genome.fa.s4714.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01004714.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00010624_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  152652

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1394--1418	9	2.8	9	100	0	50	0	24	32	44	1.54
3475--3515	18	2.3	18	91	4	66	63	2	4	29	1.28
3759--3888	51	2.5	50	81	7	136	22	28	34	14	1.93
3984--4025	3	14.0	3	89	0	66	28	0	4	66	1.12
22199--22422	112	2.0	112	96	0	412	38	5	20	34	1.77
26598--26638	20	2.0	21	85	4	57	58	2	2	36	1.24
27326--27357	15	2.1	15	94	0	55	0	21	0	78	0.76
27894--27918	11	2.3	11	100	0	50	48	0	0	52	1.00
27914--28005	3	30.7	3	91	0	148	61	0	2	35	1.08
28248--28979	230	3.2	226	85	5	958	29	20	12	38	1.89
28309--28986	117	5.9	115	89	2	931	30	20	12	37	1.89
29638--30114	83	5.7	84	93	3	777	36	22	12	27	1.91
31247--31301	1	55.0	1	88	0	83	0	5	0	94	0.31
43383--43414	15	2.1	15	94	0	55	0	21	0	78	0.76
43942--43973	11	2.8	11	95	4	55	43	0	0	56	0.99
43969--44067	3	32.7	3	89	2	153	61	0	2	36	1.07
46190--46320	55	2.4	55	84	0	163	44	15	20	19	1.87
46983--47132	72	2.1	72	96	0	273	37	11	26	24	1.89
53726--53943	103	2.1	103	96	0	409	27	13	22	37	1.91
53959--54019	23	2.7	23	86	0	86	21	26	26	26	1.99
53950--54027	23	3.3	23	80	1	75	24	20	21	33	1.97
60126--60159	17	2.0	17	100	0	68	23	11	29	35	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72116--72218	45	2.2	47	86	6	147	40	19	12	27	1.87
75976--76129	82	1.9	82	91	0	254	22	9	16	51	1.73
77171--77201	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
77182--77270	31	2.8	31	77	17	85	76	4	4	14	1.10
77208--77258	13	3.7	15	75	19	58	78	5	3	11	1.06
77202--77285	28	3.0	29	76	15	77	77	7	4	10	1.11
77241--77284	14	3.1	14	82	17	56	79	4	2	13	0.98
77433--77596	4	40.0	4	75	17	56	69	0	3	26	1.07
77427--77475	5	10.2	5	89	10	68	77	0	2	20	0.87
77475--77503	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
77556--77594	11	3.3	11	80	19	51	76	0	0	23	0.78
77433--77589	15	10.4	14	70	20	54	70	0	3	26	1.07
78666--78690	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
81946--81981	19	1.9	18	88	5	54	72	0	11	16	1.12
82172--82209	20	2.0	19	90	10	60	55	7	0	36	1.29
82328--83007	262	2.6	262	88	1	954	45	13	11	29	1.79
83257--83335	32	2.5	32	93	0	140	27	29	34	8	1.87
83322--83445	29	4.3	29	96	0	221	13	30	32	23	1.93
83472--83587	50	2.4	50	90	7	170	20	37	18	22	1.94
83802--83840	16	2.3	18	86	8	55	38	0	5	56	1.22
83945--84033	45	1.9	47	84	13	123	40	0	11	48	1.39
84072--84147	33	2.3	32	82	12	93	40	0	11	47	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84193--84239	16	3.0	16	84	9	53	29	0	10	59	1.31
84214--84244	15	2.1	14	94	5	53	38	0	6	54	1.26
86393--86425	17	1.9	17	93	0	57	45	12	6	36	1.66
86420--86463	21	2.1	21	86	0	61	45	4	9	40	1.56
86430--86463	11	3.2	11	83	8	52	47	5	8	38	1.59
86392--86474	14	6.2	14	76	17	63	44	9	7	38	1.65
86578--86617	14	2.9	14	88	3	55	47	5	2	45	1.38
86560--86669	13	8.9	12	75	14	73	49	4	2	43	1.37
86576--86901	26	13.2	26	71	13	213	45	9	2	42	1.48
86630--86878	98	2.5	98	96	1	464	44	10	2	43	1.49
86711--86959	124	2.0	124	96	1	464	43	10	2	44	1.51
87444--87470	14	1.9	14	100	0	54	74	14	3	7	1.18
87441--87473	17	1.9	17	88	11	50	72	15	3	9	1.21
