genome.fa.s417.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000417.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00000764_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2005044

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7955--8019	31	2.1	30	85	8	85	60	0	9	30	1.28
8907--8931	12	2.1	12	100	0	50	60	0	8	32	1.26
16338--16382	23	2.0	23	86	0	63	17	24	26	31	1.97
21456--21539	23	3.7	23	85	0	114	17	25	25	32	1.97
27179--27221	6	7.2	6	94	0	59	16	37	4	41	1.69
27680--27714	14	2.5	14	90	0	52	14	11	14	60	1.60
32714--32755	17	2.5	17	80	7	50	66	0	2	30	1.04
37499--37879	192	2.0	192	94	0	672	28	13	18	39	1.88
41706--41742	15	2.5	15	95	0	65	5	16	70	8	1.30
42855--42952	49	2.0	49	97	0	187	24	19	16	39	1.91
53752--53807	23	2.5	22	78	16	60	37	3	0	58	1.15
53761--53807	23	2.0	23	87	8	67	38	4	0	57	1.18
53840--53972	17	8.0	17	68	17	66	24	6	1	67	1.22
53838--53910	37	2.1	36	87	10	107	26	5	2	65	1.27
54172--54201	12	2.6	12	94	5	53	20	0	0	80	0.72
54159--54200	21	2.0	22	86	13	61	19	2	2	76	1.01
54167--54244	41	1.9	41	82	10	97	16	2	6	74	1.14
54194--54247	26	2.0	27	82	10	67	14	5	7	72	1.26
57352--57388	19	1.9	19	88	0	56	81	2	13	2	0.92
57332--57408	34	2.2	34	78	15	79	75	2	18	3	1.07
57337--57411	7	10.3	7	73	18	55	76	1	18	4	1.02
57469--57606	69	2.0	69	85	2	188	36	23	13	26	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58919--58990	37	1.9	37	86	5	101	26	19	13	40	1.89
59006--59092	37	2.4	37	88	1	122	25	20	13	40	1.89
59108--59369	36	7.4	36	80	8	288	26	20	13	39	1.89
58925--59369	102	4.3	101	83	4	480	28	20	13	38	1.90
59284--59348	21	3.4	20	68	24	59	23	23	12	41	1.87
59215--59369	73	2.1	73	87	1	231	25	21	14	38	1.91
59006--59431	138	3.1	134	74	14	366	28	19	12	39	1.88
59318--59482	66	2.5	67	80	12	189	31	20	9	39	1.83
60220--60423	110	1.9	110	82	2	257	38	21	17	22	1.93
61893--61931	14	2.7	14	84	15	53	33	2	0	64	1.08
61870--61943	19	3.9	19	76	13	64	29	6	0	63	1.20
62323--62366	3	14.7	3	95	0	79	29	0	0	70	0.88
73834--73903	22	3.2	22	81	0	77	22	41	17	18	1.90
77559--77593	18	1.9	18	94	0	61	17	20	34	28	1.95
83492--83532	22	1.9	22	90	5	66	39	7	2	51	1.43
85043--85104	21	3.0	21	87	0	97	50	20	6	22	1.71
87410--87478	23	3.0	23	80	0	84	34	26	21	17	1.95
93406--93562	65	2.4	63	82	10	174	31	22	17	28	1.97
96194--96232	21	1.9	20	94	5	69	12	20	43	23	1.86
96528--96584	28	2.0	28	100	0	114	33	24	7	35	1.82
98391--98442	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00
105097--105134	15	2.5	15	100	0	76	57	13	5	23	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113152--113194	19	2.2	20	87	4	61	37	25	6	30	1.82
114649--114815	40	4.2	40	69	13	105	36	14	17	31	1.90
116103--116173	34	2.2	33	90	7	110	49	8	5	36	1.57
117391--117474	39	2.2	40	78	6	91	35	17	23	22	1.95
117939--117980	19	2.2	19	100	0	84	38	9	26	26	1.87
120611--120735	42	3.0	42	92	0	205	36	8	18	36	1.80
120860--120918	28	2.1	28	93	0	100	59	10	10	20	1.58
121251--121305	28	2.0	28	92	7	94	43	16	21	18	1.88
130388--130431	23	2.0	21	86	8	61	70	2	0	27	0.99
140830--140872	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
141814--141846	16	2.1	16	88	5	50	27	18	6	48	1.71
144279--144325	23	2.1	22	84	7	60	19	23	23	34	1.97
148966--149023	20	2.6	22	86	10	75	31	18	22	27	1.97
149693--149748	24	2.3	24	96	0	103	39	16	16	28	1.89
151570--151633	23	2.8	23	90	0	101	15	26	25	32	1.95
167458--167490	16	2.1	16	88	5	50	36	15	3	45	1.61
