genome.fa.s4168.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01004168.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00009114_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  252520

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
810--847	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
3085--3164	30	2.7	30	86	3	101	32	20	18	28	1.96
4312--4385	20	3.5	20	74	16	78	22	22	24	29	1.99
4331--4408	23	3.5	23	73	16	92	23	21	25	29	1.99
4312--4410	43	2.3	43	94	0	180	22	24	24	29	1.99
4312--4424	43	2.6	43	88	2	138	23	25	23	28	1.99
5844--5884	21	2.0	21	95	0	73	31	9	39	19	1.84
7052--7167	32	3.6	32	85	2	153	37	14	16	31	1.89
7054--7204	32	4.7	32	80	7	146	36	13	17	32	1.89
7054--7204	64	2.4	64	80	4	162	36	13	17	32	1.89
9412--9476	34	1.9	34	84	12	89	46	3	4	46	1.39
10414--10445	16	2.0	16	93	0	55	34	6	0	59	1.23
18611--18673	2	31.5	2	100	0	126	50	0	0	49	1.00
19003--19094	45	2.1	44	97	2	175	54	2	2	41	1.25
21606--21634	15	1.9	15	100	0	58	20	20	10	48	1.79
21685--21743	14	4.1	14	84	4	82	37	6	20	35	1.79
21687--21745	29	2.0	29	96	0	109	38	8	20	32	1.83
21747--21778	14	2.3	14	94	0	55	25	18	18	37	1.94
22011--22058	23	2.1	23	92	0	78	43	0	0	56	0.99
22015--22065	23	2.2	23	85	0	66	47	0	0	52	1.00
22027--22125	39	2.5	37	76	15	92	47	1	1	50	1.14
22078--22158	27	3.0	27	75	13	69	49	2	1	46	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22048--22121	19	3.9	18	73	22	62	48	1	1	48	1.18
22200--22276	23	3.4	22	77	8	66	42	1	1	54	1.16
22174--22296	34	3.7	33	75	14	94	47	0	1	49	1.16
22243--22305	22	2.9	22	73	17	60	50	0	1	47	1.10
24978--25034	17	3.4	17	97	0	105	14	21	45	19	1.85
24937--24988	7	7.6	7	83	12	72	25	26	32	15	1.95
25029--25097	9	7.3	9	75	15	59	27	27	28	15	1.96
25034--25079	19	2.4	18	82	10	56	26	30	28	15	1.96
32159--32191	10	3.4	10	87	8	50	0	15	57	27	1.38
32188--32248	9	6.3	9	80	10	59	31	29	24	14	1.95
32194--32243	21	2.5	20	87	6	66	36	30	20	14	1.91
33766--34241	237	2.0	236	95	0	844	26	16	20	36	1.94
56136--56177	19	2.2	19	100	0	84	30	0	16	52	1.44
60100--60154	21	2.6	21	94	2	92	43	9	9	38	1.68
69073--69115	11	3.0	16	68	31	51	32	25	11	30	1.91
76068--76114	18	2.8	18	84	9	55	46	2	0	51	1.13
75787--77431	413	4.0	414	90	2	2463	34	16	16	31	1.92
80193--80242	18	2.8	18	82	11	66	58	10	12	20	1.62
91584--91638	25	2.2	25	78	12	60	60	0	7	32	1.24
91819--91898	32	2.5	32	95	2	144	46	2	3	47	1.34
92149--92186	20	1.9	20	88	0	58	21	26	10	42	1.85
93505--93529	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94422--94461	20	2.0	20	85	0	53	37	0	2	60	1.11
94915--94948	17	2.1	17	88	5	52	38	0	0	61	0.96
98180--98231	14	3.6	14	78	17	61	73	0	0	26	0.84
98191--98238	16	3.1	16	80	17	57	70	0	0	29	0.87
98233--98421	38	5.3	38	70	19	124	45	7	1	45	1.41
98322--98368	25	2.0	24	87	8	69	46	4	0	48	1.21
98337--98420	39	2.2	38	87	6	116	45	5	0	48	1.27
101645--101672	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
102582--102619	12	3.3	12	78	14	53	10	52	5	31	1.58
106037--106123	35	2.5	34	80	12	97	55	10	8	26	1.61
106606--106640	18	1.9	18	100	0	70	22	22	22	31	1.98
108061--108393	111	3.0	111	96	0	621	44	11	8	35	1.71
108512--108552	20	2.0	20	85	0	55	53	0	17	29	1.44
110715--110796	41	2.0	41	90	0	128	57	10	6	25	1.56
