Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: VEPZ01004621.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00010342_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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2081 TTAATTTATT
*
2091 AAAATATTTAAAATTACAATA
1 AAAATATTTAAAATTAAAATA
*
2112 AAAAT-TTTATAATTAAACATA
1 AAAATATTTAAAATTAAA-ATA
2133 AA
1 AA
2135 CTGAACATAT
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21 10 0.50
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AAAATATTTAAAATTAAAATA
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2363 GAAAAACAAT
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1 ATAAAAA
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1 ATAAAAA
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1 ATAAAAA
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1 ATAAAAA
*
2401 ATAAGAA
1 ATAAAAA
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1 ATA
2411 TTAACGATCA
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ATAAAAA
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12101 TGAATTATCC
12111 AAAAAAAAAAG
1 AAAAAAAAAAG
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1 AAAAAAAAAAG
12133 AAA
1 AAA
12136 TGAAACCCTT
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AAAAAAAAAAG
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12159 TTAACAAAAC
*
12169 CCAAATTCATACTTAAA
1 CCAAATTCATAATTAAA
*
12186 CCACATTCATAATTAAA
1 CCAAATTCATAATTAAA
12203 TAAATTCTTT
Statistics
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CCAAATTCATAATTAAA
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19299 TTAGCATATG
19309 AATCTTTATGTAAACATGCTTAAACATTGAATTAATCATCATACATAATTATATATCTTGCATGT
1 AATCTTTATGTAAACATGCTTAAACATTGAATTAATCATCATACATAATTATATATCTTGCATGT
19374 TCATTCCATGCACATTTAATCATACATCATCAATTTTCGCTATTTATTAAAATGGGGTAATAGTC
66 TCATTCCATGCACATTTAATCATACATCATCAATTTTCGCTATTTATTAAAATGGGGTAATAGTC
19439 CCATTAAGGACCCTAACTTTGCATGTTCCCAATAATTTCTTTTTCTTTCTAATTACACCTCTATT
131 CCATTAAGGACCCTAACTTTGCATGTTCCCAATAATTTCTTTTTCTTTCTAATTACACCTCTATT
19504 AATCTTTATGTAAACATGCTTAAACATTGAATTAATCATCATAACATAATTATATATCTTGCATG
1 AATCTTTATGTAAACATGCTTAAACATTGAATTAATCATCAT-ACATAATTATATATCTTGCATG
19569 TTCATTTCCATGCACATTTAATCATACATCATCAATTTTCGCTATTTATTAAAATGGGGTAATAG
65 TTCA-TTCCATGCACATTTAATCATACATCATCAATTTTCGCTATTTATTAAAATGGGGTAATAG
19634 T-CCATTAAGGACCCTAACTTTGCATGTTCCCAATAATTTCTTTTTCTTTCTAATTACACCTCTA
129 TCCCATTAAGGACCCTAACTTTGCATGTTCCCAATAATTTCTTTTTCTTTCTAATTACACCTCTA
19698 TT
194 TT
19700 TTTCATTTTG
Statistics
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AATCTTTATGTAAACATGCTTAAACATTGAATTAATCATCATACATAATTATATATCTTGCATGT
TCATTCCATGCACATTTAATCATACATCATCAATTTTCGCTATTTATTAAAATGGGGTAATAGTC
CCATTAAGGACCCTAACTTTGCATGTTCCCAATAATTTCTTTTTCTTTCTAATTACACCTCTATT
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Period size: 40 Copynumber: 4.5 Consensus size: 41
21460 CTCCACACAC
21470 ATATATATATATATATATTCTAAAAAT-ATTTT-TAAAACT
1 ATATATATATATATATATTCTAAAAATAATTTTCTAAAACT
* * *
21509 ATATAATATATATATATATTCAAAAAATTAATTTTTTAAAA-A
1 ATAT-ATATATATATATATTCTAAAAA-TAATTTTCTAAAACT
* * * *
21551 AGTATATAT-TATATGTTTTC-AAAATTCATTTTCTAAAAACT
1 A-TATATATATATATATATTCTAAAAATAATTTTCT-AAAACT
* *
21592 ATATAT-TATATGT-T-TT-TAAAAA-ATATTTTCAAAAACT
1 ATATATATATATATATATTCTAAAAATA-ATTTTCTAAAACT
21629 ATAT-TA-ATATATATATT
1 ATATATATATATATATATT
21646 AAATAAGTCT
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ATATATATATATATATATTCTAAAAATAATTTTCTAAAACT
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35168 GATTTTCTAA
*
35178 AAAAAATAAAGATATTT
1 AAAAAATAAAAATATTT
*
35195 AAAATATAAAAATATTT
1 AAAAAATAAAAATATTT
*
35212 TAAAAATA
1 AAAAAATA
35220 GATATAAAAA
Statistics
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17 21 1.00
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AAAAAATAAAAATATTT
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35514 ACTTTTATTT
35524 TTTAATATTTTG-ATA
1 TTTAATATTTTGAATA
*
35539 TTTAATTTTTTGAATA
1 TTTAATATTTTGAATA
35555 TTT
1 TTT
35558 TTAAATTTAA
Statistics
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TTTAATATTTTGAATA
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35510 TTTAACTTTT
*
35520 ATTTTTTAATATTTTGATATTTA
