genome.fa.s4315.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01004315.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00009460_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  268930

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8932--8986	1	55.0	1	77	0	56	7	3	0	89	0.60
8935--8986	9	5.8	9	86	8	79	7	3	0	88	0.62
9288--9330	17	2.5	17	88	3	59	13	6	37	41	1.72
12048--12073	5	5.2	5	100	0	52	0	19	0	80	0.71
12062--12128	28	2.4	29	80	14	86	5	16	14	62	1.50
14036--14121	13	7.2	12	72	22	58	29	3	37	30	1.74
14018--14122	36	2.9	36	95	1	185	28	4	36	30	1.78
17505--17542	14	2.6	15	79	8	51	2	15	5	76	1.08
18005--18090	13	7.2	12	72	22	58	29	3	37	30	1.74
17987--18091	36	2.9	36	95	1	185	28	4	36	30	1.78
21474--21511	14	2.6	15	79	8	51	2	15	5	76	1.08
21956--22064	36	3.0	36	89	2	166	31	4	33	30	1.78
24717--24783	28	2.4	28	80	14	84	5	16	14	62	1.50
25557--25730	91	1.9	91	92	0	294	29	22	27	21	1.99
28733--28762	13	2.4	13	94	5	53	26	30	0	43	1.55
31494--31522	15	2.0	15	93	6	51	0	20	3	75	0.94
33543--33592	18	2.8	17	82	11	55	76	6	14	4	1.13
43134--43179	23	2.0	23	83	8	58	36	6	8	47	1.60
44913--45251	171	2.0	169	95	4	614	32	16	7	44	1.74
46941--46995	24	2.3	23	84	9	74	61	18	12	7	1.53
48295--48337	23	1.9	21	81	13	50	32	18	13	34	1.90
60911--60961	24	2.1	24	82	7	59	56	13	13	15	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62391--62430	18	2.1	19	86	9	55	22	12	10	55	1.67
69448--69483	18	2.0	18	88	0	54	0	11	5	83	0.80
69423--69480	21	2.6	23	81	13	68	3	15	3	77	1.04
75054--75122	25	2.7	25	86	4	84	2	13	7	76	1.10
78593--78658	13	5.5	11	74	22	62	34	33	1	30	1.67
78571--78675	36	2.9	35	87	6	149	31	34	4	29	1.78
79107--79153	14	3.1	15	75	12	51	72	6	19	2	1.17
81288--81339	21	2.6	21	90	6	81	32	13	7	46	1.72
82047--82093	25	2.0	24	84	12	62	74	2	21	2	1.03
85462--85513	21	2.6	21	90	6	81	32	13	7	46	1.72
90282--90386	36	2.9	36	92	1	176	30	35	4	29	1.78
91096--91138	23	1.9	21	81	13	50	34	13	18	32	1.90
98427--98506	35	2.2	37	91	4	128	27	3	37	31	1.74
101331--101383	16	3.2	16	77	17	56	66	0	18	15	1.26
103700--103779	35	2.2	37	91	4	128	27	3	37	31	1.74
104806--105182	189	2.0	189	98	0	736	42	13	13	29	1.83
106647--106717	35	2.0	37	88	5	110	36	4	28	30	1.76
110437--110480	24	2.0	23	86	13	65	2	15	2	79	0.93
112037--112134	35	2.9	35	89	6	148	32	34	3	29	1.73
112055--112158	35	3.1	33	86	8	122	31	34	1	31	1.69
112512--112545	16	2.1	16	89	10	52	82	0	17	0	0.67
112515--112548	11	3.0	11	91	4	50	82	0	17	0	0.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112577--112625	24	2.1	24	84	3	64	73	6	16	4	1.19
117576--117688	36	3.2	36	88	3	158	32	35	3	28	1.74
117577--117703	36	3.6	35	87	5	134	31	35	3	29	1.73
117659--117723	33	2.0	33	84	6	87	32	32	1	33	1.67
123308--123410	36	2.9	36	89	4	156	30	36	3	29	1.75
123391--123459	33	2.1	33	83	5	86	30	33	1	34	1.67
129624--129703	35	2.2	37	86	4	110	31	37	3	27	1.74
133766--133845	35	2.2	37	88	4	119	32	37	2	27	1.70
133799--133845	11	4.1	11	80	20	60	36	36	2	25	1.68
133799--133845	24	2.0	24	84	15	64	36	36	2	25	1.68
135536--135709	91	1.9	91	92	0	294	29	23	25	20	1.99
139068--139129	26	2.3	26	77	5	61	8	12	14	64	1.49
146290--146340	19	2.6	20	87	3	68	45	5	13	35	1.68
149101--149156	19	2.8	20	76	15	62	1	19	3	75	1.05
149088--149142	27	2.1	25	87	12	76	3	16	3	76	1.07
149088--149152	27	2.5	27	83	14	75	3	18	4	73	1.13
149112--149163	18	2.8	18	82	8	52	1	21	5	71	1.17
149856--149906	19	2.6	20	87	3	68	45	5	13	35	1.68
151987--152025	12	3.1	12	82	13	51	74	7	10	7	1.22
157537--157582	13	3.4	14	76	14	51	78	2	17	2	0.96
157535--157592	26	2.2	27	75	9	66	72	5	18	3	1.18
160969--161080	36	3.1	36	93	1	190	30	37	3	28	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
166446--166477	13	2.5	13	95	5	57	43	0	31	25	1.55
170343--170422	35	2.2	37	91	4	128	31	37	3	27	1.74
170868--170914	14	3.1	15	75	12	51	72	6	19	2	1.17
172646--172730	35	2.4	37	90	4	129	31	36	2	29	1.70
178168--178197	13	2.4	13	94	5	53	26	30	0	43	1.55
184618--184666	21	2.4	21	86	6	66	6	6	6	81	0.98
184618--184673	19	2.8	21	83	5	71	5	5	7	82	0.96
185981--186027	14	3.1	15	75	12	51	72	6	19	2	1.17
190690--190760	10	7.5	10	75	12	78	0	9	14	76	1.03
190698--190758	18	3.3	19	90	6	90	0	9	11	78	0.96
206157--206236	35	2.2	37	91	4	128	31	37	3	27	1.74
210619--210643	13	1.9	13	100	0	50	8	0	8	84	0.79
217609--217658	19	2.6	19	96	0	91	46	6	14	34	1.69
226838--226867	15	1.9	16	93	6	53	3	13	0	83	0.77
226875--226918	23	1.9	23	90	0	70	11	13	15	59	1.62
227011--227059	23	2.1	24	92	3	82	22	24	24	28	1.99
229199--229249	19	2.6	20	87	3	68	41	7	15	35	1.76
250098--250129	13	2.5	13	95	5	57	25	31	0	43	1.55
255416--255461	23	2.2	20	85	14	58	50	6	21	21	1.71
257770--257819	14	3.4	15	75	8	50	4	16	2	78	1.00
259658--259705	15	3.1	15	87	6	60	50	0	29	20	1.49
259832--259898	35	1.9	35	100	0	134	29	2	40	26	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
259868--259938	22	3.2	22	87	0	97	33	4	33	28	1.77
259832--259955	57	2.2	57	81	12	148	33	4	36	26	1.75
262768--262870	36	2.9	36	91	4	167	29	38	4	27	1.77
263341--263387	14	3.1	15	75	12	51	72	6	19	2	1.17
263520--263571	15	3.4	15	75	15	52	15	17	0	67	1.24
267191--267303	36	3.2	36	92	1	183	30	37	4	27	1.77
268407--268449	22	2.0	22	100	0	86	27	9	41	20	1.83

Tables:   1

The End!