genome.fa.s4150.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01004150.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00009078_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  158864

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17147--17180	17	1.9	18	88	5	52	8	11	14	64	1.49
20542--20627	29	3.0	29	89	6	138	13	34	30	20	1.92
20728--20802	33	2.3	33	90	0	114	12	36	24	28	1.91
20754--20839	10	8.4	10	70	10	57	10	32	31	25	1.90
20787--20839	20	2.7	20	97	2	99	9	30	35	24	1.87
20830--20865	14	2.6	14	95	0	63	11	30	36	22	1.89
20910--20967	29	2.0	29	89	0	89	22	27	36	13	1.92
21178--21215	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
21675--21699	10	2.5	10	100	0	50	80	0	8	12	0.92
21662--21718	15	3.8	14	77	13	51	71	3	7	17	1.22
22100--22136	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
23490--23528	20	2.0	20	85	9	55	56	2	0	41	1.13
23549--23597	2	24.5	2	100	0	98	51	0	0	48	1.00
23979--24023	23	1.9	24	82	13	58	60	6	11	22	1.54
30292--30329	19	2.0	19	94	0	67	34	28	5	31	1.80
44341--44370	5	6.0	5	100	0	60	80	0	0	20	0.72
45242--45305	23	2.8	23	92	0	110	26	35	12	25	1.91
48267--48314	21	2.3	20	82	10	53	39	4	4	52	1.40
50007--50072	29	2.3	29	81	5	71	16	21	18	43	1.87
59815--59920	32	3.3	31	90	5	158	14	10	32	43	1.79
59815--59920	33	3.3	33	87	10	157	14	10	32	43	1.79
62075--62103	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68178--68211	15	2.2	16	89	5	52	0	14	47	38	1.45
74367--74391	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
77231--77266	13	2.8	13	86	0	54	19	50	16	13	1.79
77231--77290	31	1.9	31	93	0	102	20	48	16	15	1.81
77229--77286	13	4.1	13	72	20	53	20	46	15	17	1.84
77244--77284	18	2.3	18	91	0	64	21	51	17	9	1.74
79807--79901	48	2.0	48	91	0	154	25	11	20	43	1.85
79811--79901	24	3.8	24	83	0	119	25	10	20	42	1.85
79814--79921	48	2.2	48	88	0	153	25	9	19	46	1.79
83497--83584	12	7.3	12	65	14	56	29	11	20	38	1.87
83489--83583	24	4.0	24	92	0	163	28	11	20	40	1.87
83699--83793	43	2.2	43	96	0	172	16	10	35	36	1.84
89853--89877	6	4.2	6	100	0	50	48	32	0	20	1.50
90353--91083	242	3.0	240	89	2	1079	37	23	4	34	1.76
92921--92992	2	36.0	2	100	0	144	50	0	0	50	1.00
93324--93358	18	1.9	18	88	11	54	22	17	5	54	1.64
93852--93974	64	1.9	66	90	6	198	27	21	17	34	1.95
93850--94010	64	2.5	62	83	8	189	27	21	18	32	1.96
95786--95829	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
97405--97449	23	2.0	23	90	0	72	24	26	26	22	2.00
97417--97730	148	2.1	149	91	2	517	34	21	17	26	1.96
98277--98320	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98650--98684	18	1.9	18	88	11	54	22	17	5	54	1.64
99175--99299	64	1.9	66	88	6	193	27	20	16	36	1.94
99175--99335	64	2.5	64	82	10	186	26	21	17	34	1.96
102705--102749	23	2.0	23	90	0	72	24	26	26	22	2.00
102717--103030	148	2.1	149	89	4	483	34	21	18	26	1.96
103784--103819	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
103946--103980	18	1.9	18	88	11	54	22	17	5	54	1.64
104472--104596	64	1.9	66	88	6	193	27	20	16	36	1.94
