genome.fa.s4467.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01004467.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00009846_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  130068

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
697--758	27	2.3	26	81	10	72	19	6	9	64	1.45
5963--6019	21	2.6	22	86	2	89	33	14	14	38	1.85
6758--6837	29	2.7	29	94	3	133	20	17	21	41	1.91
6818--6921	45	2.3	45	84	0	127	27	19	19	33	1.96
6863--7004	76	1.9	74	85	2	194	26	19	21	33	1.97
6939--7048	44	2.5	44	84	10	136	28	21	19	30	1.97
7065--7167	44	2.3	47	83	6	131	28	22	20	29	1.98
7177--7305	41	3.0	43	82	6	154	27	23	18	31	1.98
6790--7260	121	4.0	121	88	4	699	25	20	20	33	1.97
6789--7274	237	2.1	239	88	3	727	25	20	19	33	1.97
7057--7438	162	2.3	160	86	6	518	26	20	19	32	1.97
7349--7438	45	2.0	45	93	0	153	26	23	18	31	1.98
7221--8373	119	9.8	119	74	12	829	26	20	19	33	1.97
7468--7558	45	2.0	46	84	2	121	27	21	18	31	1.97
7575--7683	45	2.5	44	91	7	168	22	21	20	35	1.96
7468--7887	166	2.5	166	91	1	675	26	21	19	33	1.97
7603--7722	45	2.7	45	85	0	150	30	20	15	33	1.94
7740--8033	45	6.5	45	86	0	399	26	21	20	32	1.97
7664--7806	76	1.9	74	82	2	178	26	20	18	34	1.96
7740--8033	135	2.2	135	93	1	498	26	21	20	32	1.97
8041--8152	45	2.5	45	86	2	154	25	19	22	32	1.98
8275--8416	44	3.3	45	84	7	172	26	21	17	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8408--8478	32	2.2	32	85	2	90	30	15	16	36	1.90
8465--8632	45	3.8	45	85	3	223	24	21	19	35	1.96
8952--9003	3	18.3	3	80	11	65	38	0	1	59	1.08
8954--9003	8	6.0	8	88	6	73	38	0	2	60	1.09
10868--10905	16	2.3	17	86	9	60	34	2	0	63	1.09
15339--15698	83	4.4	83	80	6	349	35	15	17	31	1.92
15345--15654	163	1.9	164	82	6	385	33	16	18	31	1.93
15342--15778	163	2.7	164	75	10	378	34	16	17	32	1.92
15647--15803	80	2.0	81	89	1	244	32	16	18	32	1.93
30338--30377	16	2.6	15	84	7	53	30	0	0	70	0.88
31136--31196	29	2.0	30	84	6	79	37	4	6	50	1.50
38996--39044	19	2.5	21	77	12	59	36	0	0	63	0.95
39000--39049	18	2.6	19	81	6	57	38	2	0	60	1.09
46650--46751	40	2.5	40	83	0	123	37	7	14	40	1.75
47164--47196	16	2.1	16	100	0	66	57	24	12	6	1.57
47262--47336	10	7.7	10	69	21	61	57	21	12	9	1.62
47266--47330	16	4.1	16	95	0	121	56	23	12	7	1.61
48063--48137	24	3.1	25	88	3	93	56	21	10	12	1.66
48083--48138	14	4.3	14	80	17	66	53	25	12	8	1.67
48076--48137	24	2.6	24	92	0	97	54	24	11	9	1.65
49021--49052	7	4.7	7	96	3	57	21	0	31	46	1.52
49890--50050	83	1.9	83	84	9	213	38	14	10	36	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49973--50339	101	3.6	101	77	6	352	39	13	11	35	1.82
53503--53559	30	1.9	30	82	7	71	49	0	17	33	1.47
54280--54362	24	3.5	24	76	1	87	24	18	15	42	1.89
54341--54457	47	2.4	50	83	6	136	28	17	16	38	1.91
54683--54766	17	4.9	17	81	5	98	53	7	15	23	1.66
54792--54840	17	2.8	16	82	17	53	65	6	16	12	1.45
54792--54840	18	2.7	18	84	12	64	65	6	16	12	1.45
55169--55200	16	1.9	17	93	6	57	59	0	15	25	1.36
58211--58304	33	2.8	33	78	10	102	17	3	30	48	1.62
60030--60079	10	5.2	9	79	11	55	16	22	30	32	1.95
60041--60086	9	4.8	10	81	10	60	17	26	28	28	1.98
60043--60096	19	2.8	19	94	2	90	16	27	31	24	1.96
60090--60130	17	2.4	17	95	0	73	17	41	24	17	1.89
60120--60176	7	8.4	7	92	7	100	15	29	29	24	1.96
60120--60172	13	4.0	13	97	2	97	15	30	30	24	1.95
60120--60176	20	2.8	21	92	7	100	15	29	29	24	1.96
67338--67423	10	8.9	10	75	11	81	16	24	32	26	1.96
67338--67425	19	4.6	19	90	7	115	15	26	31	26	1.96
67419--67459	17	2.4	17	100	0	82	17	39	24	19	1.92
67453--67492	7	5.9	7	94	5	73	15	27	30	27	1.96
67453--67488	13	2.7	13	95	4	63	13	27	30	27	1.94
67455--67492	20	1.9	20	100	0	76	15	28	28	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74936--74999	21	3.0	21	81	4	65	23	35	25	15	1.94
74938--75019	21	3.8	21	74	17	62	23	37	24	14	1.92
76991--77104	54	2.1	54	100	0	228	21	1	26	50	1.58
89872--89896	12	2.1	12	100	0	50	32	16	24	28	1.96
94862--94903	19	2.2	19	100	0	84	35	26	16	21	1.94
97997--98051	24	2.4	22	79	11	56	34	29	7	29	1.84
101660--101695	18	2.0	18	100	0	72	11	33	44	11	1.75
101856--101963	3	35.0	3	87	5	153	62	0	0	37	1.02
102091--102803	76	9.4	76	97	0	1324	36	22	20	21	1.95
102088--102803	303	2.4	302	96	1	1328	36	22	20	21	1.96
103469--103520	22	2.4	22	96	0	95	38	15	9	36	1.80
105724--105925	83	2.4	83	93	1	334	36	20	13	29	1.91
114446--114481	18	2.0	18	100	0	72	11	33	44	11	1.75
114642--114752	3	36.0	3	87	5	159	62	0	0	36	1.02
115192--115261	27	2.6	25	75	16	70	72	1	5	20	1.12
115285--115327	18	2.4	18	96	0	77	72	0	4	23	1.04

Tables:   1

The End!