 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
31122 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
31170 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
31218 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-G TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
31265 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
31313 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
31361 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
31409 TATG TA-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
31456 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
31504 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
31552 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
31600 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
31648 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
31696 TATG TATG TATG TATG TATG TATG --TG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
31742 TATG TATG TA-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
31789 TATG TATG TATG TATG --TG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
31835 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
31883 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
31931 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
31979 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
32027 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
32075 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
32123 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
32171 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
32219 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
32267 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
32315 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
32363 TATG TATG TA-- TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
32409 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
32457 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
32505 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
32553 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
32601 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
32649 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
32697 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
32745 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
32793 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
32841 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
32889 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
32937 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
32985 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
33033 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
33081 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
33129 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
33177 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
33225 TATG TATG TATG TATG TATG TATG --TG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
33271 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
33319 TATG TATG TATG TA-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
33366 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
33414 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-- TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
33460 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
33508 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
33556 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TAT
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TAT
33583 ATAATGAAAA
Statistics
Matches: 3201, Mismatches: 0, Indels: 38
0.99 0.00 0.01
Matches are distributed among these distances:
2 12 0.00
3 21 0.01
4 3168 0.99
ACGTcount: A:0.25, C:0.00, G:0.25, T:0.50
Consensus pattern (4 bp):
TATG
Found at i:34381 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 34343--34427 Score: 134
Period size: 31 Copynumber: 2.7 Consensus size: 31
34333 AAGCAACAAG
* *
34343 TTTAATGAACACGAGTCAAGTAACAGGTTTT
1 TTTAATGAGCACGAGTCAAGCAACAGGTTTT
*
34374 TTTAATGAGCACGAGTCAAGCAATAGGTTTT
1 TTTAATGAGCACGAGTCAAGCAACAGGTTTT
*
34405 TTTAATGAGCACAAGTCAAGCAA
1 TTTAATGAGCACGAGTCAAGCAA
34428 AATTTTAATG
Statistics
Matches: 50, Mismatches: 4, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
31 50 1.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.20, T:0.29
Consensus pattern (31 bp):
TTTAATGAGCACGAGTCAAGCAACAGGTTTT
Found at i:39455 original size:21 final size:23
Alignment explanation
Indices: 39431--39480 Score: 59
Period size: 23 Copynumber: 2.3 Consensus size: 23
39421 GAAAAATAAT
*
39431 ATAATTAAT-TTTTTA-TTTTAA
1 ATAATTAATGTTTTAATTTTTAA
*
39452 ATAATTTATGTTTTAATTTTTAA
1 ATAATTAATGTTTTAATTTTTAA
*
39475 CTAATT
1 ATAATT
39481 TATAATTATA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 3, Indels: 2
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
21 8 0.33
22 5 0.21
23 11 0.46
ACGTcount: A:0.36, C:0.02, G:0.02, T:0.60
Consensus pattern (23 bp):
ATAATTAATGTTTTAATTTTTAA
Found at i:40205 original size:158 final size:159
Alignment explanation
Indices: 39871--40248 Score: 516
Period size: 158 Copynumber: 2.4 Consensus size: 159
39861 CAATTCTTTC
* * * * **
39871 TTTATTTTAAGT-CTTTTTTTTACTAAATTTGAACTACATACTCCTAAACCATAGTAAAATGTAT
1 TTTATTTTAAGTCCTTTTTTTTACCAAATTTGAACCACATGCTCCTAAACCATAGTAGAATACAT
*
39935 GTGCACTTTCAATTCCTCTTTTTGATAACAATTTTTTTATTTTTCAATTTAGTCCTTCAATTTTT
66 GTGCACTTTCAATTCCTCTTTTTGATAACAATATTTTTATTTTTCAATTTAGTCCTTCAATTTTT
*
40000 CATAATCTCCTTATTTCTTCAATTCGTCA
131 CATAATCTCCTTATTCCTTCAATTCGTCA
* * *
40029 TTTATTTTACGTCC-TTTTTTTACCAAATTTGAGCCACGTGCTCCTAAACCATAGTAGAATACAT
1 TTTATTTTAAGTCCTTTTTTTTACCAAATTTGAACCACATGCTCCTAAACCATAGTAGAATACAT
* * *
40093 GTGTACTTTCAATTCCTCTTTTTGATAACAA-ATTTTTATTTTTCAATTTAGTCCTTTATTTTTT
66 GTGCACTTTCAATTCCTCTTTTTGATAACAATATTTTTATTTTTCAATTTAGTCCTTCAATTTTT
*
40157 CATAATCT-CTTATTCCTTCAA-TCTGTGA
131 CATAATCTCCTTATTCCTTCAATTC-GTCA
* * * *
40185 TTTATTTTAAGTCACTTTTTTTTTACC-AATTTAAACCACATGCTCATATACCACAGTAGAATAC
1 TTTATTTTAAGTC-C-TTTTTTTTACCAAATTTGAACCACATGCTCCTAAACCATAGTAGAATAC
40249 CTATATAACT
Statistics
Matches: 193, Mismatches: 22, Indels: 10
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
155 2 0.01
156 27 0.14
157 39 0.20
158 114 0.59
159 11 0.06
ACGTcount: A:0.27, C:0.19, G:0.07, T:0.47
Consensus pattern (159 bp):
TTTATTTTAAGTCCTTTTTTTTACCAAATTTGAACCACATGCTCCTAAACCATAGTAGAATACAT
GTGCACTTTCAATTCCTCTTTTTGATAACAATATTTTTATTTTTCAATTTAGTCCTTCAATTTTT
CATAATCTCCTTATTCCTTCAATTCGTCA
Found at i:47334 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 47291--47328 Score: 58
Period size: 20 Copynumber: 1.9 Consensus size: 19
47281 TTGGTTCACG
