genome.fa.s4392.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01004392.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00009636_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  122961

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3938--4059	35	3.4	36	82	6	149	31	4	18	45	1.70
3938--4056	36	3.3	36	79	12	120	31	5	17	45	1.70
6327--6358	15	2.1	15	94	0	55	9	68	15	6	1.36
8939--9266	111	3.0	111	93	2	567	36	7	10	45	1.68
10783--10841	27	2.2	27	93	0	100	22	37	15	25	1.93
11168--11211	21	2.1	21	86	0	61	31	13	36	18	1.90
11319--11396	26	3.2	25	68	27	67	23	6	5	65	1.36
15645--16341	198	3.5	198	84	6	833	31	13	14	40	1.85
15645--16341	195	3.5	196	83	6	802	31	13	14	40	1.85
19914--20677	200	3.8	199	89	2	1068	31	16	14	37	1.89
20914--20976	24	2.7	24	82	2	83	49	11	6	33	1.64
20922--20958	18	2.1	18	89	0	56	51	10	8	29	1.65
22246--22284	3	13.0	3	83	0	51	25	33	2	38	1.70
22246--22284	12	3.2	12	92	0	60	25	33	2	38	1.70
23774--24718	200	4.8	198	84	6	1170	31	15	14	37	1.88
24147--24718	186	3.0	184	83	7	684	32	14	14	37	1.87
23774--24718	386	2.4	386	84	6	1156	31	15	14	37	1.88
26444--26482	18	2.2	18	95	0	69	7	35	0	56	1.28
26674--26773	33	3.0	33	97	0	182	27	45	0	28	1.54
26806--26850	21	2.1	21	91	0	72	13	31	11	44	1.78
26932--26964	15	2.2	15	94	0	57	12	60	6	21	1.53
29253--29927	182	3.7	183	88	3	923	29	16	14	40	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34332--34475	75	1.9	75	95	0	261	27	21	20	30	1.98
38149--38222	24	3.1	24	100	0	148	51	4	32	12	1.58
39041--39085	23	2.0	23	86	0	63	48	11	22	17	1.78
40299--40350	26	2.0	27	85	11	72	26	11	3	57	1.51
40669--40757	37	2.4	39	78	14	105	38	4	11	46	1.60
40673--40939	36	7.3	35	70	16	134	41	5	9	43	1.60
40673--40756	38	2.3	36	84	10	107	39	4	10	45	1.60
40832--40903	38	1.9	36	83	5	90	44	4	8	43	1.53
40984--41067	36	2.4	37	82	7	95	34	0	2	63	1.08
41004--41066	17	3.8	16	73	23	58	31	0	1	66	1.01
41004--41065	25	2.4	26	89	7	92	32	0	1	66	1.02
41016--41069	11	4.5	11	80	15	63	31	0	0	68	0.90
40998--41077	36	2.2	36	84	6	101	32	0	3	63	1.12
41016--41084	4	17.0	4	75	19	63	30	1	1	66	1.09
41509--41555	17	2.7	17	86	3	58	55	25	17	2	1.53
46893--46955	26	2.4	26	94	0	108	19	14	22	44	1.86
52043--52105	26	2.4	26	94	0	108	19	14	22	44	1.86
55513--55575	27	2.3	27	86	5	83	39	23	15	20	1.91
65005--65040	7	5.1	7	89	0	54	44	0	0	55	0.99
65549--65577	12	2.3	13	94	5	51	58	0	0	41	0.98
66465--66506	20	2.1	20	95	0	75	61	11	11	14	1.56
71092--71116	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71566--71608	21	2.0	21	82	8	52	51	0	4	44	1.22
73403--73481	41	2.0	40	92	7	135	40	20	7	31	1.80
73634--73684	20	2.5	20	83	0	66	39	19	25	15	1.91
73673--73766	20	4.7	20	80	2	89	34	24	17	24	1.96
73670--73747	41	1.9	41	89	0	120	39	21	15	23	1.91
74276--74348	19	3.8	19	81	1	83	47	23	19	9	1.78
74344--74507	19	9.1	19	76	15	161	10	22	22	43	1.84
74344--74507	33	4.6	38	77	13	161	10	22	22	43	1.84
74456--74482	14	1.9	14	100	0	54	7	29	22	40	1.81
74470--74507	20	1.9	20	94	0	67	10	26	18	44	1.82
76422--76514	42	2.2	42	82	0	114	21	38	16	23	1.92
76511--76556	22	2.0	23	95	4	85	21	36	21	19	1.95
77911--77945	14	2.6	14	90	4	54	28	0	25	45	1.54
78073--78131	19	3.4	19	73	22	74	13	22	18	45	1.84
78054--78130	33	2.3	34	84	6	104	18	22	20	38	1.93
80397--80421	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
80596--80649	24	2.2	24	90	0	81	38	20	16	24	1.92
81708--81765	20	2.9	20	94	0	98	37	22	22	17	1.93
81784--81975	19	10.6	19	86	9	269	14	20	18	46	1.83
81822--81958	71	1.9	71	96	0	256	14	18	17	48	1.81
81784--81975	90	2.1	90	95	0	339	14	20	18	46	1.83
83945--84030	20	4.4	20	86	2	95	36	23	24	16	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84019--84076	14	3.9	14	79	16	71	48	25	17	8	1.75
84003--84093	32	2.8	33	94	3	166	47	23	18	10	1.80
83945--84098	20	8.6	19	76	16	87	40	23	22	13	1.89
84110--84167	14	3.9	14	75	16	62	8	17	24	50	1.74
84105--84183	32	2.4	33	91	2	133	10	18	22	48	1.78
84156--84222	19	3.5	19	83	4	89	14	23	23	37	1.93
84168--84222	20	2.8	19	89	5	83	16	25	23	34	1.95
84714--84758	18	2.5	18	85	0	63	11	15	46	26	1.79
86077--86114	20	1.9	20	88	0	58	50	21	15	13	1.78
86378--86421	22	2.0	22	90	0	70	20	15	43	20	1.88
86628--86705	41	1.9	41	89	0	120	23	15	23	38	1.92
86589--86702	20	5.7	20	77	10	90	25	16	24	33	1.96
86676--86783	41	2.6	41	89	2	128	20	21	18	39	1.92
86691--86766	21	3.7	21	73	3	82	17	23	17	42	1.89
86717--86783	20	3.3	20	79	4	89	17	22	17	41	1.90
97128--97209	42	2.0	42	87	0	119	25	10	18	45	1.82
97398--97443	17	2.5	19	79	13	60	41	0	2	56	1.11
98495--98520	12	2.2	12	100	0	52	50	0	7	42	1.31
100333--100381	19	2.3	22	86	13	68	38	6	28	26	1.80
100683--100709	6	4.5	6	100	0	54	0	14	51	33	1.43
100922--100966	21	2.1	21	87	0	63	35	13	24	26	1.92
109505--109659	52	3.0	51	76	6	168	52	15	7	23	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119547--119662	14	8.4	14	75	9	78	12	11	18	57	1.64
120005--120534	260	2.0	260	98	0	1033	36	12	17	34	1.87

Tables:   1

The End!