genome.fa.s5117.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01005117.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00011504_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129754

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
172--220	17	2.8	18	69	27	50	32	6	8	53	1.55
164--267	37	2.9	37	88	9	146	30	5	9	53	1.57
902--964	33	1.9	33	87	6	92	31	23	7	36	1.84
932--994	21	3.0	21	95	2	110	31	20	12	34	1.90
4773--4831	20	2.9	21	82	2	75	11	23	35	28	1.91
12507--12561	16	3.5	16	77	22	71	56	3	7	32	1.44
12503--12574	31	2.3	31	100	0	144	56	2	5	34	1.37
12523--12574	15	3.4	15	76	23	63	57	1	3	36	1.28
13342--13388	3	16.0	3	95	4	87	31	0	0	68	0.90
15459--15506	17	2.7	18	77	6	53	12	16	0	70	1.16
19076--19131	7	8.3	7	77	13	55	82	1	14	1	0.84
19078--19147	20	3.4	19	73	26	63	80	4	14	1	0.94
19076--19147	14	5.2	13	79	11	63	80	4	13	1	0.92
19076--19127	26	2.0	26	88	7	79	82	1	13	1	0.84
20203--20276	32	2.3	32	83	0	94	28	13	20	37	1.90
20469--20761	64	4.6	64	85	4	376	35	19	12	31	1.90
20467--20761	128	2.3	128	87	2	414	35	19	13	31	1.90
20845--21194	124	2.8	124	88	1	524	35	25	14	24	1.94
21257--22008	86	8.8	86	82	2	811	35	21	17	25	1.95
21262--22008	171	4.4	171	83	2	831	35	21	17	25	1.95
22630--22665	17	2.1	17	89	0	54	33	13	13	38	1.85
23755--23796	16	2.7	15	78	7	57	35	0	0	64	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24498--24707	20	10.4	20	78	6	217	38	25	18	18	1.93
24452--24708	81	3.2	81	80	6	297	38	24	17	18	1.92
24498--24705	41	5.1	41	89	1	321	38	25	17	18	1.93
24509--24705	40	4.9	41	91	1	317	38	24	17	18	1.93
25280--25339	19	3.0	21	80	9	88	50	16	23	10	1.75
25265--25339	19	3.8	20	82	8	84	52	17	20	10	1.74
25367--25488	33	3.5	33	83	8	145	12	22	19	45	1.84
25424--25479	20	2.8	20	80	20	80	16	25	19	39	1.91
27184--27563	94	4.1	94	95	1	647	21	12	18	47	1.81
27698--27734	19	1.9	19	100	0	74	48	29	16	5	1.68
27778--27864	20	4.3	20	92	0	129	20	19	21	37	1.94
28348--28452	21	5.0	21	72	3	86	20	37	19	23	1.94
28373--28455	42	2.0	42	83	4	105	21	38	19	20	1.93
29809--29844	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
29966--30035	33	2.1	35	89	10	110	45	17	21	15	1.85
32336--32389	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
32336--32403	24	2.8	24	84	0	64	38	20	17	23	1.93
33251--33336	20	4.3	20	88	2	111	23	18	20	37	1.94
33333--33378	21	2.2	21	88	0	65	36	17	28	17	1.92
33429--33642	20	10.6	20	78	6	225	18	17	25	38	1.92
33431--33642	41	5.2	41	91	1	329	18	17	25	38	1.92
33651--33703	20	2.7	20	91	5	81	13	18	24	43	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33431--33703	40	6.8	40	80	7	214	18	17	25	38	1.92
33428--33703	81	3.4	81	81	5	308	18	17	25	38	1.92
33753--33806	20	2.7	19	75	8	63	16	18	31	33	1.93
37426--37466	21	1.9	22	90	5	66	21	2	36	39	1.67
39363--39420	23	2.5	23	85	0	80	29	24	25	20	1.99
