genome.fa.s4464.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01004464.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00009840_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  466920

Tables:   1   2   

This is table  2  of  2  ( 228 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
205878--206119	95	2.7	94	81	11	260	33	17	18	30	1.94
207279--208191	162	5.5	162	79	5	866	30	25	19	24	1.98
207288--208149	84	10.5	82	79	6	812	30	25	19	24	1.98
207288--208149	249	3.5	250	83	3	1066	30	25	19	24	1.98
208726--208836	37	3.0	36	88	6	161	39	15	14	30	1.87
209309--209353	24	1.9	23	82	13	56	22	13	0	64	1.28
209358--209391	18	1.9	17	88	5	50	35	2	2	58	1.28
209519--209550	3	10.7	3	93	0	55	31	0	3	65	1.08
209518--209564	9	4.6	10	78	21	53	27	2	2	68	1.13
210458--210546	29	3.3	29	65	28	88	25	2	21	50	1.60
210457--210567	50	2.2	50	98	0	213	27	3	19	49	1.65
213615--213712	48	2.0	48	96	0	178	35	12	28	23	1.91
214912--214992	35	2.3	36	80	2	92	33	22	18	25	1.97
223868--224051	91	2.0	91	88	0	269	38	14	8	38	1.77
224358--224482	65	1.9	65	91	3	207	25	21	12	40	1.88
227583--227611	12	2.3	13	94	5	51	68	0	0	31	0.89
227683--227721	20	1.9	21	89	5	62	74	0	7	17	1.05
229176--229295	35	3.3	36	88	6	172	32	5	19	43	1.72
233801--233861	21	3.2	21	65	29	64	31	4	21	42	1.74
233793--233912	35	3.3	36	89	6	181	31	5	20	43	1.73
234745--234880	72	1.9	72	92	0	227	29	25	24	21	1.99
236763--236842	35	2.3	35	95	0	142	42	22	0	35	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
237632--237725	36	2.7	35	83	3	109	30	2	23	43	1.65
245290--245334	18	2.5	17	79	10	54	2	20	4	73	1.11
245321--245387	29	2.5	26	76	11	64	13	14	2	68	1.32
245323--245389	30	2.2	30	89	5	100	13	14	2	68	1.32
250188--250224	18	2.0	19	94	5	67	35	5	10	48	1.61
255178--255225	21	2.2	23	85	7	64	35	0	4	60	1.16
260384--260418	7	4.9	7	96	3	61	17	0	0	82	0.66
275141--275553	212	1.9	212	97	2	776	36	15	12	35	1.85
277448--277679	11	21.6	11	65	24	56	54	5	2	37	1.35
277455--277680	7	32.7	7	69	20	129	53	5	2	38	1.36
277456--277686	2	119.5	2	66	25	90	53	5	2	38	1.37
277448--277502	17	3.4	16	80	14	60	63	0	1	34	1.05
277458--277689	5	47.6	5	67	21	70	53	5	2	38	1.37
277457--277672	66	3.4	65	78	12	205	53	5	2	38	1.37
277458--277685	55	4.4	49	76	16	155	53	5	2	38	1.37
277455--277692	31	7.6	30	72	20	127	54	5	2	37	1.36
282865--282896	16	1.9	17	93	6	57	65	9	6	18	1.42
285595--285910	168	1.9	168	87	0	470	29	18	15	36	1.92
287249--287447	74	2.6	77	85	7	264	21	24	31	23	1.98
287762--287837	38	2.0	38	100	0	152	34	21	2	42	1.67
288098--288139	17	2.7	15	82	13	57	57	28	0	14	1.38
288102--288135	17	2.0	17	94	0	59	55	32	0	11	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
289742--289781	16	2.7	15	85	11	55	57	27	0	15	1.38
291728--291765	20	1.9	20	88	0	58	10	26	36	26	1.89
291748--291807	19	2.9	20	85	9	68	16	26	35	21	1.95
295605--295644	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
299681--299763	21	4.1	19	77	9	67	14	26	36	22	1.93
305534--305742	75	2.8	76	87	4	280	21	23	31	23	1.98
305970--306260	104	2.8	104	85	0	393	34	25	16	23	1.95
