Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: VEPZ01004634.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00010374_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
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Indices: 5655--5702 Score: 80
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5645 AATGTAGGGT
5655 TAATTTTGTATAAGATTTA
1 TAATTTTGTATAAGATTTA
*
5674 TAATTTTGTATACGATTTA
1 TAATTTTGTATAAGATTTA
5693 TAA-TTTGTAT
1 TAATTTTGTAT
5703 GTGAATGTAA
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 1, Indels: 1
0.93 0.03 0.03
Matches are distributed among these distances:
18 7 0.25
19 21 0.75
ACGTcount: A:0.33, C:0.02, G:0.10, T:0.54
Consensus pattern (19 bp):
TAATTTTGTATAAGATTTA
Found at i:6452 original size:199 final size:200
Alignment explanation
Indices: 6105--7851 Score: 2122
Period size: 199 Copynumber: 8.8 Consensus size: 200
6095 ATAAACAGTT
* * *
6105 GTGTCGAT--ATTTATAAACAGTATTGATCCC-AAAACATCAAAACCCATAATTTTAATGTAATA
1 GTGTCGATACATTTATAAAAAGTATCGATCCCAAAAACATCGAAACCCATAATTTTAATGTAATA
** * * * * * * *
6167 GGTAATTTTGCAATGTAACCGGTATAAATATACCAATTTTATGAGAGAATATGTCTACATAATGT
66 GGTAATTTTGCAATGTAACCGGTATAAATATACCGGTTTAATTAGAAAACAGGTCAACTTAATGT
* * * *
6232 ATCGACACATGTGT-AATTTGTGTCGATACAAT-TTGTCCAG-ATGAATACCCAAA-AGGGTGCA
131 ATCGACAC-TTTTTAAATTTGTGTCGGTAC-TTCTTGTCCAGAATGAATACCCAAACA-GGTGCA
*
6293 AGCATAAA
193 ACCATAAA
* * *
6301 ATGTCGATACATTTATAAAACGTATCGATCCCAAAAACATCGAAACCGATAATTTTAATGTAATA
1 GTGTCGATACATTTATAAAAAGTATCGATCCCAAAAACATCGAAACCCATAATTTTAATGTAATA
* ** * * * * * * *
6366 GGTAAATTAACATTGTAACCGGTATAAATTTACCGGTTTTATGAGAAAACAGGTCTACATAATAT
66 GGTAATTTTGCAATGTAACCGGTATAAATATACCGGTTTAATTAGAAAACAGGTCAACTTAATGT
* ** * * *
6431 ATCGACACTTGTGGAATTTGTGTCGATACTTTTTGTCCAGAATG---A--C---TAGGTGC-ACC
131 ATCGACACTTTTTAAATTTGTGTCGGTACTTCTTGTCCAGAATGAATACCCAAACAGGTGCAACC
6487 TATAAA
196 -ATAAA
* * *
6493 GTGCCGATACATTTATAAAAAATATCGATCCCAAAAGCATCGAAACCCATAATTTTAATGTAATA
1 GTGTCGATACATTTATAAAAAGTATCGATCCCAAAAACATCGAAACCCATAATTTTAATGTAATA
* * * *
6558 GGTAATTTTGCAATGTAACCGGTATAAATATACTGGTTTAATTAGAAAA-AAGTTAACATAATGT
66 GGTAATTTTGCAATGTAACCGGTATAAATATACCGGTTTAATTAGAAAACAGGTCAACTTAATGT
* * *
6622 ATCGACACTTTTTAAATTTTTGTCGGTACTTCTTGTCCAGAATGTATGCCCAAACTAGGTGC-AC
131 ATCGACACTTTTTAAATTTGTGTCGGTACTTCTTGTCCAGAATGAATACCCAAAC-AGGTGCAAC
6686 CATAAA
195 CATAAA
*
6692 GTGTCGATACATTTATAAAACGTATCGATCCCAAAAACATCGAAACCCATAATTTTAATGTAATA
1 GTGTCGATACATTTATAAAAAGTATCGATCCCAAAAACATCGAAACCCATAATTTTAATGTAATA
* * *
6757 GATAATTTTGCAATGTAACCGGTATAAATATACCAGTTTAATAAGAAAAGCA-GTCAACTTAATG
66 GGTAATTTTGCAATGTAACCGGTATAAATATACCGGTTTAATTAGAAAA-CAGGTCAACTTAATG
* * *
6821 TATCGACACTTTTTAAATTTGTTTCGGTACTTCTTATCCAGAAT-ATTTAACCCAAACTAGGTGC
130 TATCGACACTTTTTAAATTTGTGTCGGTACTTCTTGTCCAGAATGA-AT-ACCCAAAC-AGGTGC
*
6885 ACCCATAAA
192 AACCATAAA
* * *
6894 GTGTCGATACATTTATAAAAAGTATCAATCCCAAAAATATCGAAACTCATAATTTTAATGTAATA
1 GTGTCGATACATTTATAAAAAGTATCGATCCCAAAAACATCGAAACCCATAATTTTAATGTAATA
* * *
6959 GGTAAATTTGCAAT-TAACCTGTATAAATATATCGGTTTAATTAGAAAAGC-GGTCAACTTAATG
66 GGTAATTTTGCAATGTAACCGGTATAAATATACCGGTTTAATTAGAAAA-CAGGTCAACTTAATG
* * ** * *
7022 TATCGACACTTTTTAAATTTGTGTCGGTACTTTTTGTCTAGAATGTGTGCCCAAACTAGGTGCAC
130 TATCGACACTTTTTAAATTTGTGTCGGTACTTCTTGTCCAGAATGAATACCCAAAC-AGGTGCAA
7087 CCATAAA
194 CCATAAA
*
7094 GTGTCGATACA-TTATAAAAAGTATCGAT-CCAAAAACATCGAAACCCATTATTTTAATGTAATA
1 GTGTCGATACATTTATAAAAAGTATCGATCCCAAAAACATCGAAACCCATAATTTTAATGTAATA
*
7157 GGTAATTTTGCAATGTAACCGGTATAAATATACTGGTTTAATTAGAAAAGC-GGTCAACTTAATG
66 GGTAATTTTGCAATGTAACCGGTATAAATATACCGGTTTAATTAGAAAA-CAGGTCAACTTAATG
* * *
7221 TATCGACACTTTTTAAATTTGTGTCGGTAGTTCTTGTCCAGAATGTATGCCCAAACTAGGTGC-A
130 TATCGACACTTTTTAAATTTGTGTCGGTACTTCTTGTCCAGAATGAATACCCAAAC-AGGTGCAA
7285 CCATAAA
194 CCATAAA
* * *
7292 GTGT-GATACATTTATAAAAAATATCGATTCCAAAAACATCGAAACCCATTATTTTAATGTAATA
1 GTGTCGATACATTTATAAAAAGTATCGATCCCAAAAACATCGAAACCCATAATTTTAATGTAATA
* * * *
7356 GGCAATTTTGCAATGTAACTGGTATAAATATACTGGTTTAATTAGAAAAACA-ATCAACTTAATG
66 GGTAATTTTGCAATGTAACCGGTATAAATATACCGGTTTAATTAG-AAAACAGGTCAACTTAATG
* * *
7420 TATCGACACTTTTTAAATTTGTGTCGGTACTTCTTATCCAGAAT-ATTTAACCCAAACTAGGTGT
