genome.fa.s4831.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01004831.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00010883_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  186144

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1009--1043	3	11.7	3	93	0	61	65	2	0	31	1.07
2253--2319	12	5.8	11	76	18	57	76	0	7	16	1.01
2253--2313	23	2.7	21	78	16	61	77	0	6	16	0.98
2343--2414	18	4.1	17	74	15	58	63	2	6	26	1.33
2627--2728	23	4.8	19	68	20	53	63	3	5	26	1.35
2596--2664	21	3.2	22	75	19	65	62	1	4	31	1.24
3182--3279	37	2.6	37	83	3	117	30	14	14	40	1.85
4015--5279	106	12.0	106	88	2	1753	23	17	24	34	1.96
4012--5282	318	4.0	318	91	1	1973	23	17	24	34	1.96
6087--6204	22	5.4	22	93	0	200	22	11	27	38	1.89
6603--6949	172	2.0	173	92	3	583	25	17	20	36	1.94
6981--7054	29	2.5	28	78	22	71	2	10	8	78	1.06
9952--10107	31	5.0	31	92	1	251	37	22	19	20	1.95
10284--10329	24	2.0	22	87	8	65	32	21	0	45	1.52
10943--10987	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
14122--14277	31	5.0	31	91	1	242	37	22	19	21	1.95
14455--14501	23	2.0	24	91	4	78	34	21	0	44	1.52
15137--15181	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
18251--18291	15	2.6	16	81	14	50	78	0	7	14	0.96
18326--18379	21	2.8	18	84	15	65	64	3	1	29	1.21
18326--18380	18	2.8	20	83	8	69	65	3	1	29	1.20
18582--18629	2	24.5	2	87	4	71	56	0	0	43	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18579--18643	20	3.4	19	78	6	60	60	0	1	38	1.07
18653--18701	23	2.1	24	81	11	57	57	0	8	34	1.29
19177--19270	37	2.5	38	79	3	102	32	11	14	40	1.83
28750--28861	35	3.2	35	89	0	170	41	22	0	34	1.60
29801--29860	32	1.9	32	83	10	79	50	5	3	41	1.41
29912--30024	35	3.2	34	86	5	154	35	0	22	41	1.60
35337--35393	28	2.1	27	83	3	69	56	1	3	38	1.27
41464--41543	21	3.8	21	73	12	56	15	23	35	26	1.94
41483--41545	20	2.9	21	79	9	65	15	25	34	23	1.95
68659--68709	24	2.1	24	85	7	68	25	39	3	31	1.74
74125--74155	16	1.9	16	93	0	53	6	12	0	80	0.89
74717--74773	20	2.8	20	74	10	71	24	17	14	43	1.86
78280--78320	22	1.9	22	85	5	57	46	4	2	46	1.37
78328--78352	12	2.1	12	100	0	50	52	8	0	40	1.31
78818--78861	23	1.9	23	90	0	70	36	6	2	54	1.40
78871--78960	38	2.3	39	83	11	105	46	2	6	44	1.42
78922--79091	83	2.1	83	89	6	258	50	2	5	41	1.39
79130--79190	16	3.6	17	74	23	58	62	0	1	36	1.05
85323--85370	21	2.2	23	85	7	64	37	0	2	60	1.09
87743--87859	20	5.8	20	87	4	99	22	21	18	37	1.94
87765--87870	20	5.2	20	90	3	151	23	20	19	35	1.96
88732--88785	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91295--91349	19	2.8	19	83	2	65	38	21	21	18	1.94
91302--91452	19	8.8	17	69	23	77	43	19	24	11	1.85
91340--91427	14	5.6	14	70	23	59	44	19	25	11	1.84
91322--91448	33	3.8	33	97	0	236	44	18	24	11	1.83
91458--91537	33	2.4	33	91	0	124	10	20	22	47	1.79
91477--91537	19	3.5	19	70	21	60	11	21	21	45	1.82
91644--91677	14	2.4	14	90	0	50	47	17	0	35	1.48
91653--91679	14	1.9	14	100	0	54	37	22	0	40	1.54
93027--93093	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
93027--93149	42	2.9	41	79	7	113	22	18	36	21	1.95
93546--93727	19	10.2	19	74	18	151	47	19	21	10	1.80
93570--93727	33	4.6	33	92	4	226	47	19	22	10	1.79
93624--93714	14	5.8	14	72	22	74	47	19	23	9	1.79
93724--93847	35	3.5	33	80	12	108	45	10	4	40	1.57
93759--93847	36	2.5	36	85	7	119	44	10	3	41	1.54
