genome.fa.s4599.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01004599.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00010275_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  185235

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1665--1709	23	2.0	23	90	0	72	57	13	13	15	1.65
23868--23917	25	2.0	25	96	0	91	46	4	14	36	1.63
26372--26443	20	3.7	20	79	7	67	20	18	25	36	1.95
26531--26568	20	1.9	20	94	0	67	31	18	15	34	1.92
30007--30248	41	5.8	41	78	8	236	30	15	17	36	1.91
30040--30201	87	1.9	87	85	0	225	28	15	18	37	1.91
30007--30241	128	1.8	128	83	3	312	28	15	18	37	1.92
33270--33378	43	2.5	43	95	0	191	25	22	18	33	1.97
33381--33534	43	3.7	43	71	8	129	26	23	17	32	1.97
33349--33544	83	2.3	85	85	6	256	26	23	18	31	1.97
36500--36538	20	2.0	20	94	0	69	66	0	25	7	1.18
39698--39744	25	1.9	24	82	4	58	27	4	25	42	1.73
43033--43075	21	2.0	22	90	4	70	60	16	16	6	1.56
43602--43649	23	2.0	25	84	12	64	60	4	8	27	1.44
57865--57897	16	2.1	16	94	0	57	36	21	6	36	1.78
62321--62354	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
74249--74309	22	2.9	20	87	7	77	29	19	24	26	1.99
76411--76473	30	2.1	30	94	2	110	58	1	4	34	1.29
87948--88017	32	2.2	32	84	0	86	35	1	34	28	1.66
89109--89221	41	2.7	42	94	4	194	16	17	18	46	1.84
89406--89485	30	2.6	32	79	18	89	46	1	0	52	1.08
89428--89582	29	5.4	28	68	18	86	50	0	1	47	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89425--89570	56	2.6	56	78	15	149	50	0	1	47	1.14
89573--89616	22	2.0	22	81	4	52	54	2	0	43	1.12
89932--89970	20	2.0	20	84	0	51	33	17	7	41	1.79
89944--89987	14	3.0	15	76	6	54	31	18	6	43	1.76
89968--90008	21	2.0	21	85	0	55	29	24	2	43	1.67
90468--90572	37	2.8	37	86	2	149	40	14	15	29	1.86
91114--91145	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
91277--91318	12	3.6	12	96	3	77	23	7	7	61	1.47
91277--91329	23	2.3	24	87	6	74	24	5	5	64	1.38
91539--91580	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
91935--91982	18	2.4	21	80	13	57	20	16	0	62	1.33
96283--96327	17	2.6	16	89	10	63	84	4	8	2	0.84
96283--96360	18	4.3	17	72	13	57	79	6	11	2	1.01
96299--96360	23	2.7	24	76	16	69	79	6	11	3	1.04
97218--97254	18	2.0	19	89	5	58	21	5	32	40	1.76
97630--99061	106	13.6	106	89	2	2039	34	24	17	23	1.96
99007--99110	54	2.0	49	90	9	163	39	23	15	22	1.91
99885--99989	37	2.8	37	83	0	138	39	14	14	32	1.86
100569--100647	15	4.9	15	75	20	63	26	6	0	67	1.15
100604--100653	25	2.0	25	92	7	84	28	0	0	72	0.86
100552--100653	15	7.2	14	69	20	54	26	5	0	67	1.13
100552--100705	58	2.6	58	78	14	140	23	7	0	68	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100667--100712	11	4.6	10	80	20	51	23	4	2	69	1.17
100667--100708	22	1.9	22	90	0	66	23	4	2	69	1.20
100667--100723	19	2.9	21	82	17	59	24	3	3	68	1.21
105890--105956	17	3.9	17	80	3	71	41	8	13	35	1.76
106072--106115	18	2.3	19	80	11	54	43	15	9	31	1.79
106619--106648	15	1.9	16	93	6	53	6	30	0	63	1.20