40024--40165	64	2.2	65	83	5	173	26	19	20	33	1.96
41582--42394	210	3.8	211	92	2	1224	50	8	11	29	1.67
42418--42526	2	54.5	2	75	13	91	46	0	4	47	1.29
42491--42543	27	2.0	27	88	0	79	47	5	5	41	1.51
42626--42719	17	5.3	17	72	15	66	43	0	5	51	1.24
42662--42722	22	3.0	22	88	9	85	40	0	8	50	1.32
42729--42762	7	4.9	7	85	0	50	17	0	35	47	1.48
42759--42783	6	4.2	6	100	0	50	32	0	0	68	0.90
42791--42845	13	4.2	13	77	17	60	40	7	1	50	1.40
42809--42894	33	2.6	33	83	8	104	40	8	4	46	1.54
42928--43082	43	3.8	42	85	12	223	42	9	7	40	1.65
43051--43119	33	2.2	32	89	5	104	43	8	8	39	1.66
42923--43115	18	9.9	20	69	25	121	41	9	7	41	1.65
42936--43172	20	12.2	19	67	25	108	41	9	7	42	1.64
43077--43244	53	3.2	52	83	9	180	41	7	5	46	1.54
42920--43226	20	16.2	19	66	22	94	41	8	6	43	1.60
43209--43263	11	4.9	11	77	4	56	49	7	3	40	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43276--43432	35	4.6	33	81	12	174	45	6	5	43	1.51
43300--43441	18	8.1	18	75	12	143	47	6	4	41	1.50
43357--43423	33	2.2	29	82	15	82	44	5	4	44	1.48
43428--43494	27	2.6	26	81	9	66	56	2	2	37	1.30
43281--43494	104	2.1	104	80	7	238	48	5	4	42	1.46
43496--43630	61	2.2	61	85	2	173	49	5	10	34	1.59
46346--46382	19	1.9	19	94	0	65	43	5	0	51	1.24
46630--46692	32	2.0	32	87	0	90	25	23	22	28	1.99
48939--48995	22	2.9	18	76	18	69	3	14	7	75	1.14
49284--49328	15	3.0	15	96	0	81	28	6	31	33	1.83
49321--49361	21	1.9	22	90	5	66	29	0	29	41	1.56
51008--51106	39	2.5	39	91	3	155	40	2	37	20	1.64
55061--55113	2	26.5	2	100	0	106	49	0	0	50	1.00
55265--55313	25	2.0	24	84	15	64	57	10	4	28	1.50
56551--56622	3	23.3	3	89	10	110	66	0	1	31	1.00
56784--57030	40	5.7	42	71	15	130	27	17	27	27	1.97
56868--57082	52	4.6	50	69	21	160	28	17	26	27	1.97
56790--57276	135	3.7	134	86	4	607	28	17	26	27	1.98
57295--57471	88	2.0	87	91	1	282	29	21	23	25	1.99
57737--57808	32	2.2	32	82	0	81	30	23	13	31	1.94
67089--67153	2	32.5	2	100	0	130	49	0	0	50	1.00
71905--71953	21	2.3	21	92	0	80	36	26	4	32	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74164--74229	24	2.5	26	81	15	75	69	3	6	21	1.24
75736--75857	33	3.6	34	85	6	158	29	9	18	41	1.83
75910--76186	37	7.8	36	76	11	254	38	14	19	26	1.91
75910--76161	73	3.6	72	75	13	281	38	15	19	26	1.91
78089--78178	38	2.4	38	88	0	126	25	24	25	24	2.00
78908--79105	76	2.6	77	88	2	276	19	23	33	23	1.97
81672--81752	21	3.8	21	79	9	67	16	24	37	22	1.93
87510--87714	76	2.7	77	86	4	265	20	23	32	23	1.98
90125--90172	22	2.2	22	85	7	62	0	14	4	81	0.84
92063--92096	15	2.1	17	89	10	54	73	0	14	11	1.10
93223--93316	5	19.0	5	69	22	56	72	2	5	20	1.15
95952--96003	26	2.0	26	96	0	95	26	21	11	40	1.87
100207--100245	14	2.8	14	100	0	78	0	48	5	46	1.24
105990--106027	19	2.0	19	85	10	51	34	0	0	65	0.93
109010--109056	23	2.0	23	84	8	60	57	12	2	27	1.47
129316--129345	15	2.0	15	93	0	51	26	16	6	50	1.70

Tables:   1

The End!