Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: VEPZ01004598.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00010274_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 11312
ACGTcount: A:0.25, C:0.00, G:0.26, T:0.49
Found at i:9 original size:4 final size:4
Alignment explanation
Indices: 1--11312 Score: 18827
Period size: 4 Copynumber: 2903.5 Consensus size: 4
*
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG T-GG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
48 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG T-TG TATG TATG TATG TCTG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
95 TA-G TATG TATG TATG TATG TATG TA-G TATG TATG TATG TATG TCTG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
141 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG -ATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
188 TCTG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG T-TG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
235 TAT- TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
282 TATG T-TG TATG TATG TA-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
328 TATG TATG TA-G TATG TATG T-TG TATG TATG TATG --TG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
372 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
420 TATG TATG TCTG TATG TATG TATG T-TG TATG TATG TATG TATTG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-TG TATG
468 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* *
516 TATG TATG TCTG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TCTG TA--
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
562 TATG TA-G TATG TATG TATG TATG TATG T-TG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
608 TATG TATG TATG TATG --TG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
654 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TAGTG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-TG TATG TATG TATG TATG TATG
* *
703 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-G TCTG TATG TATG TCTG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
750 TA-- TATG TATG T-TG TATG --TG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
793 TATG --TG TATG TATG TATG TATG TTATG TATG TATG TATG TATG TA-G
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG -TATG TATG TATG TATG TATG TATG
839 TATG TATG TATG TATG TATG TA-G TATG TATG TATG TATG TA-- TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * *
884 TATG TAGG TATG -ATG TCTG TATG GATG TATG TATG TTATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG -TATG TATG TATG
*
932 TATG TATG TCTG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
980 TATG TATG TATG TATG TATG --TG TATG TATG TATG TA-G TATG TA--
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1023 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG T-TG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1070 T-TG TATG -ATG TATG TATG TA-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1115 TATG TATG TATG TATG -ATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
1162 TATG TATG TATG -A-G TATG TATG TATG TA-G TATG TATG TATG TCTG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1207 TATG TATGG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TAT-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1256 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1304 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG T-TG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
1351 TATG TA-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG GATG TAGTG TATG TA-G
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-TG TATG TATG
1398 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG --TG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
1444 --TG TATG TATGG TATG TATG TATG TCTG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TAT-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
1491 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-G TATG TAGG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
1538 -ATG TATG TATGG TATG TATG TATG TATG TATG GATG TATG TATG --TG
1 TATG TATG TAT-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1584 TATG TATG TATG TATG TATG TA-G TATG TATG TATG TATG TATG T-TG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1630 TATG TATG TATG TATG -ATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1677 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1725 TATG -ATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATTG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-TG TATG
1773 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-G TATG --TG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
1818 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TAGG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1866 TATG --TG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG --TG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
1910 TATG TATG TATG TATG TATG -ATG TAATG TATG --TG TATG TCTG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG T-ATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
1956 TATG TAATG TATG TATG TATG TATG GATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG T-ATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2005 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATGG TATG TATG TATG TATG TA-G
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TAT-G TATG TATG TATG TATG TATG
2053 TATG TATG TAT- TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2100 --TG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2146 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG --TG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2192 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2240 TA-G TATG TATG TATG TATG TA-- TATG TATG TATG TA-G TATG TAT-
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2283 TA-G TATG TATG TATG TATG TA-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2329 -ATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-G -ATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2374 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2422 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2470 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-G
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2517 T-TG T-TG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
2563 TATG TATG TATG TATG TATG TCTG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2611 TATG TATG TATG TATG TATG -ATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2658 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-- TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
2704 GATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * *
2752 TATG --TG TATG TATG TATG T-TG TATG TATG TATG TGTA TGTG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
2797 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TAGG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
2845 TATG --TG TATG TAT- TA-G GATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2889 TATG TA-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2936 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2984 TATG TA-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TAT- TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
3030 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
3078 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG T-TG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
3125 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA--
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
3171 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TAT- TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
3218 TATG TATG -ATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
3265 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
3313 --TG TATG TATG TATG TATG TATG TA-G TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
3358 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
3406 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-- TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
3452 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATTG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-TG TATG TATG
3501 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
3549 --TG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
3595 TATG TATG TA-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATGG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TAT-G
3643 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
3691 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
3739 TATG TA-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATTG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-TG TATG