130 TATCGACACTTTTTAAATTTGTGTCGGTACTTCTTGTCCAGAATGA-AT-ACCCAAAC-AGGTGC
*
7484 ACCCATAAA
192 AACCATAAA
* * * *
7493 GTGTCGATACATTTATAAAAAGTATCAATCCCAAAAGCATCAAAACTCATAATTTTAATGTAATA
1 GTGTCGATACATTTATAAAAAGTATCGATCCCAAAAACATCGAAACCCATAATTTTAATGTAATA
* * *
7558 GGTAA-ATTGCAATGTAACCTGTATAAATATATCGGTTTAATTAGAAAA-AGCGATCAACTTAAT
66 GGTAATTTTGCAATGTAACCGGTATAAATATACCGGTTTAATTAGAAAACAG-G-TCAACTTAAT
* * * ** *
7621 GTATCGACTCTTTTTAAATTTGTATCGGTACTTTTTGTCCAGAATGTGTGCCCAAACTAGGTGCA
129 GTATCGACACTTTTTAAATTTGTGTCGGTACTTCTTGTCCAGAATGAATACCCAAAC-AGGTGCA
*
7686 CCCATAAA
193 ACCATAAA
*
7694 G-GTCGATACATTTATAAAAAGTATCGATCCCAAAAACATAGAAACCCATAATTTTAATGTAATA
1 GTGTCGATACATTTATAAAAAGTATCGATCCCAAAAACATCGAAACCCATAATTTTAATGTAATA
* * * *
7758 GGTAATTTTTCAATATAACCGGTATAAATGTACCGGTTTAATTAGAAAATC-GGTCAACATAATG
66 GGTAATTTTGCAATGTAACCGGTATAAATATACCGGTTTAATTAGAAAA-CAGGTCAACTTAATG
* * *
7822 TATTGACACATGTGT-AATTTGTGTCGGTAC
130 TATCGACAC-TTTTTAAATTTGTGTCGGTAC
7852 CTTTTTAAAT
Statistics
Matches: 1364, Mismatches: 146, Indels: 78
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
191 51 0.04
192 110 0.08
193 1 0.00
195 1 0.00
196 8 0.01
197 7 0.01
198 93 0.07
199 481 0.35
200 213 0.16
201 209 0.15
202 190 0.14
ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.15, T:0.32
Consensus pattern (200 bp):
GTGTCGATACATTTATAAAAAGTATCGATCCCAAAAACATCGAAACCCATAATTTTAATGTAATA
GGTAATTTTGCAATGTAACCGGTATAAATATACCGGTTTAATTAGAAAACAGGTCAACTTAATGT
ATCGACACTTTTTAAATTTGTGTCGGTACTTCTTGTCCAGAATGAATACCCAAACAGGTGCAACC
ATAAA
Found at i:7037 original size:401 final size:400
Alignment explanation
Indices: 6105--7851 Score: 2256
Period size: 401 Copynumber: 4.4 Consensus size: 400
6095 ATAAACAGTT
* * *
6105 GTGTCGAT--ATTTATAAACAGTATTGATCCC-AAAACATCAAAACCCATAATTTTAATGTAATA
1 GTGTCGATACATTTATAAAAAGTATCGATCCCAAAAACATCGAAACCCATAATTTTAATGTAATA
** * * * *
6167 GGTAATTTTGCAATGTAACCGGTATAAATATACCAATTTTATGAGAGAAT-ATGTCTACATAATG
66 GGTAATTTTGCAATGTAACCGGTATAAATATA-CGGTTTAATTAGAAAATCA-GTCAACATAATG
* * * * *
6231 TATCGACACATGTGT-AATTTGTGTCGATACAAT-TTGTCCAG-ATGAATACCCAAA--AGGGTG
129 TATCGACAC-TTTTTAAATTTGTGTCGGTAC-TTCTTGTCCAGAATGTATACCCAAACTA-GGTG
** * * *
6291 CAAGCATAAAATGTCGATACATTTATAAAACGTATCGATCCCAAAAACATCGAAACCGATAATTT
191 CACCCATAAAGTGTCGATACATTTATAAAAAGTATCGATCCCAAAAACATCGAAACCCATAATTT
* ** * * * *
6356 TAATGTAATAGGTAAATTAACATTGTAACCGGTATAAATTTACCGGTTTTATGAGAAAA-CAGGT
256 TAATGTAATAGGTAATTTTGCAATGTAACCGGTATAAATATACCGGTTTAATTAGAAAAGCA-GT
* * * * ** * *
6420 CTACATAATATATCGACACTTGTGGAATTTGTGTCGATACTTTTTGTCCAG-A-A-TG-----AC
320 CAACTTAATGTATCGACACTTTTTAAATTTGTGTCGGTACTTCTTGTCCAGAATATTGCCCAAAC
*
6477 TAGGTGCACCTATAAA
385 TAGGTGCACCCATAAA
* * *
6493 GTGCCGATACATTTATAAAAAATATCGATCCCAAAAGCATCGAAACCCATAATTTTAATGTAATA
1 GTGTCGATACATTTATAAAAAGTATCGATCCCAAAAACATCGAAACCCATAATTTTAATGTAATA
* *
6558 GGTAATTTTGCAATGTAACCGGTATAAATATACTGGTTTAATTAGAAAA-AAGTTAACATAATGT
66 GGTAATTTTGCAATGTAACCGGTATAAATATAC-GGTTTAATTAGAAAATCAGTCAACATAATGT
* *
6622 ATCGACACTTTTTAAATTTTTGTCGGTACTTCTTGTCCAGAATGTATGCCCAAACTAGGTGCA-C
130 ATCGACACTTTTTAAATTTGTGTCGGTACTTCTTGTCCAGAATGTATACCCAAACTAGGTGCACC
*
6686 CATAAAGTGTCGATACATTTATAAAACGTATCGATCCCAAAAACATCGAAACCCATAATTTTAAT
195 CATAAAGTGTCGATACATTTATAAAAAGTATCGATCCCAAAAACATCGAAACCCATAATTTTAAT
* * *
6751 GTAATAGATAATTTTGCAATGTAACCGGTATAAATATACCAGTTTAATAAGAAAAGCAGTCAACT
260 GTAATAGGTAATTTTGCAATGTAACCGGTATAAATATACCGGTTTAATTAGAAAAGCAGTCAACT
* * *
6816 TAATGTATCGACACTTTTTAAATTTGTTTCGGTACTTCTTATCCAGAATATTTAACCCAAACTAG
325 TAATGTATCGACACTTTTTAAATTTGTGTCGGTACTTCTTGTCCAGAATA-TT-GCCCAAACTAG
6881 GTGCACCCATAAA
388 GTGCACCCATAAA
* * *
6894 GTGTCGATACATTTATAAAAAGTATCAATCCCAAAAATATCGAAACTCATAATTTTAATGTAATA
1 GTGTCGATACATTTATAAAAAGTATCGATCCCAAAAACATCGAAACCCATAATTTTAATGTAATA
* * * * *
6959 GGTAAATTTGCAAT-TAACCTGTATAAATATATCGGTTTAATTAGAAAAGCGGTCAACTTAATGT
66 GGTAATTTTGCAATGTAACCGGTATAAATATA-CGGTTTAATTAGAAAATCAGTCAACATAATGT
* * * *
7023 ATCGACACTTTTTAAATTTGTGTCGGTACTTTTTGTCTAGAATGTGTGCCCAAACTAGGTGCACC
130 ATCGACACTTTTTAAATTTGTGTCGGTACTTCTTGTCCAGAATGTATACCCAAACTAGGTGCACC
*
