genome.fa.s4255.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01004255.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00009326_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  170008

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
592--718	42	3.0	41	75	10	114	24	23	20	31	1.98
736--940	106	2.0	103	93	2	347	31	19	18	30	1.96
7558--7601	22	2.0	23	86	4	63	52	0	2	45	1.13
7556--7610	22	2.3	24	78	15	60	52	0	3	43	1.18
8588--8681	31	3.0	31	87	4	109	24	11	10	53	1.69
12670--12706	15	2.5	15	90	0	56	40	24	8	27	1.83
13553--13601	21	2.3	21	89	0	71	42	8	18	30	1.79
19096--19139	20	2.3	19	84	7	54	45	6	25	22	1.77
19739--19963	114	2.0	114	98	0	432	32	23	8	34	1.86
21825--21864	22	1.9	20	85	10	53	20	42	25	12	1.86
29708--29741	17	2.0	17	88	0	50	14	0	32	52	1.42
34844--34917	20	3.7	20	83	7	96	31	24	25	18	1.98
34975--35007	13	2.4	14	85	10	50	21	15	36	27	1.93
34938--35057	21	5.7	21	78	10	129	22	19	35	23	1.96
35126--35188	30	2.1	29	85	11	83	49	12	6	31	1.66
35137--35196	30	2.0	30	93	6	104	43	13	6	36	1.70
38436--38505	20	3.5	20	78	3	68	28	22	27	21	1.99
38544--38586	22	1.9	23	90	4	70	20	25	27	25	1.99
38533--38628	21	4.6	20	81	13	104	21	22	33	21	1.97
38708--38765	30	2.0	29	86	10	82	48	15	1	34	1.55
38708--38767	29	2.0	30	90	6	95	46	15	3	35	1.62
45545--45576	15	2.1	15	94	0	55	56	3	18	21	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48130--48197	34	2.0	34	88	0	100	41	7	19	32	1.79
59645--59741	21	4.6	22	75	7	87	39	18	20	21	1.93
59645--59823	62	2.9	62	89	2	263	35	22	19	21	1.96
59733--59864	20	6.6	20	86	5	149	31	26	19	22	1.98
59688--59784	21	4.7	21	71	12	83	40	21	18	19	1.92
59727--59839	41	2.8	42	86	4	142	31	26	18	23	1.97
60602--60655	24	2.2	24	90	0	81	22	16	20	40	1.91
60830--60854	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
63150--63204	19	2.8	19	83	2	65	38	21	21	18	1.94
63157--63260	19	6.1	17	71	23	76	43	19	24	13	1.86
63195--63249	14	3.6	14	73	21	56	45	20	23	10	1.82
63177--63303	33	3.8	33	94	0	218	44	17	24	13	1.84
63303--63379	19	4.3	19	75	18	76	12	15	25	45	1.82
63319--63444	33	3.8	33	91	2	191	11	19	23	46	1.82
63313--63435	19	7.3	19	67	25	80	9	20	22	47	1.79
63350--63436	14	5.2	17	68	25	69	10	22	20	45	1.81
63551--63588	14	2.7	15	88	12	62	47	18	0	34	1.49
64937--65003	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
65448--65751	94	3.3	94	93	3	485	47	18	12	21	1.82
67427--67489	20	3.2	20	82	8	83	46	17	23	12	1.83
67474--67510	14	2.6	14	100	0	74	40	24	27	8	1.83
67487--67563	34	2.3	34	93	2	129	46	19	22	11	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67562--67665	19	5.7	19	72	12	83	11	20	23	45	1.83
68222--68313	20	4.6	19	85	5	87	19	20	19	40	1.92
68222--68313	41	2.3	40	86	5	123	19	20	19	40	1.92
68310--68365	20	2.7	21	80	5	69	42	16	21	19	1.89
68303--68375	21	3.5	21	79	3	76	36	17	21	23	1.94
68281--68461	41	4.4	42	71	14	119	30	17	20	30	1.96
68303--68479	82	2.2	83	79	7	191	31	18	20	29	1.96
68303--68479	41	4.3	41	72	11	139	31	18	20	29	1.96
71368--71431	3	22.0	3	78	12	71	28	3	1	67	1.15
71362--71429	32	2.1	32	91	5	111	26	4	2	66	1.25
71377--71442	28	2.3	28	82	7	71	27	4	1	66	1.20
75296--75357	32	2.0	32	96	3	117	14	14	9	61	1.57
77420--77489	12	6.4	11	73	17	56	70	10	17	2	1.28
77402--77454	26	2.0	27	92	3	90	69	9	18	1	1.25
