genome.fa.s4615.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01004615.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00010322_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  136040

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16580--16609	16	1.9	15	93	6	51	16	26	36	20	1.93
16830--16863	14	2.4	14	95	0	59	76	0	0	23	0.79
16903--16978	36	2.1	36	85	9	102	43	5	2	48	1.39
16942--17010	29	2.3	30	82	2	86	39	7	4	49	1.50
16885--17219	34	9.8	34	71	19	193	43	6	4	45	1.49
16910--17042	64	2.1	63	83	6	162	42	6	4	46	1.48
17070--17218	64	2.3	65	87	2	201	43	6	4	46	1.47
16909--17221	172	1.8	172	83	6	420	42	6	4	46	1.48
17290--17315	13	2.0	13	100	0	52	30	15	30	23	1.95
17876--18578	84	8.5	84	79	6	747	23	21	25	29	1.99
17831--18578	249	3.0	249	93	1	1227	24	20	25	29	1.99
17876--18578	165	4.2	164	82	7	716	23	21	25	29	1.99
21966--22010	19	2.4	18	92	3	72	71	8	8	11	1.32
24491--24520	16	1.9	15	93	6	51	13	26	40	20	1.89
24741--24774	14	2.4	14	95	0	59	76	0	0	23	0.79
24814--24889	36	2.2	36	86	9	104	43	5	2	48	1.39
24853--24921	29	2.3	30	82	2	86	39	7	4	49	1.50
24821--24953	64	2.1	63	84	6	171	42	6	4	46	1.50
24882--24960	34	2.2	37	84	8	110	44	6	5	44	1.51
24884--25039	78	2.0	79	82	10	196	42	5	4	47	1.47
25646--25696	20	2.5	20	93	0	84	21	19	11	47	1.81
25659--25703	20	2.2	20	88	0	63	24	26	8	40	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26501--26537	18	2.1	18	100	0	74	16	18	5	59	1.55
26542--26571	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
36846--36889	17	2.6	16	85	7	52	27	4	13	54	1.58
41121--41155	18	1.9	18	88	0	52	34	48	0	17	1.47
41474--41513	16	2.5	16	100	0	80	5	15	30	50	1.65
42474--42738	54	4.9	54	86	5	295	23	26	19	30	1.98
42492--42768	54	5.1	53	82	10	244	24	25	18	31	1.97
42476--42768	108	2.7	108	81	6	292	23	26	18	31	1.97
42477--42776	162	1.8	163	81	7	369	24	25	18	31	1.97
42725--43022	55	5.4	55	90	1	436	28	28	14	28	1.95
44009--44073	8	8.9	8	80	13	70	13	9	0	76	1.00
44011--44073	7	8.7	7	79	10	65	14	7	0	77	0.97
44013--44102	28	3.2	27	76	14	85	11	13	0	75	1.05
44013--44073	14	4.3	14	83	8	79	13	8	0	78	0.95
54871--55235	175	2.0	182	87	5	537	31	16	19	32	1.94
56919--56953	18	1.9	18	88	0	52	34	48	0	17	1.47
57271--57310	16	2.5	16	100	0	80	5	15	30	50	1.65
59942--59979	20	1.9	20	94	0	67	28	21	15	34	1.94
60472--60509	20	1.9	20	94	0	67	31	18	26	23	1.97
61024--61063	21	1.9	21	94	0	71	25	7	20	47	1.75
61530--61577	16	3.0	16	82	8	53	54	0	0	45	0.99
62946--63044	48	2.0	49	94	1	173	40	3	3	53	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62966--63041	15	4.9	15	72	13	64	42	1	1	55	1.16
63155--63185	12	2.6	12	100	0	62	74	9	0	16	1.07
64572--64627	19	3.0	18	77	15	60	21	28	17	32	1.96
66333--66375	14	3.1	14	86	0	59	16	6	16	60	1.56
66770--66870	31	3.2	31	75	12	98	22	25	24	26	2.00