7088 CATAAAGTGTCGATACA-TTATAAAAAGTATCGAT-CCAAAAACATCGAAACCCATTATTTTAAT
195 CATAAAGTGTCGATACATTTATAAAAAGTATCGATCCCAAAAACATCGAAACCCATAATTTTAAT
* *
7151 GTAATAGGTAATTTTGCAATGTAACCGGTATAAATATACTGGTTTAATTAGAAAAGCGGTCAACT
260 GTAATAGGTAATTTTGCAATGTAACCGGTATAAATATACCGGTTTAATTAGAAAAGCAGTCAACT
* *
7216 TAATGTATCGACACTTTTTAAATTTGTGTCGGTAGTTCTTGTCCAGAATGTATGCCCAAACTAGG
325 TAATGTATCGACACTTTTTAAATTTGTGTCGGTACTTCTTGTCCAGAATAT-TGCCCAAACTAGG
7281 TGCA-CCATAAA
389 TGCACCCATAAA
* * *
7292 GTGT-GATACATTTATAAAAAATATCGATTCCAAAAACATCGAAACCCATTATTTTAATGTAATA
1 GTGTCGATACATTTATAAAAAGTATCGATCCCAAAAACATCGAAACCCATAATTTTAATGTAATA
* * * * *
7356 GGCAATTTTGCAATGTAACTGGTATAAATATACTGGTTTAATTAGAAAAACAATCAACTTAATGT
66 GGTAATTTTGCAATGTAACCGGTATAAATATAC-GGTTTAATTAGAAAATCAGTCAACATAATGT
* * * *
7421 ATCGACACTTTTTAAATTTGTGTCGGTACTTCTTATCCAGAATATTTAACCCAAACTAGGTGTAC
130 ATCGACACTTTTTAAATTTGTGTCGGTACTTCTTGTCCAGAATGTAT-ACCCAAACTAGGTGCAC
* * * *
7486 CCATAAAGTGTCGATACATTTATAAAAAGTATCAATCCCAAAAGCATCAAAACTCATAATTTTAA
194 CCATAAAGTGTCGATACATTTATAAAAAGTATCGATCCCAAAAACATCGAAACCCATAATTTTAA
* * *
7551 TGTAATAGGTAA-ATTGCAATGTAACCTGTATAAATATATCGGTTTAATTAGAAAAAGC-GATCA
259 TGTAATAGGTAATTTTGCAATGTAACCGGTATAAATATACCGGTTTAATTAG-AAAAGCAG-TCA
* * * *
7614 ACTTAATGTATCGACTCTTTTTAAATTTGTATCGGTACTTTTTGTCCAGAATGTGTGCCCAAACT
322 ACTTAATGTATCGACACTTTTTAAATTTGTGTCGGTACTTCTTGTCCAGAATAT-TGCCCAAACT
7679 AGGTGCACCCATAAA
386 AGGTGCACCCATAAA
*
7694 G-GTCGATACATTTATAAAAAGTATCGATCCCAAAAACATAGAAACCCATAATTTTAATGTAATA
1 GTGTCGATACATTTATAAAAAGTATCGATCCCAAAAACATCGAAACCCATAATTTTAATGTAATA
* * * *
7758 GGTAATTTTTCAATATAACCGGTATAAATGTACCGGTTTAATTAGAAAATCGGTCAACATAATGT
66 GGTAATTTTGCAATGTAACCGGTATAAATATA-CGGTTTAATTAGAAAATCAGTCAACATAATGT
* * *
7823 ATTGACACATGTGT-AATTTGTGTCGGTAC
130 ATCGACAC-TTTTTAAATTTGTGTCGGTAC
7852 CTTTTTAAAT
Statistics
Matches: 1201, Mismatches: 122, Indels: 58
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
388 7 0.01
389 4 0.00
390 60 0.05
391 236 0.20
392 9 0.01
393 2 0.00
395 1 0.00
397 67 0.06
398 96 0.08
399 49 0.04
400 218 0.18
401 290 0.24
402 158 0.13
403 4 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.15, T:0.32
Consensus pattern (400 bp):
GTGTCGATACATTTATAAAAAGTATCGATCCCAAAAACATCGAAACCCATAATTTTAATGTAATA
GGTAATTTTGCAATGTAACCGGTATAAATATACGGTTTAATTAGAAAATCAGTCAACATAATGTA
TCGACACTTTTTAAATTTGTGTCGGTACTTCTTGTCCAGAATGTATACCCAAACTAGGTGCACCC
ATAAAGTGTCGATACATTTATAAAAAGTATCGATCCCAAAAACATCGAAACCCATAATTTTAATG
TAATAGGTAATTTTGCAATGTAACCGGTATAAATATACCGGTTTAATTAGAAAAGCAGTCAACTT
AATGTATCGACACTTTTTAAATTTGTGTCGGTACTTCTTGTCCAGAATATTGCCCAAACTAGGTG
CACCCATAAA
Found at i:7327 original size:599 final size:601
Alignment explanation
Indices: 6105--7851 Score: 2497
Period size: 599 Copynumber: 2.9 Consensus size: 601
6095 ATAAACAGTT
* * * *
6105 GTGTCGAT--ATTTATAAACAGTATTGA-TCCCAAAACATCAAAACCCATAATTTTAATGTAATA
1 GTGTCGATACATTTATAAAAAGTATCGATTCCAAAAACATCGAAACCCATAATTTTAATGTAATA
* * * * * * *
6167 GGTAATTTTGCAATGTAACCGGTATAAATATACCAATTTTATGAGAGAATATGTCTACATAATGT
66 GGTAATTTTGCAATGTAACCGGTATAAATATACCAGTTTAATAAGAAAACA-GTCAACTTAATGT
* * * * * *
6232 ATCGACACATGTGT-AATTTGTGTCGATACAAT-TTGTCCAG-ATGA-AT-ACCCAAA--AGGGT
130 ATCGACAC-TTTTTAAATTTGTGTCGGTAC-TTCTTATCCAGAAT-ATTTAACCCAAACTA-GGT
** * * *
6290 GCAAGCATAAAATGTCGATACATTTATAAAACGTATCGATCCCAAAAACATCGAAAC-CGATAAT
191 GCACCCATAAAGTGTCGATACATTTATAAAAAGTATCAATCCCAAAAACATCGAAACTC-ATAAT
** * * * * * *
6354 TTTAATGTAATAGGTAAATTAACATTGTAACCGGTATAAATTTACCGGTTTTATGAGAAAA-CAG
255 TTTAATGTAATAGGTAAATTTGCAATGTAACCTGTATAAATATATCGGTTTAATTAGAAAAGC-G
* * * * ** *
6418 GTCTACATAATATATCGACACTTGTGGAATTTGTGTCGATACTTTTTGTCCAGAA----TG----
319 GTCAACTTAATGTATCGACACTTTTTAAATTTGTGTCGGTACTTTTTGTCCAGAATGTGTGCCCA
* * * *
6475 -ACTAGGTGCACCTATAAAGTGCCGATACATTTATAAAAAATATCGATCCCAAAAGCATCGAAAC
384 AACTAGGTGCACCCATAAAGTGTCGATACATTTATAAAAAGTATCGATCCCAAAAACATCGAAAC
6539 CCATAATTTTAATGTAATAGGTAATTTTGCAATGTAACCGGTATAAATATACTGGTTTAATTAGA
449 CCATAATTTTAATGTAATAGGTAATTTTGCAATGTAACCGGTATAAATATACTGGTTTAATTAGA
** * *
6604 AAAAAGTTAACATAATGTATCGACACTTTTTAAATTTTTGTCGGTACTTCTTGTCCAGAATGTAT
514 AAACGGTCAACATAATGTATCGACACTTTTTAAATTTGTGTCGGTACTTCTTGTCCAGAATGTAT