1 ATTTTTTAATATTTTGAAATTTA
*
35543 ATTTTTTGAATATTTTTAAATTTA
1 ATTTTTT-AATATTTTGAAATTTA
35567 A
1 A
35568 AATTTGAAAT
Statistics
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23 7 0.32
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ATTTTTTAATATTTTGAAATTTA
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37512 TAATAAGGTT
*
37522 ATTTATTTTAAAATAATTTATTATAAAATA
1 ATTTATTTTAAAATAAATTATTATAAAATA
37552 ATTTATTTTAAAATAAATTATTATAAAATA
1 ATTTATTTTAAAATAAATTATTATAAAATA
37582 TGGATTTGAT
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30 29 1.00
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ATTTATTTTAAAATAAATTATTATAAAATA
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37512 TAATAAGGTT
37522 ATTTATTTTAAAATA
1 ATTTATTTTAAAATA
*
37537 ATTTATTATAAAATA
1 ATTTATTTTAAAATA
37552 ATTTATTTTAAAATA
1 ATTTATTTTAAAATA
* *
37567 AATTATTATAAAATATGGA
1 ATTTATT-TTAAA-AT--A
37586 TTTGATTTATTTTAAAATA
1 ----ATTTATTTTAAAATA
37605 ATTTATTTT-AAATA
1 ATTTATTTTAAAATA
37619 ATT
1 ATT
37622 ATTAGTATGG
Statistics
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ATTTATTTTAAAATA
Found at i:37715 original size:32 final size:31
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37664 TATTGTAGTT
37674 GTATAGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
1 GTAT-GATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
* *
37706 GTATAGATTGATTTACTTT-AA-AA--TA--C
1 GTAT-GATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
37732 G---GATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
1 GTATGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
37760 GTATTGATTGATTTATTTT-AA-AA--TA-T-
1 GTA-TGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
37786 G---GATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
1 GTATGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
*
37814 GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTT
1 GTAT-GATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
* *
37846 GTATGGATTGATTGA-TTT--AT--TTTA-AA
1 GTAT-GATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
* *
37872 ATATGGATTGATTTA--TT--AT--TGTAGTT-
1 GTAT-GATTGATTTATTTTAAATAATTTA-TTA
37898 GTATAGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
1 GTAT-GATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
37930 GTATCGATTGATTTATTTT-AA-AA--TA-T-
1 GTAT-GATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
37956 G---GATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
1 GTATGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
37984 GTATAGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTTA
1 GTAT-GATTGATTTATTTTAAATAATTTA-TTA
*
38017 -TATGGGTTGATTTATTTT-AA-AA--TA-T-
1 GTAT-GATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
38042 G--T-ATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
1 GTATGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
38070 GTATGGATTGATTTATTTT-AA-AA--TA-T-
1 GTAT-GATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
38096 G---GATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
1 GTATGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
38124 GTATAGATTGA-TTATTTTA
1 GTAT-GATTGATTTATTTTA
38143 TTTTATTGTT
Statistics
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* *
37679 GATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATAGATTGATTTACTTTAAAATACG
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*
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1 GATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATAGATTGATTTATTTTAAAATATG
* *
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1 GATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATAGATTGATTTATTTTAAAAT-ATG
* ** * * * * * * *** *
37841 TATTTGTATGGATTGATTGATTTATTT-TAAAATATGGATTGATTTATTATTGTAGTTGTATA
1 GA-TTG-ATTTATT--TTAAATAATTTAT-TAGTATAGATTGATTTA-T-TT-TA-AAATATG
*
37903 GATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATCGATTGATTTATTTTAAAATATG
1 GATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATAGATTGATTTATTTTAAAATATG
37957 GATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATAGATTGATTTATTTTAAA
1 GATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATAGATTGATTTATTTTAAA
38006 TAATTTATTT
Statistics
