genome.fa.s4218.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01004218.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00009238_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  133205

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
105--716	147	4.2	146	86	5	826	25	18	20	34	1.96
105--716	72	8.4	73	87	4	817	25	18	20	34	1.96
105--713	220	2.8	219	84	8	774	25	18	20	34	1.96
844--902	3	18.7	3	76	10	55	37	1	1	59	1.18
844--897	19	2.8	19	85	2	72	38	0	1	59	1.08
2706--2969	140	1.9	139	80	9	315	39	6	6	46	1.57
7679--7754	2	38.0	2	97	0	143	50	1	0	48	1.09
8187--8305	39	3.1	39	85	4	168	34	21	25	19	1.96
12654--12733	17	5.0	16	79	8	74	42	11	12	33	1.78
12639--12733	32	2.9	32	87	4	118	42	11	12	33	1.79
14129--14161	15	2.2	15	100	0	66	48	6	21	24	1.72
21652--21692	17	2.4	17	91	0	64	34	12	14	39	1.84
23354--23411	23	2.5	23	91	0	98	24	17	13	44	1.85
33501--33665	90	1.8	89	94	1	294	46	6	8	38	1.61
34054--34086	16	2.1	16	100	0	66	30	9	30	30	1.88
34354--34405	24	2.2	24	100	0	104	23	11	11	53	1.69
43297--43495	97	2.1	97	81	3	231	40	19	11	29	1.86
51101--51143	14	3.2	14	87	9	63	48	23	4	23	1.69
51107--51145	12	3.1	12	88	7	51	46	28	2	23	1.65
52656--52702	6	8.2	6	81	13	55	70	2	0	27	0.99
53618--53740	40	2.9	43	72	10	108	26	21	18	33	1.97
53620--53789	85	2.0	84	81	3	198	27	21	19	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53729--53820	40	2.3	40	94	0	157	25	22	17	34	1.96
62183--62222	5	8.2	5	84	15	57	80	0	0	20	0.72
62183--62231	15	3.2	16	77	16	59	79	0	0	20	0.73
62228--62265	7	5.6	7	82	17	53	86	0	13	0	0.56
62236--62265	6	4.8	6	92	8	51	86	0	13	0	0.57
62228--62265	14	2.8	14	92	4	60	86	0	13	0	0.56
64481--65340	85	10.1	83	83	4	941	24	18	21	35	1.96
64481--65340	86	10.1	86	84	3	1044	24	18	21	35	1.96
64481--65332	256	3.3	254	84	4	1077	24	19	21	34	1.96
64479--65339	427	2.0	426	86	2	1201	24	18	21	35	1.96
68883--68925	14	2.9	15	82	10	52	67	6	9	16	1.40
70817--70845	6	4.8	6	100	0	58	86	0	13	0	0.58
70800--70846	13	3.7	13	82	5	60	82	2	12	2	0.84
70791--70862	20	3.5	20	76	12	67	80	1	11	6	0.96
71148--71172	10	2.5	10	100	0	50	92	0	0	8	0.40
71178--71222	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
71240--71298	12	4.9	12	79	8	57	77	1	1	18	0.93
71231--71275	21	2.2	20	88	4	63	77	2	2	17	0.97
71234--71297	30	2.1	31	85	8	87	76	1	3	18	1.00
71249--71300	20	2.5	20	82	11	61	78	0	1	19	0.84
73111--73149	17	2.4	17	91	4	62	48	5	0	46	1.24
73253--73278	9	2.9	9	100	0	52	23	7	23	46	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73338--73377	21	1.9	21	94	0	71	25	22	25	27	2.00
75939--76024	20	4.3	20	73	16	79	73	4	5	16	1.20
75943--75996	16	3.1	16	81	10	54	72	5	5	16	1.23
75979--76033	12	4.5	12	72	19	51	76	5	3	14	1.10
