genome.fa.s5188.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01005188.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00011717_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95952

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6212--6275	21	3.0	22	76	17	71	26	39	23	10	1.88
9661--9802	58	2.5	60	78	8	150	30	25	10	33	1.90
16186--16219	17	1.9	18	94	5	61	35	17	5	41	1.74
16381--16492	59	1.9	58	83	10	147	33	17	12	35	1.88
16525--17149	58	10.8	59	77	7	618	31	24	10	34	1.88
16436--17149	116	6.1	116	92	0	1124	30	23	10	34	1.89
22454--22533	29	2.8	29	96	0	142	42	7	11	38	1.69
24252--24311	12	5.0	12	74	8	59	51	18	13	16	1.76
24245--24311	24	2.8	24	81	0	80	53	17	11	16	1.72
24289--24348	24	2.5	24	76	10	68	45	16	18	20	1.86
29586--29678	12	7.8	12	69	9	64	49	18	13	18	1.80
29584--29690	48	2.2	48	81	6	128	49	17	14	18	1.79
29584--29690	24	4.4	25	76	11	98	49	17	14	18	1.79
42509--42547	19	2.0	19	90	5	60	25	20	17	35	1.95
47212--47256	16	2.8	16	82	0	63	53	31	8	6	1.58
47228--47327	32	3.1	32	80	7	105	48	26	8	18	1.75
47880--47924	21	2.2	20	84	15	56	51	0	8	40	1.33
48699--48730	15	2.2	15	94	5	57	50	0	0	50	1.00
49320--49348	3	9.7	3	100	0	58	0	34	0	65	0.93
49216--49328	52	2.2	52	98	0	217	10	28	14	46	1.77
50092--50123	16	2.0	16	93	0	55	34	18	15	31	1.93
50380--50483	27	3.7	26	75	15	84	47	0	1	50	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54284--54701	3	139.3	3	86	0	424	33	6	3	56	1.43
54284--54681	48	8.4	48	85	6	481	32	7	3	56	1.44
54907--54961	20	2.7	21	77	5	58	40	16	23	20	1.91
54950--55063	20	5.7	20	83	6	113	31	25	18	24	1.97
54947--55063	61	1.9	61	85	0	162	33	24	17	23	1.97
55637--55767	19	7.1	19	79	10	146	12	22	19	45	1.83
55659--55759	52	1.9	53	85	2	141	11	22	20	44	1.84
57219--57349	63	2.1	63	97	0	244	21	17	36	24	1.94
57922--58124	42	4.8	42	78	2	185	23	36	17	22	1.94
58058--58124	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
57919--58094	84	2.1	84	97	0	334	22	38	16	23	1.93
59480--59515	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
59640--59694	14	3.6	14	73	21	56	45	21	23	9	1.80
59622--59711	33	2.7	33	92	0	153	43	20	22	14	1.87
59622--59682	19	3.5	19	74	21	69	44	21	22	11	1.84
59707--59824	19	6.7	19	65	19	67	16	22	21	40	1.91
59710--59804	33	2.9	31	86	9	136	15	22	21	41	1.90
61357--61403	24	2.0	24	91	0	76	34	17	19	29	1.94
61361--61412	24	2.2	24	82	0	59	36	19	17	26	1.94
62144--62194	20	2.5	20	96	0	93	29	17	31	21	1.96
62407--62498	20	4.6	20	90	6	141	34	23	23	17	1.96
62407--62498	42	2.3	39	88	5	139	34	23	23	17	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62524--62607	19	4.7	19	90	10	133	14	21	17	46	1.84
62524--62620	38	2.8	33	84	14	140	13	22	18	45	1.84
62613--62651	20	2.0	20	94	0	69	12	10	30	46	1.75
62734--62770	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
64623--64688	20	3.3	20	84	0	69	40	25	18	15	1.89
64642--64709	20	3.5	20	81	2	75	39	23	22	14	1.91
64698--64756	14	3.9	14	79	16	73	49	23	16	10	1.77
64682--64753	32	2.2	33	97	2	137	47	22	18	12	1.81
64767--64858	14	5.4	18	67	21	65	11	18	20	48	1.79
64772--64862	32	2.8	33	91	3	148	12	16	20	50	1.77
64835--64901	20	3.4	19	75	6	62	14	20	23	40	1.90
65384--65428	18	2.5	18	85	0	63	13	15	42	28	1.85