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Found at i:37822 original size:86 final size:87
Alignment explanation
Indices: 37732--38091 Score: 542
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37722 TTTAAAATAC
37732 GGATTGATTTATTTTAAATAATTTA-TTAGTATTGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTT
1 GGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTTAGTATTGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTT
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66 ATTTTAAATAATTTATTAGTAT
*
37818 GGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTTGTATGGATTGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGA
1 GGATTGATTTATTTTAAATAATTTA-TT-TA-GTATTGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGA
*
37883 TTTA--TT--AT--TGTAGTT-GTAT
63 TTTATTTTAAATAATTTA-TTAGTAT
* *
37902 AGATTGATTTATTTTAAATAATTTA-TTAGTATCGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTT
1 GGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTTAGTATTGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTT
37966 ATTTTAAATAATTTATTAGTAT
66 ATTTTAAATAATTTATTAGTAT
* * * *
37988 AGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTTA-TATGGGTTGATTTATTTTAAAATATGTATTGATTT
1 GGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTTAGTATTGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTT
38052 ATTTTAAATAATTTATTAGTAT
66 ATTTTAAATAATTTATTAGTAT
38074 GGATTGATTTATTTTAAA
1 GGATTGATTTATTTTAAA
38092 ATATGGATTG
Statistics
Matches: 251, Mismatches: 10, Indels: 26
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Matches are distributed among these distances:
80 35 0.14
81 2 0.01
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84 33 0.13
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86 130 0.52
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88 3 0.01
89 2 0.01
90 36 0.14
ACGTcount: A:0.34, C:0.00, G:0.12, T:0.53
Consensus pattern (87 bp):
GGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTTAGTATTGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTT
ATTTTAAATAATTTATTAGTAT
Found at i:37881 original size:224 final size:218
Alignment explanation
Indices: 37605--38108 Score: 773
Period size: 224 Copynumber: 2.3 Consensus size: 218
37595 TTTTAAAATA
37605 ATTTATTTTAAATAA-TTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATTATTG
1 ATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATTATTG
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66 TAGTTGTATAGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATAGATTGATTTACTTTAAAATACGG
*
37734 ATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATTGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTAT-
131 ATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATAGATTGATTTATTTT-AAATA---ATTGATTTATA
* *
37798 T-TTAAATAA-TTTATTAGTATGGATTG
192 TGTTAAATAATTTTA-AAATATGGATTG
*
37824 ATTTATTTTAAATAATTTATTTGTATGGATTGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATT
1 ATTTATTTTAAATAATTTATTAGTAT-G---GATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATT
* *
37889 ATTGTAGTTGTATAGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATCGATTGATTTATTTTAAAAT
62 ATTGTAGTTGTATAGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATAGATTGATTTACTTTAAAAT
* *
37954 ATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATAGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTTATA
127 ACGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATAGATTGATTTATTTTAAATAATTGATTTATA
* * * *
38019 TGGGTTGATTTATTTTAAAATATGTATTG
192 T--GTTAAATAATTTTAAAATATGGATTG
38048 ATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATT
1 ATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATT
38109 TTAAATAATT
Statistics
Matches: 262, Mismatches: 13, Indels: 19
0.89 0.04 0.06
Matches are distributed among these distances:
219 15 0.06
220 52 0.20
221 2 0.01
223 6 0.02
224 183 0.70
225 4 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.01, G:0.12, T:0.53
Consensus pattern (218 bp):
ATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATTATTG
TAGTTGTATAGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATAGATTGATTTACTTTAAAATACGG
ATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATAGATTGATTTATTTTAAATAATTGATTTATATGTT