6669 GCCCAAACTAGGTGCACCATAAA
579 GCCCAAACTAGGTGCACCATAAA
* *
6692 GTGTCGATACATTTATAAAACGTATCGATCCCAAAAACATCGAAACCCATAATTTTAATGTAATA
1 GTGTCGATACATTTATAAAAAGTATCGATTCCAAAAACATCGAAACCCATAATTTTAATGTAATA
*
6757 GATAATTTTGCAATGTAACCGGTATAAATATACCAGTTTAATAAGAAAAGCAGTCAACTTAATGT
66 GGTAATTTTGCAATGTAACCGGTATAAATATACCAGTTTAATAAGAAAA-CAGTCAACTTAATGT
*
6822 ATCGACACTTTTTAAATTTGTTTCGGTACTTCTTATCCAGAATATTTAACCCAAACTAGGTGCAC
130 ATCGACACTTTTTAAATTTGTGTCGGTACTTCTTATCCAGAATATTTAACCCAAACTAGGTGCAC
*
6887 CCATAAAGTGTCGATACATTTATAAAAAGTATCAATCCCAAAAATATCGAAACTCATAATTTTAA
195 CCATAAAGTGTCGATACATTTATAAAAAGTATCAATCCCAAAAACATCGAAACTCATAATTTTAA
6952 TGTAATAGGTAAATTTGCAAT-TAACCTGTATAAATATATCGGTTTAATTAGAAAAGCGGTCAAC
260 TGTAATAGGTAAATTTGCAATGTAACCTGTATAAATATATCGGTTTAATTAGAAAAGCGGTCAAC
*
7016 TTAATGTATCGACACTTTTTAAATTTGTGTCGGTACTTTTTGTCTAGAATGTGTGCCCAAACTAG
325 TTAATGTATCGACACTTTTTAAATTTGTGTCGGTACTTTTTGTCCAGAATGTGTGCCCAAACTAG
*
7081 GTGCACCCATAAAGTGTCGATACA-TTATAAAAAGTATCGAT-CCAAAAACATCGAAACCCATTA
390 GTGCACCCATAAAGTGTCGATACATTTATAAAAAGTATCGATCCCAAAAACATCGAAACCCATAA
7144 TTTTAATGTAATAGGTAATTTTGCAATGTAACCGGTATAAATATACTGGTTTAATTAGAAAAGCG
455 TTTTAATGTAATAGGTAATTTTGCAATGTAACCGGTATAAATATACTGGTTTAATTAGAAAA-CG
* *
7209 GTCAACTTAATGTATCGACACTTTTTAAATTTGTGTCGGTAGTTCTTGTCCAGAATGTATGCCCA
519 GTCAACATAATGTATCGACACTTTTTAAATTTGTGTCGGTACTTCTTGTCCAGAATGTATGCCCA
7274 AACTAGGTGCACCATAAA
584 AACTAGGTGCACCATAAA
* *
7292 GTGT-GATACATTTATAAAAAATATCGATTCCAAAAACATCGAAACCCATTATTTTAATGTAATA
1 GTGTCGATACATTTATAAAAAGTATCGATTCCAAAAACATCGAAACCCATAATTTTAATGTAATA
* * ** * *
7356 GGCAATTTTGCAATGTAACTGGTATAAATATACTGGTTTAATTAGAAAAACAATCAACTTAATGT
66 GGTAATTTTGCAATGTAACCGGTATAAATATACCAGTTTAATAAG-AAAACAGTCAACTTAATGT
*
7421 ATCGACACTTTTTAAATTTGTGTCGGTACTTCTTATCCAGAATATTTAACCCAAACTAGGTGTAC
130 ATCGACACTTTTTAAATTTGTGTCGGTACTTCTTATCCAGAATATTTAACCCAAACTAGGTGCAC
* *
7486 CCATAAAGTGTCGATACATTTATAAAAAGTATCAATCCCAAAAGCATCAAAACTCATAATTTTAA
195 CCATAAAGTGTCGATACATTTATAAAAAGTATCAATCCCAAAAACATCGAAACTCATAATTTTAA
*
7551 TGTAATAGGTAAA-TTGCAATGTAACCTGTATAAATATATCGGTTTAATTAGAAAAAGCGATCAA
260 TGTAATAGGTAAATTTGCAATGTAACCTGTATAAATATATCGGTTTAATTAG-AAAAGCGGTCAA
* *
7615 CTTAATGTATCGACTCTTTTTAAATTTGTATCGGTACTTTTTGTCCAGAATGTGTGCCCAAACTA
324 CTTAATGTATCGACACTTTTTAAATTTGTGTCGGTACTTTTTGTCCAGAATGTGTGCCCAAACTA
*
7680 GGTGCACCCATAAAG-GTCGATACATTTATAAAAAGTATCGATCCCAAAAACATAGAAACCCATA
389 GGTGCACCCATAAAGTGTCGATACATTTATAAAAAGTATCGATCCCAAAAACATCGAAACCCATA
* * * *
7744 ATTTTAATGTAATAGGTAATTTTTCAATATAACCGGTATAAATGTACCGGTTTAATTAGAAAATC
454 ATTTTAATGTAATAGGTAATTTTGCAATGTAACCGGTATAAATATACTGGTTTAATTAGAAAA-C
* * *
7809 GGTCAACATAATGTATTGACACATGTGT-AATTTGTGTCGGTAC
518 GGTCAACATAATGTATCGACAC-TTTTTAAATTTGTGTCGGTAC
7852 CTTTTTAAAT
Statistics
Matches: 1045, Mismatches: 86, Indels: 44
0.89 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
587 8 0.01
589 19 0.02
590 117 0.11
591 4 0.00
592 84 0.08
593 83 0.08
594 2 0.00
596 2 0.00
598 7 0.01
599 368 0.35
600 208 0.20
601 140 0.13
602 3 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.15, T:0.32
Consensus pattern (601 bp):
GTGTCGATACATTTATAAAAAGTATCGATTCCAAAAACATCGAAACCCATAATTTTAATGTAATA
GGTAATTTTGCAATGTAACCGGTATAAATATACCAGTTTAATAAGAAAACAGTCAACTTAATGTA
TCGACACTTTTTAAATTTGTGTCGGTACTTCTTATCCAGAATATTTAACCCAAACTAGGTGCACC
CATAAAGTGTCGATACATTTATAAAAAGTATCAATCCCAAAAACATCGAAACTCATAATTTTAAT
GTAATAGGTAAATTTGCAATGTAACCTGTATAAATATATCGGTTTAATTAGAAAAGCGGTCAACT
TAATGTATCGACACTTTTTAAATTTGTGTCGGTACTTTTTGTCCAGAATGTGTGCCCAAACTAGG
TGCACCCATAAAGTGTCGATACATTTATAAAAAGTATCGATCCCAAAAACATCGAAACCCATAAT
TTTAATGTAATAGGTAATTTTGCAATGTAACCGGTATAAATATACTGGTTTAATTAGAAAACGGT
CAACATAATGTATCGACACTTTTTAAATTTGTGTCGGTACTTCTTGTCCAGAATGTATGCCCAAA
CTAGGTGCACCATAAA
Found at i:9364 original size:18 final size:18
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Period size: 18 Copynumber: 2.0 Consensus size: 18
9331 ACTAAGTGGT
9341 CAATGAAGATGAAGATGA
1 CAATGAAGATGAAGATGA
*
9359 CAATGAAGATGATGATGA
1 CAATGAAGATGAAGATGA
9377 TCCAAACAAG
Statistics
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0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 17 1.00
