genome.fa.s4646.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01004646.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00010416_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  139767

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8152--8323	76	2.2	77	89	1	265	34	19	10	35	1.86
8683--8848	77	2.1	77	81	3	181	32	18	11	37	1.87
9078--9118	21	2.0	21	86	9	59	2	24	2	70	1.11
9066--9098	12	2.8	12	100	0	66	6	18	0	75	1.00
9345--9479	65	2.1	64	91	1	216	23	17	14	44	1.86
12260--12302	20	2.2	20	86	0	59	32	18	16	32	1.93
12357--12467	20	5.6	20	93	0	195	27	23	18	30	1.97
14874--14932	22	2.8	21	87	7	75	42	13	27	16	1.86
14885--14932	20	2.3	22	89	7	73	45	16	22	14	1.84
18191--18301	53	2.1	53	86	0	150	57	4	1	36	1.29
19152--19178	14	1.9	14	100	0	54	77	0	0	22	0.76
20507--20604	20	4.8	20	77	3	88	36	23	18	21	1.95
20448--20604	41	3.9	41	70	11	126	38	25	17	18	1.93
20591--20761	20	8.6	20	84	5	107	35	26	18	20	1.95
20571--20780	60	3.5	58	80	7	208	37	25	17	20	1.94
20625--20780	20	7.8	20	87	4	174	35	25	17	21	1.95
20591--20780	40	4.8	40	86	5	208	36	25	17	20	1.94
21462--21508	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
21683--21707	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
22799--23105	19	17.4	19	78	16	340	47	17	20	14	1.83
22852--22906	14	3.6	14	73	21	56	45	20	23	10	1.82
22832--23127	71	4.2	68	84	10	327	46	17	21	14	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22940--23127	38	5.2	38	83	10	243	46	17	21	14	1.84
22866--23127	52	4.9	52	81	11	327	46	17	20	14	1.83
23134--23210	38	2.0	39	89	2	120	18	20	15	45	1.85
23134--23202	19	3.6	19	94	2	120	17	21	15	44	1.86
23309--23345	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
23735--23860	19	7.1	19	70	18	101	45	19	23	11	1.83
23782--23838	14	3.7	14	75	20	60	43	22	24	8	1.81
23735--23855	33	3.5	33	92	6	179	46	19	23	10	1.81
23872--23928	14	3.7	14	75	20	60	8	24	22	43	1.81
23856--23945	33	2.7	33	96	0	162	8	22	24	44	1.81
23886--23945	19	3.4	19	73	21	76	10	23	23	43	1.83
23912--23966	19	2.8	20	80	5	67	12	27	20	40	1.88
24045--24115	33	2.2	33	94	0	124	47	16	23	11	1.79
24295--24349	22	2.5	22	81	0	74	20	16	40	23	1.91
24496--24689	20	9.6	20	79	5	203	19	20	24	35	1.95
24498--24669	60	2.8	60	84	0	236	20	19	25	34	1.96
24495--24810	60	5.2	60	77	8	232	19	18	25	36	1.95
24656--24753	20	4.8	20	77	3	79	21	18	23	36	1.95
24656--24812	41	3.9	41	70	14	110	18	17	25	38	1.93
28170--28620	150	3.0	150	97	0	848	31	19	19	29	1.96
37963--38011	19	2.6	19	96	0	89	26	10	20	42	1.84
41517--41647	60	2.2	60	98	0	253	21	30	18	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52463--52536	2	37.0	2	100	0	148	50	0	0	50	1.00
55822--55880	28	2.0	31	83	9	79	35	11	1	50	1.49
56385--56515	60	2.2	60	84	4	167	36	22	3	37	1.70
56385--56527	59	2.4	59	83	5	155	37	21	2	38	1.68
60820--60852	17	1.9	17	93	0	57	48	27	3	21	1.64
61423--61450	10	2.8	10	100	0	56	53	0	17	28	1.44
62621--62722	42	2.4	42	90	0	159	7	39	19	33	1.81
62875--63018	4	35.8	4	95	1	261	72	0	27	0	0.84
63142--63251	54	2.0	54	85	7	148	36	0	10	51	1.43
63150--63269	54	2.2	58	82	10	144	35	1	11	51	1.48
63668--63727	17	3.4	17	82	13	84	41	0	8	50	1.33
