genome.fa.s4854.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01004854.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00010944_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  160384

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8991--9045	24	2.4	23	74	11	60	49	7	1	41	1.41
9019--9212	40	5.0	40	76	14	130	45	7	3	43	1.48
9021--9126	42	2.5	41	80	10	108	45	8	2	43	1.49
9080--9212	36	3.6	36	79	10	126	44	6	3	45	1.45
9163--9191	14	2.1	14	93	6	51	44	3	6	44	1.47
9194--9240	17	2.6	18	83	13	60	42	4	0	53	1.20
9112--9243	40	3.5	37	78	16	112	44	6	2	46	1.40
9229--9258	12	2.5	12	88	0	51	40	3	0	56	1.16
12109--12264	39	4.0	39	94	0	267	28	21	29	21	1.98
13071--13126	19	3.0	19	76	2	60	10	17	53	17	1.72
17278--17332	27	2.0	27	92	0	92	23	10	18	47	1.80
20921--20970	4	11.8	4	81	8	55	74	2	4	20	1.08
20914--20956	21	2.0	21	95	0	77	76	2	2	18	1.00
20929--20958	13	2.3	13	94	0	51	76	3	0	20	0.92
21051--21105	27	2.0	28	82	10	69	69	3	9	18	1.30
21217--21267	2	25.0	2	96	4	93	49	0	1	49	1.12
22973--23179	110	1.9	110	91	0	342	21	17	23	37	1.94
23529--23603	32	2.3	32	83	0	87	21	17	30	30	1.96
24442--24477	9	3.9	9	96	3	63	0	19	0	80	0.71
24423--24475	16	3.2	17	79	12	58	1	16	1	79	0.92
24418--24479	11	5.6	11	72	24	51	1	16	1	80	0.87
27386--27603	103	2.1	103	96	0	400	25	13	23	37	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27619--27710	23	4.0	23	86	0	121	19	25	26	29	1.99
35430--35471	20	2.1	20	90	0	66	28	33	23	14	1.94
36766--36983	103	2.1	103	96	0	400	25	13	23	37	1.92
36999--37085	23	3.8	23	92	0	138	18	27	26	27	1.98
42827--42878	3	17.0	3	80	11	61	38	0	0	61	0.96
42831--42878	25	2.0	23	92	8	78	39	0	0	60	0.97
43266--43292	14	1.9	14	100	0	54	74	3	14	7	1.18
47253--47292	16	2.6	16	88	7	57	17	10	10	62	1.53
52033--52255	114	2.0	114	91	0	365	33	15	20	30	1.93
54338--54602	54	4.9	54	92	0	377	36	16	24	22	1.94
54970--55046	22	3.5	22	92	0	127	35	11	11	41	1.78
55561--55885	165	2.0	167	88	4	496	35	13	12	38	1.82
55889--56304	76	5.5	76	95	0	715	24	19	21	34	1.96
56438--56505	3	22.0	3	85	5	73	39	0	0	60	0.97
60630--60958	170	2.0	170	85	4	454	50	4	11	33	1.59
60935--60976	18	2.4	19	84	11	54	69	2	4	23	1.20
61560--61617	7	8.3	7	83	5	73	29	1	68	0	0.99
61560--61617	28	2.1	28	90	6	91	29	1	68	0	0.99
69451--69509	22	2.7	22	84	7	77	71	3	5	20	1.20
71362--71504	40	3.6	40	83	4	175	32	13	19	33	1.91
71335--71548	118	1.8	118	81	6	272	33	14	18	33	1.91
71442--71551	39	2.8	39	92	0	175	30	13	20	36	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71671--71852	40	4.6	38	76	9	143	36	15	17	30	1.91
71664--71892	39	5.8	39	81	6	203	35	15	17	31	1.91
71257--71861	310	2.0	310	88	0	904	34	14	19	31	1.92
71914--72021	40	2.8	40	72	12	109	40	12	15	31	1.84
75888--76054	90	1.9	89	94	1	298	45	7	12	34	1.70
86069--86122	25	2.2	26	78	18	62	46	11	0	42	1.39
86305--86357	24	2.2	25	80	12	67	71	3	1	22	1.12
86318--86368	16	3.3	15	78	13	50	76	5	1	15	1.07
88696--88741	22	2.1	21	84	8	56	50	0	0	50	1.00
