genome.fa.s5223.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01005223.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00011824_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  548742

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 346 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
197605--197629	6	4.2	6	100	0	50	36	48	16	0	1.46
198541--198618	40	2.0	40	94	0	138	25	14	20	39	1.90
198497--198633	40	3.4	39	80	6	130	21	18	21	37	1.94
198497--198693	20	9.8	20	71	8	116	23	17	23	35	1.95
199304--199360	26	2.2	26	96	0	105	29	22	26	21	1.99
199841--199874	2	17.5	2	93	6	61	50	0	0	50	1.00
201249--201285	18	2.1	18	100	0	74	37	16	24	21	1.93
202207--202416	42	5.0	43	80	5	230	34	18	23	24	1.96
202207--202415	85	2.5	84	88	2	303	34	18	22	24	1.96
202345--202478	71	1.9	71	85	0	187	35	14	23	26	1.94
202279--202570	156	1.9	155	82	5	365	32	16	23	27	1.96
202481--202631	42	3.5	43	81	6	180	28	19	23	29	1.98
205464--205604	41	3.4	41	92	1	221	36	17	19	26	1.93
205464--205636	41	4.2	41	85	5	190	35	18	18	27	1.94
205464--205721	82	3.1	83	79	8	228	33	20	17	27	1.95
205618--205744	41	3.1	39	69	15	105	29	25	16	28	1.97
205628--205755	40	3.2	40	70	13	109	32	24	14	28	1.95
205595--205827	82	2.8	82	81	9	251	30	21	16	30	1.96
208264--208302	13	3.0	13	80	0	51	33	2	0	64	1.08
217871--217939	20	3.5	20	72	7	68	20	1	14	63	1.37
217857--217960	40	2.5	40	85	3	145	25	3	14	56	1.55
217905--218050	76	1.9	76	84	4	197	22	3	15	58	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
220288--220335	18	2.7	18	90	0	78	27	18	20	33	1.96
220473--220546	21	3.6	21	74	3	60	35	25	12	27	1.91
222927--223008	40	2.0	40	93	4	139	23	13	26	36	1.92
223113--223326	45	4.8	45	90	3	333	42	8	19	29	1.81
223679--223735	10	5.7	10	80	0	69	54	7	14	24	1.64
223685--223738	20	2.7	20	91	0	81	55	7	12	24	1.63
229327--229482	35	4.5	35	78	15	164	42	5	6	44	1.53
229403--229466	32	2.0	31	85	8	85	40	4	7	46	1.53
230067--231266	84	14.4	84	77	5	1112	24	19	24	31	1.98
230066--231266	165	7.2	165	79	6	1011	24	19	24	31	1.98
230088--231266	249	4.7	248	82	3	1374	25	19	24	31	1.98
236440--236489	10	5.1	10	76	11	50	72	0	0	28	0.86
236443--236493	25	2.0	25	84	0	66	72	0	0	27	0.85
237809--237883	29	2.6	29	93	2	123	53	4	2	40	1.34
237849--237931	41	2.1	39	86	6	114	49	6	2	42	1.40
237847--237942	39	2.5	37	80	11	104	48	5	3	42	1.41
239174--239230	30	1.9	30	86	13	82	29	1	0	68	1.00
239180--239204	11	2.3	11	100	0	50	36	0	0	64	0.94
239194--239240	19	2.3	22	85	14	73	27	4	0	68	1.08
245940--246231	147	2.0	148	91	0	478	46	10	6	36	1.64
246403--246471	35	1.9	36	88	2	104	30	1	21	46	1.60
255689--255801	41	2.7	38	80	12	109	53	7	13	25	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
255689--255778	42	2.2	42	84	9	114	52	8	12	26	1.68
255809--255962	43	3.5	46	74	8	131	59	7	10	23	1.55
258136--258165	13	2.3	13	94	0	51	63	0	3	33	1.11
258380--258430	21	2.4	21	96	0	93	54	1	21	21	1.54
258587--258620	17	2.0	17	88	11	52	44	0	2	52	1.16
259463--259497	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
260324--260374	13	3.9	13	84	0	66	50	19	11	17	1.76
264297--264346	13	3.8	13	94	0	82	48	24	12	16	1.79
267868--267895	7	4.0	7	100	0	56	42	42	0	14	1.45
268300--268342	13	3.3	13	86	0	59	44	20	16	18	1.87
274049--274158	29	3.8	29	85	0	148	50	10	22	15	1.75
274044--274172	29	4.4	29	83	1	141	48	11	21	17	1.79
278890--278937	21	2.3	21	85	0	60	31	10	2	56	1.45
278907--278941	18	1.9	18	94	0	61	34	8	2	54	1.46
