genome.fa.s4894.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01004894.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00011017_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  143737

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1356--1642	122	2.3	121	88	3	396	34	15	27	22	1.94
2369--2559	36	5.3	36	77	9	194	36	21	18	23	1.95
2369--2539	71	2.4	70	80	6	195	36	21	19	22	1.95
2691--2875	42	4.5	42	79	2	212	25	22	22	29	1.99
2691--2875	83	2.2	83	97	0	352	25	22	22	29	1.99
2546--3374	294	2.8	292	89	5	1238	31	17	20	31	1.95
2987--3168	41	4.5	41	76	4	190	24	21	23	29	1.99
2987--3168	82	2.2	82	91	2	287	24	21	23	29	1.99
3069--3566	216	2.3	212	83	3	642	32	16	20	31	1.94
3632--3816	37	5.1	37	84	5	243	37	18	17	25	1.93
3528--3681	78	2.0	78	83	7	197	32	22	19	25	1.97
3632--3816	70	2.6	70	83	3	253	37	18	17	25	1.93
6641--6698	14	3.9	16	75	22	56	48	1	1	48	1.22
12940--12987	21	2.3	21	88	0	69	12	29	33	25	1.92
13675--13706	12	2.7	12	100	0	64	34	18	6	40	1.76
13812--13880	2	36.0	2	83	13	83	43	2	0	53	1.15
13910--14001	35	2.8	32	82	11	100	26	4	2	67	1.21
13910--13986	35	2.3	34	86	8	104	24	5	2	67	1.24
13975--14033	17	3.5	18	73	13	54	20	3	0	76	0.93
14136--14181	20	2.3	20	92	7	76	15	4	0	80	0.86
14136--14181	10	4.7	9	82	17	56	15	4	0	80	0.86
14226--14267	19	2.2	19	87	8	59	16	2	2	78	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14226--14269	10	4.5	10	80	13	56	18	2	2	77	0.98
14261--14314	26	2.0	27	82	10	67	12	7	7	72	1.28
17435--17487	27	2.0	26	88	3	79	77	3	13	5	1.09
17441--17487	13	3.5	14	80	13	55	76	4	14	4	1.09
17559--17693	69	2.0	69	87	0	198	37	22	13	27	1.91
18440--18467	12	2.3	12	100	0	56	39	17	7	35	1.78
18634--18719	32	2.7	31	78	7	82	32	15	18	33	1.92
19340--19544	106	1.9	106	92	2	340	37	24	17	20	1.94
19463--19599	63	2.2	62	84	5	168	33	25	16	24	1.96
19798--19884	37	2.4	36	86	5	122	25	20	11	42	1.86
19900--19976	37	2.1	36	83	7	93	24	19	15	40	1.90
19964--19997	15	2.3	15	94	0	59	23	14	20	41	1.89
19862--20099	117	2.0	117	89	1	361	30	17	13	39	1.88
20017--20103	37	2.4	36	80	3	102	25	17	12	44	1.83
20031--20101	37	1.9	37	88	0	106	25	18	14	42	1.87
20168--20270	36	2.8	37	92	2	172	30	20	13	35	1.91
20285--20401	36	3.2	36	84	7	155	26	19	13	40	1.89
21624--21665	17	2.5	16	85	11	57	30	2	0	66	1.04
21621--21697	15	4.5	16	72	20	59	27	5	0	67	1.12
21621--21697	18	4.5	17	73	14	68	27	5	0	67	1.12
21766--21863	37	2.8	36	82	11	107	27	4	2	66	1.21
21834--21895	16	3.5	17	75	18	56	22	3	0	74	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21920--21978	9	6.6	9	77	11	59	20	0	6	72	1.06
22094--22135	19	2.2	19	87	8	59	16	2	2	78	0.96
22094--22136	10	4.4	10	80	14	54	16	2	2	79	0.95
23865--23916	23	2.3	23	86	6	70	61	7	5	25	1.45
24563--24599	17	2.2	17	86	13	51	54	0	8	37	1.30
24618--24650	17	1.9	17	93	0	57	33	0	0	66	0.92
29519--29579	21	2.9	22	85	9	83	9	24	39	26	1.86
33385--33424	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
41243--41287	19	2.4	19	85	3	56	33	0	2	64	1.06
49907--50008	21	5.0	21	79	4	118	21	20	25	32	1.98
49932--50009	40	2.0	40	89	0	120	23	21	24	30	1.99