*
47291 GAATATAAGATTATCAGTAA
1 GAATAAAAGATTATCAG-AA
47311 GAATAAAAGATTATCAGA
1 GAATAAAAGATTATCAGA
47329 TAATAAGATT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
19 1 0.06
20 16 0.94
ACGTcount: A:0.53, C:0.05, G:0.16, T:0.26
Consensus pattern (19 bp):
GAATAAAAGATTATCAGAA
Found at i:56722 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 56715--56762 Score: 96
Period size: 2 Copynumber: 24.0 Consensus size: 2
56705 TGTTAAAAAG
56715 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
56757 TA TA TA
1 TA TA TA
56763 CATACATATT
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 46 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:58563 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 58552--58584 Score: 66
Period size: 6 Copynumber: 5.5 Consensus size: 6
58542 GTTGCAGCCA
58552 TTGCCG TTGCCG TTGCCG TTGCCG TTGCCG TTG
1 TTGCCG TTGCCG TTGCCG TTGCCG TTGCCG TTG
58585 AAAGGAAACC
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
6 27 1.00
ACGTcount: A:0.00, C:0.30, G:0.33, T:0.36
Consensus pattern (6 bp):
TTGCCG
Found at i:61046 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 61041--61075 Score: 70
Period size: 2 Copynumber: 17.5 Consensus size: 2
61031 TACTGCAGAC
61041 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
61076 ACGTTATTCA
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 33 1.00
ACGTcount: A:0.51, C:0.00, G:0.00, T:0.49
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:61557 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 61550--61590 Score: 82
Period size: 2 Copynumber: 20.5 Consensus size: 2
61540 AACCATCTGA
61550 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
61591 AATAAGATGA
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 39 1.00
ACGTcount: A:0.51, C:0.00, G:0.00, T:0.49
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:63453 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 63399--63455 Score: 53
Period size: 21 Copynumber: 2.8 Consensus size: 20
63389 TTTTAACATT
*
63399 AAATCATTAAATAAAATCAAA
1 AAAT-ATTAAATTAAATCAAA
**
63420 AAATATTTTATTAAAT-AAA
1 AAATATTAAATTAAATCAAA
63439 AATTATATTAAATTAAA
1 AA--ATATTAAATTAAA
63456 ATATAATTTT
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 5, Indels: 4
0.76 0.13 0.11
Matches are distributed among these distances:
19 5 0.17
20 9 0.31
21 15 0.52
ACGTcount: A:0.61, C:0.04, G:0.00, T:0.35
Consensus pattern (20 bp):
AAATATTAAATTAAATCAAA
Found at i:63581 original size:20 final size:19
Alignment explanation
Indices: 63548--63594 Score: 58
Period size: 19 Copynumber: 2.4 Consensus size: 19
63538 ACTTTGAATC
**
63548 AAGATTAAAATTGAATGAAA
1 AAGATTAACTTTG-ATGAAA
*
63568 AAGTTTAACTTTGATGAAA
1 AAGATTAACTTTGATGAAA
63587 AAGATTAA
1 AAGATTAA
63595 AAATTATTTT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 4, Indels: 1
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
19 13 0.57
20 10 0.43
ACGTcount: A:0.53, C:0.02, G:0.15, T:0.30
Consensus pattern (19 bp):
AAGATTAACTTTGATGAAA
Found at i:71103 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 71082--71125 Score: 56
Period size: 14 Copynumber: 2.9 Consensus size: 16
71072 GAAAAAACAT
*
71082 GAGAGAGAGTGTCAGA
1 GAGAGAGAGGGTCAGA
*
71098 GAGAGAGTGGGT--GA
1 GAGAGAGAGGGTCAGA
71112 GAGAGAGAGGGTCA
1 GAGAGAGAGGGTCA
71126 TTGCTGGTCA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 3, Indels: 4
