genome.fa.s5039.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01005039.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00011312_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  112412

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
699--774	30	2.5	29	81	12	82	42	1	3	52	1.28
715--789	30	2.5	29	85	10	89	38	1	2	57	1.21
7452--7496	23	2.0	23	82	8	56	40	15	26	17	1.90
7920--7970	2	26.0	2	96	4	95	50	0	0	49	1.00
8464--8505	17	2.4	17	88	4	57	28	0	0	71	0.86
8551--8594	23	1.9	23	85	0	61	31	31	0	36	1.58
13108--13153	16	2.9	15	84	9	56	80	8	10	0	0.91
13111--13153	22	2.0	22	91	8	72	81	9	9	0	0.88
13114--13203	42	2.1	42	82	8	103	75	6	15	2	1.11
13246--13285	19	2.1	19	85	4	53	40	15	10	35	1.80
16547--16603	3	18.7	3	89	10	89	31	0	0	68	0.90
21936--22026	17	5.2	17	71	16	53	75	6	5	12	1.16
21964--22029	17	3.9	17	73	16	57	78	9	3	9	1.05
21974--22089	19	6.6	17	71	14	67	77	6	6	10	1.11
21969--22093	32	4.0	31	72	19	91	77	6	5	10	1.11
21969--22096	9	14.8	8	70	23	66	77	6	5	10	1.12
22136--22178	20	2.1	21	86	4	61	69	2	4	23	1.18
22232--22288	21	2.6	21	76	15	53	68	0	8	22	1.17
24050--24447	121	3.3	118	82	6	387	24	16	25	33	1.96
24407--24566	58	2.7	61	87	10	240	25	18	17	38	1.92
24757--24783	14	1.9	14	100	0	54	22	14	22	40	1.90
25394--25443	10	5.0	10	78	7	57	2	12	2	84	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25399--25557	81	2.0	82	82	3	196	10	20	10	59	1.59
30829--31226	2	206.0	2	62	22	68	46	3	5	44	1.41
30829--30892	30	2.2	29	83	8	76	51	3	0	45	1.17
30834--30998	18	8.8	18	70	20	99	47	3	2	46	1.33
30829--31001	80	2.2	76	79	11	199	47	3	2	46	1.32
30852--31102	104	2.5	98	77	14	242	46	3	4	45	1.40
31090--31127	15	2.4	17	78	17	53	50	5	2	42	1.39
31021--31171	77	2.0	77	90	2	241	48	2	4	44	1.37
31419--31506	42	2.1	42	93	0	149	39	6	11	42	1.68
31657--31727	37	1.9	37	88	5	108	40	7	11	40	1.68
31713--31823	20	5.2	22	78	15	101	40	7	9	43	1.64
31730--31808	39	2.0	39	82	4	97	41	7	7	43	1.61
39318--39363	23	2.0	24	91	4	76	50	2	0	47	1.13
39521--39598	16	4.9	16	95	0	120	43	12	23	20	1.86
45698--45740	18	2.2	20	88	8	63	69	0	9	20	1.15
45778--45813	16	2.1	17	90	10	56	77	8	0	13	0.98
45799--45825	6	4.5	6	100	0	54	85	0	0	14	0.61
45783--45884	28	3.7	27	75	9	89	76	5	4	12	1.13
45899--45941	2	21.5	2	95	0	77	48	0	2	48	1.14
45952--45993	20	2.1	20	86	8	59	69	2	4	23	1.20
46105--46157	3	17.0	3	92	7	88	67	0	0	32	0.91
49344--49386	18	2.5	18	81	7	54	23	4	2	69	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49438--49504	2	33.5	2	100	0	134	49	0	0	50	1.00
49490--49647	82	1.9	83	83	6	207	34	6	3	56	1.41
49703--49731	4	7.2	4	100	0	58	24	0	0	75	0.80
49930--50005	38	2.1	38	82	9	95	31	5	6	56	1.47
49993--50018	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
50078--50102	9	2.8	9	100	0	50	20	0	0	80	0.72
54561--54595	10	3.5	10	85	14	54	80	8	11	0	0.92
54560--54597	20	1.9	20	100	0	76	78	10	10	0	0.95
54564--54613	20	2.3	21	86	10	66	78	10	10	2	1.06
55668--55703	18	2.0	18	94	0	63	16	8	33	41	1.78
56169--56238	36	1.9	36	97	0	131	27	22	14	35	1.93
56222--56280	32	1.9	32	86	10	88	38	18	10	32	1.84
57075--57640	106	5.3	106	92	0	880	34	24	19	21	1.96
59066--59142	33	2.3	33	82	14	88	37	1	3	57	1.26