66710--66761	20	2.6	20	84	0	68	38	28	19	13	1.89
66996--67044	22	2.3	21	80	10	55	22	16	40	20	1.91
67003--67046	22	2.0	22	90	0	70	18	18	43	20	1.89
67214--67309	20	4.6	22	73	12	87	21	17	22	37	1.94
67214--67311	41	2.4	41	87	0	151	21	17	22	38	1.93
67214--67329	41	2.8	41	81	5	119	20	18	22	37	1.94
67302--67352	21	2.4	21	100	0	102	13	21	19	45	1.85
67809--67850	18	2.4	18	88	4	59	52	2	0	45	1.13
68123--68221	21	4.8	20	74	6	72	39	23	16	21	1.92
68188--68417	20	11.5	20	84	1	228	37	24	17	19	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69097--69143	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
69318--69342	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
71620--71827	33	6.1	34	81	13	218	46	18	21	13	1.84
71634--71827	19	11.2	19	73	21	194	46	18	21	14	1.84
71662--71836	52	3.3	52	96	0	314	45	17	22	14	1.84
71829--71944	33	3.3	33	83	14	160	13	24	17	44	1.85
71845--71962	19	6.4	19	87	10	174	14	22	16	45	1.84
72068--72104	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
74118--74174	14	3.7	14	77	20	60	45	22	21	10	1.82
74099--74191	33	2.8	33	93	0	159	47	22	20	9	1.79
74024--74196	19	9.6	19	77	12	159	46	24	19	10	1.81
74061--74196	52	2.6	51	75	7	139	47	24	19	8	1.78
74192--74320	19	7.3	19	75	17	125	8	17	28	45	1.77
74192--74283	33	2.8	33	93	3	150	7	18	28	45	1.76
74368--74743	93	4.1	93	98	0	718	46	19	12	22	1.83
76433--76529	20	5.2	20	72	18	100	46	17	24	11	1.81
76431--76495	21	3.1	21	82	4	96	47	15	26	10	1.78
76480--76536	14	3.7	14	75	20	60	43	22	24	8	1.81
76431--76553	33	3.5	33	90	8	165	46	18	24	10	1.81
76570--76626	14	3.7	14	75	20	60	8	24	22	43	1.81
76554--76634	33	2.5	33	95	0	144	8	22	22	46	1.78
76611--76686	21	3.7	21	83	3	109	11	25	17	46	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76610--76687	41	1.9	41	97	0	147	12	25	16	44	1.83
76766--76836	33	2.2	33	92	0	115	47	18	22	11	1.80
77018--77072	22	2.5	22	81	0	74	20	16	40	23	1.91
77219--77412	20	9.6	20	82	5	221	19	19	25	35	1.95
77219--77412	60	3.2	60	83	0	253	19	19	25	35	1.95
83143--83194	20	2.6	20	81	9	70	38	25	19	17	1.93
83143--83192	19	2.5	20	83	6	66	38	24	20	18	1.93
83229--83357	20	6.4	20	70	13	79	31	17	12	38	1.87
83187--83332	40	3.6	40	82	7	154	28	20	12	38	1.89
83228--83355	40	3.2	39	82	2	130	30	17	12	39	1.87
83470--83517	22	2.2	22	100	0	96	18	50	14	16	1.79
83470--83531	22	2.9	21	88	9	65	16	54	11	17	1.70
83864--83931	20	3.3	20	74	11	66	51	16	11	20	1.75
83916--83945	13	2.3	13	100	0	60	56	10	10	23	1.62
85354--85519	42	4.0	42	90	2	248	25	39	12	22	1.89
85619--85893	21	13.1	21	83	3	257	20	11	33	34	1.88
85653--85893	84	2.9	84	89	0	347	19	11	33	35	1.88
86195--86324	21	6.2	21	79	5	120	22	36	14	26	1.93
88447--88561	20	5.8	20	81	4	142	22	13	22	41	1.88
89084--89124	18	2.3	18	91	0	64	19	2	24	53	1.57
91400--91459	24	2.5	24	83	5	77	38	16	18	26	1.92
91639--91675	19	1.9	19	88	0	56	32	8	27	32	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92412--92455	20	2.2	20	83	0	52	50	11	18	20	1.77
92440--92517	39	2.0	40	82	7	97	35	12	21	29	1.91
92560--92607	20	2.4	20	89	0	69	20	16	22	39	1.92
93045--93124	41	2.0	40	83	16	103	75	0	2	22	0.93
93236--93330	49	2.0	48	81	10	113	54	0	3	42	1.16
93927--93968	22	2.0	22	95	4	77	23	9	9	57	1.60

Tables:   1

The End!