genome.fa.s4353.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01004353.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00009539_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  199845

Tables:   1   

This is table  1  of  1  ( 109 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6491--6538	20	2.5	20	93	3	80	16	16	33	33	1.92
7137--7162	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
9122--9217	44	2.2	42	87	10	133	25	20	25	29	1.99
9161--9236	20	3.7	20	86	8	100	23	17	28	30	1.97
15866--15938	19	3.7	21	71	12	57	46	1	4	47	1.30
15933--15982	24	2.1	24	84	0	64	54	0	2	44	1.11
21573--21628	28	1.9	29	85	7	78	44	16	19	19	1.87
22846--22884	19	2.1	19	85	9	53	64	5	0	30	1.15
23479--23567	31	2.8	31	86	5	108	29	32	26	11	1.91
25081--25218	65	2.1	66	85	7	185	27	19	22	30	1.98
33511--33718	65	3.2	65	80	8	228	25	18	24	32	1.97
35754--35799	19	2.4	19	100	0	92	26	23	30	19	1.98
36160--36207	24	2.0	24	100	0	96	33	4	20	41	1.72
36395--36424	14	2.2	14	94	5	53	33	3	26	36	1.73
36576--36621	23	2.0	24	86	4	67	21	17	26	34	1.95
40707--40736	14	2.2	14	94	5	53	33	3	26	36	1.73
45699--45861	64	2.6	64	83	7	199	26	19	20	34	1.96
48982--49011	14	2.2	14	94	5	53	33	3	26	36	1.73
53966--54109	64	2.3	63	83	7	166	26	18	20	34	1.95
54006--54126	64	1.9	64	86	3	172	27	17	19	35	1.94
60161--60196	18	2.0	18	100	0	72	27	33	22	16	1.95
60161--60239	22	3.8	22	91	6	112	26	32	22	17	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60830--60951	64	1.9	64	86	3	174	26	18	19	36	1.94
65194--65277	42	2.0	42	88	0	123	29	22	13	34	1.92
68095--68132	20	1.9	20	100	0	76	36	10	28	23	1.88
72208--72261	18	2.6	22	72	22	62	24	33	31	11	1.90
72213--72251	18	2.2	18	100	0	78	20	38	28	12	1.89
74020--74071	14	3.4	14	73	19	50	42	15	19	23	1.89
75036--75074	16	2.5	16	87	4	62	30	0	7	61	1.24
76700--76755	19	2.9	19	83	0	76	46	7	0	46	1.30
76699--76764	19	3.5	19	77	8	71	43	7	1	46	1.41
80861--80942	22	3.6	22	76	14	60	37	3	20	37	1.71
81261--81302	2	21.0	2	85	9	59	45	0	4	50	1.23
81261--81305	14	3.1	15	87	9	67	44	0	6	48	1.29
83694--83740	21	2.2	21	80	0	58	21	25	17	36	1.94
83736--83862	20	6.3	20	93	1	218	37	19	20	22	1.95
84704--84757	24	2.2	24	90	0	81	20	16	20	42	1.89
87266--87319	20	2.8	20	82	2	65	38	22	20	18	1.93
87297--87419	33	3.7	33	92	0	183	47	17	21	13	1.81
87293--87418	66	1.9	66	91	0	207	46	18	21	13	1.83
87273--87384	19	6.4	19	70	20	91	45	19	21	13	1.84
87424--87513	19	5.0	18	82	16	107	12	15	23	48	1.78
87435--87497	33	1.9	33	93	6	110	11	14	25	49	1.76
87478--87521	19	2.3	19	80	0	52	15	18	18	47	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87620--87656	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
88868--88934	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
88868--88990	42	2.9	41	79	7	113	22	18	36	21	1.95
89387--89512	19	6.8	19	76	10	127	46	20	20	11	1.82
89411--89512	33	2.9	36	82	11	129	46	21	21	10	1.82
89518--89555	20	1.9	20	100	0	76	5	15	28	50	1.66
89519--89622	33	3.1	33	84	1	145	6	19	25	49	1.72
89584--89645	20	3.2	20	86	4	99	9	22	17	50	1.75