66790--66868	31	2.5	32	83	4	106	22	26	24	26	2.00
74183--74209	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
78066--78100	13	2.7	13	86	0	52	20	48	17	14	1.81
78044--78120	18	4.6	18	73	15	83	19	49	18	12	1.79
78049--78126	31	2.5	31	93	0	129	19	47	17	15	1.83
78115--78148	14	2.4	15	90	9	54	11	38	29	20	1.88
79445--79480	18	2.0	18	88	0	54	52	0	16	30	1.44
80625--80707	23	3.6	23	82	8	96	24	16	20	38	1.93
80640--80714	24	3.2	24	88	1	116	25	17	21	36	1.95
82938--82967	13	2.3	13	100	0	60	16	46	23	13	1.82
82902--82967	31	2.1	31	91	0	105	19	46	19	13	1.83
82921--82961	18	2.3	18	100	0	82	17	51	21	9	1.74
82943--82988	13	3.3	15	88	8	62	15	39	26	19	1.91
82928--82989	18	3.2	20	84	15	69	14	41	25	17	1.88
84280--84315	18	2.0	18	88	0	54	52	0	16	30	1.44
85460--85542	23	3.6	23	82	8	96	24	16	20	38	1.93
85475--85549	24	3.2	24	88	1	116	25	17	21	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94655--94683	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
95051--95076	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
97969--98032	31	2.1	31	90	0	101	17	26	26	29	1.97
100215--100801	293	2.0	292	97	2	1117	34	16	17	30	1.93
101139--101250	55	2.0	55	100	0	224	21	19	25	33	1.97
108508--108607	50	2.0	50	96	0	182	40	19	5	36	1.73
109223--109274	27	1.9	27	100	0	104	32	26	15	25	1.95
113519--113808	124	2.3	123	81	7	313	34	18	15	32	1.92
113575--113896	124	2.6	123	80	4	335	32	16	15	34	1.91
116269--116302	18	1.9	18	88	5	52	61	2	5	29	1.34
121119--121166	22	2.2	22	82	14	55	33	4	6	56	1.44
121116--121177	30	2.1	29	87	3	88	35	4	6	53	1.48
121246--121290	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
121272--122226	499	1.9	500	98	0	1840	39	7	9	43	1.67
122377--122469	40	2.3	40	81	3	98	36	19	17	26	1.94
122399--122483	20	4.2	20	90	0	125	37	18	18	24	1.94
122477--122519	20	2.2	20	100	0	86	41	25	11	20	1.86
123025--123067	20	2.2	20	95	0	77	48	16	18	16	1.81
123033--123075	20	2.2	20	95	0	77	48	18	20	11	1.79
123072--123134	20	3.2	20	84	2	83	12	14	22	50	1.76
124881--124936	21	2.6	22	75	8	62	21	10	35	32	1.88
125249--125343	21	4.6	21	84	5	122	22	38	18	20	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125299--125336	19	2.0	19	100	0	76	21	47	21	10	1.80
125252--125343	40	2.2	42	84	3	116	21	39	19	19	1.93
126215--126257	21	2.0	21	100	0	86	53	4	13	27	1.60
126851--126889	20	2.0	20	94	0	69	43	20	17	17	1.88
126903--126946	20	2.2	20	91	0	70	31	18	22	27	1.97
126879--126975	49	2.0	49	87	4	142	30	18	22	27	1.97
129477--129530	24	2.2	24	90	0	81	42	20	16	20	1.89
130450--130527	40	2.0	40	82	5	95	37	12	20	29	1.90
130545--130604	20	3.0	20	95	2	102	41	15	23	20	1.89
131391--131426	15	2.4	15	90	0	54	55	0	2	41	1.14
131719--131743	9	2.8	9	100	0	50	40	0	0	60	0.97
133145--133196	22	2.3	22	86	3	68	38	1	1	57	1.21

Tables:   1

The End!