ACGTcount: A:0.47, C:0.06, G:0.28, T:0.19
Consensus pattern (18 bp):
CAATGAAGATGAAGATGA
Found at i:10707 original size:18 final size:18
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Indices: 10686--10722 Score: 56
Period size: 18 Copynumber: 2.1 Consensus size: 18
10676 GTAATTGGAG
10686 TTTGAATTTAAATTTCAA
1 TTTGAATTTAAATTTCAA
* *
10704 TTTGAGTTTGAATTTCAA
1 TTTGAATTTAAATTTCAA
10722 T
1 T
10723 ATAAATTTCG
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 2, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 17 1.00
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Consensus pattern (18 bp):
TTTGAATTTAAATTTCAA
Found at i:10729 original size:24 final size:24
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Indices: 10678--10730 Score: 70
Period size: 24 Copynumber: 2.2 Consensus size: 24
10668 TTTCATATGT
* * *
10678 AATTGGAGTTTGAATTTAAATTTC
1 AATTTGAGTTTGAATTTAAATATA
*
10702 AATTTGAGTTTGAATTTCAATATA
1 AATTTGAGTTTGAATTTAAATATA
10726 AATTT
1 AATTT
10731 CGGCTCCACT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
24 25 1.00
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Consensus pattern (24 bp):
AATTTGAGTTTGAATTTAAATATA
Found at i:12338 original size:199 final size:193
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Indices: 12003--12572 Score: 802
Period size: 194 Copynumber: 2.9 Consensus size: 193
11993 GCCCAATCGA
* ** ** *
12003 GGTGCACACATAAAGTGTCGATACATTTATTAAA-AATATCGATTTCAAAAACACCGAATAAGTT
1 GGTGCACTCATAAAGTGTCGATACATTTA--AAATTGTATCGATCCCAAAAACATCGAATAAGTT
* * *
12067 AATTATAATGTAATAGGTAAATTTACAATGTAACCAGTATAAATATACCGGTTAATTCCAAAATA
64 AATTATAATGTAATAGGTAAATTTACAATGTAACCGGTAAAAATATACCGGTTAATTCGAAAATA
12132 AGTCTACATAATGTATCGACACTTATGTAAATTGTGTCGATACTTTTTGT-CTAGAATGAATGAC
129 AGTCTACATAATGTATCGACACTT-TGTAAATTGTGTCGATACTTTTTGTAC-A-AATGAATG-C
12196 CAAAAG
190 C--AAG
*
12202 GGATGCACTCATAAAGTGTCGATACATTTAAAATTGTATCGATCCCAGAAACATCGAATAAGTTA
1 GG-TGCACTCATAAAGTGTCGATACATTTAAAATTGTATCGATCCCAAAAACATCGAATAAGTTA
* *
12267 ATTATAATGTAATAGGTAAATTTACGATGTAACCGGTAAAAATATACCGGTTAATTCGAAAATAT
65 ATTATAATGTAATAGGTAAATTTACAATGTAACCGGTAAAAATATACCGGTTAATTCGAAAATAA
* * * **
12332 GTCTACATAATGTATCGACACTTGTGGAACTTGTGTCGATACGTTTTGTACAAATGAATGCCTTG
130 GTCTACATAATGTATCGACACTT-TGTAAATTGTGTCGATACTTTTTGTACAAATGAATGCCAAG
* *
12397 GGTGCACTCATAAAGTGTCGATACATTTAAAATTGTATCGATCCCAAAAATATCGAACAAGTTAA
1 GGTGCACTCATAAAGTGTCGATACATTTAAAATTGTATCGATCCCAAAAACATCGAATAAGTTAA
* * * *
12462 TTATAATGTAATAGGTAAATTTACAATGTAACCGGTAGAAATATACCGTTTAATTTGAAAATAGG
66 TTATAATGTAATAGGTAAATTTACAATGTAACCGGTAAAAATATACCGGTTAATTCGAAAATAAG
* *
12527 TCTACATAATATATCGACACTTTTTAAAGTTGTGTCGATACTTTTT
131 TCTACATAATGTATCGACACTTTGTAAA-TTGTGTCGATACTTTTT
12573 TTAATTAAGC
Statistics
Matches: 336, Mismatches: 31, Indels: 13
0.88 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
193 3 0.01
194 157 0.47
195 3 0.01
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ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.16, T:0.33
Consensus pattern (193 bp):
GGTGCACTCATAAAGTGTCGATACATTTAAAATTGTATCGATCCCAAAAACATCGAATAAGTTAA
TTATAATGTAATAGGTAAATTTACAATGTAACCGGTAAAAATATACCGGTTAATTCGAAAATAAG
TCTACATAATGTATCGACACTTTGTAAATTGTGTCGATACTTTTTGTACAAATGAATGCCAAG
Found at i:12937 original size:23 final size:23
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Indices: 12907--12953 Score: 94
Period size: 23 Copynumber: 2.0 Consensus size: 23
12897 AAAATGATGA
12907 CCTTCAAATGGAGCCCAGCATAT
1 CCTTCAAATGGAGCCCAGCATAT
12930 CCTTCAAATGGAGCCCAGCATAT
1 CCTTCAAATGGAGCCCAGCATAT
12953 C
1 C
12954 AATATTGAAC
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 24 1.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.32, G:0.17, T:0.21
Consensus pattern (23 bp):
CCTTCAAATGGAGCCCAGCATAT
Found at i:14227 original size:19 final size:19
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Indices: 14203--14250 Score: 87
Period size: 19 Copynumber: 2.5 Consensus size: 19
14193 ATGTAGGGGA
*
14203 AATTTTGTATACGGTTTAT
1 AATTTTGTATACGATTTAT
14222 AATTTTGTATACGATTTAT
1 AATTTTGTATACGATTTAT
14241 AATTTTGTAT
1 AATTTTGTAT
