genome.fa.s4918.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01004918.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00011073_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  134243

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2489--2516	6	4.7	6	100	0	56	17	17	64	0	1.30
3750--3848	39	2.6	38	83	4	128	32	17	10	40	1.83
11545--11592	20	2.4	20	96	0	87	39	8	14	37	1.76
12305--12338	13	2.6	13	100	0	68	32	23	8	35	1.86
15101--15153	20	2.7	20	96	0	97	28	35	15	20	1.93
20912--20997	42	2.0	42	82	10	104	37	39	6	16	1.75
23556--23597	22	1.9	22	90	0	66	30	21	21	26	1.98
28962--29018	20	2.8	20	94	0	96	24	15	36	22	1.94
29699--29762	22	2.9	22	88	0	101	31	23	20	25	1.98
51514--52570	528	2.0	528	98	0	2060	37	19	13	29	1.90
54425--54475	24	2.1	24	100	0	102	43	13	19	23	1.87
55809--56073	136	1.9	136	87	4	392	35	11	22	30	1.90
56602--56661	28	2.1	28	87	0	84	45	6	5	43	1.52
58558--58650	21	4.5	21	78	4	100	39	18	24	17	1.91
58558--58650	41	2.3	41	100	0	186	39	18	24	17	1.91
58577--58711	41	3.3	41	84	4	148	37	21	20	20	1.94
58639--58732	20	4.7	20	80	7	91	32	25	17	24	1.96
59215--59252	20	1.9	20	88	0	58	13	15	21	50	1.78
60572--60616	18	2.5	18	85	0	63	26	46	15	11	1.79
61143--61200	14	3.9	14	79	16	71	48	25	17	8	1.75
61127--61217	32	2.8	33	94	3	166	47	23	18	10	1.80
61089--61222	19	7.6	19	72	18	92	42	23	20	12	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61229--61306	32	2.4	33	89	6	124	11	19	23	46	1.82
61300--61345	20	2.4	19	92	3	74	15	23	26	34	1.94
63335--63507	19	9.6	19	87	10	258	46	17	21	14	1.83
63369--63502	71	2.0	69	91	7	220	49	17	20	13	1.79
63335--63507	52	3.2	52	95	4	292	46	17	21	14	1.83
63526--63583	20	2.9	20	94	0	98	17	22	22	37	1.93
64640--64693	24	2.2	24	90	0	81	24	16	20	38	1.92
64868--64892	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
67179--67237	19	3.4	19	73	22	74	45	18	22	13	1.84
67423--67459	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
68814--68880	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
68853--68934	42	2.0	42	85	0	110	24	17	36	21	1.94
71389--71482	20	4.7	20	80	2	89	24	17	24	34	1.96
71471--71563	20	4.5	21	78	4	100	17	24	18	39	1.91
71410--71544	41	3.3	41	84	4	148	20	20	20	38	1.94
71471--71563	41	2.3	41	100	0	186	17	24	18	39	1.91
73082--73116	18	1.9	18	94	0	61	40	2	2	54	1.30
76758--76792	11	3.2	11	91	0	52	25	25	14	34	1.94
77188--77239	17	3.0	17	79	17	54	28	19	0	51	1.47
77565--77599	18	1.9	18	94	0	61	31	34	20	14	1.92
77769--77825	19	3.3	19	63	27	54	31	15	12	40	1.85
77771--77843	32	2.3	32	100	0	146	30	16	10	42	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81211--81452	51	4.7	51	87	3	317	45	14	14	25	1.84
82580--82666	42	2.1	42	86	4	122	54	6	5	33	1.51
85291--85390	3	33.7	3	78	13	109	32	2	0	66	1.03
85286--85392	21	5.2	21	85	10	141	31	1	0	65	1.10
86712--86786	36	2.1	36	80	14	84	26	1	6	65	1.25
87127--87170	23	1.9	23	85	0	61	47	4	0	47	1.22
90967--91009	15	2.9	15	86	6	61	30	16	0	53	1.43
99886--100134	113	2.2	113	94	1	437	37	13	18	30	1.89
100126--100164	19	2.1	19	95	0	69	56	12	20	10	1.65
100013--100261	132	1.9	133	91	2	412	40	13	18	27	1.88
100227--100527	122	2.5	122	93	0	496	41	15	19	23	1.90
100745--100804	3	19.7	3	76	10	59	33	3	0	63	1.11
100748--100797	16	3.0	16	78	18	57	34	2	0	64	1.05
102372--102544	83	2.1	83	80	8	192	39	9	9	41	1.70
106262--106291	15	1.9	16	93	6	53	16	0	0	83	0.65
107216--107260	21	2.1	21	83	0	54	51	2	6	40	1.41
109250--109312	26	2.4	26	86	5	83	55	1	6	36	1.35
111340--111391	23	2.3	22	75	12	52	61	1	3	32	1.25
111903--111928	13	2.0	13	100	0	52	0	46	0	53	1.00
112716--112762	12	3.8	12	76	15	51	74	0	2	23	0.93
112713--112754	16	2.7	15	85	10	50	73	0	2	23	0.94
112801--112899	38	2.6	37	84	13	116	48	4	1	46	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112801--112899	37	2.6	38	85	7	130	48	4	1	46	1.27
112883--112942	16	3.6	17	75	6	61	43	6	3	46	1.46
112884--113001	33	3.5	33	75	13	96	43	4	2	50	1.35
112927--113009	38	2.2	38	85	12	111	40	2	2	54	1.27
112927--113223	36	7.4	39	73	16	134	43	5	3	48	1.41
112865--113003	31	4.3	31	71	19	97	42	4	2	50	1.37
113010--113248	36	6.4	37	79	11	245	44	7	3	44	1.48
112956--113063	53	2.0	54	91	8	175	43	3	1	50	1.30
113010--113248	73	3.2	73	85	6	318	44	7	3	44	1.48
113012--113253	39	6.4	38	78	8	226	44	7	3	45	1.48
113630--114436	165	4.9	164	85	3	874	23	20	25	29	1.99
113619--114565	165	5.8	164	82	5	706	24	20	25	29	1.99
113788--114565	413	1.9	409	88	1	1171	24	20	25	29	1.99
113603--114437	328	2.5	327	80	5	948	24	20	25	29	1.99
119840--119891	23	2.3	22	78	12	61	65	1	3	28	1.21
120414--120444	13	2.3	14	94	5	55	0	38	3	58	1.15
121229--121290	25	2.5	25	76	15	65	72	1	4	20	1.12
121230--121284	23	2.4	23	84	6	67	72	1	5	20	1.13
121308--121406	37	2.6	37	79	16	107	49	4	1	45	1.27
121372--121452	29	2.7	30	80	10	85	43	6	2	48	1.41
121465--121710	37	6.4	37	74	14	201	46	6	2	45	1.39
121539--121563	13	1.9	13	100	0	50	56	0	4	40	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121437--121719	84	3.5	81	80	11	332	46	5	2	45	1.38
130380--130440	30	2.0	30	90	0	95	26	13	16	44	1.84

Tables:   1

The End!