50707--50781	19	3.7	19	76	13	78	33	22	18	25	1.97
50776--51115	21	16.5	20	79	12	225	23	20	21	33	1.97
50771--51080	62	5.0	62	81	9	352	23	21	20	33	1.97
50771--51115	82	4.2	82	87	6	425	24	20	21	33	1.97
50782--51033	102	2.5	102	92	3	418	23	21	21	34	1.97
52018--52319	150	2.0	149	99	0	595	30	8	11	49	1.70
63133--63180	17	2.8	17	78	12	62	31	33	18	16	1.94
63133--63179	6	8.3	6	81	13	64	31	34	17	17	1.92
63133--63179	11	4.2	11	86	5	67	31	34	17	17	1.92
63506--63625	7	17.1	7	70	10	57	47	29	2	20	1.63
63471--63567	41	2.3	40	84	5	113	46	28	2	22	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63531--63585	28	2.0	28	82	7	67	47	21	3	27	1.68
63504--63631	36	3.7	35	78	7	120	46	28	2	21	1.64
65813--66017	103	2.0	103	91	1	329	37	9	3	50	1.51
66674--66727	20	2.7	20	77	11	74	27	29	14	27	1.95
66670--66844	21	8.6	21	76	13	116	30	25	15	28	1.96
66793--66862	19	3.6	20	79	9	65	38	22	12	25	1.90
66821--66881	18	3.3	18	81	6	59	34	19	14	31	1.92
67602--67635	12	2.8	12	90	0	50	55	29	0	14	1.40
67761--67814	24	2.2	24	90	0	81	22	18	18	40	1.91
70074--70114	18	2.3	18	86	0	55	56	26	2	14	1.51
70558--70607	25	2.0	25	96	0	91	26	8	22	44	1.80
70994--71030	18	2.1	18	89	0	56	32	5	10	51	1.60
70986--71038	24	2.2	24	86	0	70	35	3	13	47	1.61
71232--71307	35	2.2	35	85	4	109	36	22	13	27	1.91
71299--71385	39	2.2	39	93	0	156	45	21	14	17	1.84
71560--71602	20	2.2	20	91	0	68	41	20	18	18	1.90
75025--75075	22	2.3	22	89	0	75	25	13	39	21	1.90
75203--75247	20	2.2	20	88	0	63	24	15	15	44	1.85
75240--75279	21	1.9	21	100	0	80	40	17	22	20	1.92
75292--75345	20	2.7	20	77	11	74	25	14	31	27	1.95
75434--75476	22	2.0	22	85	0	59	39	2	4	53	1.34
80895--80922	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82839--82932	20	4.6	20	79	2	62	20	19	23	37	1.94
82860--82952	20	4.6	20	79	2	114	15	21	22	40	1.90
82835--82952	61	1.9	61	94	0	209	18	20	22	38	1.93
82944--82996	22	2.4	22	93	0	97	16	16	28	37	1.91
83614--83650	5	7.4	5	87	0	56	0	21	45	32	1.52
83614--83658	10	4.4	10	94	2	72	0	20	48	31	1.49
83779--83835	21	2.7	20	78	10	69	33	26	15	24	1.95
88926--88962	19	2.0	18	89	5	56	45	0	0	54	1.00
103155--103297	48	3.0	46	86	6	187	37	29	18	15	1.91
109255--109310	24	2.3	24	93	0	94	1	21	28	48	1.60
110383--111184	84	9.7	82	82	5	834	24	20	24	30	1.99
110402--111135	248	2.9	247	83	4	850	24	20	24	30	1.99
110402--111184	332	2.4	332	95	1	1424	23	20	24	30	1.99
115560--115615	24	2.3	24	93	0	94	1	21	28	48	1.60
130528--130980	224	2.0	224	99	0	897	33	22	18	25	1.97
132622--132661	21	1.9	21	94	0	71	30	15	7	47	1.72
132656--132746	33	2.8	32	91	5	146	34	6	15	43	1.72
132765--132794	13	2.3	13	94	0	51	40	3	10	46	1.54
132989--133045	21	2.7	21	91	0	96	19	26	26	28	1.99
133212--133267	15	3.6	15	79	9	67	32	12	12	42	1.80
133231--133264	18	1.9	18	94	5	61	38	11	11	38	1.79
133358--133389	16	2.0	17	88	11	50	43	21	21	12	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
138999--139082	34	2.5	33	86	3	96	36	23	4	34	1.76
140808--140833	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00

Tables:   1

The End!