genome.fa.s4756.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01004756.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00010734_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  139817

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1727--2502	388	2.0	389	91	1	1261	33	20	14	31	1.92
2460--2567	37	3.0	37	90	4	159	31	16	12	38	1.87
2461--2575	35	3.2	35	87	6	158	30	15	12	41	1.84
2717--2910	36	5.8	34	67	16	109	26	20	13	39	1.90
2711--2905	67	3.0	64	83	6	257	26	21	13	38	1.90
3320--3353	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
3989--4027	19	2.1	19	85	0	51	71	2	23	2	1.10
7912--7953	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
8957--8983	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
9377--9424	2	24.5	2	95	4	89	50	0	0	50	1.00
9720--9786	34	1.9	34	82	14	84	46	17	13	22	1.83
10930--10983	28	2.0	27	85	3	72	22	16	1	59	1.47
16510--16539	15	2.0	15	93	0	51	23	13	50	13	1.77
16752--17676	329	2.8	330	88	7	1358	43	5	8	42	1.57
17812--17868	21	2.7	21	76	15	64	21	5	5	68	1.29
17812--17868	10	5.5	10	76	12	53	21	5	5	68	1.29
17811--17870	11	5.6	11	73	15	54	21	5	5	68	1.29
20327--20367	20	2.0	21	85	4	57	58	2	2	36	1.24
21231--21270	19	2.2	18	90	4	62	0	17	10	72	1.11
21234--21270	18	2.1	18	89	0	56	0	18	8	72	1.08
21771--21943	3	57.7	3	95	0	310	65	0	1	32	1.05
22078--22838	114	6.6	116	90	5	995	29	20	13	36	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23571--23879	83	3.7	83	94	3	516	37	22	13	26	1.91
24600--24639	20	2.0	20	100	0	80	35	5	15	45	1.68
24932--25002	6	12.0	6	75	15	60	2	16	0	80	0.83
33077--33115	20	1.9	20	89	5	60	25	23	15	35	1.94
34434--34470	15	2.7	15	88	12	53	62	8	5	24	1.44
34461--34511	18	2.9	17	75	16	50	72	1	0	25	0.95
35210--35253	20	2.1	21	87	4	63	59	2	2	36	1.23
36142--36182	19	2.2	19	90	0	64	0	17	9	73	1.09
36673--36840	3	55.7	3	92	1	282	63	0	1	34	1.10
41890--41934	2	23.5	2	88	8	67	51	2	0	46	1.13
43612--43662	18	3.0	17	77	8	50	68	1	3	25	1.17
43878--43931	22	2.6	20	78	16	65	57	9	9	24	1.59
44970--45462	84	5.9	83	83	5	464	25	18	22	34	1.96
47672--47751	2	40.0	2	97	0	151	50	1	0	48	1.08
50108--50135	12	2.3	12	100	0	56	17	39	32	10	1.84
50538--50575	20	1.9	20	84	10	51	55	2	13	28	1.51
50967--51020	22	2.6	20	78	16	65	55	9	7	27	1.58
54538--54604	32	2.1	32	85	0	89	40	13	16	29	1.87
60506--60532	5	5.4	5	100	0	54	81	0	0	18	0.69
60688--60804	50	2.3	50	89	0	171	29	10	29	29	1.90
64337--64453	50	2.3	50	88	0	162	29	8	30	30	1.87
71015--71047	16	2.0	17	94	5	59	36	24	6	33	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72684--72729	13	3.5	13	80	13	58	45	15	0	39	1.46
73505--73539	18	1.9	18	100	0	70	48	11	22	17	1.79
73605--73659	27	2.0	27	100	0	110	29	18	7	45	1.76
77597--77656	27	2.2	25	80	11	66	46	5	3	45	1.41
77837--77873	18	2.0	19	89	5	58	59	2	5	32	1.34
79944--80036	21	4.6	20	78	4	96	38	18	24	18	1.92
79941--80036	41	2.3	41	98	0	183	39	17	23	18	1.92
79944--80036	20	4.6	20	78	4	96	38	18	24	18	1.92
79963--80097	41	3.3	41	81	6	123	37	20	21	20	1.94
80025--80118	20	4.7	20	80	2	89	34	24	18	23	1.96
80203--80296	20	4.7	20	80	2	89	23	18	24	34	1.96
80224--80358	41	3.3	41	81	4	130	20	21	20	37	1.94
80285--80377	20	4.6	20	78	4	96	18	24	18	38	1.92
80285--80380	41	2.3	41	98	0	183	18	23	17	39	1.92
92945--92996	20	2.6	20	93	0	95	32	9	34	23	1.87
95376--95434	3	19.0	3	82	6	64	59	0	0	40	0.97
95376--95432	15	3.9	15	86	8	73	57	0	0	42	0.98
95387--95434	18	2.6	18	93	3	78	60	0	0	39	0.97
95780--96335	113	5.0	112	86	6	749	28	18	15	36	1.92
96134--96184	17	3.1	17	70	16	52	21	19	9	49	1.77
95780--96332	218	2.5	222	89	5	800	28	18	15	36	1.92
97024--97243	83	2.7	83	95	1	388	40	22	11	25	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98240--98301	16	3.6	17	91	6	83	51	8	8	32	1.60
98258--98301	16	2.8	16	100	0	88	54	9	6	29	1.58
98630--98671	18	2.3	18	88	8	59	0	11	0	88	0.53
98637--98674	15	2.6	15	95	4	69	0	13	0	86	0.56
105970--106002	15	2.2	15	94	0	57	48	9	18	24	1.76
109091--109518	208	2.0	211	93	6	731	42	14	16	26	1.85
110074--110127	26	2.0	29	85	10	78	59	0	5	35	1.21
112043--112082	21	1.9	21	85	10	55	30	17	15	37	1.90
115514--115595	41	2.0	41	100	0	164	34	9	21	34	1.87
118119--118154	2	18.0	2	94	0	63	47	0	2	50	1.15
118348--118419	3	23.3	3	83	5	81	38	0	1	59	1.06
119990--120026	19	1.9	19	88	0	56	32	0	2	64	1.07
125023--125048	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
127625--127806	93	2.0	93	86	6	262	28	13	21	36	1.91
127710--127921	115	1.8	115	84	2	280	32	14	20	33	1.93
130065--130224	59	2.9	54	81	9	212	38	16	21	23	1.93
131294--132206	76	12.0	76	98	0	1740	21	22	22	34	1.97
133897--133933	19	1.9	19	88	0	56	32	0	2	64	1.07
136081--136105	3	8.3	3	100	0	50	0	36	0	64	0.94
136627--136851	64	3.5	64	82	6	215	33	19	19	27	1.96
137589--137807	101	2.2	101	94	3	379	25	13	24	36	1.92
137819--137881	23	2.7	23	92	0	99	19	28	26	25	1.98

Tables:   1

The End!