114857--114891	18	1.9	18	88	0	52	28	17	0	54	1.43
116194--116234	18	2.3	18	91	0	64	12	19	48	19	1.80
116188--116247	31	1.9	31	89	0	93	16	18	46	18	1.84
116212--116260	13	3.8	13	97	0	89	16	18	48	16	1.81
120038--120072	18	1.9	18	88	0	52	28	17	0	54	1.43
121382--121455	18	4.4	18	78	16	77	16	17	48	17	1.81
121374--121453	31	2.6	31	91	0	124	17	17	47	17	1.83
121400--121435	13	2.8	13	100	0	72	16	16	50	16	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121413--121458	18	2.6	18	100	0	92	13	17	52	17	1.75
125530--125610	41	2.0	41	90	0	126	58	11	6	24	1.55
129691--129733	20	2.2	20	91	0	68	16	13	9	60	1.58
134713--134742	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
139447--139549	31	3.3	31	71	10	93	35	16	16	31	1.91
139787--139862	30	2.5	30	83	8	93	31	22	5	40	1.76
141765--141811	25	2.0	23	84	12	60	29	21	25	23	1.99
145347--145406	21	3.0	21	65	22	56	41	18	23	16	1.90
146647--146741	37	2.6	38	82	9	108	30	3	2	64	1.21
146921--146954	14	2.4	14	90	0	50	41	0	5	52	1.25
150267--150297	12	2.6	12	94	0	53	45	3	0	51	1.17
150284--150583	22	13.6	22	90	0	420	42	0	9	47	1.39
153830--153866	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
153880--154044	38	4.5	37	78	17	159	46	3	5	45	1.41
153961--154021	32	1.9	32	100	0	122	49	4	4	40	1.46
153893--154030	70	1.9	74	85	10	196	44	2	4	47	1.37
154133--154214	20	4.0	20	73	20	64	15	1	2	80	0.88
154139--154211	11	6.5	11	83	14	87	16	1	1	80	0.85
154152--154200	5	9.4	5	83	16	64	18	0	0	81	0.69
155377--155428	27	1.9	26	84	7	68	15	13	0	71	1.15
155385--155448	25	2.5	26	82	10	69	10	15	0	73	1.09
155471--155530	32	1.9	32	83	10	79	10	10	6	73	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
155520--155568	24	2.0	25	84	11	66	28	0	2	69	1.00
155520--155568	11	4.0	13	77	17	52	28	0	2	69	1.00
162231--162281	20	2.8	19	80	13	63	21	27	11	39	1.88
162244--162281	20	1.9	20	94	0	67	21	28	13	36	1.91
164896--165108	36	6.0	36	87	1	277	35	21	23	20	1.96
166587--166727	35	4.0	35	84	5	176	37	21	21	19	1.94
166583--166727	71	2.0	71	90	0	227	38	20	22	18	1.93
168697--168734	3	12.7	3	100	0	76	65	0	0	34	0.93
171578--171613	3	12.0	3	88	11	56	0	33	0	66	0.92
172800--172842	18	2.4	18	81	18	54	25	0	0	74	0.82
172804--172851	26	1.9	24	87	8	69	25	0	2	72	0.95
172820--172888	19	3.7	18	79	11	66	36	0	2	60	1.11
173859--173892	2	17.0	2	93	0	59	47	0	0	52	1.00
181552--181624	27	2.7	27	71	0	65	35	6	45	12	1.69
182222--182255	4	8.5	4	93	0	59	50	23	0	26	1.50
190636--190683	22	2.2	22	100	0	96	47	8	4	39	1.53
201930--201993	31	2.1	31	87	0	92	20	21	14	43	1.87
202886--202922	17	2.2	17	86	13	51	37	8	0	54	1.30
206983--207058	29	2.7	28	76	8	73	38	19	5	36	1.75
207452--207490	19	2.0	20	85	5	53	46	5	0	48	1.24
208143--208185	14	3.1	14	89	0	68	55	16	13	13	1.69
210168--210318	75	2.0	75	96	0	275	27	17	23	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
213765--213820	27	2.1	27	100	0	112	25	25	3	46	1.69
223622--223777	79	2.0	78	88	5	233	55	7	10	26	1.60
228562--228657	47	2.0	47	100	0	192	22	8	12	56	1.63
245215--245320	42	2.6	41	82	8	108	43	11	18	26	1.84
247232--247267	18	2.0	18	100	0	72	27	0	11	61	1.30
247908--247963	26	2.2	25	84	12	71	46	1	14	37	1.55

Tables:   1

The End!