Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: VEPZ01000442.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00000807_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 38825
ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.17, T:0.33
Found at i:7751 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 7726--7773 Score: 87
Period size: 22 Copynumber: 2.2 Consensus size: 22
7716 GGCTTAAGGA
*
7726 AAGTTCAAGGATGTTTAAAACT
1 AAGTTCAAGGATGTTCAAAACT
7748 AAGTTCAAGGATGTTCAAAACT
1 AAGTTCAAGGATGTTCAAAACT
7770 AAGT
1 AAGT
7774 AATTAGTGAA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 1, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 25 1.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.19, T:0.29
Consensus pattern (22 bp):
AAGTTCAAGGATGTTCAAAACT
Found at i:8193 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 8169--8224 Score: 103
Period size: 21 Copynumber: 2.7 Consensus size: 21
8159 GGATGAACAA
8169 TATCGATATTGATGCAATTAG
1 TATCGATATTGATGCAATTAG
8190 TATCGATATTGATGCAATTAG
1 TATCGATATTGATGCAATTAG
*
8211 TATCGATACTGATG
1 TATCGATATTGATG
8225 TGGTTATCGA
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 1, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 34 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.11, G:0.20, T:0.38
Consensus pattern (21 bp):
TATCGATATTGATGCAATTAG
Found at i:9072 original size:54 final size:54
Alignment explanation
Indices: 8676--9059 Score: 484
Period size: 54 Copynumber: 7.1 Consensus size: 54
8666 CTATGTGTAC
* * * * *
8676 TATCGACACTAGGTATGCAGCCCACAAAATTCATCATATGTTGATGAACAATCG
1 TATCGGCACTAAGTGTGCAACCCACAAAATTCATCATATGTTGATGAACAACCG
* * **
8730 TATCGGCACTAAGTATGCAACCCACAAAATTCATTATATGTTGATGAACAACTA
1 TATCGGCACTAAGTGTGCAACCCACAAAATTCATCATATGTTGATGAACAACCG
* *
8784 TATCGGCACTAAGTGTGCAACCCACAGAATTCATCATAAGTT-ATTGAACAACCG
1 TATCGGCACTAAGTGTGCAACCCACAAAATTCATCATATGTTGA-TGAACAACCG
* * *
8838 TATCGGCACTAAGTGTGGAACCCACAGAATTCATCATATGTTGATGAACAACTG
1 TATCGGCACTAAGTGTGCAACCCACAAAATTCATCATATGTTGATGAACAACCG
* * * *
8892 TATCGACACTAAGTGTGCAACCCACATAATTTATCATATGTTGATGAACAACTG
1 TATCGGCACTAAGTGTGCAACCCACAAAATTCATCATATGTTGATGAACAACCG
* * * *
8946 TATCGACACTAAGTGTGCAACCCACAAAATTCATCATATATTGATGAACGATCG
1 TATCGGCACTAAGTGTGCAACCCACAAAATTCATCATATGTTGATGAACAACCG
* * * * * *
9000 TATTGGCACCAAGTGTGCAACCCA-AGAAATTCATAATGTGTTTATGAACGACCG
1 TATCGGCACTAAGTGTGCAACCCACA-AAATTCATCATATGTTGATGAACAACCG
9054 TATCGG
1 TATCGG
9060 TATTACGTGT
Statistics
Matches: 292, Mismatches: 35, Indels: 6
0.88 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
53 2 0.01
54 289 0.99
55 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.21, G:0.17, T:0.27
Consensus pattern (54 bp):
TATCGGCACTAAGTGTGCAACCCACAAAATTCATCATATGTTGATGAACAACCG
Found at i:14655 original size:54 final size:54
Alignment explanation
Indices: 14588--14923 Score: 395
Period size: 54 Copynumber: 6.2 Consensus size: 54
14578 CATTATCGAT