3787 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATGG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TAT-G
3836 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG --TG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
3882 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-G T-TG TATGG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TAT-G TATG
3929 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-G TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
3976 TATG --TG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-G
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* *
4021 GATG T-GG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
4068 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-G TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
4115 TATG TATG --TG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
4161 TATG TATG TATG TATG TATG TATG T-TG TATG TATG TATG TA-G TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
4207 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
4255 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
4303 TATG TA-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
4350 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG --TG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
4396 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
4444 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
4492 TATG TATGG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TAT-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
4541 TTATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 -TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
4590 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
4638 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
4686 TA-G TATG TATG TATG TATG TATG TA-- TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
4731 TATG TATG TATG TATG TATG TATGG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TAT-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG
4780 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
4828 TATG TATG TA-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
4875 TATG TATG TAATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG T-ATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
4924 TATG TATG TATG TCTG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
4972 TATG TATG TA-G TATTG TATG TATG TATG TATG TCTG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TA-TG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
5020 TATG -ATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG GATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
5067 TA-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
5114 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
5162 TATG T-TG TA-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG GATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
5208 TATG TATG TATG TATG TA-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
5255 TATG TATG TATG TAT- TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
5302 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
5350 TATG TATG TATG -ATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* *
5397 TAGG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TCTG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
5445 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-- TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
5491 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
5539 TATG TATG TATG TATG T-TG TATG TATG TATG TATG TATG TTATG T-TG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG -TATG TATG
5586 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
5634 TATG -ATG TATG TA-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
5680 TATG TATG TATG TCTG TATG -ATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
5727 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-G TATG TATG TATG TATG TAT-
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
5773 TATG TATG TATG TATG TATG TATG T-TG TATG TAGG TATG TA-- TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
5818 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
5866 TATG TATG TATG TA-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
5913 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATGG TATG TATG TATG TCTG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TAT-G TATG TATG TATG TATG
5962 TATG TATG --TG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
6008 TA-- TATG TCTG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
6054 TAT- TATG TA-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
6100 --TG TATG TATG --TG TATG TATG TATG --TG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
6142 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TCTATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG --TATG TATG
6192 TATG TATG TA-G TATG TATG TATG TATGG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TAT-G TATG TATG TATG TATG TATG
6240 TATG TATG TA-G TATG TATG TATG TATG TATTG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-TG TATG TATG TATG TATG
* *
6288 TATG TATG TATG TAT- TATG TATG TATG GATG TATG TAGG TATGG TA-G
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TAT-G TATG
6335 TATG TATG TATG TATG TATG TATG --TG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
6381 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATTG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-TG TATG TATG
*
6430 TATG TATG TATG TA-- TATG TCTG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
6476 TATG T-T- TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
6522 TATG TATG TATG TATG --TG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
6568 TATG TCTG TATG TATG TA-- TATG TA-G TATG TATG -ATG TA-G TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
6611 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG -ATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
6658 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
6706 TATG TATG TATG TCTG TATG TATG TATG TA-- TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
6752 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG -ATG TATG TATG -ATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
6798 TATG TATG TA-G TATG TATG TATG TATG -ATG TATT TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* *
6844 TATG TCTG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TAGG TA-G TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
6891 TATG TATG TATG T-TG TATG GATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-G
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
6937 TA-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG --TG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
6982 TATG TATG TATG TATG TA-- TATG TATG TATG TATG --TG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
7026 TATG TATG TATG TATG TATGG TATG TATG TATG TATG TATG --TG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TAT-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
7073 TCTG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
7121 TATG TATG TAGG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-G TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
7168 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
7216 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
7264 TATG TATG TATG TATG TAGG TATG TATG TATG TATG TATG -ATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
7311 TATG TATG TGTAG TATG TATG TATG TATAG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TAT-G TATG TATG TATG TAT-G TATG TATG TATG TATG TATG
7361 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
7409 TATG TATG TA-- TATG TATG TA-- TATG TATG TA-- TATG TATG --TG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
7449 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
7497 TATG TATG TATG TATG TA-- TATG TATG TATG TGATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG T-ATG TATG TATG TATG
7544 TATG TATG TATG TATG -ATG TATG TATG TATG TATG -ATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
7590 TGATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 T-ATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
7639 TA-G TATG TA-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
7685 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-G TATG TATG GATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
7732 TATG -ATG TATG CATG TATG TATG TATG TA-- TATG TATG TATG TA-G
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* *
7776 CATG TGTAG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-G TATG
1 TATG TAT-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
7824 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