281016--281380	131	2.8	131	80	2	401	32	10	15	41	1.81
282207--283045	419	2.0	419	99	0	1642	31	18	20	29	1.96
286018--286092	2	38.0	2	97	2	143	50	0	0	49	1.00
287819--288521	134	5.3	133	81	2	665	31	21	15	31	1.95
287900--288521	267	2.3	268	81	1	676	30	21	15	31	1.95
289198--289366	89	1.9	90	90	3	270	28	24	9	36	1.87
289198--289366	45	3.8	45	92	3	261	28	24	9	36	1.87
289299--289372	22	3.3	22	69	10	69	27	25	10	36	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
289198--289387	90	2.1	89	85	2	247	29	23	8	37	1.85
289401--289665	81	3.3	80	80	4	311	30	21	12	35	1.91
289669--290040	68	5.5	68	88	0	510	27	25	15	30	1.96
290253--290455	55	3.7	55	91	0	309	33	20	11	34	1.88
291748--292553	134	6.0	134	79	5	774	30	21	16	30	1.96
291696--292511	268	3.0	266	79	6	867	30	21	16	30	1.96
292673--292749	3	26.0	3	76	7	77	37	3	0	58	1.17
292673--292749	18	4.3	18	82	8	86	37	3	0	58	1.17
294887--295126	131	1.8	130	79	7	279	31	8	16	43	1.78
296318--296386	23	3.0	23	80	4	77	33	23	23	20	1.97
305438--305697	132	2.0	130	96	1	434	37	11	16	35	1.85
318030--318130	35	2.9	35	95	0	175	31	29	29	8	1.88
318239--318296	24	2.4	23	83	11	71	43	24	8	24	1.82
318996--319177	29	6.4	29	76	7	140	46	15	4	32	1.66
319024--319182	84	1.9	85	80	6	189	47	16	3	32	1.65
319192--319226	18	1.9	18	100	0	70	11	22	48	17	1.79
319203--319228	13	2.0	13	100	0	52	15	23	46	15	1.83
324899--324956	24	2.4	24	91	0	89	41	22	10	25	1.85
325658--325841	29	6.4	29	70	7	124	45	15	3	34	1.65
325686--325846	86	1.9	85	79	7	182	45	16	3	34	1.63
326928--327273	128	2.7	129	90	2	527	39	16	11	32	1.84
329282--329316	13	2.5	14	90	9	54	77	0	0	22	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
329284--329347	3	22.0	3	80	12	62	67	4	0	28	1.11
331329--331684	197	1.8	197	93	1	615	36	19	8	35	1.83
332306--332335	16	1.9	15	93	6	51	26	13	13	46	1.80
334424--334459	18	2.0	18	94	0	63	58	0	8	33	1.28
334894--334930	18	2.0	19	89	5	58	37	10	10	40	1.75
335987--336033	23	2.0	23	88	8	69	53	10	17	19	1.72
338037--338089	27	1.9	28	88	3	81	15	22	7	54	1.65
338839--338894	20	2.8	20	81	10	60	33	7	26	32	1.84
340216--340335	54	2.2	54	90	0	186	27	16	23	32	1.96
340236--340338	54	1.9	54	97	0	197	30	14	19	35	1.92
340256--340338	27	3.1	27	62	25	66	28	13	19	38	1.89
340663--340713	19	2.6	20	79	11	61	39	1	1	56	1.22
340653--340717	31	2.2	30	86	10	89	41	1	3	53	1.25
341411--341485	30	2.5	29	79	12	80	53	4	0	42	1.19
341779--342113	54	6.2	54	87	1	467	27	16	20	35	1.94
341798--342106	106	2.9	107	87	2	433	28	15	19	35	1.93
341779--342113	160	2.1	161	90	3	532	27	16	20	35	1.94
342861--342941	15	5.5	15	86	4	112	35	7	20	35	1.81
342855--342941	45	2.0	43	90	4	138	37	6	21	33	1.80
342925--342973	20	2.5	20	96	3	91	38	10	16	34	1.82
343191--343259	26	2.5	27	81	13	79	52	1	0	46	1.09
343349--343527	28	6.9	27	69	20	91	51	1	1	46	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
343349--343425	27	2.8	28	82	13	88	55	1	1	41	1.16
343105--343467	185	2.0	183	91	8	601	47	2	2	47	1.30
343458--343513	21	2.6	22	81	13	64	53	0	0	46	1.00
343396--343507	54	2.1	54	81	6	129	50	0	0	48	1.13
343447--343521	32	2.4	30	79	16	82	50	0	0	49	1.00
343464--343513	21	2.3	21	86	10	66	54	0	0	46	1.00
343702--343816	42	2.7	42	98	0	221	44	20	19	16	1.87
344411--344467	25	2.3	24	78	3	60	61	1	0	36	1.07
351467--351497	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
351498--351555	25	2.4	25	72	13	59	60	1	5	32	1.29

Tables:   1   2   3