* * * *
14588 ACTAAGTATGCAACCCACGAAATTCATTATATGTTGATGAACAACCGTATTGGC
1 ACTAAGTGTGCAACCCACAAAATTCATCATATGTTGATGAACAACCGTATCGGC
* * *
14642 ACTAAGTGTGCAACCCACAGAATTCATCACAAGTTGATGAACAACCGTATCGGC
1 ACTAAGTGTGCAACCCACAAAATTCATCATATGTTGATGAACAACCGTATCGGC
* *
14696 ACTAAGTGTGGAACCCACAAAATTCATCATATGTTGATGAATAACCGTATCGGC
1 ACTAAGTGTGCAACCCACAAAATTCATCATATGTTGATGAACAACCGTATCGGC
* * *
14750 ACTAAGTGTGCAACCCA-AAGAATTTATTATATGTTGATGAACAACCGTATCGAC
1 ACTAAGTGTGCAACCCACAA-AATTCATCATATGTTGATGAACAACCGTATCGGC
* * * * * ** *
14804 ACTAAGTTTACAACACACAAAATTCATCATATGCTGATGAACGACCAAATTGGC
1 ACTAAGTGTGCAACCCACAAAATTCATCATATGTTGATGAACAACCGTATCGGC
* * * * * * *
14858 ACCAAGTGTGCAACCCACGAAATTCATAATGTGTTTATGAACGACCTTATCGGC
1 ACTAAGTGTGCAACCCACAAAATTCATCATATGTTGATGAACAACCGTATCGGC
* *
14912 ATTACGTGTGCA
1 ACTAAGTGTGCA
14924 TTTCAAAGAA
Statistics
Matches: 237, Mismatches: 43, Indels: 4
0.83 0.15 0.01
Matches are distributed among these distances:
53 2 0.01
54 233 0.98
55 2 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.22, G:0.17, T:0.26
Consensus pattern (54 bp):
ACTAAGTGTGCAACCCACAAAATTCATCATATGTTGATGAACAACCGTATCGGC
Found at i:15881 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 15828--15884 Score: 78
Period size: 22 Copynumber: 2.6 Consensus size: 22
15818 CGATCCAAAG
* * * *
15828 AAAACTCACAGACAGTAGCAGC
1 AAAACTCACCGAGAGCAGCAAC
15850 AAAACTCACCGAGAGCAGCAAC
1 AAAACTCACCGAGAGCAGCAAC
15872 AAAACTCACCGAG
1 AAAACTCACCGAG
15885 GATAAAGGTT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 4, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 31 1.00
ACGTcount: A:0.46, C:0.30, G:0.18, T:0.07
Consensus pattern (22 bp):
AAAACTCACCGAGAGCAGCAAC
Found at i:16385 original size:4 final size:4
Alignment explanation
Indices: 16378--16941 Score: 1107
Period size: 4 Copynumber: 141.8 Consensus size: 4
16368 TATATATATA
16378 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
16426 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
16474 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
16522 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
16570 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-- TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
16616 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-G TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
16663 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
16711 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
16759 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
16807 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
16855 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
16903 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TAT
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TAT
16942 TATACATTTT
Statistics
Matches: 557, Mismatches: 0, Indels: 6
0.99 0.00 0.01
Matches are distributed among these distances:
2 2 0.00
3 3 0.01
4 552 0.99