7872 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-G TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
7919 TATG TATG --TG TATG TATG TA-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
7964 TATG TATG TATG TA-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG -ATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
8010 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TCTG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
8058 -ATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-G TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
8104 -ATG TATG CATG TATG TATG TA-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
8150 TATG TATG TATG TATG TAATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TCTG
1 TATG TATG TATG TATG T-ATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* *
8199 --TG TATT TATG TATG TATG TATG TAGTA TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-TG TATG TATG TATG TATG TATG
8246 TATG TATG TA-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
8293 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-G TATG TA-- TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* *
8338 TGTG TATG TATG TATG TAGG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
8386 TATG --TG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
8432 CATG TATG TATG TATTG TATG TATG TATG TATG TATG TA-- TATG TATG
1 TATG TATG TATG TA-TG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
8479 TATG TATG TA-- TATG TATG --TG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
8523 TATG TATG TATG TATG TATG -ATG TATG --TG TATG TA-- TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
8566 -ATG TA-G TATG TATG TATG TA-- TATG TATA TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* *
8610 TATG TATG TATG TA-- TATG CATG TATG TATG ATGTG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG -TATG TATG TATG TATG
* *
8657 TATG TATG TATG CATG TATG TATG TATG TATG TAT- TATG GATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
8704 TATG TATG TATG TATG TATG TA-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* *
8751 TGTA TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
8799 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG -ATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
8846 TATG TA-- TATG TATG TATG TGATG TATG -ATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG T-ATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
8892 TATG TAGG TATG TA-- TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
8938 TA-G TATG TATG TATG TATG ATGTG TATG TATG TATG TATG TATG --TG
1 TATG TATG TATG TATG TATG -TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
8984 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
9032 TATG TATG TATG TATG TA-- TATG TATG TATG -ATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
9077 T-TG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* *
9124 TA-G TATG TATG TATA TATG TATG TATG -ATG TATG TCTG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
9170 TATG TATG TATG TATG TA-- TATG TATG TATG TA-- TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
9214 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG -ATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
9261 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-G TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
9308 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG --TG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
9354 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
9402 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
9450 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TGATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG T-ATG TATG TATG TATG TATG
9499 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-G TATG -ATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
9545 TATG TA-- TATG TATG TATG TATG TATG TATG -ATG -ATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
9589 TATG TATG TATG TATG TATG TA-G TATG TATG TATG TATG -ATAG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TAT-G TATG
9636 TATG TATG TATG TA-- TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
9682 TATG TATA TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
9730 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATGG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TAT-G TATG
9779 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-G TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
9826 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TTATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG -TATG TATG TATG
9875 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
9923 -ATG TATG TATG TA-G TATG TATG TAT- TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
9968 TATG TATG TATG -ATG TATG --TG TATG TATG TATG TA-G TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
10012 TATG TATG -ATG TATA TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
10059 TATG TATG TATG T-TG TAGTA TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TA-TG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
10107 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG -ATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
10154 TATG TA-G TATG TATG TCTG TATG --TG TATG TATG TATG TATG T-TG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* *
10198 TATG TATG TATG TATG TATA TATG TATG TATG TATG TATA TGATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG T-ATG TATG
10247 TATG TATG TATG TATG TA-- TATG TATG TATG TATG TATG --TG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
10291 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG -ATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
10338 TA-G TATG TATG TATG TA-G TATG TATG TATG TAT- TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
10383 TA-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-G TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
10429 TATG TATG TATG TATG TATG TATG -ATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
10476 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
10524 TATG TATG TCTG TATG TA-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
10571 TATG TATG TATG TATG --TG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * *
10617 TATA TATG TATG TATG TATG TA-G TATG TCTG TA-- TATG TATG GA-G
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
10661 TATG TATG TATG TA-G TATG -ATG -ATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
10706 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
10754 TATG TATG TATG TATG TATG -ATG TATG TATG TATG TATG TATGG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TAT-G TATG
10802 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG --TG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
10848 TATG TATG TATG TATG TATG -ATG TATG TATG TATG TATG --TG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* *
10893 TATG TATT TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-- TATG TATG TATA
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
10939 TATG TATG TA-- TATG TATG TATG T-TG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
10984 TATG TATG TATG TATG TAT- TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
11031 T-TG TATG TATG TCTG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
11078 TATG TATG TATG TA-G TATG TATG -CTG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
11124 TATA TATG TATG TATG TATG TATG TATTG TATG TATG TATGG TATG -ATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-TG TATG TATG TAT-G TATG TATG
11173 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TTATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG -TATG TATG TATG TATG TATG TATG
11222 TATG TAT- TATG TATG TAT- TATG TATG TATG TATG --TG TATG TAGTG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-TG
11267 TATG TATG TA-G TATG TATG TATGG TATG TATG TATG TATG TATG TA
1 TATG TATG TATG TATG TATG TAT-G TATG TATG TATG TATG TATG TA
Statistics
Matches: 10724, Mismatches: 178, Indels: 812
0.92 0.02 0.07
Matches are distributed among these distances:
2 171 0.02
3 535 0.05
4 9817 0.92
5 197 0.02
6 4 0.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.00, G:0.26, T:0.49
Consensus pattern (4 bp):
TATG
Found at i:2761 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 2750--2797 Score: 51
Period size: 6 Copynumber: 7.2 Consensus size: 6
2740 TATGTATGTA
2750 TGTATG TGTATG TATGTATG TTGTATG TATGTATG TGTATG TGTATG T
1 TGTATG TGTATG --TGTATG -TGTATG --TGTATG TGTATG TGTATG T
2798 ATGTATGTAT
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 2, Indels: 6
0.82 0.04 0.13
Matches are distributed among these distances:
6 19 0.51
7 6 0.16
8 12 0.32
ACGTcount: A:0.19, C:0.00, G:0.29, T:0.52
Consensus pattern (6 bp):
TGTATG
Done.