genome.fa.s5231.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01005231.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00011841_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  121699

Tables:   1   

This is table  1  of  1  ( 98 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1067--1108	3	14.0	3	81	18	52	69	0	0	30	0.89
1345--1438	38	2.4	39	85	5	129	21	22	9	46	1.79
1410--1811	123	3.4	120	86	8	522	27	17	15	39	1.90
1598--1830	111	2.1	111	88	4	346	26	18	16	37	1.92
2090--2153	22	2.9	22	86	4	85	37	15	12	34	1.85
2765--2801	18	2.1	18	90	10	58	54	5	13	27	1.61
3151--3223	15	4.8	16	88	9	100	20	5	0	73	1.02
14710--14738	15	2.0	15	93	6	51	55	0	0	44	0.99
14832--14868	14	2.6	15	83	12	51	64	0	0	35	0.94
14824--14870	15	3.3	14	82	11	60	65	0	0	34	0.93
15513--15555	21	2.0	21	95	0	77	4	41	32	20	1.73
16264--16297	7	5.1	7	86	13	54	70	0	0	29	0.87
19850--19931	25	3.3	25	100	0	164	36	10	20	31	1.88
21194--21248	21	2.6	21	75	11	67	65	12	1	20	1.35
24541--24607	23	2.9	23	93	0	107	34	14	19	31	1.92
24546--24618	23	3.2	23	90	0	65	38	13	17	30	1.89
24635--24717	30	2.6	34	76	20	97	59	9	4	26	1.49
24654--24718	30	2.2	30	91	5	105	56	10	4	27	1.53
25604--25742	21	6.8	20	72	8	82	36	25	17	20	1.94
25709--25882	40	4.3	40	80	3	163	36	24	19	19	1.95
25709--25859	20	7.6	20	84	3	178	34	25	20	19	1.96
25709--25882	60	2.9	60	80	0	204	36	24	19	19	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27758--27793	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
27900--27997	19	5.4	19	84	13	143	45	17	22	14	1.84
27900--28016	53	2.2	53	98	1	227	44	17	23	13	1.85
28006--28127	52	2.3	52	94	2	210	15	22	17	44	1.86
28062--28169	33	3.2	33	87	7	173	12	21	19	46	1.83
30631--30677	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
31356--31585	20	11.5	20	84	1	228	19	18	24	37	1.94
31552--31654	21	5.0	20	75	6	80	24	17	22	35	1.95
31552--31650	42	2.4	43	77	11	100	21	18	23	37	1.94
32046--32225	21	8.8	20	90	4	222	20	23	23	32	1.98
32046--32222	42	4.3	42	93	4	263	19	23	23	33	1.97
32046--32222	63	2.8	63	91	5	272	19	23	23	33	1.97
32909--33288	21	18.2	21	89	2	552	34	21	23	20	1.97
33307--33353	21	2.2	21	92	0	76	21	14	34	29	1.93
33914--34025	37	3.0	37	90	0	179	40	14	13	32	1.84
34584--34646	18	3.4	18	77	18	67	36	7	1	53	1.40
34576--34645	37	1.9	35	86	11	97	37	7	1	54	1.37
34576--34645	35	1.9	37	86	11	101	37	7	1	54	1.37
34712--34758	17	2.9	17	79	17	55	12	14	0	72	1.13
34835--34890	12	4.7	12	75	0	58	17	5	0	76	0.96
34835--34890	24	2.3	24	96	0	103	17	5	0	76	0.96
37968--38046	7	11.1	7	73	21	58	79	6	12	1	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37965--38041	18	4.2	17	76	15	82	81	5	11	1	0.90
37969--38041	27	2.8	25	84	8	92	80	5	12	1	0.93
