genome.fa.s4946.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01004946.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00011119_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99126

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4804--4837	12	2.9	12	86	4	52	50	8	11	29	1.69
5384--5440	24	2.5	23	80	5	62	36	24	14	24	1.92
5396--5441	24	2.0	23	91	8	76	36	26	13	23	1.91
8196--8231	18	2.0	18	88	0	54	27	5	25	41	1.77
8236--8304	6	11.8	6	80	6	52	7	7	49	36	1.58
8236--8305	23	3.0	23	82	2	68	8	7	48	35	1.61
8233--8292	29	2.1	29	84	6	77	5	6	48	40	1.51
8270--8305	18	2.0	18	94	0	63	13	5	47	33	1.67
8477--8764	103	2.8	101	87	4	416	31	4	30	32	1.79
8777--8812	11	3.4	11	92	3	56	41	13	27	16	1.87
9014--9149	60	2.2	61	89	2	220	34	11	6	47	1.65
9095--9134	21	1.9	21	85	10	55	35	7	5	52	1.51
9094--9140	21	2.3	21	78	10	53	38	6	4	51	1.47
9191--9312	33	3.6	33	90	5	174	43	7	7	41	1.60
9236--9293	17	3.5	17	67	21	50	46	8	5	39	1.57
9253--9383	51	2.5	51	91	2	208	43	6	6	44	1.54
9253--9416	53	3.1	51	82	6	186	44	4	6	44	1.50
9253--9416	51	3.2	50	81	9	172	44	4	6	44	1.50
9463--9573	7	17.0	6	76	12	53	45	3	6	45	1.46
9458--9547	27	3.4	26	83	9	101	47	3	6	42	1.46
9355--9573	2	104.0	2	65	22	58	42	3	6	47	1.46
9355--9628	122	2.3	121	77	13	271	43	4	6	45	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9622--9702	17	4.8	18	74	18	77	41	8	7	41	1.63
9668--9841	31	5.7	32	71	17	127	48	4	6	40	1.49
9665--9712	18	2.7	17	80	3	60	41	6	8	43	1.60
9704--9793	20	4.4	20	78	20	105	53	2	5	38	1.37
9703--9769	25	2.9	23	79	16	77	55	1	4	38	1.29
9699--9856	62	2.6	59	79	14	164	50	2	6	40	1.41
9748--9854	17	6.3	18	69	17	59	48	2	7	41	1.46
9895--9951	26	2.4	24	85	11	73	36	5	8	49	1.57
9478--9979	270	1.9	268	83	8	669	44	5	7	42	1.56
10103--10406	2	153.0	2	64	22	81	45	3	4	46	1.41
10161--10242	11	7.8	10	70	22	53	47	2	2	47	1.28
10205--10242	11	3.5	11	88	0	58	44	2	2	50	1.30
10293--10354	11	6.0	11	69	14	51	41	1	8	48	1.42
10310--10409	30	3.3	30	86	10	143	48	2	4	46	1.32
10506--11413	215	4.3	215	93	1	1537	29	12	8	50	1.69
15486--16208	199	3.6	196	82	5	855	31	15	14	38	1.88
19539--20703	199	5.8	199	79	4	1263	31	16	13	38	1.88
19539--20705	400	2.9	398	90	2	1806	31	16	13	38	1.88
20704--20757	15	3.6	15	92	0	81	35	7	18	38	1.79
21015--21067	25	2.1	25	92	0	88	50	9	3	35	1.53
21026--21081	25	2.2	25	80	0	67	53	17	3	25	1.60
22047--22102	9	6.2	9	82	0	67	28	30	1	39	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22047--22102	6	9.3	6	90	0	67	28	30	1	39	1.67
22051--22108	18	3.2	18	87	0	71	27	29	1	41	1.66
24053--25138	200	5.4	200	93	0	1807	34	15	11	38	1.83
23621--25138	400	3.8	398	87	4	2090	33	14	12	39	1.84
23621--25138	600	2.6	586	88	3	2149	33	14	12	39	1.84
25404--25452	19	2.6	19	93	0	80	55	8	2	34	1.41
27007--27097	18	5.1	18	87	0	128	2	37	0	60	1.09
27350--27393	21	2.1	21	86	0	61	18	29	6	45	1.75
29759--30292	181	2.9	181	89	1	782	28	16	13	41	1.87
30930--30954	11	2.3	11	100	0	50	24	0	16	60	1.36
31067--31092	13	2.0	13	100	0	52	15	38	15	30	1.88
34056--34092	13	2.8	13	83	0	56	16	45	21	16	1.84
38215--38257	11	3.9	11	84	0	50	32	9	9	48	1.67
38215--38256	22	1.9	22	85	0	57	33	7	9	50	1.62
39004--39394	117	3.4	117	73	11	394	40	14	16	28	1.88
38802--39417	225	2.7	224	89	1	892	39	13	15	31	1.86
