genome.fa.s4767.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01004767.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00010750_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  242172

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
829--884	25	2.2	26	96	3	105	25	10	12	51	1.71
6853--6886	15	2.4	14	85	5	50	8	67	2	20	1.31
6840--6886	14	3.3	15	82	8	55	8	68	2	21	1.27
12215--12247	16	2.0	17	88	5	50	48	0	3	48	1.17
16292--16384	46	2.1	44	82	9	111	34	17	17	31	1.93
16306--16401	46	2.1	46	100	0	192	33	12	22	31	1.91
20718--20743	13	2.0	13	100	0	52	7	23	46	23	1.78
21129--21169	16	2.6	16	88	3	57	36	12	21	29	1.90
22858--22941	21	4.1	20	87	6	116	30	20	22	26	1.98
26090--26158	30	2.3	30	82	7	79	53	5	8	31	1.55
27335--27804	84	5.7	84	86	3	587	25	18	23	32	1.97
27358--27791	163	2.6	164	85	4	552	25	19	23	32	1.97
28003--28125	48	2.6	48	93	0	201	26	17	24	32	1.96
28092--28262	43	4.0	43	91	0	234	21	14	30	33	1.93
29743--29791	18	2.6	18	83	9	53	2	16	8	73	1.16
29757--29814	29	2.0	29	83	9	75	8	13	10	67	1.42
32359--32427	18	3.4	18	68	24	57	59	4	7	28	1.44
32365--32441	25	3.4	25	67	23	78	59	3	6	29	1.40
32345--32437	43	2.2	43	98	0	177	60	4	6	29	1.41
34364--34412	21	2.3	21	96	0	89	63	8	2	26	1.34
34355--34407	21	2.7	19	76	18	56	62	7	5	24	1.44
35268--35333	31	2.1	31	85	0	87	37	4	13	43	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38823--38859	19	1.9	19	94	0	65	35	5	13	45	1.66
40145--40206	21	2.9	21	88	9	90	41	4	29	24	1.75
40858--40929	24	3.0	24	87	0	99	43	13	22	20	1.87
44208--44279	37	1.9	37	100	0	144	37	20	16	25	1.93
49289--49337	19	2.4	19	83	13	53	14	18	4	63	1.46
50603--50640	20	1.9	20	100	0	76	34	21	21	23	1.97
57462--57520	28	2.1	28	93	0	100	20	13	10	55	1.66
57473--57531	28	2.3	26	80	11	68	22	10	10	57	1.61
57645--57769	42	3.0	42	92	2	207	37	19	4	38	1.73
60677--60715	12	3.2	12	88	0	51	35	2	12	48	1.55
61484--61522	13	3.0	12	85	14	51	79	2	0	17	0.84
61482--61521	9	4.6	9	85	14	57	77	2	0	20	0.88
63080--64462	106	13.3	106	90	4	2108	22	18	24	33	1.97
63080--64462	306	4.5	306	92	4	2123	22	18	24	33	1.97
68188--68226	13	3.0	12	85	14	51	79	2	0	17	0.84
68186--68225	9	4.6	9	85	14	57	77	2	0	20	0.88
70050--70080	15	2.1	15	93	0	53	45	0	0	54	0.99
73957--74049	44	2.1	44	95	0	168	30	26	23	19	1.98
78719--78768	22	2.3	22	89	0	73	34	14	10	42	1.78
81647--81676	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
89324--89376	21	2.5	21	87	0	70	28	30	22	18	1.98
89391--89601	40	5.2	40	94	3	359	20	18	24	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89391--89601	82	2.6	82	95	1	381	20	18	24	36	1.95
89410--89635	21	11.1	20	72	16	164	21	19	22	36	1.95
90235--90259	6	4.2	6	100	0	50	0	16	48	36	1.46
90332--90398	21	3.3	20	75	6	64	35	23	20	19	1.95
100109--100409	146	2.1	146	94	0	530	28	18	15	36	1.92
100653--100691	16	2.5	16	83	4	53	25	0	7	66	1.18
100763--100809	22	2.1	22	92	0	76	44	4	21	29	1.71
103605--103643	20	1.9	21	85	15	55	20	0	33	46	1.51
103970--104015	24	1.9	24	82	8	58	39	0	0	60	0.97
104009--104053	15	2.8	17	74	19	51	40	2	4	53	1.33
111833--111894	31	2.2	28	83	13	74	29	29	24	17	1.97
127640--127724	41	2.1	40	84	2	107	42	10	9	37	1.72
132075--132145	36	2.0	35	94	2	124	40	25	9	23	1.85
136080--136111	12	2.4	14	90	10	50	37	34	0	28	1.57
137389--137430	3	13.7	3	85	14	59	64	0	0	35	0.94
137389--137430	20	2.1	20	91	8	68	64	0	0	35	0.94
