genome.fa.s4397.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01004397.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00009641_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93270

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3688--3750	29	2.2	29	81	15	71	46	1	1	50	1.20
3964--3993	14	2.1	15	93	6	53	43	0	6	50	1.28
14571--14644	38	1.9	38	88	0	112	27	9	18	44	1.81
15339--15376	19	2.1	18	85	14	51	57	0	2	39	1.12
17437--17497	31	2.0	31	93	0	104	54	14	9	21	1.69
17441--17516	31	2.5	31	84	4	91	55	14	6	23	1.63
18251--18282	15	2.1	15	94	0	55	34	15	18	31	1.93
18262--18302	20	2.0	20	100	0	82	29	19	19	31	1.96
18326--18426	29	3.5	29	82	6	107	20	31	31	15	1.94
18815--18850	18	2.0	18	100	0	72	16	0	44	38	1.48
19112--19145	15	2.2	16	94	5	61	38	0	5	55	1.24
21263--21488	60	3.8	60	95	1	400	46	11	0	41	1.41
21310--21583	49	5.2	51	72	16	209	45	12	0	41	1.41
21356--21439	10	8.4	10	71	23	52	44	15	0	40	1.47
21263--22071	119	7.1	117	74	18	658	45	11	1	41	1.49
21422--21586	49	3.3	49	97	0	303	45	12	0	42	1.41
21668--21715	14	3.6	14	81	16	66	47	16	0	35	1.47
21667--21715	25	2.0	25	95	0	89	46	16	0	36	1.47
21736--21762	10	2.7	10	100	0	54	40	18	0	40	1.51
21790--22332	11	44.6	11	66	23	136	44	10	1	43	1.46
21683--22071	118	3.3	118	93	0	670	46	11	0	41	1.43
21683--22071	60	6.6	60	93	2	651	46	11	0	41	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21854--21880	10	2.7	10	100	0	54	40	18	0	40	1.51
21683--22071	178	2.2	178	92	2	656	46	11	0	41	1.43
22028--22273	38	6.5	38	77	12	199	42	8	2	45	1.48
22030--22273	26	9.7	26	76	12	215	43	8	2	45	1.48
22060--22247	98	1.9	97	93	3	324	44	7	2	45	1.47
22068--22332	124	2.2	121	91	4	442	43	8	2	45	1.46
22295--22332	12	3.2	12	96	3	69	42	7	0	50	1.31
25215--25244	9	3.3	9	100	0	60	66	0	0	33	0.92
25491--25544	28	1.9	28	96	0	99	57	12	0	29	1.36
25487--25551	28	2.3	28	84	10	96	55	10	0	33	1.35
25521--25569	21	2.3	21	82	3	62	53	14	0	32	1.41
26609--26642	17	2.1	16	88	5	50	76	0	8	14	1.01
27117--27163	24	2.0	24	83	8	60	57	12	2	27	1.47
30448--30491	20	2.2	20	84	4	63	65	0	15	18	1.27
36839--36872	17	2.1	16	88	5	50	76	0	8	14	1.01
37344--37390	24	2.0	24	83	8	60	57	12	2	27	1.47
45696--45763	3	22.3	3	75	19	52	30	0	0	69	0.89
45695--45751	21	2.8	21	89	2	89	28	0	0	71	0.86
45718--45770	22	2.7	20	76	23	58	28	0	0	71	0.86
46462--46519	22	2.6	22	71	13	55	67	6	20	5	1.34
47444--47480	16	2.3	16	95	0	65	29	2	8	59	1.40
49406--49467	32	2.0	32	96	3	117	14	14	9	61	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51902--51979	26	3.2	25	67	22	76	24	23	10	42	1.85
51917--51991	20	3.5	20	70	20	62	26	25	10	37	1.89
53802--53855	4	14.0	4	88	7	85	50	24	0	25	1.50