104472--104632	64	2.5	64	82	10	186	26	21	17	34	1.96
107136--107188	21	2.5	21	87	6	81	22	26	16	33	1.96
107218--107307	20	4.4	20	82	8	101	31	27	18	22	1.97
107731--107795	19	3.7	19	78	15	77	13	16	18	50	1.78
109322--109412	42	2.2	42	84	3	123	21	13	41	23	1.88
109750--109788	20	2.0	20	94	0	69	33	28	12	25	1.93
109776--109862	20	4.4	20	86	1	113	37	24	24	13	1.91
109756--109841	40	2.2	40	82	4	102	36	26	20	16	1.94
109851--109942	14	5.9	14	72	22	76	48	22	17	10	1.78
109835--109947	33	3.4	33	98	0	217	47	22	18	11	1.80
109954--110017	19	3.6	19	74	20	75	12	20	21	45	1.84
110002--110056	20	2.8	19	83	8	65	16	23	23	36	1.94
110196--110245	18	2.8	18	100	0	100	42	6	20	32	1.76
111958--112016	20	3.0	20	87	0	73	44	22	18	15	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112279--112322	22	2.0	22	95	0	79	18	15	45	20	1.85
112489--112583	20	4.7	20	72	11	77	22	17	23	36	1.95
112489--112586	41	2.4	41	94	0	169	21	17	22	38	1.93
112489--112604	41	2.8	41	88	2	117	22	18	21	37	1.95
112572--112623	20	2.5	21	87	3	70	21	23	17	38	1.93
113356--113443	30	2.9	30	94	3	151	22	22	28	26	1.99
113966--113990	12	2.1	12	100	0	50	40	24	16	20	1.91
117553--117602	21	2.4	21	79	0	55	36	16	12	36	1.85
117569--117611	21	2.0	21	86	0	59	32	11	13	41	1.81
118280--118335	28	2.0	28	96	0	103	32	12	14	41	1.83
122511--122549	6	6.7	6	82	5	53	82	0	17	0	0.68
122511--122549	17	2.2	18	86	4	53	82	0	17	0	0.68
123185--123209	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
124543--124592	23	2.0	25	81	11	59	12	32	20	36	1.89
124779--124857	40	2.1	37	88	7	113	25	11	8	54	1.65
126988--127548	6	93.7	6	94	3	972	49	16	0	33	1.52
128044--128522	243	2.0	244	93	1	818	34	13	12	38	1.84
129280--129600	42	7.7	43	91	4	176	19	19	24	35	1.95
129336--129600	42	6.3	42	94	1	444	19	19	26	35	1.95
130909--130993	29	2.9	29	89	0	134	12	36	28	22	1.91
130997--131090	33	2.8	33	87	3	118	9	38	25	26	1.87
131009--131113	10	9.9	10	70	11	66	11	35	27	25	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131044--131120	20	3.7	20	84	8	91	11	32	29	25	1.91
131771--131810	21	1.9	21	94	0	71	22	62	0	15	1.32
134009--134034	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
134785--134833	2	25.0	2	95	4	91	51	0	0	48	1.00
134785--134902	15	7.6	16	71	18	63	51	0	0	48	1.00
136390--136419	10	3.0	10	95	0	51	53	20	16	10	1.71
136392--136437	14	3.6	14	77	22	64	56	21	15	6	1.61
136396--136450	24	2.3	24	84	12	69	58	21	12	7	1.59
136420--136492	37	2.1	36	85	10	98	65	23	5	5	1.35
136726--136783	14	4.4	14	77	16	70	58	15	12	13	1.63
138054--138129	39	2.0	38	89	2	116	40	6	17	35	1.75
141406--141461	31	1.9	30	82	13	73	50	25	3	21	1.65
147222--147282	24	2.5	24	76	12	63	55	3	4	36	1.38
149224--149267	23	1.9	23	86	9	63	70	2	6	20	1.21
151446--151504	15	3.8	16	71	11	50	71	10	1	16	1.22
155930--155969	22	1.9	21	90	10	64	27	22	20	30	1.98
156430--156486	27	2.1	27	100	0	114	28	10	14	47	1.76
156976--157015	17	2.3	18	91	4	64	37	0	0	62	0.95
157017--157215	48	4.0	50	87	5	260	40	3	6	49	1.44

Tables:   1

The End!