59425--59499	34	2.1	38	83	16	97	30	5	9	54	1.54
59490--59516	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
59575--59599	9	2.8	9	100	0	50	20	0	0	80	0.72
65084--65120	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
75655--75703	3	16.3	3	91	0	80	65	2	2	30	1.15
75947--76192	46	5.7	43	73	13	184	26	18	30	24	1.98
75869--76064	88	2.3	83	84	6	232	25	17	31	26	1.97
75858--76222	40	8.6	41	70	13	181	25	18	31	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75901--76222	128	2.5	127	91	2	500	25	18	31	24	1.97
76073--76228	88	1.8	82	86	8	222	25	19	32	23	1.98
76271--76347	28	2.6	28	80	13	93	48	14	14	23	1.80
76373--76423	26	1.9	27	84	11	70	41	13	17	27	1.87
76349--76466	63	1.9	62	84	11	161	41	13	17	27	1.87
76708--76787	40	2.0	40	95	0	142	36	11	21	31	1.88
76800--76865	31	2.2	30	88	2	96	39	13	9	37	1.77
76839--76982	63	2.3	62	81	10	177	45	13	11	29	1.78
77137--77367	63	3.6	64	81	7	213	47	12	11	29	1.75
77223--77338	36	3.4	35	73	16	118	44	10	11	33	1.74
77166--77357	66	3.0	65	85	3	228	46	11	11	30	1.76
77259--77589	29	11.1	30	73	14	181	46	13	10	29	1.78
77324--77589	29	9.2	28	73	14	193	46	14	10	28	1.78
77265--77617	149	2.4	146	90	3	548	47	14	11	26	1.78
77865--77961	36	2.7	35	79	9	97	32	13	18	35	1.90
77901--78133	105	2.3	101	85	6	290	37	12	19	30	1.89
78609--78660	16	3.5	15	80	20	65	28	0	25	46	1.53
78575--78647	4	19.0	4	75	13	73	30	0	20	49	1.49
79809--79846	11	3.4	11	89	7	58	5	13	10	71	1.30
80462--80543	26	3.4	26	69	19	86	40	9	25	24	1.86
80450--80543	46	2.1	45	89	2	143	37	9	26	26	1.87
86512--86581	3	23.3	3	94	0	122	65	1	1	31	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88001--88028	14	2.0	14	100	0	56	14	21	21	42	1.88
91162--91198	19	1.9	19	94	0	65	32	29	16	21	1.95
91305--91419	20	5.7	20	69	11	90	32	26	19	22	1.97
91325--91440	21	5.6	21	69	11	78	35	24	18	21	1.96
91303--91441	41	3.4	41	89	0	215	34	24	17	23	1.96
91579--91636	22	2.6	22	94	0	98	18	44	18	17	1.87
92000--92026	14	1.9	14	100	0	54	55	14	14	14	1.70
94003--94050	19	2.5	19	75	0	51	16	16	18	47	1.82
94057--94143	20	4.3	20	85	5	113	19	19	24	36	1.95
94660--94751	42	2.2	42	78	3	96	23	33	18	23	1.97
96278--96355	20	3.9	20	81	6	86	43	24	17	14	1.86
96345--96629	34	8.4	34	76	10	260	23	18	20	37	1.94
96408--96542	20	7.3	20	72	18	132	21	20	23	34	1.96
96374--96542	54	3.1	54	73	8	164	20	20	23	36	1.95
96345--96542	108	1.8	107	86	3	290	21	19	23	36	1.95
98859--98895	14	2.6	14	95	4	65	5	18	21	54	1.64
99088--99141	24	2.2	24	90	0	81	40	20	16	22	1.91
99796--99833	17	2.2	17	100	0	76	26	5	36	31	1.79
99980--100017	20	1.9	20	100	0	76	26	18	28	26	1.98
99979--100023	20	2.2	20	88	0	72	24	15	28	31	1.96
100283--100314	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
101317--101376	11	5.4	11	73	16	52	18	5	1	75	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101317--101375	18	3.5	16	82	13	57	18	5	1	74	1.09
101402--101440	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
101641--101690	22	2.2	24	79	13	61	14	6	4	76	1.13
101714--101770	13	4.3	14	70	16	50	17	5	0	77	0.95
103175--103226	24	2.2	24	82	6	61	38	0	0	61	0.96
105390--105445	24	2.3	24	100	0	112	37	16	17	28	1.91
109841--109884	20	2.2	20	88	8	63	25	15	4	54	1.60

Tables:   1

The End!