77423--77464	19	2.2	19	91	0	66	69	9	19	2	1.28
77448--77489	12	3.6	11	87	9	57	69	11	14	4	1.34
78665--78739	12	5.6	12	71	22	60	45	26	0	28	1.54
78664--78767	28	3.7	28	97	0	190	47	25	0	27	1.53
78678--78755	12	5.8	12	75	21	75	47	21	0	30	1.51
78677--78755	4	21.8	4	73	19	66	46	22	0	30	1.52
79123--79259	36	3.9	35	80	9	161	30	19	13	36	1.90
79126--79259	70	1.9	72	86	6	193	31	20	13	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79226--79471	105	2.4	103	83	6	293	29	20	11	38	1.87
79417--79536	36	3.4	36	80	6	122	30	21	12	35	1.91
79795--79862	25	2.5	26	86	11	93	26	11	14	47	1.79
79781--79875	28	3.5	26	79	13	102	26	10	14	48	1.76
79962--80013	27	1.9	27	96	0	95	28	9	11	50	1.70
80006--80127	37	3.5	37	70	15	123	32	11	12	43	1.78
79989--80187	67	3.0	67	88	3	278	31	12	12	44	1.79
80646--80704	15	3.9	15	95	0	100	30	20	5	44	1.73
81039--81120	28	2.9	28	83	3	94	24	12	13	50	1.76
81156--81501	43	8.1	45	69	14	162	26	30	18	24	1.98
81139--81299	83	1.9	83	85	7	223	24	31	19	24	1.98
81163--81470	130	2.4	130	90	1	474	25	29	18	25	1.98
81672--81735	3	22.0	3	78	12	71	28	3	1	67	1.15
81666--81733	32	2.1	32	91	5	111	26	4	2	66	1.25
81681--81746	28	2.3	28	82	7	71	27	4	1	66	1.20
85535--85752	116	1.9	117	89	3	341	40	11	11	37	1.77
90599--90729	65	2.0	65	95	0	235	32	18	11	38	1.86
91090--91130	21	2.0	21	85	0	55	34	2	2	60	1.23
93352--93395	13	3.4	13	80	0	61	18	2	11	68	1.30
94068--94112	22	2.0	23	83	12	58	57	0	6	35	1.25
94200--94237	15	2.5	15	83	8	51	65	2	0	31	1.06
94837--94953	51	2.3	51	86	1	155	17	29	29	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95126--95154	14	2.1	14	93	6	51	27	6	0	65	1.18
96830--96868	18	2.2	18	95	0	69	25	28	23	23	1.99
110813--112095	106	12.2	106	92	1	2004	33	25	18	22	1.97
123824--123848	10	2.5	10	100	0	50	72	0	0	28	0.86
126777--126808	6	5.5	6	96	3	57	31	53	15	0	1.43
127306--127346	6	7.2	6	97	2	68	0	17	53	29	1.44
127479--127699	41	5.4	41	97	0	415	37	23	19	19	1.94
128237--128313	36	2.1	36	81	9	86	76	1	10	11	1.08
129483--129534	21	2.7	20	79	8	54	76	1	1	19	0.97
129565--129907	36	9.5	36	86	8	384	44	6	3	45	1.48
129565--129867	36	8.5	34	88	7	403	43	6	3	45	1.48
129565--129904	72	4.7	72	88	6	460	44	7	3	45	1.48
129892--129925	2	17.5	2	93	6	61	50	0	0	50	1.00
130223--130273	20	2.5	20	100	0	102	45	11	23	19	1.83
130395--130433	18	2.2	18	86	4	53	43	7	5	43	1.55
132200--132245	20	2.3	20	92	0	74	21	15	10	52	1.73
132177--132371	82	2.4	82	91	1	311	23	17	12	46	1.82
132284--132327	20	2.2	20	91	0	70	25	15	6	52	1.68
135288--135337	2	25.0	2	92	8	84	50	0	2	48	1.12
136984--137033	19	2.6	19	80	3	55	46	12	4	38	1.60
137159--137201	19	2.2	20	83	4	52	44	4	4	46	1.45
136791--137597	420	1.9	416	84	3	1064	43	8	8	39	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
138017--138068	21	2.5	21	93	6	88	30	1	3	63	1.23
147126--147164	19	2.1	19	90	9	62	17	41	15	25	1.89
147112--147272	65	2.5	65	85	3	209	29	27	16	26	1.97
147112--147289	64	2.8	65	81	4	200	28	27	17	26	1.98
153059--153182	44	2.8	42	76	8	122	29	26	17	25	1.98
154721--154764	21	2.1	21	86	0	61	6	34	15	43	1.74
155828--155866	19	2.1	19	90	9	62	17	41	15	25	1.89
155814--155974	65	2.5	65	84	3	200	29	26	16	26	1.97
157747--157801	23	2.4	23	87	0	74	52	12	18	16	1.74
166473--166652	93	1.9	92	82	7	222	30	21	18	30	1.97

Tables:   1   2