0.77 0.10 0.13
Matches are distributed among these distances:
14 13 0.57
16 10 0.43
ACGTcount: A:0.34, C:0.05, G:0.50, T:0.11
Consensus pattern (16 bp):
GAGAGAGAGGGTCAGA
Found at i:83469 original size:53 final size:53
Alignment explanation
Indices: 83405--83784 Score: 406
Period size: 53 Copynumber: 7.3 Consensus size: 53
83395 GGAGTATAGG
** ** * * *
83405 ACTCGAACAATCTTCAACAAACGGGTCTTCTCCCTATTGTTTCAGGGAGTAGA
1 ACTCGAACAATCTTCTGCCTACGGGTCTGCTCCCTCTTGCTTCAGGGAGTAGA
* * *
83458 ACTCGAACAATCTTC-G-ATCAGCGGTTC-GCTCCCTCTTGCTTAAGGGAGTAGA
1 ACTCGAACAATCTTCTGCCT-A-CGGGTCTGCTCCCTCTTGCTTCAGGGAGTAGA
* * * * *
83510 ACTTGAACAGTCTTCTGCCTACGAGT-TCGCTCCCTCTTGCTTCATGGAGTAAA
1 ACTCGAACAATCTTCTGCCTACGGGTCT-GCTCCCTCTTGCTTCAGGGAGTAGA
* *
83563 ACTCGAACAATATT-TGCCTA-TGGTC-GCTCCCTCTTGCTTCA-GGAGTAGA
1 ACTCGAACAATCTTCTGCCTACGGGTCTGCTCCCTCTTGCTTCAGGGAGTAGA
* * * *
83612 ACTCGAATAATCTTCTGCATTCGGGT-TCGCTCCCTCTTGCTTCAGGGAGTAAA
1 ACTCGAACAATCTTCTGCCTACGGGTCT-GCTCCCTCTTGCTTCAGGGAGTAGA
83665 ACTCGAACAATCTTCTGCCTACGGGT-TCGCTCCCTCTTGCTTCAGGGAGTAGA
1 ACTCGAACAATCTTCTGCCTACGGGTCT-GCTCCCTCTTGCTTCAGGGAGTAGA
* *
83718 ACTCGAATAATCTTCTGCCTACGGGT-T-CGTCCCCTCTTGCTTCAGGGAGTGGA
1 ACTCGAACAATCTTCTGCCTACGGGTCTGC-T-CCCTCTTGCTTCAGGGAGTAGA
83771 ACTCGAACAATCTT
1 ACTCGAACAATCTT
83785 ATGGTGTGAT
Statistics
Matches: 279, Mismatches: 34, Indels: 28
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
49 19 0.07
50 20 0.07
51 7 0.03
52 61 0.22
53 171 0.61
54 1 0.00
ACGTcount: A:0.22, C:0.27, G:0.21, T:0.30
Consensus pattern (53 bp):
ACTCGAACAATCTTCTGCCTACGGGTCTGCTCCCTCTTGCTTCAGGGAGTAGA
Found at i:83644 original size:155 final size:158
Alignment explanation
Indices: 83434--83784 Score: 491
Period size: 155 Copynumber: 2.2 Consensus size: 158
83424 AACGGGTCTT
* *
83434 CTCCCTATTGTTTCAGGGAGTAGAACTCGAACAATCTTCGATCAGCGGTTCGCTCCCTCTTGCTT
1 CTCCCTCTTGCTTCAGGGAGTAGAACTCGAACAATCTTCGATCAGCGGTTCGCTCCCTCTTGCTT
* * * *
83499 AAGGGAGTAGAACTTGAACAGTCTTCTGCCTACGAGTTCGCTCCCTCTTGCTTCATGGAGTAAAA
66 AAGGGAGTAAAACTCGAACAATCTTCTGCCTACGAGTTCGCTCCCTCTTGCTTCAGGGAGTAAAA
*
83564 CTCGAACAATATT-TGCCTA-TGG-TCG
131 CTCGAACAATATTCTGCCTACGGGTTCG
*
83589 CTCCCTCTTGCTTCA-GGAGTAGAACTCGAATAATCTTCTGCATTC-G-GGTTCGCTCCCTCTTG
1 CTCCCTCTTGCTTCAGGGAGTAGAACTCGAACAATCTTC-G-A-TCAGCGGTTCGCTCCCTCTTG
* *
83651 CTTCAGGGAGTAAAACTCGAACAATCTTCTGCCTACGGGTTCGCTCCCTCTTGCTTCAGGGAGTA
63 CTTAAGGGAGTAAAACTCGAACAATCTTCTGCCTACGAGTTCGCTCCCTCTTGCTTCAGGGAGTA
* * *
83716 GAACTCGAATAATCTTCTGCCTACGGGTTCG
128 AAACTCGAACAATATTCTGCCTACGGGTTCG
*
83747 -TCCCCTCTTGCTTCAGGGAGTGGAACTCGAACAATCTT
1 CT-CCCTCTTGCTTCAGGGAGTAGAACTCGAACAATCTT
83785 ATGGTGTGAT
Statistics
Matches: 173, Mismatches: 15, Indels: 12
0.87 0.08 0.06
Matches are distributed among these distances:
154 22 0.13
155 102 0.59
156 8 0.05
157 5 0.03
158 16 0.09
159 20 0.12
ACGTcount: A:0.21, C:0.27, G:0.21, T:0.30
Consensus pattern (158 bp):
CTCCCTCTTGCTTCAGGGAGTAGAACTCGAACAATCTTCGATCAGCGGTTCGCTCCCTCTTGCTT
AAGGGAGTAAAACTCGAACAATCTTCTGCCTACGAGTTCGCTCCCTCTTGCTTCAGGGAGTAAAA
CTCGAACAATATTCTGCCTACGGGTTCG
Found at i:83896 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 83849--83928 Score: 151
Period size: 42 Copynumber: 1.9 Consensus size: 42
83839 AATGAACCCG
83849 AAGGATTTCATCATCATGCTCGAAAGACTTACTAATGGACCA
1 AAGGATTTCATCATCATGCTCGAAAGACTTACTAATGGACCA