37967--38044	38	2.1	38	88	9	115	80	6	11	1	0.94
39095--39189	32	2.9	32	87	1	127	30	11	21	36	1.89
39100--39203	32	3.2	32	84	2	93	31	11	21	35	1.89
40210--40326	36	3.2	36	83	7	155	27	17	12	42	1.85
40388--40627	83	2.9	84	83	5	281	32	22	20	24	1.98
41117--41223	35	3.0	36	93	2	171	41	14	12	31	1.83
41160--41223	21	3.3	21	62	20	57	43	15	12	28	1.83
41673--41748	3	24.7	3	71	19	50	28	3	0	67	1.09
41668--41731	27	2.4	27	84	10	78	32	3	0	64	1.10
41670--41752	10	8.8	10	69	28	58	28	3	0	67	1.07
41670--41752	7	12.1	7	74	21	61	28	3	0	67	1.07
41769--41836	18	3.7	19	77	18	63	36	8	1	52	1.42
42025--42081	24	2.4	24	94	2	98	19	7	0	73	1.05
44761--44827	27	2.5	27	90	0	98	29	17	19	32	1.95
54158--54197	2	20.0	2	89	0	62	50	5	0	45	1.23
61171--61208	19	2.0	19	94	0	67	21	13	10	55	1.67
61597--61722	29	4.3	29	98	0	243	34	9	21	34	1.86
63689--63827	60	2.4	59	80	4	158	36	13	12	36	1.84
63972--64029	28	2.1	28	86	0	80	34	12	17	36	1.87
64447--64503	29	1.9	30	89	3	89	14	12	21	52	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65532--65650	42	2.8	42	93	0	193	16	20	17	45	1.86
65864--65956	28	3.5	27	77	13	95	51	1	1	46	1.15
65912--66013	28	3.5	28	77	16	93	47	0	2	49	1.23
66148--66246	49	2.0	50	80	9	114	49	1	2	47	1.19
66346--66427	30	2.8	30	86	1	112	35	15	9	39	1.81
66346--66433	15	5.9	15	81	2	88	32	17	9	40	1.80
67185--67230	24	1.9	24	95	0	83	56	19	0	23	1.42
70697--70754	28	2.1	28	96	0	107	29	5	15	50	1.66
73924--74006	33	2.5	33	90	0	121	22	25	15	36	1.94
74356--74419	22	2.9	23	93	6	114	14	6	21	57	1.58
74401--74452	24	2.1	25	89	3	79	17	9	25	48	1.77
87143--87181	20	2.0	20	94	0	69	48	12	5	33	1.63
87306--87692	183	2.1	184	91	2	629	42	3	8	45	1.50
87777--87823	14	2.9	17	72	18	55	38	19	14	27	1.91
88572--88668	10	9.2	10	73	16	72	73	6	11	9	1.25
88500--88695	66	2.9	66	81	11	231	69	6	15	8	1.33
89542--89671	64	2.0	66	92	3	219	43	9	12	34	1.74
89930--89972	10	4.1	10	79	8	50	74	0	0	25	0.82
90241--90287	2	23.5	2	100	0	94	51	0	0	48	1.00
90374--90432	29	2.0	30	83	9	77	61	3	6	28	1.38
91796--91833	17	2.4	16	83	12	51	57	2	0	39	1.12
92019--92217	77	2.6	77	90	1	292	33	18	21	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92164--92516	45	7.8	45	94	0	582	33	19	23	23	1.97
97890--97915	7	3.7	7	100	0	52	0	23	0	76	0.78
98351--98389	15	2.6	15	95	0	69	28	17	0	53	1.44
102614--102667	28	2.0	27	88	3	81	59	0	5	35	1.21
103646--103704	29	2.0	30	83	9	77	61	3	6	28	1.38
105061--105134	3	24.3	3	86	13	107	63	1	1	33	1.11
105080--105149	12	5.9	12	91	5	76	67	0	2	30	1.05
110060--110118	24	2.7	21	75	17	57	6	37	1	54	1.37
110279--110345	3	22.7	3	86	3	64	0	34	5	59	1.22
120112--120148	16	2.3	16	95	0	65	5	35	24	35	1.78

Tables:   1

The End!