67005--67046	11	3.8	11	78	12	50	23	2	2	71	1.10
67005--67046	16	2.5	17	84	7	59	23	2	2	71	1.10
67629--67670	22	1.9	22	90	0	66	45	4	4	45	1.45
67594--67670	38	2.1	37	80	11	86	42	2	6	48	1.42
67771--67815	21	2.1	22	87	4	65	42	6	4	46	1.50
67874--67912	15	2.6	15	91	0	69	33	0	5	61	1.18
67906--67937	16	2.0	16	93	0	55	37	3	15	43	1.63
67922--68078	11	13.0	11	71	21	86	45	3	7	43	1.48
67965--68078	52	2.3	49	86	4	147	47	2	7	42	1.46
72247--72285	16	2.4	16	86	0	51	23	25	15	35	1.94
73260--73304	22	2.0	22	91	0	72	62	15	11	11	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73258--73316	22	2.8	21	82	7	66	62	13	10	13	1.54
74308--74334	13	2.1	13	100	0	54	7	62	29	0	1.22
75293--75931	76	8.4	76	99	0	1242	35	21	20	21	1.96
76607--76661	22	2.5	22	93	0	101	40	14	10	34	1.81
77929--78098	74	2.3	76	84	3	220	29	20	16	34	1.94
79243--79807	83	6.8	83	97	0	1049	36	20	13	29	1.91
82024--82065	12	3.5	12	81	12	59	0	19	0	80	0.70
82027--82068	15	2.8	14	89	10	57	0	19	0	80	0.70
82364--82419	2	28.0	2	100	0	112	50	0	0	50	1.00
86732--86774	9	4.9	9	81	13	54	67	0	2	30	1.03
86731--86792	27	2.3	28	74	23	69	70	0	3	25	1.02
87458--87517	25	2.5	24	71	17	61	53	1	0	45	1.10
88217--88243	13	2.1	13	100	0	54	7	62	29	0	1.22
89010--89078	23	3.1	23	74	16	74	50	0	1	47	1.09
89012--89094	43	2.0	41	84	13	107	53	0	1	45	1.08
89024--89094	23	3.2	20	72	16	52	56	0	1	42	1.08
89931--89994	31	2.1	31	93	0	110	45	17	14	23	1.84
91500--91598	32	3.2	32	70	20	91	38	4	5	52	1.42
91465--91611	61	2.4	61	82	2	179	36	5	5	52	1.48
91666--91868	18	11.1	18	73	17	170	40	4	7	46	1.54
91642--91806	51	3.1	52	71	11	147	40	4	7	47	1.52
91711--91759	25	2.0	25	87	0	71	40	8	8	42	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91678--91798	58	2.1	58	92	0	197	41	5	8	44	1.58
91775--91863	9	9.6	10	70	18	68	40	3	6	49	1.46
93724--93781	2	28.5	2	96	3	107	48	0	1	50	1.11
93816--93864	24	2.0	25	88	4	73	40	6	12	40	1.67
93922--93988	33	2.1	32	88	2	98	50	5	5	37	1.51
93939--94012	20	3.5	20	77	16	85	52	1	6	39	1.36
93939--93999	23	2.7	23	79	16	74	54	1	6	37	1.37
93952--94001	13	3.8	13	77	17	59	54	2	6	38	1.37
94029--94059	7	4.4	7	100	0	62	45	38	0	16	1.47
94073--94170	2	52.5	2	74	17	86	51	3	0	45	1.16
94156--94212	20	2.8	21	78	10	64	49	1	3	45	1.29
94253--94343	25	3.5	26	80	8	73	41	3	5	49	1.42
94303--94343	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
94365--95179	210	3.8	212	93	2	1291	29	11	8	50	1.68
96131--96169	19	2.1	19	95	0	69	23	15	12	48	1.79
103074--103117	12	3.6	12	81	3	52	18	4	0	77	0.94
106223--106323	20	5.0	20	89	3	141	17	28	32	20	1.96
107536--107618	24	3.4	25	80	12	102	40	19	15	24	1.90
110117--110155	18	2.2	18	100	0	78	10	20	51	17	1.74
111878--111925	19	2.5	20	82	3	62	29	12	6	52	1.63
112785--112890	35	3.1	35	91	4	164	21	28	16	33	1.95
113237--113301	21	3.0	21	90	2	94	10	26	41	21	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
122358--122550	95	2.0	95	85	2	262	35	13	11	38	1.82
125963--126015	2	26.5	2	100	0	106	50	0	0	49	1.00
126070--126354	141	2.0	142	93	1	491	36	14	15	33	1.88
133405--133459	20	2.8	20	88	0	74	43	12	14	29	1.82
133770--133816	21	2.2	21	96	0	85	27	21	17	34	1.95

Tables:   1

The End!