88798--88837	15	2.7	15	88	7	55	40	5	0	55	1.22
88798--88877	18	4.4	18	71	15	58	41	7	1	50	1.39
88828--88901	37	2.1	37	82	7	91	43	6	2	47	1.44
93017--93206	92	2.1	92	87	4	267	38	11	22	27	1.88
93100--93329	123	1.9	123	88	3	356	37	12	22	28	1.90
93204--93421	92	2.4	92	84	1	303	36	11	22	29	1.89
93017--93425	215	1.9	215	87	3	608	37	11	22	28	1.89
98142--98288	46	3.0	46	88	7	186	37	20	16	25	1.93
98193--98297	54	1.9	54	90	0	165	35	19	19	26	1.95
98816--98871	2	28.5	2	75	10	53	51	3	3	41	1.36
98795--98857	28	2.2	28	86	5	83	47	11	4	36	1.60
98817--98871	28	2.0	28	85	0	74	50	3	3	41	1.37
99691--99965	140	2.0	134	86	4	379	47	5	12	35	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99694--99965	137	2.0	138	88	2	402	47	5	12	35	1.63
101033--101147	51	2.3	51	84	6	144	34	5	8	51	1.55
103052--103097	23	1.9	25	82	8	60	50	2	0	47	1.13
103515--103703	92	2.1	91	87	1	270	36	11	22	29	1.90
103583--103826	122	2.0	123	90	0	382	38	14	20	27	1.91
103710--103887	92	1.9	91	90	3	286	41	11	19	28	1.86
103515--103917	214	1.9	214	87	2	594	38	11	21	28	1.89
104600--104643	17	2.6	17	77	0	52	59	0	0	40	0.98
106243--106304	32	1.9	32	90	0	97	29	27	11	32	1.91
106249--106302	16	3.4	16	73	0	54	25	25	11	37	1.89
106958--107020	2	30.5	2	90	6	99	47	1	1	49	1.20
106961--107031	16	4.2	17	92	3	74	45	2	2	49	1.31
107291--107331	6	6.8	6	88	0	64	34	31	12	21	1.91
107433--107483	17	2.7	19	85	8	61	29	25	1	43	1.66
107641--107743	13	7.1	14	73	21	88	42	4	5	46	1.49
107616--107688	24	2.9	24	78	17	60	38	4	6	50	1.48
107707--107761	18	3.1	19	84	7	71	45	1	5	47	1.36
107640--107758	13	7.9	15	71	19	63	42	4	5	47	1.47
107850--108365	207	2.4	208	83	7	605	27	12	7	52	1.65
119592--119648	25	2.2	25	75	9	62	71	3	7	17	1.22
122431--122471	14	3.0	14	86	13	59	80	0	19	0	0.71
122436--122471	5	7.6	5	87	12	58	80	0	19	0	0.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
122431--122471	9	4.6	9	85	8	57	80	0	19	0	0.71
125186--125219	13	2.8	13	91	8	54	41	0	32	26	1.56
130222--130298	28	2.6	30	85	8	113	49	9	2	38	1.48
130182--130303	2	63.0	2	67	15	51	46	9	1	42	1.45
130645--130720	29	2.6	29	81	4	91	43	11	9	35	1.73
131011--131144	59	2.2	60	84	8	168	36	15	13	34	1.87
132557--132671	51	2.3	51	83	8	137	34	7	10	46	1.67
132902--132991	42	2.1	42	97	0	171	34	14	14	36	1.87
133667--133724	20	2.9	20	81	0	71	37	17	17	27	1.92
137332--137368	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
137464--137531	13	5.2	13	87	0	100	35	17	20	26	1.95
137464--137531	26	2.6	26	95	0	118	35	17	20	26	1.95
138861--138898	15	2.6	15	87	4	51	68	2	26	2	1.16
146604--146649	23	2.0	24	91	4	76	54	13	0	32	1.39
155931--155994	20	3.2	20	84	0	83	32	15	15	35	1.90
155931--156008	40	2.0	39	87	2	111	34	16	12	35	1.87
158445--158469	11	2.3	11	100	0	50	84	0	0	16	0.63
159195--159227	16	2.1	16	94	0	57	54	24	15	6	1.63
159169--159295	70	1.9	66	88	6	191	46	17	11	24	1.81
159261--159342	10	7.6	10	72	18	58	62	20	7	9	1.50
159598--159625	14	2.0	14	100	0	56	64	14	7	14	1.48

Tables:   1

The End!