54178--54208	13	2.3	14	94	5	55	80	0	0	19	0.71
54337--54575	105	2.3	102	83	7	288	30	19	12	37	1.89
54521--54640	36	3.4	36	79	6	113	30	20	12	35	1.90
54892--54985	29	3.3	28	91	7	145	30	11	14	42	1.82
55001--55470	67	7.0	67	97	1	879	31	11	11	45	1.76
55799--55940	68	2.1	67	79	8	155	35	15	9	39	1.79
55780--55940	66	2.4	66	76	9	157	33	14	9	42	1.78
56325--56401	28	2.6	28	82	13	93	25	12	11	49	1.75
56340--56421	28	2.9	28	83	3	94	24	12	13	50	1.76
56450--56769	40	7.6	40	71	14	198	24	30	18	26	1.98
56450--56859	129	3.2	128	90	2	642	24	30	19	26	1.98
57054--57121	3	22.3	3	75	19	61	32	0	0	67	0.91
57053--57109	21	2.8	21	94	2	98	29	0	0	70	0.88
57053--57121	14	5.1	13	73	22	61	31	0	0	68	0.90
57057--57125	17	4.1	16	75	18	61	31	0	0	68	0.90
57074--57128	17	3.2	16	80	12	65	30	0	0	69	0.89
57819--57876	22	2.6	22	71	13	55	67	6	20	5	1.34
58798--58834	16	2.3	16	95	0	65	29	2	8	59	1.40
61176--61224	23	2.1	23	92	0	80	38	8	20	32	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61411--61457	20	2.3	20	75	7	51	17	21	12	48	1.79
61412--62033	182	3.4	181	84	3	793	28	15	12	43	1.83
62647--62681	6	5.5	6	87	12	52	28	0	0	71	0.86
62645--62681	7	5.6	7	87	12	60	29	0	0	70	0.88
62645--62681	13	2.8	13	100	0	74	29	0	0	70	0.88
64729--64763	15	2.4	15	95	4	63	65	11	5	17	1.43
64848--64925	28	2.7	30	90	6	92	46	6	3	43	1.47
64860--64925	28	2.4	28	97	0	123	45	7	3	43	1.47
67054--67301	105	2.4	105	97	0	460	22	21	18	37	1.94
68283--68530	52	4.6	53	75	6	178	39	18	10	31	1.85
68600--68775	75	2.3	75	80	5	187	39	9	18	32	1.82
68750--68864	36	3.2	36	83	3	124	37	14	21	26	1.92
68992--69185	37	5.4	37	72	11	154	41	9	18	30	1.82
74382--74444	17	3.8	17	72	16	51	63	3	1	31	1.19
78484--78524	18	2.3	19	79	12	50	58	9	7	24	1.55
79416--79577	80	2.1	77	85	10	213	39	16	13	30	1.87
85135--85173	8	5.0	8	81	6	53	33	0	28	38	1.57
85241--85771	123	4.2	127	93	4	927	23	25	18	33	1.97
87358--87428	33	2.2	32	85	5	90	64	5	0	29	1.16
88588--88624	19	2.1	19	90	10	60	72	0	8	18	1.08
90694--90885	68	2.8	66	82	5	213	36	12	22	28	1.91
90841--90932	30	2.9	31	81	12	116	31	10	19	38	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90866--90954	34	2.6	36	91	7	148	29	10	17	42	1.82
90866--90952	35	2.5	35	92	5	142	28	9	18	43	1.80
90994--91106	35	3.1	36	85	8	167	38	11	19	30	1.87
91120--91178	30	2.0	30	86	6	84	32	10	16	40	1.82
91161--91343	35	5.4	35	68	18	102	38	12	19	30	1.88
91066--91408	98	3.5	98	86	7	459	37	11	18	31	1.87
91197--91557	162	2.2	163	91	4	575	36	11	19	31	1.88
91298--91473	65	2.8	65	88	6	263	35	11	21	31	1.89
91424--91509	36	2.4	36	88	3	120	40	13	19	25	1.89
91359--91603	101	2.4	103	87	4	361	35	13	20	31	1.90

Tables:   1

The End!