138626--138657	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
140043--140117	36	2.1	36	85	9	100	48	1	4	46	1.29
140551--140643	29	3.0	31	73	9	91	36	4	3	55	1.35
140873--140926	27	2.0	27	89	7	83	64	3	3	27	1.27
144663--144722	31	1.9	31	86	6	86	40	8	26	25	1.84
145819--145856	20	1.9	20	88	0	58	23	18	13	44	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
146663--146693	2	16.0	2	93	6	55	48	0	0	51	1.00
147484--147550	20	3.3	20	79	4	89	41	17	22	17	1.90
147501--147576	21	3.7	21	76	3	91	42	18	23	15	1.89
147484--147576	41	2.3	41	98	0	177	40	18	23	17	1.90
147503--147635	41	3.2	41	82	6	128	39	21	19	20	1.93
147565--147679	20	5.7	20	78	5	97	34	24	16	24	1.95
147847--147890	22	2.0	22	95	0	79	20	45	15	18	1.85
149512--149556	18	2.5	18	88	0	72	26	44	15	13	1.83
150025--150091	20	3.4	20	81	2	73	38	23	22	14	1.92
150064--150154	32	2.8	33	88	3	148	48	20	17	13	1.81
150080--150137	14	3.9	14	70	16	53	50	22	15	12	1.77
150171--150228	14	3.9	14	77	16	62	10	15	24	50	1.75
150178--150213	18	1.9	19	94	5	65	11	13	22	52	1.72
150166--150244	32	2.4	33	89	2	124	11	17	22	48	1.79
150217--150283	19	3.5	19	76	11	64	19	23	19	37	1.94
150238--150283	20	2.4	19	85	3	56	19	23	21	34	1.96
152304--152350	19	2.5	19	96	0	85	44	17	21	17	1.86
152304--152359	19	2.9	19	89	0	58	46	16	23	14	1.83
152390--152447	20	2.9	20	94	0	98	17	22	22	37	1.93
153507--153560	24	2.2	24	90	0	81	24	16	20	38	1.92
154978--155015	16	2.4	15	87	12	58	28	2	39	28	1.70
154986--155017	16	2.0	16	100	0	64	25	0	43	31	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
155469--155505	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
156863--156929	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
156863--156985	42	2.9	41	80	7	113	22	17	36	22	1.95
158987--159165	20	9.8	19	74	15	119	44	22	21	11	1.85
158987--159170	19	10.1	19	76	15	165	43	22	22	11	1.85
158987--159170	33	5.1	37	80	11	150	43	22	22	11	1.85
159166--159210	19	2.4	19	92	0	72	8	15	26	48	1.74
159782--159859	41	1.9	41	89	0	120	23	15	21	39	1.91
159763--159856	20	4.7	20	80	2	89	24	17	24	34	1.96
159782--159877	41	2.3	41	82	3	113	21	18	21	37	1.94
162647--162709	31	2.0	31	84	6	83	39	15	15	28	1.89
163237--163303	31	2.1	32	83	8	84	31	19	8	40	1.82
166994--167065	2	36.0	2	100	0	144	50	0	0	50	1.00
170767--171109	43	8.0	43	78	9	299	25	24	18	32	1.97
170757--171101	86	4.0	86	83	3	399	25	24	18	32	1.97
174664--174707	2	22.0	2	85	0	61	0	6	47	45	1.29
175074--175150	38	2.0	38	100	0	154	36	27	12	23	1.91
177235--177298	24	2.6	25	76	11	71	57	0	3	39	1.14
178281--178340	27	2.2	28	84	6	86	55	0	10	35	1.34
181030--181421	199	2.0	201	90	2	617	32	19	13	34	1.90
193729--193885	64	2.5	63	83	5	181	31	22	23	22	1.98
209648--209681	17	2.0	17	88	0	50	52	0	32	14	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
209997--210134	64	2.2	63	80	7	154	34	18	21	25	1.96
210550--210592	18	2.4	19	80	11	54	41	2	23	32	1.67
211100--211171	29	2.4	30	88	2	101	18	19	29	33	1.95
220481--220568	40	2.2	40	100	0	176	22	22	9	45	1.80
225855--225962	24	4.3	24	66	17	76	27	0	13	58	1.36
225819--225982	76	2.2	75	84	6	215	30	1	12	56	1.44
225874--225935	32	1.9	32	84	12	83	25	0	11	62	1.28
225864--225974	19	5.8	19	71	16	61	28	0	14	56	1.38
225855--226005	76	2.0	76	85	2	205	28	1	13	56	1.45
227676--227704	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00

Tables:   1

The End!