75985--76048	27	2.5	25	78	14	67	75	4	7	12	1.18
75993--76051	28	2.1	27	84	9	75	74	3	8	13	1.17
76045--76074	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
76150--76212	21	2.9	22	76	6	65	79	0	6	14	0.92
76160--76299	16	8.9	15	67	17	63	73	0	8	17	1.12
76152--76212	22	2.8	22	78	16	72	80	0	6	13	0.90
76152--76208	29	2.0	29	86	6	80	80	0	7	12	0.89
76150--76210	8	8.1	8	82	10	58	78	0	6	14	0.94
76238--76300	17	3.7	18	78	21	66	71	1	9	17	1.20
76318--76356	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
78425--78821	84	4.7	84	85	2	494	23	18	23	34	1.96
78865--79135	124	2.2	124	89	0	407	23	15	27	33	1.95
79291--79392	43	2.4	43	91	0	159	24	15	28	31	1.96
79439--79565	59	2.2	58	86	5	170	29	11	21	37	1.89
80508--80770	95	2.7	95	88	3	375	33	18	15	32	1.93
83487--83553	13	5.2	12	76	16	64	77	2	4	14	1.05
83487--83553	24	2.8	25	78	17	70	77	2	4	14	1.05
83487--83559	20	3.7	20	75	21	64	78	2	4	15	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83655--83701	21	2.3	20	85	3	58	78	0	10	10	0.96
83675--83739	10	6.1	10	75	18	60	83	0	6	10	0.82
83675--83738	17	3.6	17	79	12	67	82	0	6	10	0.82
83678--83739	19	3.3	18	75	14	63	83	0	6	9	0.79
83867--83896	12	2.5	12	94	0	51	73	0	16	10	1.09
84797--84821	13	1.9	13	100	0	50	0	16	52	32	1.44
89028--89059	14	2.4	14	94	5	57	62	0	0	37	0.95
89941--90148	75	2.8	75	86	2	265	24	31	23	21	1.98
98222--98283	3	20.7	3	86	6	90	66	1	3	29	1.17
98546--98950	137	2.9	138	86	1	589	25	17	28	27	1.98
98953--99078	65	1.9	65	83	3	164	41	11	20	26	1.87
99366--99441	37	2.1	37	92	2	127	42	11	17	28	1.84
99370--99430	21	3.2	20	65	29	51	36	14	19	29	1.92
106089--106149	2	30.5	2	100	0	122	49	0	50	0	1.00
108708--108824	59	2.0	59	86	3	164	27	17	23	32	1.96
110457--110502	24	1.9	24	82	8	58	36	6	4	52	1.47
110739--110776	20	2.0	20	85	10	53	42	0	0	57	0.98
110872--110920	21	2.3	21	82	6	55	38	14	12	34	1.83
112589--112641	19	2.8	19	85	0	79	22	13	43	20	1.86
113315--113703	126	3.1	126	86	0	501	25	18	26	29	1.98
113963--114051	32	2.8	32	80	0	106	32	23	13	30	1.93
114193--114244	25	2.1	25	86	10	72	48	1	15	34	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
117346--117370	12	2.1	12	100	0	50	44	16	24	16	1.86
118895--119074	65	2.8	64	80	9	170	26	18	23	30	1.98
118915--119074	65	2.5	64	84	5	200	26	18	23	31	1.97
122065--122114	3	17.0	3	76	12	50	62	2	2	34	1.18
130382--130637	135	1.9	134	83	2	334	32	17	19	31	1.94
131527--132228	42	16.9	42	77	10	608	38	17	17	26	1.92
131532--132228	125	5.6	124	79	10	585	38	17	17	26	1.92
131571--132248	166	4.1	164	75	12	619	38	17	18	26	1.92
131532--132145	210	3.0	206	82	6	758	38	16	17	26	1.92
131554--132228	80	8.1	83	79	10	600	38	17	18	26	1.92

Tables:   1

The End!