308679--308719	18	2.3	18	84	12	57	24	4	9	60	1.47
315838--315871	6	5.7	6	100	0	68	32	0	50	17	1.47
321885--321952	33	2.1	33	85	0	91	17	45	19	17	1.86
322360--322416	26	2.3	25	82	8	71	21	3	10	64	1.39
322370--322417	13	3.7	13	82	0	60	18	2	10	68	1.28
322368--322417	26	1.9	26	91	0	82	20	4	10	66	1.38
338125--338173	23	2.1	23	88	7	73	28	2	12	57	1.46
344989--345033	20	2.2	20	84	7	56	13	22	0	64	1.28
348264--348312	23	2.1	23	85	7	64	26	2	14	57	1.48
358463--358505	15	2.6	17	85	10	63	27	25	20	25	1.99
358534--358591	2	29.0	2	100	0	116	50	0	0	50	1.00
358764--358815	21	2.3	24	75	18	58	65	9	0	25	1.23
358838--358902	18	3.0	23	70	25	61	61	6	0	32	1.21
358857--358914	18	3.2	18	95	0	98	60	3	0	36	1.14
362191--362235	23	2.0	23	90	0	72	28	15	4	51	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
362789--362857	8	8.2	8	74	13	59	21	23	39	15	1.92
362808--362897	18	5.0	18	90	5	146	13	20	48	17	1.80
364839--364962	63	2.0	63	82	9	155	28	28	25	17	1.98
367576--367610	18	1.9	18	100	0	70	11	17	51	20	1.75
367515--367706	93	2.1	93	100	0	384	21	22	35	20	1.96
367666--367716	18	2.8	18	93	0	93	11	19	49	19	1.79
372649--372688	17	2.3	18	86	4	64	10	20	50	20	1.76
372656--372705	23	2.2	22	89	10	75	8	20	50	22	1.74
373092--373155	31	2.1	31	90	0	101	29	10	9	50	1.69
378216--378326	33	3.4	32	91	3	170	45	14	8	31	1.74
378313--378354	21	2.0	21	100	0	84	47	4	14	33	1.65
381936--382099	63	2.5	65	81	6	199	33	18	21	25	1.97
382431--383334	59	15.3	59	83	5	1073	35	10	21	32	1.87
383528--383759	44	5.2	44	91	2	367	42	6	21	30	1.78
383530--383766	87	2.7	87	91	2	393	42	6	21	29	1.78
388653--388737	25	3.4	26	79	12	88	27	22	21	29	1.99
396240--396644	209	1.9	209	100	0	810	34	17	10	37	1.84
397054--397096	15	2.6	17	82	10	54	27	27	18	25	1.98
397425--397465	18	2.3	18	86	0	64	63	2	0	34	1.08
403761--403815	26	2.1	26	89	0	83	50	20	1	27	1.58
403850--403900	26	2.0	26	96	0	93	50	15	3	29	1.62
403932--404013	40	2.1	39	84	6	103	42	1	1	54	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
405948--405976	14	2.1	14	100	0	58	37	0	6	55	1.27
406150--406193	21	2.0	23	86	8	65	47	0	4	47	1.22
412378--412404	8	3.4	8	100	0	54	25	33	25	14	1.95
412414--412571	63	2.5	63	84	2	201	30	20	16	32	1.95
420821--421044	63	3.5	62	80	10	222	29	24	17	28	1.98
429982--430068	35	2.5	34	78	12	88	55	10	5	28	1.57
432318--432356	18	2.2	18	86	4	53	64	2	2	30	1.21
435023--435048	3	8.7	3	100	0	52	0	0	34	65	0.93
435610--436427	416	2.0	402	88	4	1201	42	6	6	44	1.57
443820--443861	22	1.9	23	85	9	61	33	11	19	35	1.88
443914--443986	23	3.2	23	78	7	67	39	12	17	30	1.87
447444--447479	18	2.0	18	100	0	72	38	22	16	22	1.93
452564--452617	23	2.3	24	78	15	60	37	0	5	57	1.22
454244--454284	21	2.0	21	90	9	66	53	0	2	43	1.13
454291--454315	11	2.3	11	100	0	50	48	0	8	44	1.32
454638--454678	19	2.3	18	87	8	57	58	0	0	41	0.98
454599--454707	57	2.0	54	85	8	148	55	0	1	42	1.17
459069--459102	15	2.2	16	89	5	52	67	0	2	29	1.05
463145--463174	12	2.5	12	100	0	60	40	36	0	23	1.55
463289--463338	25	2.0	26	96	4	93	50	18	4	28	1.65

Tables:   1   2

The End!