*
83891 AAGGATTTCATCATCATGCTCGAAAGACTTACTGATGG
1 AAGGATTTCATCATCATGCTCGAAAGACTTACTAATGG
83929 CACTTACTGA
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 1, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
42 37 1.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.20, G:0.19, T:0.28
Consensus pattern (42 bp):
AAGGATTTCATCATCATGCTCGAAAGACTTACTAATGGACCA
Found at i:83935 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 83917--83941 Score: 50
Period size: 13 Copynumber: 1.9 Consensus size: 13
83907 TGCTCGAAAG
83917 ACTTACTGATGGC
1 ACTTACTGATGGC
83930 ACTTACTGATGG
1 ACTTACTGATGG
83942 ATTTGCTTCA
Statistics
Matches: 12, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 12 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.20, G:0.24, T:0.32
Consensus pattern (13 bp):
ACTTACTGATGGC
Found at i:84216 original size:41 final size:41
Alignment explanation
Indices: 84148--84227 Score: 99
Period size: 41 Copynumber: 2.0 Consensus size: 41
84138 GGTTTTACGG
* * * *
84148 ATGACCCGAAGGACTTATCATCTTGCTCTAAAGGCTTACAA
1 ATGACCCGAAGGACTTAGCATCATGCTCGAAAGACTTACAA
*
84189 ATGACCCGAA-GATTTAAGCATCATGCTCGAAAGACTTAC
1 ATGACCCGAAGGACTT-AGCATCATGCTCGAAAGACTTAC
84228 TGATGGCCCG
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 5, Indels: 2
0.82 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
40 4 0.12
41 29 0.88
ACGTcount: A:0.34, C:0.24, G:0.17, T:0.25
Consensus pattern (41 bp):
ATGACCCGAAGGACTTAGCATCATGCTCGAAAGACTTACAA
Found at i:84379 original size:210 final size:211
Alignment explanation
Indices: 83965--84456 Score: 731
Period size: 210 Copynumber: 2.3 Consensus size: 211
83955 CTCTTCGGTG
* * * * *
83965 AAGGCTTGCAAATTACTCGAAGGATTTAATCATCATGCTCG-AAGACTTACTAATGGCCCGAAGG
1 AAGGCTTACAAATGACCCGAA-GATTTAAGCATCATGCTCGAAAGACTTACTGATGGCCCGAAGG
* * * *
84029 GCTTATAAATTGTGAAAATTGAAAATCGCATTCTTTGTTTTCAAAAATTTCATCTTCTCAAAACA
65 ACTTATAAATTATGAAAATTGAAAATCACATTCTTCGTTTTCAAAAATTTCATCTTCTCAAAACA
* *
84094 TCGTTTTTTCATTTTCAAATTCATGTGAAAACATCCTACCCGAAGGTTTTACGGATGACCCGAAG
130 TAG--TTTTCATTTTCAAATTCATGTAAAAACATCCTACCCGAAGGTTTTACGGATGACCCGAAG
84159 GACTTATCATCTTGCTCTA
193 GACTTATCATCTTGCTCTA
84178 AAGGCTTACAAATGACCCGAAGATTTAAGCATCATGCTCGAAAGACTTACTGATGGCCCGACA-G
1 AAGGCTTACAAATGACCCGAAGATTTAAGCATCATGCTCGAAAGACTTACTGATGGCCCGA-AGG
* *
84242 ACTTATAAATTATGAAATTTGAAAATCACATTCTTCGTTTTC-AAAATTTCATCTTCTTAAAACA
65 ACTTATAAATTATGAAAATTGAAAATCACATTCTTCGTTTTCAAAAATTTCATCTTCTCAAAACA
* *
84306 TAAG-TTTCATTTTCAAATTCATGTAAAAACATCCTACCCGAAGGTTTTATGGATGGCCCGAAGG
130 T-AGTTTTCATTTTCAAATTCATGTAAAAACATCCTACCCGAAGGTTTTACGGATGACCCGAAGG
84370 ACTTATCATCTTGCTCTA
194 ACTTATCATCTTGCTCTA
* * * * *
84388 AAGGCTTACAGATGACCCGAGGATTTAAGCATCATGCTCGAAAGACTTACTGATGACACTAAGGA
1 AAGGCTTACAAATGACCCGAAGATTTAAGCATCATGCTCGAAAGACTTACTGATGGCCCGAAGGA
84453 CTTA
66 CTTA
84457 AATTTCTTAC
Statistics
Matches: 255, Mismatches: 20, Indels: 11
0.89 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
209 1 0.00
210 137 0.54
212 40 0.16
213 76 0.30
214 1 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.20, G:0.16, T:0.31
Consensus pattern (211 bp):
AAGGCTTACAAATGACCCGAAGATTTAAGCATCATGCTCGAAAGACTTACTGATGGCCCGAAGGA
CTTATAAATTATGAAAATTGAAAATCACATTCTTCGTTTTCAAAAATTTCATCTTCTCAAAACAT
AGTTTTCATTTTCAAATTCATGTAAAAACATCCTACCCGAAGGTTTTACGGATGACCCGAAGGAC
TTATCATCTTGCTCTA
Done.