genome.fa.s5038.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01005038.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00011309_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  139316

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7487--7518	14	2.4	14	94	5	57	62	0	0	37	0.95
14877--14932	22	2.7	21	81	8	69	30	16	26	26	1.96
14805--14985	93	1.9	94	84	3	240	30	17	24	27	1.97
14954--15002	20	2.6	19	87	6	64	26	20	32	20	1.97
15338--15619	59	4.8	59	93	1	478	33	12	19	35	1.88
23798--23875	23	3.5	22	72	13	70	28	19	20	32	1.97
24708--24741	9	3.7	9	88	4	50	52	14	8	23	1.69
24747--25133	183	2.1	183	92	2	636	46	8	2	42	1.48
25258--25286	15	1.9	15	100	0	58	17	6	27	48	1.72
29598--29634	16	2.2	17	90	4	58	16	13	16	54	1.72
30566--30623	30	1.9	30	100	0	116	67	0	13	18	1.23
32370--32413	22	2.0	22	86	4	61	56	0	2	40	1.11
33031--33064	6	5.7	6	96	0	50	17	17	26	38	1.92
33918--33968	20	2.5	20	83	0	66	33	19	15	31	1.93
45360--45452	23	4.0	22	80	8	80	22	24	20	32	1.98
45410--45460	23	2.2	23	89	0	75	27	17	19	35	1.94
45371--45460	46	2.0	46	86	4	128	23	22	20	34	1.97
45372--45470	46	2.2	46	83	7	121	22	23	22	32	1.98
46230--46335	20	5.2	21	67	16	71	28	20	24	26	1.99
51748--51824	24	3.2	24	94	0	136	31	36	2	29	1.71
53783--54022	119	2.0	120	95	0	428	39	16	18	25	1.91
55038--55162	60	2.1	60	80	5	137	32	15	20	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64105--64144	16	2.5	17	84	11	50	72	10	2	15	1.21
66186--66292	3	35.7	3	90	0	169	65	0	0	33	0.99
66583--67450	113	7.7	113	96	0	1405	29	20	13	37	1.90
68102--68582	84	5.7	84	94	1	813	35	22	14	28	1.93
68102--68574	167	2.8	167	94	0	820	35	21	14	28	1.93
68112--68582	251	1.9	252	94	1	829	35	21	14	28	1.92
69337--69381	18	2.6	17	89	6	65	55	6	6	31	1.52
69708--69794	10	8.1	10	80	12	84	2	16	0	81	0.79
69710--69791	11	7.5	11	81	15	82	2	14	0	82	0.76
69708--69796	7	12.9	7	71	19	71	2	15	0	82	0.78
80395--80431	15	2.7	15	88	12	53	62	8	5	24	1.44
82539--82635	3	32.7	3	90	2	151	65	0	1	32	0.99
83014--83292	104	2.6	110	84	10	362	40	15	20	23	1.91
83014--83327	104	2.9	104	81	13	322	42	14	19	23	1.87
83304--83350	4	12.2	4	82	8	62	72	0	0	27	0.85
83014--83336	112	3.0	107	76	17	308	43	13	18	24	1.86
83349--83417	29	2.3	29	92	2	120	52	2	13	31	1.55
84944--85218	107	2.5	113	84	6	341	22	17	19	40	1.92
85022--85234	114	1.8	116	84	3	295	23	18	17	40	1.91
85661--85710	17	3.1	16	80	11	57	14	6	8	72	1.27
88106--88174	28	2.4	29	81	9	81	15	21	13	49	1.79
89512--89611	8	12.5	8	76	12	64	79	2	17	2	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89541--89609	19	3.7	20	83	9	83	78	0	20	1	0.83
89535--89609	30	2.7	27	80	13	89	78	0	20	1	0.82
89566--89599	11	2.9	12	86	8	52	82	0	17	0	0.67
89535--89623	28	3.2	28	81	9	101	78	0	19	2	0.85
93051--93094	21	2.1	21	84	16	56	29	22	4	43	1.73
93644--93888	91	2.7	91	88	0	382	38	15	21	24	1.92
93804--93960	75	2.1	74	90	1	242	36	14	23	25	1.92
93722--94054	166	2.0	166	90	0	522	37	15	21	25	1.93
93889--94078	91	2.1	91	91	0	308	38	14	21	25	1.92
95187--95245	29	2.0	29	87	6	84	30	18	3	47	1.65
95211--95487	127	2.2	129	84	3	362	26	18	10	43	1.83
95653--95685	16	2.1	16	94	0	57	27	15	6	51	1.66
95917--95963	2	23.5	2	100	0	94	48	0	0	51	1.00
97774--98003	39	6.0	39	77	7	195	25	22	11	40	1.88
97894--97957	17	3.2	20	70	30	57	28	18	9	43	1.81
97986--98022	14	2.5	15	86	13	58	21	35	13	29	1.92
98099--98166	23	3.0	23	86	4	102	29	22	10	38	1.87
98099--98360	37	6.8	38	69	16	116	29	19	11	39	1.87
98185--98257	39	1.9	36	83	8	92	31	15	12	41	1.84
98358--98489	66	2.0	66	95	0	237	28	20	12	38	1.88
98806--99137	95	3.5	95	78	6	330	32	15	24	27	1.95
98806--99138	48	7.0	49	73	10	208	32	15	24	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101614--101709	42	2.3	40	81	12	97	44	3	1	51	1.24
103765--103851	43	2.0	43	95	0	156	44	8	17	29	1.77
104524--104580	30	1.9	30	96	0	105	29	14	1	54	1.50
106838--106886	16	3.1	16	76	8	55	53	16	6	24	1.66
107491--107560	31	2.3	31	89	0	113	38	10	20	31	1.85
112912--112937	12	2.2	12	100	0	52	7	7	38	46	1.61
119633--119674	22	2.0	21	90	4	66	14	28	38	19	1.90
122295--122355	23	2.7	23	92	2	97	18	26	32	22	1.97
128130--128223	50	1.9	49	81	12	113	50	4	0	45	1.21
128458--128504	20	2.3	21	75	10	53	63	6	2	27	1.30
129816--130005	3	61.7	3	83	7	238	61	1	1	36	1.13
130301--130969	113	5.9	113	93	0	1079	28	19	14	37	1.91
131531--132244	52	13.7	51	93	2	1149	38	21	15	24	1.92
133170--133269	21	4.9	21	85	10	129	0	14	0	86	0.58
133174--133257	15	5.7	15	84	9	93	0	11	0	88	0.53
133179--133266	11	8.3	11	80	9	85	0	12	0	87	0.54
133174--133257	25	3.2	27	79	16	97	0	11	0	88	0.53
133172--133269	28	3.6	27	86	9	130	0	13	0	86	0.56
133173--133269	13	7.1	14	82	10	114	0	13	0	86	0.57
133172--133257	1	86.0	1	78	0	82	0	11	0	88	0.52

Tables:   1

The End!