genome.fa.s4292.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01004292.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00009418_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  125648

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5235--5298	30	2.1	30	97	0	119	25	6	14	54	1.62
6013--6340	162	2.0	161	88	1	487	40	18	10	30	1.85
7189--7221	15	2.2	15	100	0	66	27	18	21	33	1.96
8174--8266	42	2.2	41	83	5	107	37	12	23	25	1.91
8907--8942	18	2.1	18	89	5	56	27	25	25	22	2.00
8950--9135	96	1.9	96	96	1	347	29	26	19	24	1.99
10548--10590	18	2.4	18	88	7	61	60	6	32	0	1.23
14868--14969	21	4.8	21	69	17	66	27	28	13	30	1.94
17605--17652	21	2.3	21	100	0	96	33	33	18	14	1.91
18505--18980	46	10.2	46	91	2	763	44	9	24	21	1.82
19370--19402	15	2.1	16	88	5	50	54	12	6	27	1.60
19873--19906	13	2.8	12	86	8	50	26	20	0	52	1.46
33320--33350	8	3.9	8	100	0	62	0	22	0	77	0.77
33307--33368	13	5.2	12	78	21	60	0	19	1	79	0.82
33318--33366	16	3.3	15	84	15	66	0	18	2	79	0.83
38352--38391	21	1.9	21	85	10	55	30	7	7	55	1.56
41892--41925	16	2.1	16	88	0	50	50	0	0	50	1.00
41967--42003	15	2.4	16	86	13	51	32	2	5	59	1.34
42470--42714	130	1.9	130	93	0	427	35	13	14	36	1.85
43116--43191	35	2.2	35	92	0	125	35	1	23	39	1.63
54167--54344	90	2.0	91	87	1	259	37	17	17	27	1.93
56386--56443	21	2.8	21	76	16	59	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57367--57404	12	3.2	12	81	11	51	36	0	0	63	0.95
57370--57408	18	2.2	18	86	9	53	43	0	0	56	0.99
58953--58986	12	2.9	11	91	8	50	47	0	0	52	1.00
64033--64141	54	2.0	54	87	0	155	39	11	21	27	1.88
64880--65503	136	4.6	136	86	2	853	34	24	15	24	1.95
65434--65718	53	5.4	52	86	4	383	32	22	17	27	1.96
65646--66141	136	3.6	136	88	1	715	34	25	15	24	1.95
66300--66337	12	3.2	12	88	11	60	34	0	0	65	0.93
66326--66371	18	2.3	20	76	23	53	54	2	0	43	1.12
71992--72050	24	2.6	23	70	17	59	44	3	3	49	1.36
72025--72202	90	2.0	90	92	0	293	44	6	11	38	1.65
78021--78071	2	25.5	2	95	0	93	47	0	0	52	1.00
79172--79234	30	2.1	29	85	8	83	61	7	11	19	1.53
79172--79255	30	2.7	29	74	18	73	63	5	10	20	1.47
79231--79327	31	3.2	31	82	4	108	64	4	12	18	1.42
79274--79351	31	2.5	31	81	2	86	57	6	17	17	1.60
80699--80765	3	22.3	3	81	6	82	61	0	4	34	1.16
81061--81382	43	7.4	44	66	16	159	27	18	27	26	1.98
80978--81443	131	3.6	131	86	2	643	27	17	28	26	1.97
81514--81597	32	2.7	32	90	1	125	39	13	19	28	1.89
81612--81769	65	2.4	65	87	6	230	41	17	15	25	1.88
81718--81759	21	2.0	20	86	4	57	47	16	16	19	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81949--82019	36	2.0	36	82	0	88	36	9	23	29	1.87
82104--82183	32	2.5	32	95	4	144	35	23	12	28	1.91
83241--83293	12	4.1	12	79	15	52	0	16	9	73	1.08
83250--83303	28	2.0	28	85	7	76	0	18	9	72	1.11
84531--84585	20	2.8	20	94	0	101	30	23	18	27	1.97
84647--84702	20	2.7	20	80	5	58	32	16	21	30	1.95
84574--84757	95	1.9	96	87	5	275	32	17	21	28	1.96
85058--85084	14	1.9	14	100	0	54	44	0	7	48	1.31
85227--85549	45	7.2	45	87	2	425	39	9	19	31	1.83
89542--89662	59	2.1	59	84	3	154	62	9	13	14	1.53
89554--89705	59	2.6	58	81	5	153	61	7	14	15	1.54
89554--89711	30	5.3	30	67	13	78	61	8	14	15	1.55
89701--89758	29	2.1	28	87	12	84	53	8	13	24	1.68
91094--91138	3	13.7	3	82	17	54	60	0	2	37	1.09
91304--91337	7	4.9	7	100	0	68	26	14	0	58	1.36
92293--92337	23	1.9	24	86	4	65	35	15	13	35	1.87
92092--92707	225	2.7	223	87	2	853	37	13	16	33	1.87
92338--92532	108	1.8	107	78	6	216	37	13	15	32	1.87
92823--92852	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
93100--93129	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
95503--95543	21	2.1	19	86	13	57	29	9	19	41	1.83
96593--96779	75	2.5	75	88	4	279	27	28	20	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98016--98096	3	27.0	3	87	0	117	39	0	0	60	0.97
98016--98122	9	11.7	9	87	6	110	43	0	0	56	0.99
98461--98509	18	2.7	18	93	0	80	53	16	28	2	1.54
103500--103531	15	2.1	15	94	0	55	28	18	6	46	1.73
110860--110927	7	9.1	7	82	17	84	82	1	16	0	0.75
110852--110910	12	4.8	12	79	10	66	83	0	16	0	0.66
110855--110927	17	4.2	17	75	22	71	82	1	16	0	0.75
110859--110925	16	4.4	15	80	16	84	83	1	14	0	0.72
110855--110927	38	1.9	37	91	2	119	82	1	16	0	0.75
111790--111979	95	2.0	95	98	0	371	24	22	15	37	1.93
112163--112340	83	2.1	83	95	0	329	28	12	20	37	1.90
112303--112558	115	2.2	114	93	2	433	34	13	20	31	1.91
113337--113534	96	2.1	96	92	0	324	35	12	18	32	1.89
113243--113864	212	2.9	213	85	8	778	37	13	18	30	1.90
113433--113884	222	2.0	223	89	3	687	37	13	19	29	1.90
113433--113901	116	4.2	110	85	5	586	37	14	18	30	1.90
114132--114206	3	25.0	3	86	0	105	40	0	0	60	0.97
114121--114206	15	5.3	17	76	14	67	38	0	1	60	1.04
114139--114215	15	5.6	14	76	15	72	42	0	0	57	0.99
121101--121138	12	2.9	13	84	11	51	34	13	7	44	1.72
122574--122612	15	2.7	14	88	11	53	10	0	28	61	1.28

Tables:   1

The End!