ACGTcount: A:0.25, C:0.00, G:0.25, T:0.50
Consensus pattern (4 bp):
TATG
Found at i:17863 original size:33 final size:27
Alignment explanation
Indices: 17802--17859 Score: 116
Period size: 27 Copynumber: 2.1 Consensus size: 27
17792 TTGAATATTC
17802 TTTATCTTTCTAAAAAGGCTTGGTAAT
1 TTTATCTTTCTAAAAAGGCTTGGTAAT
17829 TTTATCTTTCTAAAAAGGCTTGGTAAT
1 TTTATCTTTCTAAAAAGGCTTGGTAAT
17856 TTTA
1 TTTA
17860 ATTTAATCTA
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
27 31 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.10, G:0.14, T:0.47
Consensus pattern (27 bp):
TTTATCTTTCTAAAAAGGCTTGGTAAT
Found at i:18109 original size:22 final size:24
Alignment explanation
Indices: 18077--18120 Score: 65
Period size: 23 Copynumber: 1.9 Consensus size: 24
18067 ACATACCTCA
*
18077 AATTTGTTATTT-TAATTAAAAGT
1 AATTTGTTATTTCTAATGAAAAGT
18100 AATTT-TTATTTCTAATGAAAA
1 AATTTGTTATTTCTAATGAAAA
18121 AACATTTTTG
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.09
Matches are distributed among these distances:
22 6 0.32
23 13 0.68
ACGTcount: A:0.41, C:0.02, G:0.07, T:0.50
Consensus pattern (24 bp):
AATTTGTTATTTCTAATGAAAAGT
Found at i:19773 original size:94 final size:94
Alignment explanation
Indices: 19646--19849 Score: 248
Period size: 94 Copynumber: 2.2 Consensus size: 94
19636 TTTCTGGCTC
* * * * * * *
19646 CCTAGTATCGATACTACTACCCTGGTACCGATACTTCTATACTATGGTACCGATA-TCCCTTCCG
1 CCTAGTATCGATAC-CCTACCATGGTACCGATACTACCATACTATGGTACCGATACCCCCTTACA
*
19710 GTATCGATACCAATTTTAGGTTCGATGTTG
65 GTATCGATACCAATTTTAGATTCGATGTTG
* * *
19740 CCTAGTATCGATACCCTTACCATGGTATCGATACTACCATACTATGTTACCGATACCCCCTTATA
1 CCTAGTATCGATACCC-TACCATGGTACCGATACTACCATACTATGGTACCGATACCCCCTTACA
* *
19805 GTATTGATACCCATTTTAGATTCGATGTTG
65 GTATCGATACCAATTTTAGATTCGATGTTG
* *
19835 CTTGGTATCGATACC
1 CCTAGTATCGATACC
19850 TATCGATACC
Statistics
Matches: 93, Mismatches: 15, Indels: 3
0.84 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
93 1 0.01
94 47 0.51
95 45 0.48
ACGTcount: A:0.25, C:0.25, G:0.16, T:0.34
Consensus pattern (94 bp):
CCTAGTATCGATACCCTACCATGGTACCGATACTACCATACTATGGTACCGATACCCCCTTACAG
TATCGATACCAATTTTAGATTCGATGTTG
Found at i:31858 original size:43 final size:41
Alignment explanation
Indices: 31790--31909 Score: 127
Period size: 41 Copynumber: 2.9 Consensus size: 41
31780 ACTTAGTAAG
*
31790 TCCTTTGGGCCATCAGTAAGACTTTCGAGCATGATGATTAAAA
1 TCCTTTGGGCCATCAGTAAGACTTTCGAGCAAGATGA-T-AAA
* * *
31833 TCCTTTGGGTCATCCA-TAAGTCTTTCGAGCAAGATGATAAG
1 TCCTTTGGGCCAT-CAGTAAGACTTTCGAGCAAGATGATAAA
* * *
31874 TCCTTTGGGCCAT-ATATAAGACCTTCGGGCAAGATG
1 TCCTTTGGGCCATCA-GTAAGACTTTCGAGCAAGATG
31910 TTTCCACGTG
Statistics
Matches: 66, Mismatches: 8, Indels: 8
0.80 0.10 0.10
Matches are distributed among these distances:
39 1 0.02
41 31 0.47
42 1 0.02
43 31 0.47
44 2 0.03
ACGTcount: A:0.28, C:0.20, G:0.23, T:0.30
Consensus pattern (41 bp):
TCCTTTGGGCCATCAGTAAGACTTTCGAGCAAGATGATAAA
Found at i:31893 original size:41 final size:41
