genome.fa.s4146.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01004146.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00009068_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  158016

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4135--4182	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
4183--4283	48	2.1	48	90	1	159	21	22	10	44	1.83
4672--4891	95	2.3	94	83	2	253	26	24	16	32	1.96
12721--12759	21	1.9	21	85	15	55	38	7	10	43	1.67
13412--13508	37	2.6	37	83	0	122	41	14	8	36	1.76
14081--14145	24	2.7	23	83	13	69	24	7	0	67	1.16
14093--14184	39	2.4	39	80	15	111	25	4	1	69	1.13
14093--14188	26	3.7	26	69	17	76	25	4	1	69	1.12
14204--14233	12	2.6	11	94	5	51	23	6	6	63	1.43
14462--14488	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
14736--14847	11	10.1	11	70	13	61	19	4	2	73	1.13
17711--17915	76	2.7	77	87	4	283	20	23	33	22	1.97
18148--19949	106	17.1	106	83	6	2186	34	25	17	22	1.96
18148--19949	212	8.6	212	88	4	2585	34	25	17	22	1.96
18148--19952	318	5.7	317	89	4	2611	34	25	18	22	1.96
19366--19553	94	2.0	94	93	0	322	36	25	14	24	1.93
19583--19615	12	2.8	12	100	0	66	33	27	6	33	1.81
19478--19721	118	2.1	118	93	0	416	33	25	16	24	1.96
20680--20784	37	2.8	37	83	0	138	40	14	13	31	1.84
21225--21270	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
21369--21477	24	4.9	23	72	20	88	27	5	0	66	1.20
21428--21480	28	2.0	26	88	7	79	28	0	1	69	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21498--21538	11	3.6	11	87	6	55	24	4	4	65	1.32
22070--22139	12	5.8	12	76	6	70	17	2	1	78	0.94
22013--22141	24	5.2	25	68	16	72	24	3	1	70	1.12
24180--24289	42	2.6	42	94	0	184	40	9	12	38	1.75
24414--24882	54	8.7	54	92	1	771	23	26	17	33	1.96
24718--24804	25	3.3	25	66	27	72	19	31	14	34	1.92
25251--25409	37	4.3	37	86	0	192	23	18	24	33	1.96
26738--26994	125	2.1	123	88	4	383	24	28	17	29	1.97
28805--28842	15	2.4	17	86	8	53	10	15	0	73	1.09
28122--29097	518	1.9	527	93	3	1693	20	19	17	42	1.89
29045--29161	58	2.0	58	98	0	225	41	11	24	21	1.87
34464--34491	9	3.1	9	100	0	56	42	10	10	35	1.74
38206--38266	20	2.9	21	87	7	79	18	26	34	21	1.96
42074--42113	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
44454--44512	22	2.7	22	78	17	68	44	8	3	44	1.51
47987--48043	20	2.8	20	94	0	96	14	26	35	24	1.93
51846--51885	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
57982--58051	31	2.3	31	88	9	101	42	2	2	51	1.31
58085--58127	12	3.2	12	77	22	50	48	0	0	51	1.00
58065--58127	28	2.2	28	85	5	81	47	0	1	50	1.10
58066--58127	22	2.9	23	77	17	62	48	0	1	50	1.10
60363--60407	20	2.2	20	84	0	54	15	8	13	62	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61178--61243	15	4.4	16	71	17	61	37	6	3	53	1.41
61333--61379	14	3.7	14	71	26	50	51	4	0	44	1.21
61331--61380	23	2.1	24	96	3	93	48	4	0	48	1.20
61403--61461	23	2.5	24	86	8	75	38	3	0	57	1.15