AAATAATTTTAAAATATGGATTG
Found at i:37921 original size:170 final size:166
Alignment explanation
Indices: 37733--38054 Score: 572
Period size: 170 Copynumber: 1.9 Consensus size: 166
37723 TTAAAATACG
*
37733 GATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATTGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTAT
1 GATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATCGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTAT
* *
37798 TTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTTGTATGGATTGATTGATT
66 TTTAAATAATTTATTAGTATAGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTTATATGG---G-TTGATT
37863 TATTTTAAAATATGGATTGATTTATTATTGTAGTTGTATA
127 TATTTTAAAATATGGATTGATTTATTATTGTAGTTGTATA
37903 GATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATCGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTAT
1 GATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATCGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTAT
37968 TTTAAATAATTTATTAGTATAGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTTATATGGGTTGATTTATT
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*
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TTTAAATAATTTATTAGTATAGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTTATATGGGTTGATTTATT
TTAAAATATGGATTGATTTATTATTGTAGTTGTATA
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* *
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ATTTATTTTAAATA
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*
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ATATGGATTGATTTATTTTAAA
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37979 TATTAGTATA
*
37989 GATTGATTTATTTTAAATAATTTATTTA-TATGGGTTGATTTATTTTAAAATATG
1 GATTGATTTATTTTAAATAATTTATTTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATG
*
38043 TATTGATTTATTTTAAATAATTTA-TTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATG
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*
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GATTGATTTATTTTAAATAATTTATTTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATG
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1 TATGGATTGATTTATTTTAAA
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TATGGATTGATTTATTTTAAAA
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Alignment explanation
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37767 TTGATTTATT
37777 TTAAAATATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAATA--AT
1 TTAAAATAT-GATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAATATGAT
* * * * *
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* *
37865 TTTTAAAATATGGATTGATTTA--TT--AT--TGTAGTT-GTATAGATTGATTTATTTTAAATA-
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* * ** * *
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*
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1 --TTAAAATAT-GATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAATATG
* * **** *
38008 ATTTATTTATATGGGTTGATTTA
63 ATTGATTTATTTTAAATAATTTA
38031 TTTTAAAATATGTATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATAT
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** * *
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GATTTATTTTAAATAATTTA
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**
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* *
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* **
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* * * *
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*
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*
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* * * *
49037 TATAT TATGT TATAT TATAT AGCATAT TGTAT AATATT TATAT ATATAT
1 TATAT TATAT TATAT TATAT --TATAT TATAT TATA-T TATAT -TATAT
* * *
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1 -TA-TAT TATAT TATAT TATAT TA-TAT -TATAT TATAT TATAT TATAT
* *
49135 GTAT-T TATTAT TATAT TATAG TATTAT TATAT CATA- TATCA- TATAT
1 -TATAT TA-TAT TATAT TATAT TA-TAT TATAT TATAT TAT-AT TATAT
* *
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* *
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* * * *
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Done.