14251 GTGAATGTAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
19 28 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.04, G:0.12, T:0.54
Consensus pattern (19 bp):
AATTTTGTATACGATTTAT
Found at i:17082 original size:200 final size:199
Alignment explanation
Indices: 16733--17423 Score: 942
Period size: 200 Copynumber: 3.5 Consensus size: 199
16723 ACCTAAATAT
* *
16733 GTGTCGATACATTTATAAAAAATATCGATCCCAAAAACATCGAAACCCATAATTATAATGTAATA
1 GTGTCGATACATTTACAAAAAGTATCGATCCCAAAAACATCGAAACCCATAATTATAATGTAATA
* *
16798 GGTAAATTTATAATGTAACCGGTATAAATTTACCGATTTTATGAGAAAATATGTCTACATAATGT
66 GGTAAATTTACAATGTAACCGGTATAAATTTACCGATTTTATGAGAAAATAGGTCTACATAATGT
* *
16863 ATCGACACTTGTGTAACTTGTGTCGATACTTGTTCTCCAGAATGAATGTCCAAAAAGGTGCACGC
131 ATCGACACTTGTTTAACTTGTGTCGATACTT-TTCTCCAGAATGAATGTCCAAAGAGGTGCACGC
16928 ATAAA
195 ATAAA
* * *
16933 GTGTTGATACATTTACAAAAAGTATCGAT-CCAAATAATATCGAAACCCATAATTATACTGTAAT
1 GTGTCGATACATTTACAAAAAGTATCGATCCCAAA-AACATCGAAACCCATAATTATAATGTAAT
* *
16997 AGGTAAATTTACAATGTAACCGGTAGAAATTTACCGATTTTATGAAAAAATAGGTCTACATAATG
65 AGGTAAATTTACAATGTAACCGGTATAAATTTACCGATTTTATGAGAAAATAGGTCTACATAATG
* *
17062 TATCGACACTTGTTTAACTTGTGTCGATACTTTTTGTCCAGAATGAATGT-CAAACGGGGTGCAC
130 TATCGACACTTGTTTAACTTGTGTCGATAC-TTTTCTCCAGAATGAATGTCCAAA-GAGGTGCAC
*
17126 ACATAAA
193 GCATAAA
* ** * *
17133 TTGTCGATACATTTATTAAAAGTATCGATCCCAAAAACATCGAAACCGATAATTACAATGTAATA
1 GTGTCGATACATTTACAAAAAGTATCGATCCCAAAAACATCGAAACCCATAATTATAATGTAATA
* * * * * * *
17198 GGTAAATTTACAATGTACCCGATAAAAATATACCGGTTTTATGAGAAAATAGTTCTCCATAATGT
66 GGTAAATTTACAATGTAACCGGTATAAATTTACCGATTTTATGAGAAAATAGGTCTACATAATGT
* * * * * * *
17263 ATTGACACTT-TTTAAGTTTGTGTCGATACTTTTTTCCATAATGAATGCCCAACGAGGTGCATGC
131 ATCGACACTTGTTTAA-CTTGTGTCGATACTTTTCTCCAGAATGAATGTCCAAAGAGGTGCACGC
17327 ATAAA
195 ATAAA
** * * *
17332 GTGTCGATACATTTACAATTA-TATCGAT-CCAAAAAAATTGAAACCGATAATTATAATGTAATA
1 GTGTCGATACATTTACAAAAAGTATCGATCCCAAAAACATCGAAACCCATAATTATAATGTAATA
* *
17395 GGTAAATTTGCAATGTTACCGGTATAAAT
66 GGTAAATTTACAATGTAACCGGTATAAAT
17424 AAACCGGTTT
Statistics
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0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
197 56 0.13
198 7 0.02
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200 304 0.70
201 7 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.15, G:0.15, T:0.32
Consensus pattern (199 bp):
GTGTCGATACATTTACAAAAAGTATCGATCCCAAAAACATCGAAACCCATAATTATAATGTAATA
GGTAAATTTACAATGTAACCGGTATAAATTTACCGATTTTATGAGAAAATAGGTCTACATAATGT
ATCGACACTTGTTTAACTTGTGTCGATACTTTTCTCCAGAATGAATGTCCAAAGAGGTGCACGCA
TAAA
Found at i:17552 original size:87 final size:86
Alignment explanation
Indices: 17452--17612 Score: 277
Period size: 87 Copynumber: 1.9 Consensus size: 86
17442 AATAAGTCAA
*
17452 TATAAGCGCTACCTATTACATTATATAAGCGCTACCTAATATGTTATTGTACTTGATAATATTTC
1 TATAAGCGCTACCTATTACATTATATAAGCGCTACCTAATATGTTATTGTACTTAATAATATTT-
17517 CGGTTAAATGCCTATTTTATTG
65 CGGTTAAATGCCTATTTTATTG
* * *
17539 TATAAGCGCTACCTATTATATTATATAAGCGCTACCTAATATGTTATTGTATTTAATAATATTTT
1 TATAAGCGCTACCTATTACATTATATAAGCGCTACCTAATATGTTATTGTACTTAATAATATTTC
17604 GGTTAAATG
66 GGTTAAATG
17613 ATATAATATA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
86 9 0.13
87 61 0.87
ACGTcount: A:0.32, C:0.14, G:0.12, T:0.42
Consensus pattern (86 bp):
TATAAGCGCTACCTATTACATTATATAAGCGCTACCTAATATGTTATTGTACTTAATAATATTTC
GGTTAAATGCCTATTTTATTG
Found at i:17553 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 17527--17590 Score: 83
Period size: 23 Copynumber: 2.7 Consensus size: 23
17517 CGGTTAAATG
17527 CCTATTTTATTGTATAAGCGCTA
1 CCTATTTTATTGTATAAGCGCTA
* *
17550 CCTATTATATTATATAAGCGCTA
1 CCTATTTTATTGTATAAGCGCTA
17573 CCTAATATGTTATTGTAT
1 CCT-AT-T-TTATTGTAT
17591 TTAATAATAT
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 4, Indels: 3
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
23 24 0.71
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Consensus pattern (23 bp):
CCTATTTTATTGTATAAGCGCTA
Found at i:20682 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 20674--20764 Score: 123
Period size: 3 Copynumber: 30.0 Consensus size: 3
20664 AATTTTAATC