88344--88411	35	1.9	35	93	0	118	25	16	30	27	1.96
88451--88475	12	2.1	12	100	0	50	24	60	0	16	1.36
88731--88757	13	2.1	13	100	0	54	29	48	22	0	1.51
92392--92692	74	4.1	75	75	15	229	46	5	3	44	1.43
92430--92718	38	7.9	37	84	10	319	45	5	3	45	1.44
92643--92767	62	2.0	64	85	6	175	48	4	3	43	1.40
92679--92732	26	2.0	27	89	3	83	48	5	3	42	1.44
92720--92850	37	3.5	37	68	14	88	42	7	3	45	1.50
93864--93890	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101176--101234	2	29.0	2	96	3	109	49	0	1	49	1.11
101297--101327	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
101718--101785	23	3.0	22	82	8	82	17	23	26	32	1.97
105249--105300	19	2.7	19	96	0	95	34	17	26	21	1.95
106378--106465	2	44.0	2	100	0	176	50	0	0	50	1.00
106930--106982	23	2.3	23	90	0	79	16	24	26	32	1.97
106930--106998	23	3.0	22	79	8	75	18	21	26	33	1.97
110031--110135	37	2.8	37	82	5	131	40	16	13	30	1.86
110686--110797	24	4.8	24	70	17	85	27	5	0	66	1.19
110748--110798	10	4.9	10	76	13	50	29	0	1	68	1.00
110698--110795	37	2.7	37	75	21	100	27	5	1	66	1.19
110818--110858	11	3.6	11	87	6	55	24	4	4	65	1.32
112260--112358	22	4.5	22	94	0	171	38	27	13	21	1.90
113184--114240	106	10.0	106	90	1	1583	33	24	18	23	1.97
114975--115075	37	2.7	37	89	0	139	40	13	14	30	1.85
115631--115739	24	4.8	23	72	17	86	26	5	0	66	1.19
115692--115744	26	2.0	28	85	14	76	26	0	1	71	0.96
115760--115789	12	2.6	11	94	5	51	23	6	6	63	1.43
115917--115980	32	1.9	34	84	12	89	25	4	1	68	1.17
116009--116069	2	30.5	2	100	0	122	49	0	0	50	1.00
116356--116410	22	2.6	21	83	13	60	14	1	5	78	1.02
116316--116451	39	3.4	39	75	14	118	20	4	3	71	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116375--116453	24	3.0	27	74	20	78	18	3	2	74	1.08
116304--116451	79	1.9	78	81	8	183	21	4	3	70	1.18
116374--116458	26	3.4	24	73	23	61	17	4	3	74	1.14
118323--118384	18	3.2	18	72	16	61	24	32	19	24	1.98
119924--120026	45	2.3	44	86	6	136	28	15	17	38	1.90
120979--121013	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
123342--123411	18	3.7	18	80	14	86	24	31	24	20	1.98
124213--124254	19	2.2	19	95	0	75	28	23	0	47	1.52
124961--125062	45	2.3	44	86	6	134	27	15	17	39	1.90
138955--139019	3	21.7	3	90	6	105	63	0	1	35	1.04
139345--139378	6	5.8	6	89	6	52	47	0	0	52	1.00
143120--143198	31	2.5	31	93	2	140	45	17	16	20	1.85
143221--143286	24	2.8	24	95	2	116	33	24	21	21	1.97
145926--146057	7	18.9	7	75	12	94	48	29	1	20	1.59
145961--146060	21	4.8	21	81	4	112	48	31	1	20	1.56
145926--146057	14	9.4	14	77	5	124	48	29	1	20	1.59
146640--146707	11	5.9	11	76	20	59	77	4	16	1	0.99
146640--146712	15	4.7	15	73	17	60	78	4	16	1	0.98
146719--146895	33	5.3	33	69	14	139	30	18	11	39	1.86
146719--146909	101	1.9	99	81	6	233	30	19	10	38	1.87
146898--147343	39	11.6	39	88	1	571	28	18	15	36	1.92
147336--147554	90	2.4	89	95	1	393	25	17	22	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
147876--147902	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
149957--150004	20	2.4	19	83	10	60	25	27	0	47	1.52
150041--150074	9	3.9	9	84	7	52	35	0	2	61	1.11
150040--150078	17	2.4	17	95	4	71	33	0	5	61	1.18
150795--151009	107	2.0	107	97	0	403	20	21	29	28	1.98
152434--152476	13	3.3	13	80	0	50	16	2	13	67	1.33

Tables:   1

The End!