Alignment explanation
Indices: 31786--31909 Score: 133
Period size: 43 Copynumber: 3.0 Consensus size: 41
31776 TCTTACTTAG
* *
31786 TAAGTCCTTTGGGCCATCAGTAAGACTTTCGAGCATGATGAT
1 TAAGTCCTTTGGGCCAT-AATAAGACTTTCGAGCAAGATGAT
* * * *
31828 TAAAATCCTTTGGGTCATCCATAAGTCTTTCGAGCAAGATGA-
1 T-AAGTCCTTTGGGCCAT-AATAAGACTTTCGAGCAAGATGAT
* *
31870 TAAGTCCTTTGGGCCATATATAAGACCTTCGGGCAAGATG
1 TAAGTCCTTTGGGCCATA-ATAAGACTTTCGAGCAAGATG
31910 TTTCCACGTG
Statistics
Matches: 68, Mismatches: 12, Indels: 5
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
41 32 0.47
42 2 0.03
43 34 0.50
ACGTcount: A:0.28, C:0.19, G:0.23, T:0.30
Consensus pattern (41 bp):
TAAGTCCTTTGGGCCATAATAAGACTTTCGAGCAAGATGAT
Found at i:32358 original size:227 final size:227
Alignment explanation
Indices: 32023--32650 Score: 808
Period size: 227 Copynumber: 2.8 Consensus size: 227
32013 TCGAAGATGA
* * * *
32023 TAAGTCATTC-GAGCCATCATTAAGTCTTTCAAGCATGATGATTAAATCCTTCGGGTCATAC-GT
1 TAAGTCCTTCGGA-CCATCAGTAAGTCTTTCGAGCATGATGATTAAATCCTTCGGGTCAT-CTGC
* * *
32086 AAGTCTTTCAAGCAATATGATAAGTCATTCGAGCCATCAATAAGACCTTCGGGCAGGATGTTTTC
64 AAGTCTTTCAAGCAAGATGATAAGTCATTCGGGCCATCTATAAGACCTTCGGGCAGGATGTTTTC
* *
32151 ATATGAATTTGAAAAATGAGAAAGC-AATTTCAAAGTTTCTCATTTAATGTTTTAAGAAAATGAA
129 ATATGAATTTAAAAAATGAGAAAGCGATTTTCAAAGTTTCTCATTTAATG-TTTAAGAAAATGAA
* *
32215 AAGTAAGAAAGCGATTTCCCAAGTTTCTGACTTAG
193 AAGTAAGAAAGCGATTTCCAAAGTTTCTGACATAG
* * * *
32250 TAAGTCCTTCGGACCATTAGTAAGCCTTTCGAGCATGATGATTGAATCTTTCGGGTCATCTGCAA
1 TAAGTCCTTCGGACCATCAGTAAGTCTTTCGAGCATGATGATTAAATCCTTCGGGTCATCTGCAA
* * * *
32315 GTCTTTCAAGCAAGATGATAAGTCCTTTGGGCCATCTATAAGACCTTCAGGCAGGATGTTTTCAC
66 GTCTTTCAAGCAAGATGATAAGTCATTCGGGCCATCTATAAGACCTTCGGGCAGGATGTTTTCAT
* * * * *
32380 AAGAATTTCAAAAATGAGAAAGCGATTTTAAAAGTTTCTCATTTAATGTTTCAGAAAATGAAAAT
131 ATGAATTTAAAAAATGAGAAAGCGATTTTCAAAGTTTCTCATTTAATGTTTAAGAAAATGAAAAG
* * *
32445 TAAGAAAGCGTTTTCCAAATTTTCTTACATAG
196 TAAGAAAGCGATTTCCAAAGTTTCTGACATAG
* *
32477 TAAGTCCTTCGGGCCATCAGTAAGTCTTTCGAGCATGATGATTAAATCCTTCTGGTCATCTGTC-
1 TAAGTCCTTCGGACCATCAGTAAGTCTTTCGAGCATGATGATTAAATCCTTCGGGTCATCTG-CA
* * *
32541 AG----TCGAGCAAGATGATAAGACATTCGGGCCATCTATAAGACC-TCGGGCAAGATGCTTTT-
65 AGTCTTTCAAGCAAGATGATAAGTCATTCGGGCCATCTATAAGACCTTCGGGCAGGATG-TTTTC
* *
32600 ATATGGTATTGTAAGAAAATGATAAAGCGATTTTCAAAGTTTCTCATTTAA
129 ATAT-GAATT-TAA-AAAATGAGAAAGCGATTTTCAAAGTTTCTCATTTAA
32651 AATAAAAAAA
Statistics
Matches: 349, Mismatches: 44, Indels: 18
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
222 12 0.03
223 44 0.13
224 2 0.01
225 34 0.10
226 1 0.00
227 231 0.66
228 25 0.07
ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.19, T:0.32
Consensus pattern (227 bp):
TAAGTCCTTCGGACCATCAGTAAGTCTTTCGAGCATGATGATTAAATCCTTCGGGTCATCTGCAA
GTCTTTCAAGCAAGATGATAAGTCATTCGGGCCATCTATAAGACCTTCGGGCAGGATGTTTTCAT
ATGAATTTAAAAAATGAGAAAGCGATTTTCAAAGTTTCTCATTTAATGTTTAAGAAAATGAAAAG
TAAGAAAGCGATTTCCAAAGTTTCTGACATAG
Done.