*
20674 TTA TTA TTA TTA TGA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTAA TT- TTA TTA
1 TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TT-A TTA TTA TTA
*
20719 TTA TTA TTA TT- TTGT TTA TTAA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA
1 TTA TTA TTA TTA TT-A TTA TT-A TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA
20765 ATTACATATT
Statistics
Matches: 80, Mismatches: 3, Indels: 10
0.86 0.03 0.11
Matches are distributed among these distances:
2 4 0.05
3 68 0.85
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ACGTcount: A:0.32, C:0.00, G:0.02, T:0.66
Consensus pattern (3 bp):
TTA
Found at i:22116 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 22082--22162 Score: 101
Period size: 29 Copynumber: 2.7 Consensus size: 30
22072 TTCTAGTCCC
* *
22082 TAAGTTTCTATTTTTTCTATTTTAGTTATT
1 TAAGTTTCTATTTTTTCTATTTTAGTCACT
* *
22112 TAAGTTTCTATTTTTT-TATTTTGGTCCCT
1 TAAGTTTCTATTTTTTCTATTTTAGTCACT
* *
22141 AAAGTTTCTATTTTTGCTATTT
1 TAAGTTTCTATTTTTTCTATTT
22163 AAACACTTAA
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 6, Indels: 2
0.85 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
29 23 0.52
30 21 0.48
ACGTcount: A:0.19, C:0.10, G:0.09, T:0.63
Consensus pattern (30 bp):
TAAGTTTCTATTTTTTCTATTTTAGTCACT
Found at i:27189 original size:145 final size:145
Alignment explanation
Indices: 27030--27310 Score: 397
Period size: 145 Copynumber: 1.9 Consensus size: 145
27020 CATAATAACA
* *
27030 AATTGTAACAAATTTATTTAGTCATAAAAACATATTAAATTTAATCAAAATAAGAAATTATGTAA
1 AATTGAAACAAATTTATTTAATCATAAAAACATATTAAATTTAATCAAAATAAGAAATTATGTAA
* * *
27095 AATAAATTTAGTCACAATATTTTAT-TAAAATAACT-AATTATGACAAATTTATATT-GTCAAAA
66 AATAAATTTAGTCACAATATTTTATCAAAAATAA-TAAATGATGA-AAAATTAT-TTAGTCAAAA
*
27157 TAATAATTATTTGTAGTT
128 TAACAATTATTTGTAGTT
* * * *
27175 AATTGAAACAAATTTATTTAATCATAATAATATATTAAATTTAGTCAAAATAAGAAATTATGTCA
1 AATTGAAACAAATTTATTTAATCATAAAAACATATTAAATTTAATCAAAATAAGAAATTATGTAA
** *
27240 AATTTATTTAGTCACAATATTTTCTCAAAAATAATAAATGATGAAAAATTATTTAGTCAAAATAA
66 AATAAATTTAGTCACAATATTTTATCAAAAATAATAAATGATGAAAAATTATTTAGTCAAAATAA
27305 CAATTA
131 CAATTA
27311 ATAACAAATA
Statistics
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0.86 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
144 2 0.02
145 104 0.87
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ACGTcount: A:0.49, C:0.07, G:0.06, T:0.38
Consensus pattern (145 bp):
AATTGAAACAAATTTATTTAATCATAAAAACATATTAAATTTAATCAAAATAAGAAATTATGTAA
AATAAATTTAGTCACAATATTTTATCAAAAATAATAAATGATGAAAAATTATTTAGTCAAAATAA
CAATTATTTGTAGTT
Found at i:27234 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 27190--27234 Score: 54
Period size: 23 Copynumber: 2.0 Consensus size: 23
27180 AAACAAATTT
* * *
27190 ATTTAATCATAATAATATATTAA
1 ATTTAATCAAAATAAGAAATTAA
*
27213 ATTTAGTCAAAATAAGAAATTA
1 ATTTAATCAAAATAAGAAATTA
27235 TGTCAAATTT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 4, Indels: 0
0.82 0.18 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 18 1.00
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Consensus pattern (23 bp):
ATTTAATCAAAATAAGAAATTAA
Found at i:27629 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 27592--27654 Score: 108
Period size: 31 Copynumber: 2.0 Consensus size: 31
27582 TCGTAGTTAC
27592 TTTTGTTTAATTTTAATTAAGATATGATCAT
1 TTTTGTTTAATTTTAATTAAGATATGATCAT
* *
27623 TTTTGTTTCATTTTAATTAAGATGTGATCAT
1 TTTTGTTTAATTTTAATTAAGATATGATCAT
27654 T
1 T
27655 AAAATGTTAA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 2, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (31 bp):
TTTTGTTTAATTTTAATTAAGATATGATCAT
Found at i:38875 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 38845--38944 Score: 141
Period size: 42 Copynumber: 2.4 Consensus size: 42
38835 CATCCGCTTT
38845 ATCACCATCTTCATCTACTTCCATTTCATCTCATACTCGATC
1 ATCACCATCTTCATCTACTTCCATTTCATCTCATACTCGATC
* * *
38887 ATCTCCATTTTCATCTACTTCCA-TTCTATCTCATACTTGATC
1 ATCACCATCTTCATCTACTTCCATTTC-ATCTCATACTCGATC
38929 ATC-CCTATCTTCATCT
1 ATCACC-ATCTTCATCT
38945 TCTAATTCAT
Statistics
Matches: 52, Mismatches: 4, Indels: 4