61420--61456	13	3.1	13	77	22	53	40	0	0	59	0.97
61648--61704	16	3.6	16	85	0	69	45	12	19	22	1.83
62418--62462	20	2.2	20	84	0	54	51	2	2	44	1.26
64212--64241	11	2.7	11	94	0	51	46	0	0	53	1.00
65009--65051	3	14.7	3	80	4	52	34	0	2	62	1.08
66430--66546	39	3.0	39	97	0	216	46	0	0	53	1.00
66415--66608	54	3.7	53	81	6	232	45	0	1	52	1.10
66413--66608	15	13.5	15	76	19	193	45	0	1	52	1.10
66413--66694	54	5.4	52	78	8	218	42	0	4	52	1.23
66588--67049	32	14.4	32	68	25	264	33	0	12	52	1.43
66643--66685	22	2.0	22	100	0	86	34	0	13	51	1.42
66611--67066	54	8.3	54	68	24	267	33	0	13	52	1.44
66564--66861	134	2.2	132	88	8	460	34	0	12	53	1.42
66665--67146	80	5.9	80	87	7	725	33	0	13	52	1.44
66588--67141	166	3.3	163	91	4	803	33	0	13	52	1.43
66777--66819	22	2.0	22	90	0	68	37	2	11	48	1.52
66822--66879	18	3.4	18	70	18	61	29	0	13	56	1.38
66665--67161	166	3.0	166	96	0	922	33	0	13	52	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66745--67161	54	7.6	54	74	15	390	34	0	12	52	1.43
67109--67151	22	2.0	22	95	0	77	34	0	11	53	1.37
67176--67234	31	1.9	31	96	0	109	42	8	6	42	1.61
72675--72725	8	6.2	8	80	13	59	78	0	21	0	0.75
72677--72722	9	5.4	8	82	12	56	82	0	17	0	0.67
72677--72723	17	2.8	17	90	3	78	80	0	19	0	0.70
73181--73337	18	8.9	18	80	9	139	82	0	17	0	0.68
73183--73337	24	6.7	23	75	18	135	82	0	17	0	0.67
73201--73320	11	10.7	11	77	14	77	83	0	16	0	0.65
73186--73341	64	2.5	61	80	16	187	82	0	17	0	0.66
73186--73261	1	76.0	1	84	0	89	90	0	9	0	0.44
73183--73341	29	4.9	34	77	16	144	82	0	17	0	0.67
74833--74974	50	2.8	50	87	4	196	36	18	23	21	1.95
76480--76561	43	1.9	43	92	0	137	25	12	31	30	1.92
76565--76736	89	1.9	90	91	1	283	26	18	21	33	1.97
76752--77139	136	2.9	134	85	4	493	32	15	22	28	1.95
77078--77467	105	3.5	109	82	6	427	40	15	20	24	1.91
77260--77476	117	1.9	117	91	0	353	40	13	21	23	1.89
77733--77784	3	17.7	3	84	4	70	34	0	1	63	1.06
81037--81078	16	2.6	16	84	0	57	11	30	11	45	1.77
84505--84546	16	2.6	16	92	0	66	9	30	14	45	1.77
84667--84716	22	2.3	22	85	0	64	30	24	16	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87979--88020	16	2.6	16	92	0	66	9	30	14	45	1.77
91456--91497	16	2.6	16	88	0	57	9	28	14	47	1.75
94019--94053	18	1.9	18	88	0	52	51	2	0	45	1.16
100278--100315	16	2.4	16	91	8	60	31	5	28	34	1.80
106175--106207	12	2.6	13	95	4	59	36	15	6	42	1.71
109462--110037	81	7.2	81	81	4	636	30	19	11	38	1.88
119656--119693	20	1.9	20	89	10	60	36	5	18	39	1.73
124647--124715	24	2.8	25	75	6	77	39	20	11	28	1.87
124647--124742	25	3.8	25	78	12	90	37	18	13	30	1.90
125574--125648	32	2.3	32	86	4	98	33	9	20	37	1.84
135281--135320	13	2.9	14	88	7	64	22	27	7	42	1.80
140007--140117	45	2.5	45	86	2	143	27	18	12	42	1.86
140595--140797	94	2.1	95	84	4	268	26	23	16	33	1.96
146893--147024	45	2.9	45	88	0	183	30	20	9	39	1.85
156550--156596	20	2.3	20	96	0	85	21	17	38	23	1.93

Tables:   1

The End!