176377--176401	13	1.9	13	100	0	50	32	0	0	68	0.90
181820--181869	25	2.0	25	100	0	100	32	16	24	28	1.96
182042--182111	14	5.0	14	96	0	104	41	21	15	21	1.90
183851--183956	14	7.6	14	64	8	54	47	30	0	21	1.57
183907--183959	22	2.5	22	84	9	65	50	30	0	18	1.47
185465--185513	19	2.7	17	84	9	53	26	20	28	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
185486--185622	64	2.1	64	82	7	163	28	20	21	29	1.98
185547--185654	46	2.4	46	80	13	125	28	18	19	33	1.96
186118--186148	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
190218--190257	21	1.9	21	90	10	64	37	10	0	52	1.35
191974--192060	23	3.8	23	93	0	138	25	26	29	18	1.98
192071--192292	102	2.2	103	98	0	428	37	24	13	24	1.91
193071--193254	64	2.9	62	84	10	223	26	19	19	34	1.95
193032--193254	64	3.5	64	82	8	217	27	19	19	33	1.96
194973--195021	19	2.7	17	84	9	53	26	20	28	24	1.99
194993--195130	64	2.1	66	88	5	201	26	19	23	29	1.98
197071--197120	19	2.6	19	93	0	82	26	20	32	22	1.98
197110--197263	65	2.4	65	82	5	170	27	18	23	30	1.98
197154--197316	65	2.5	63	80	7	168	26	18	23	31	1.97
199943--200020	21	3.5	22	77	5	86	25	25	24	24	2.00
199943--200039	21	4.6	20	75	11	70	24	22	25	26	2.00
203846--203886	21	2.0	21	86	13	59	39	7	2	51	1.43
205864--205915	19	2.7	19	100	0	104	17	21	34	26	1.95
205827--205981	84	1.8	83	83	8	206	25	19	25	29	1.98
205882--206047	65	2.6	62	79	12	183	24	18	25	31	1.98
208112--208142	3	10.3	3	100	0	62	67	0	32	0	0.91
215091--215142	24	2.2	24	85	0	68	34	28	23	13	1.92
217935--220094	726	3.0	722	92	1	3593	26	23	15	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
220596--220747	76	2.0	76	96	0	277	51	12	4	30	1.59
221623--221666	21	2.1	21	82	0	52	36	0	0	63	0.95
230434--230504	25	2.8	25	79	10	90	38	2	1	57	1.22
230562--230661	2	51.5	2	68	20	52	46	8	2	44	1.44
237376--237401	4	6.5	4	100	0	52	23	0	0	76	0.78
237381--237443	9	6.5	10	82	14	71	31	0	0	68	0.90
237397--237444	3	16.0	3	91	8	80	35	0	0	64	0.94
238461--238490	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
238651--238755	12	8.0	13	72	17	58	27	3	1	66	1.19
238713--238755	3	14.3	3	80	9	52	25	4	0	69	1.07
238718--238755	16	2.5	15	91	4	58	23	5	0	71	1.07
238713--238755	13	3.1	15	77	16	56	25	4	0	69	1.07
238953--238989	19	1.9	19	88	0	56	37	0	0	62	0.96
241208--241267	27	2.3	27	85	2	86	21	13	6	58	1.58
241207--241234	12	2.3	12	100	0	56	25	14	7	53	1.66
246023--246246	114	2.0	114	97	0	421	34	15	20	29	1.94
248334--248482	54	2.8	54	90	0	217	39	14	21	24	1.91
248849--248903	22	2.5	22	93	0	101	34	10	14	40	1.81
249311--249982	113	5.9	113	90	1	952	37	14	19	28	1.91
249311--249982	228	3.0	225	88	2	961	37	14	19	28	1.91
250026--250084	17	3.4	17	68	25	50	47	11	25	15	1.79
250328--250372	3	15.0	3	90	9	74	35	0	0	64	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
250902--250945	19	2.3	19	100	0	88	20	43	20	15	1.88
251584--251688	12	8.0	13	72	18	67	28	3	1	65	1.20
251646--251688	3	14.3	3	80	9	52	25	4	0	69	1.07
251651--251688	16	2.5	15	91	4	58	23	5	0	71	1.07
251646--251688	13	3.1	15	77	16	56	25	4	0	69	1.07
251689--251723	16	2.2	16	90	10	54	60	0	0	40	0.97
251875--251924	20	2.5	19	84	9	64	36	2	0	62	1.07
251774--252020	119	2.1	120	81	9	290	40	6	6	46	1.56
254810--254853	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
256063--256183	64	1.9	64	86	1	172	26	19	26	27	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9