89524--89647	33	3.5	36	79	14	134	8	20	22	49	1.75
89738--90113	94	4.1	94	92	2	593	47	18	12	21	1.81
91800--91945	19	8.1	19	73	17	141	46	19	22	11	1.82
91867--91923	14	3.7	14	70	20	51	43	22	22	10	1.84
91808--91945	33	4.0	33	87	8	186	45	20	22	11	1.83
91984--92042	21	2.9	21	82	7	77	11	20	16	50	1.76
92594--92704	20	5.7	20	70	10	77	26	19	18	36	1.94
92596--92740	78	1.9	78	83	2	193	30	18	18	32	1.95
92694--92787	21	4.5	21	82	2	118	37	17	24	21	1.94
93475--93546	3	24.0	3	100	0	144	66	0	0	33	0.92
96378--96418	20	2.1	20	86	4	57	56	2	2	39	1.26
105164--105749	39	15.4	39	89	4	867	31	17	16	34	1.92
105353--105413	19	3.2	19	65	17	54	26	21	19	32	1.97
105164--105749	77	7.7	78	89	4	867	31	17	16	34	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
106438--106496	17	3.4	17	73	15	50	16	0	6	76	1.00
107917--108013	10	9.3	10	67	16	54	43	1	5	50	1.31
107943--108007	23	2.8	23	77	13	62	41	1	6	50	1.36
107977--108013	15	2.5	15	90	0	56	40	0	2	56	1.13
108006--108047	21	2.0	21	85	0	57	54	0	2	42	1.13
107953--108030	38	2.1	38	80	4	86	47	0	3	48	1.20
114713--114813	48	2.1	48	98	0	193	27	19	10	41	1.85
122270--122317	2	24.0	2	95	0	87	47	0	2	50	1.12
126119--126158	19	2.1	19	100	0	80	32	12	25	30	1.92
126391--126427	15	2.5	15	95	0	65	5	67	18	8	1.36
140591--140703	35	3.2	35	83	2	136	38	16	23	22	1.93
140567--140703	71	1.9	71	83	5	179	41	15	23	19	1.89
140567--140672	36	3.0	36	80	8	128	43	16	21	18	1.88
140607--140710	36	2.9	36	84	1	120	41	15	22	21	1.90
140869--141023	83	1.9	82	82	6	197	29	14	23	32	1.94
143033--143133	41	2.4	44	74	11	104	28	12	24	33	1.92
144289--144482	43	4.5	43	78	3	165	32	22	19	25	1.97
154771--154874	51	2.0	51	85	3	138	20	30	31	17	1.95
154978--155050	36	2.0	36	89	0	110	45	13	10	30	1.78
157998--158038	21	1.9	22	85	5	57	26	4	65	2	1.25
159548--159606	21	2.8	21	86	0	82	49	18	0	32	1.48
162177--162221	21	2.1	21	95	0	81	42	15	11	31	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
162185--162226	21	2.0	21	95	0	75	45	11	9	33	1.73
162725--162787	31	2.1	31	87	3	92	31	15	6	46	1.71
167674--167702	15	1.9	15	100	0	58	20	34	6	37	1.80
169715--169801	21	4.3	20	68	20	56	67	3	1	27	1.13
169719--169800	12	6.8	12	75	12	62	65	3	1	29	1.17
173206--173284	36	2.2	36	97	0	149	37	7	16	37	1.77
176789--176832	22	2.0	22	86	0	61	13	9	9	68	1.40
180252--180309	20	2.8	21	84	10	75	31	24	20	24	1.98
180327--180374	20	2.3	21	85	3	62	33	29	20	16	1.95
183422--183494	16	4.6	16	89	1	112	31	19	12	36	1.88
184728--184792	3	21.3	3	96	3	121	67	0	0	32	0.91
189921--189950	13	2.3	13	94	0	51	30	10	6	53	1.60
193233--193417	55	3.4	55	82	6	189	31	18	18	31	1.95
193276--193553	55	4.8	56	80	12	269	32	19	19	29	1.96
193408--193433	13	2.0	13	100	0	52	23	15	23	38	1.92
193357--193485	68	1.9	68	90	0	204	32	19	17	30	1.95
193300--193543	123	2.0	123	92	0	407	31	19	19	29	1.96
193984--194035	20	2.6	20	100	0	104	25	26	17	30	1.97
193886--194129	113	2.1	116	85	2	323	26	23	16	32	1.96
197729--197769	20	2.0	20	95	0	73	17	26	26	29	1.97
198207--198262	18	2.9	19	79	10	78	46	8	12	32	1.73

Tables:   1

The End!