109118--109197	17	4.6	17	78	6	72	42	6	15	36	1.72
114570--114597	14	2.0	14	100	0	56	35	0	35	28	1.58
117792--117863	27	2.7	27	93	2	119	20	23	26	29	1.99
117920--117993	30	2.5	30	81	14	91	10	29	25	33	1.90
118437--118481	21	2.1	21	87	0	63	17	26	17	37	1.93
118483--118625	20	7.1	20	80	3	171	39	16	20	23	1.92
119487--119540	24	2.2	24	86	0	72	22	20	18	38	1.93
121917--122009	20	4.7	19	79	15	109	34	24	20	20	1.96
121917--122009	39	2.3	40	85	5	127	34	24	20	20	1.96
122014--122059	19	2.4	19	96	0	83	47	15	19	17	1.82
122096--122161	33	2.0	34	90	3	107	13	19	18	48	1.81
122287--122323	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
123677--123784	42	2.6	42	76	5	103	23	16	37	22	1.93
124276--124354	20	4.0	20	86	0	104	43	20	15	21	1.88
124395--124463	20	3.5	20	91	0	102	33	23	20	23	1.97
124508--124617	20	5.5	20	90	2	168	23	16	20	39	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124487--124617	60	2.3	56	87	7	176	21	17	20	40	1.91
124470--124617	40	3.9	40	81	11	168	21	18	20	39	1.92
126916--126977	18	3.0	22	69	26	62	19	16	37	27	1.93
127172--127265	20	4.7	20	76	2	107	21	20	20	38	1.94
128808--128860	25	2.1	25	100	0	106	50	11	0	37	1.38
135461--135498	17	2.2	17	86	9	51	63	2	2	31	1.22
136945--137051	22	4.8	23	87	7	150	28	24	18	28	1.98
136945--137068	45	2.9	44	86	8	177	29	24	18	28	1.98
137962--138007	24	1.9	24	82	8	58	10	28	15	45	1.79
138238--138279	22	2.0	21	86	13	59	14	11	2	71	1.24
139587--139631	11	4.1	11	82	5	56	71	4	11	13	1.29
139587--139628	22	1.9	22	90	9	68	69	4	11	14	1.34
145964--146008	11	4.1	11	82	5	56	71	4	11	13	1.29
145964--146005	22	1.9	22	90	9	68	69	4	11	14	1.34
149581--149622	14	2.9	15	80	13	52	47	2	2	47	1.28
150044--150074	15	2.1	14	94	5	53	32	16	16	35	1.91
152579--152654	32	2.4	32	80	4	91	47	5	2	44	1.39
152708--152746	15	2.7	14	80	7	51	46	2	2	48	1.29
154643--154704	23	2.7	23	97	0	115	32	20	16	30	1.95
157324--157381	18	3.1	18	85	11	80	27	12	13	46	1.79
157581--157647	22	3.0	21	80	8	80	31	23	17	26	1.97
161254--161296	11	3.8	11	75	6	50	39	18	13	27	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
161350--161393	21	2.1	21	100	0	88	20	52	0	27	1.47
162625--162707	7	11.7	7	83	7	80	21	0	25	53	1.47
162625--162707	29	2.9	28	77	10	96	21	0	25	53	1.47
174045--174361	163	2.0	162	89	1	483	42	13	17	26	1.87
174237--174283	20	2.4	19	82	10	67	55	10	14	19	1.68
176133--176197	21	3.1	21	90	0	94	43	10	29	16	1.82
176231--176290	32	1.9	32	89	3	95	30	0	46	23	1.52
176888--176999	6	18.7	6	82	0	98	38	8	33	20	1.82
176888--176999	12	9.3	12	89	0	143	38	8	33	20	1.82
178208--178964	183	4.2	183	94	1	1319	35	15	16	32	1.90
181348--181412	25	2.6	25	97	0	121	40	9	13	36	1.77
181747--181817	21	3.3	21	92	4	106	33	4	22	39	1.74
182174--182244	23	3.1	23	89	0	106	35	5	21	38	1.77
181496--182347	432	2.0	423	93	4	1455	42	7	11	38	1.71
182869--182896	14	2.0	14	100	0	56	35	42	7	14	1.73

Tables:   1

The End!