genome.fa.s5176.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01005176.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00011677_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  252380

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1596--1773	90	2.0	90	93	2	304	44	5	11	38	1.64
8296--8472	90	2.0	89	93	1	300	46	6	10	36	1.63
8943--9053	31	3.5	31	96	1	195	18	18	21	40	1.91
11549--11595	3	15.7	3	86	0	67	36	0	0	63	0.94
11597--11634	2	19.5	2	89	5	60	55	0	0	44	0.99
12061--12089	14	2.0	15	93	6	51	62	3	0	34	1.12
12302--12365	23	2.8	23	81	13	87	28	26	25	20	1.99
12381--12703	103	3.1	103	93	1	565	37	23	12	26	1.91
13185--13222	20	1.9	20	88	0	58	10	31	34	23	1.89
13250--13292	21	2.0	21	90	0	68	16	23	27	32	1.96
19326--19389	23	2.8	23	90	0	74	28	21	26	23	1.99
19337--19390	23	2.3	23	96	0	99	25	20	29	24	1.99
19405--19723	103	3.1	103	97	0	597	37	24	12	25	1.91
20203--20239	19	1.9	19	94	0	65	13	29	32	24	1.93
20223--20357	70	1.9	70	98	0	261	18	22	26	31	1.97
20337--20376	21	1.9	21	89	0	62	17	20	30	32	1.95
23588--23627	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
25977--26049	25	2.8	26	74	15	71	67	8	4	20	1.34
26022--26069	17	3.0	16	73	8	53	68	4	4	22	1.24
28006--28048	22	1.9	23	90	4	70	48	2	0	48	1.14
28347--28466	53	2.3	53	76	13	124	47	0	4	47	1.27
33797--33893	3	33.0	3	81	10	112	30	2	1	65	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34926--34955	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
35235--35297	28	2.4	26	76	15	67	26	0	7	65	1.20
35219--35278	11	5.2	11	74	18	50	30	1	6	61	1.31
35217--35316	14	6.8	14	71	15	53	30	1	5	64	1.22
35323--35392	35	2.0	35	100	0	140	51	2	2	42	1.31
40734--40765	15	2.1	15	100	0	64	25	18	6	50	1.70
51801--51860	18	3.2	18	80	4	66	46	0	3	50	1.18
52055--52268	55	3.9	55	83	6	218	28	22	15	33	1.95
52068--52268	110	1.8	110	82	6	264	28	21	15	33	1.95
52276--53814	54	28.9	54	86	4	1857	21	26	19	33	1.97
52276--53804	264	5.8	264	88	3	2121	21	26	19	33	1.97
52245--53802	423	3.7	424	86	3	2082	21	26	19	33	1.97
54100--54208	37	3.0	36	83	5	130	23	22	22	31	1.99
55334--55588	124	2.0	125	87	3	381	24	27	17	30	1.97
62026--62062	15	2.5	15	90	0	56	45	0	2	51	1.15
63087--63118	15	2.1	15	94	0	55	53	6	15	25	1.65
67999--68030	3	11.0	3	93	6	57	68	0	31	0	0.90
68401--68437	18	2.1	18	94	0	65	35	10	2	51	1.51
68395--68442	18	2.5	20	80	13	64	31	10	2	56	1.45
68966--69002	18	2.1	18	94	0	65	35	10	2	51	1.51
68960--69007	18	2.5	20	80	13	64	31	10	2	56	1.45
68280--69413	565	2.0	565	100	0	2268	37	12	14	35	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70017--70564	123	4.5	123	91	1	872	39	15	19	26	1.91
70944--71035	3	31.0	3	81	12	102	29	3	1	66	1.14
70936--71035	25	4.0	26	80	13	95	27	3	2	68	1.15
70944--71035	49	2.0	45	87	12	132	29	3	1	66	1.14
72083--72110	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
72424--72474	14	3.6	14	80	12	52	31	0	1	66	1.03
72463--72515	3	17.7	3	100	0	106	33	0	0	66	0.92
72517--72584	35	1.9	35	93	0	118	51	4	2	41	1.37