93759--93846	35	2.5	34	87	7	115	44	10	3	42	1.55
93836--93888	2	26.5	2	100	0	106	49	0	0	50	1.00
94686--94710	13	1.9	13	100	0	50	28	0	0	72	0.86
96109--96147	14	2.8	14	84	0	51	35	28	12	23	1.91
100992--101083	45	2.0	45	89	0	139	25	16	11	46	1.81
114509--114540	11	2.9	11	100	0	64	37	18	34	9	1.83
115561--115611	26	2.0	26	96	0	93	45	7	21	25	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119352--119381	15	2.0	15	100	0	60	26	13	13	46	1.80
129767--129801	15	2.3	15	95	0	61	51	2	0	45	1.16
131476--131512	15	2.4	15	90	4	56	37	2	2	56	1.28
131933--131984	22	2.4	22	90	6	79	36	9	23	30	1.87
134226--134328	38	2.8	37	83	2	127	45	6	5	41	1.55
134358--134407	19	2.7	18	74	17	50	58	4	2	36	1.29
134289--134499	110	1.9	110	80	6	248	50	5	5	38	1.49
134611--134652	14	2.9	15	85	3	59	21	2	0	76	0.90
137613--137657	19	2.4	19	92	3	74	11	13	8	66	1.44
141021--141668	165	3.9	166	93	1	991	31	24	20	23	1.98
142235--142335	38	2.8	37	82	5	118	45	6	5	41	1.55
142243--142335	34	2.6	37	81	6	111	45	6	6	41	1.55
142364--142417	18	3.1	17	76	12	56	61	3	3	31	1.31
142403--142472	36	2.0	35	83	8	88	45	5	7	41	1.55
142494--142568	37	2.0	39	84	10	102	48	2	4	45	1.35
142611--142652	14	2.9	15	85	3	59	21	2	0	76	0.90
153745--153790	19	2.4	19	86	13	60	50	0	4	45	1.21
156612--156718	16	6.7	16	91	0	160	23	24	12	40	1.88
156612--156722	32	3.5	32	92	0	177	22	24	12	40	1.89
156970--157019	23	2.1	24	92	3	84	50	0	4	46	1.20
156969--157027	23	2.4	25	77	11	77	52	0	3	44	1.17
157007--157036	16	1.9	15	93	6	51	60	0	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
158842--158885	2	22.0	2	90	0	70	54	0	45	0	0.99
160319--160375	24	2.4	24	85	5	71	59	10	10	19	1.59
160883--161458	288	2.0	288	98	0	1125	38	22	18	21	1.94
161918--162060	61	2.3	60	81	7	162	35	6	4	53	1.48
162089--162127	18	2.1	19	90	4	62	41	0	2	56	1.13
162104--162246	33	4.5	33	79	14	176	44	4	6	44	1.52
162091--162168	18	4.4	18	71	21	58	43	2	5	48	1.38
162139--162201	25	2.5	26	84	7	76	44	4	7	42	1.54
162112--162234	58	2.1	59	93	1	212	44	5	6	43	1.53
162104--162335	91	2.5	92	80	9	224	42	3	9	44	1.54
162261--162329	34	2.0	36	85	5	97	43	2	7	46	1.46
162283--162361	2	37.0	2	76	16	70	48	2	5	44	1.38
162283--162414	20	6.6	19	72	16	99	46	5	6	42	1.51
162331--162458	53	2.4	52	78	18	156	43	7	7	41	1.61
162429--162458	13	2.3	13	94	0	51	40	3	6	50	1.45
162472--162546	22	3.5	21	73	21	66	50	1	8	40	1.40
162282--162522	33	7.7	31	72	15	133	45	5	7	41	1.55
162487--162535	13	3.8	13	75	22	50	53	2	6	38	1.38
162480--162570	15	6.3	14	67	15	60	51	1	6	40	1.35
162563--162593	14	2.3	13	94	5	53	54	19	0	25	1.44
162597--162653	22	2.6	22	88	5	71	49	5	0	45	1.24
162706--162737	11	2.9	11	90	0	55	46	3	0	50	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
162779--162839	27	2.2	28	88	2	88	39	4	8	47	1.55
162831--162917	2	43.0	2	72	15	63	45	4	1	48	1.30
162789--162846	27	2.1	27	80	0	62	41	6	6	44	1.58
162831--162917	20	4.3	21	81	12	94	45	4	1	48	1.30
165370--165414	23	2.0	23	95	0	81	24	26	26	22	2.00
170711--170756	23	2.0	23	86	0	65	23	23	23	28	2.00
171528--172334	209	3.8	209	89	6	1150	29	11	8	50	1.67
179836--179889	24	2.2	24	83	6	65	9	16	27	46	1.78
179846--179897	14	4.0	14	80	19	67	9	13	25	51	1.71
179847--179921	24	3.1	24	88	3	98	10	10	21	57	1.62

Tables:   1   2