0.87 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
41 5 0.10
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Consensus pattern (42 bp):
ATCACCATCTTCATCTACTTCCATTTCATCTCATACTCGATC
Found at i:43363 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 43312--43363 Score: 68
Period size: 24 Copynumber: 2.2 Consensus size: 24
43302 TGTAATTCCA
*
43312 ACCTCGTCCACGACCTCGACTTCC
1 ACCTCGTCCACGACCTCGACCTCC
* * *
43336 ACCTCGTCCATGACCTCTACCTCT
1 ACCTCGTCCACGACCTCGACCTCC
43360 ACCT
1 ACCT
43364 TGGCCACGTT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 4, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
24 24 1.00
ACGTcount: A:0.17, C:0.48, G:0.10, T:0.25
Consensus pattern (24 bp):
ACCTCGTCCACGACCTCGACCTCC
Found at i:52057 original size:4 final size:4
Alignment explanation
Indices: 52048--53246 Score: 2233
Period size: 4 Copynumber: 300.0 Consensus size: 4
52038 TCTTTAAACT
52048 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
52096 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
52144 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
52192 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
52240 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
52288 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
52336 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
52384 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
52432 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
52480 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
52528 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
52576 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
52624 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
52672 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
52720 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
52768 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
52816 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
52864 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* *
52912 TATG TATG CATG CATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * * * * *
52960 TATG CATG CATG CATG CATG CATG CATG CATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
53008 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
53056 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
53104 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* *
53152 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG CATG TATG CATG TATG CT-TG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG -TATG
* **
53200 TATG CT-TG TATG TATG CATG -ATG TATG TATG CCTG TATG TATG TATG
1 TATG -TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
53247 CGTGCGTGCG
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.25, C:0.01, G:0.25, T:0.49
Consensus pattern (4 bp):
TATG
Found at i:61343 original size:15 final size:15
Alignment explanation
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61307 TATGTGTGAA
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*
61334 TTA-AATTATAAATT
1 TTATAATTATAAACT
61348 TTATAATTATA
1 TTATAATTATA
61359 TATATATTTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (15 bp):
TTATAATTATAAACT
Found at i:61396 original size:18 final size:18
Alignment explanation
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61348 TTATAATTAT
*
61358 ATATATATTTAAAAAATA
1 ATATATATTTAAAAAAAA
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1 ATATATATTTAAA-AAAAA
61394 ATA
1 ATA
61397 AAAAAATTTA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 2
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ATATATATTTAAAAAAAA
Found at i:63233 original size:18 final size:18
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63197 ACGTAGAATT
*
63207 TGTCCCGAATGACCACTA
1 TGTCTCGAATGACCACTA
63225 TGTCTCGAATGACCACTA
1 TGTCTCGAATGACCACTA
*
63243 TGTCTCGAAGGACCAC
1 TGTCTCGAATGACCAC
63259 ATATCACTTA
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 2, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 32 1.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.31, G:0.19, T:0.23
Consensus pattern (18 bp):
TGTCTCGAATGACCACTA
Done.