73701--73783	17	4.9	17	65	11	53	26	13	14	45	1.81
73701--73783	34	2.4	34	78	11	98	26	13	14	45	1.81
73772--73843	17	4.2	17	80	5	74	37	15	6	40	1.74
88962--89138	60	3.0	59	77	7	178	43	3	19	33	1.67
90627--90656	15	2.0	15	93	0	51	43	20	30	6	1.77
102079--102131	3	17.7	3	100	0	106	33	0	0	66	0.92
102130--102166	13	2.8	13	88	11	58	62	0	0	37	0.96
103488--103528	20	2.0	21	85	4	57	36	2	2	58	1.24
106128--106156	14	2.1	14	100	0	58	17	20	41	20	1.90
107272--107344	23	3.4	21	86	5	85	30	30	23	16	1.96
108887--109009	61	2.0	61	87	0	174	27	17	28	26	1.97
117357--117396	19	2.1	19	85	0	53	40	27	10	22	1.86
118530--118804	137	2.1	130	86	8	378	49	6	18	25	1.72
118933--118972	21	1.9	21	84	0	53	45	10	12	32	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119200--119239	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
121880--121932	22	2.5	20	82	14	63	26	0	5	67	1.12
124111--124138	3	9.3	3	100	0	56	35	0	0	64	0.94
125517--125549	11	3.2	11	87	12	52	45	0	0	54	0.99
135749--135808	12	5.3	11	74	18	52	76	0	3	20	0.92
136162--136201	18	2.2	18	95	0	71	27	5	7	60	1.45
137388--138164	114	6.7	113	78	9	691	39	13	18	28	1.88
137501--138243	114	6.3	121	76	11	700	39	13	18	27	1.88
137501--138243	238	3.1	237	92	1	1213	39	13	18	27	1.88
138470--138521	3	17.3	3	95	0	95	32	0	1	65	1.04
139905--139933	11	2.5	12	88	11	51	37	0	0	62	0.96
141044--141128	24	3.5	24	75	0	71	43	20	12	23	1.86
145785--145841	24	2.4	24	84	0	69	35	17	19	28	1.94
151817--151889	17	4.3	16	76	11	65	30	16	13	39	1.87
151895--151941	18	2.7	18	83	12	62	40	19	6	34	1.77
155162--155194	16	2.1	16	88	5	50	9	3	33	54	1.47
158623--158675	20	2.7	20	96	0	97	35	3	22	37	1.72
160179--160329	50	3.0	49	87	3	203	29	17	23	29	1.97
160818--160864	22	2.0	24	84	15	64	42	0	4	53	1.20
163547--163580	12	2.7	13	86	9	52	41	5	8	44	1.60
165939--166004	21	3.0	21	69	16	62	27	19	21	31	1.97
165921--165997	23	3.4	23	70	13	70	29	22	19	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
165911--166013	44	2.3	44	88	6	163	30	18	21	30	1.97
165944--166016	21	3.4	21	67	29	55	27	19	19	34	1.96
172534--172575	13	3.2	13	80	12	59	45	0	0	54	0.99
174068--174135	29	2.4	30	85	9	90	39	1	4	54	1.30
174058--174213	80	2.0	80	85	5	217	39	3	7	50	1.46
174982--175082	42	2.4	41	77	9	107	27	10	4	56	1.54
175103--175239	44	3.1	43	75	9	134	21	18	7	51	1.70
178780--178862	29	2.8	29	90	1	130	42	10	14	32	1.80
182230--182259	15	2.0	15	93	0	51	13	0	30	56	1.37
183546--183628	29	2.8	29	90	1	130	42	10	14	32	1.80
186601--186665	21	3.5	20	66	30	54	29	7	20	43	1.79
186593--186713	35	3.3	36	87	7	165	31	5	19	42	1.75
191223--191283	21	3.2	21	65	29	64	31	4	21	42	1.74
191215--191335	35	3.3	36	88	7	174	31	4	19	43	1.72
197420--197467	13	3.7	13	83	8	62	37	12	18	31	1.88
223949--223981	16	2.0	17	94	5	59	24	6	0	69	1.10
224014--224157	75	1.9	76	82	4	184	40	6	8	44	1.61
227280--227305	13	2.0	13	100	0	52	38	7	15	38	1.76
232820--232875	23	2.4	23	90	0	94	25	3	33	37	1.73

Tables:   1

The End!