41024--41360	169	2.0	169	98	0	647	27	20	18	34	1.96
43520--43567	18	2.7	17	80	6	51	77	8	2	12	1.08
43536--43576	9	4.6	9	80	20	50	78	2	2	17	0.98
43728--43826	47	2.1	48	81	9	114	72	4	3	20	1.14
43955--44031	14	5.4	14	68	14	50	67	0	2	29	1.04
43924--43974	25	2.0	27	84	7	70	58	1	3	35	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43953--44021	21	3.3	20	75	21	63	68	0	2	28	1.04
44445--44487	17	2.5	17	96	0	77	34	27	11	25	1.91
45369--45846	106	4.5	106	83	5	579	24	19	23	32	1.97
46584--46711	67	1.9	66	84	10	172	39	9	15	35	1.80
46844--47166	106	3.0	105	87	1	414	23	20	23	33	1.97
47624--47735	32	3.5	32	85	6	138	37	19	13	29	1.90
48595--48732	69	2.0	69	91	0	222	23	13	24	38	1.91
48805--48866	13	5.0	12	81	18	74	1	16	3	79	0.95
48804--48864	25	2.4	27	89	10	94	3	16	3	77	1.04
53546--53628	42	2.0	42	85	0	112	71	1	2	25	1.06
53693--53745	2	27.0	2	87	11	74	50	0	3	45	1.19
53708--53797	23	4.0	22	75	16	69	62	0	5	32	1.18
53741--53806	19	3.4	19	76	15	64	66	0	4	28	1.11
55604--55696	24	3.6	24	76	16	78	51	7	10	30	1.64
55604--55673	30	2.3	30	95	0	131	52	5	10	31	1.58
55603--55673	6	11.8	6	81	0	79	52	5	11	30	1.60
57861--57955	34	2.8	34	79	7	104	27	15	2	54	1.53
58073--58157	34	2.6	32	82	15	102	25	12	2	58	1.46
57869--58283	201	2.1	201	88	1	616	28	19	10	41	1.85
59439--59465	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
62139--62180	22	1.9	22	90	9	68	42	16	11	28	1.84
69263--69314	21	2.5	21	81	3	61	38	19	25	17	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69303--69396	20	4.7	20	80	7	100	34	24	18	23	1.96
69910--69976	19	3.5	19	85	2	89	47	25	16	10	1.78
69977--70078	52	1.9	53	88	2	152	12	23	21	42	1.87
69972--70103	19	7.1	19	81	11	130	13	23	19	43	1.87
72251--72320	21	3.3	20	69	9	59	22	40	18	18	1.92
73630--73665	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
73773--73836	33	1.9	33	96	0	119	45	20	23	10	1.82
73773--73839	19	3.8	19	75	18	72	46	19	22	11	1.82
73855--73973	33	3.7	32	85	9	170	15	22	18	43	1.87
73841--73972	66	2.0	65	91	1	210	17	21	18	42	1.89
76253--76277	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
76451--76504	24	2.2	24	90	0	81	40	20	16	22	1.91
77276--77326	21	2.5	20	87	6	68	37	17	23	21	1.94
77311--77382	20	3.5	20	75	3	72	43	20	18	18	1.89
77594--77661	20	3.4	20	72	8	75	39	23	20	16	1.91
77578--77681	40	2.9	34	77	15	109	40	22	22	15	1.91
77706--77751	18	2.5	19	96	3	85	15	17	17	50	1.79
79763--79896	20	7.5	19	70	18	83	44	20	20	14	1.86
79822--79912	14	5.9	14	72	20	65	49	20	17	12	1.78
79806--79917	33	3.4	33	95	1	190	48	20	18	12	1.80
79806--79928	65	1.9	66	88	5	187	47	21	17	12	1.80
79924--80019	19	5.7	18	67	21	73	13	19	19	46	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79946--80003	14	3.9	14	70	16	53	12	17	20	50	1.78
79929--80019	32	2.8	33	89	3	148	13	18	19	48	1.81
79992--80047	20	2.9	19	76	12	60	17	21	21	39	1.93
80536--80580	18	2.5	18	92	0	81	13	13	44	28	1.81
81887--81959	19	3.8	20	81	5	78	45	23	17	13	1.84
82191--82234	22	2.0	22	95	0	79	18	15	45	20	1.85
82417--82531	20	5.7	20	82	6	115	24	18	25	32	1.97
82399--82534	61	2.3	61	83	2	177	23	17	24	34	1.96
82520--82574	20	2.7	21	77	5	58	20	23	16	40	1.91
82875--82938	31	2.1	31	87	0	92	37	7	9	45	1.66

Tables:   1   2