genome.fa.s5249.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01005249.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00011873_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  335851

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2733--2896	49	3.4	50	94	4	282	39	17	17	25	1.91
5373--5446	35	2.1	35	87	5	105	32	0	21	45	1.52
14434--14482	22	2.2	22	88	0	71	32	20	24	22	1.98
18359--18383	2	12.5	2	100	0	50	0	52	0	48	1.00
20769--20819	25	2.1	24	82	10	59	68	3	1	25	1.17
29087--29228	72	1.9	72	85	5	196	41	7	4	46	1.52
31669--31740	36	2.0	36	83	8	92	40	5	6	47	1.54
32463--32509	20	2.3	20	96	0	85	36	23	25	14	1.93
32529--32628	21	4.7	21	82	6	121	21	20	36	23	1.96
33642--33675	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
34547--34636	29	3.0	30	76	6	94	35	4	1	58	1.25
38629--39145	258	2.0	258	96	0	962	33	18	14	34	1.91
40256--40298	19	2.3	19	100	0	86	46	20	0	32	1.51
41411--41581	41	4.2	41	81	6	132	32	16	12	38	1.87
41430--41582	41	3.7	41	84	1	164	35	16	12	35	1.87
50401--50459	21	2.8	21	84	5	75	20	5	20	54	1.63
50652--50743	44	2.1	43	86	9	125	36	16	18	28	1.92
51385--51410	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
53068--53129	32	1.9	32	93	0	106	32	20	12	33	1.91
53068--53152	32	2.7	32	82	10	93	34	17	14	34	1.90
58118--58164	23	2.0	23	83	0	58	38	19	19	23	1.93
69955--70110	29	5.6	29	72	17	132	50	12	1	35	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69947--70034	28	3.1	28	79	11	90	45	10	2	42	1.50
70891--70931	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
75011--75055	22	2.0	22	100	0	90	26	20	13	40	1.89
75599--75626	8	3.5	8	100	0	56	60	0	28	10	1.30
78751--78894	46	3.1	46	88	4	209	27	11	20	40	1.87
88371--88514	18	7.5	18	67	20	60	72	1	18	7	1.15
88430--88509	42	1.9	42	85	10	110	70	2	21	6	1.22
88470--88524	24	2.3	24	87	9	78	74	1	18	5	1.10
88479--88535	24	2.4	25	85	8	75	78	0	14	7	0.94
89855--90057	51	3.9	51	88	5	298	29	15	28	27	1.96
89865--90247	55	7.1	55	83	7	385	28	17	25	28	1.98
89850--90223	162	2.3	157	83	7	439	28	16	26	28	1.97
93489--93583	27	3.6	27	97	2	176	41	15	12	30	1.85
101881--101984	3	35.0	3	88	1	156	37	0	0	61	1.03
111124--111179	19	2.9	19	85	12	78	16	21	28	33	1.95
111124--111172	10	4.8	11	83	16	70	16	20	26	36	1.93
111125--111179	9	5.6	10	83	12	78	14	21	29	34	1.93
111200--111251	18	2.9	18	97	0	95	19	50	19	11	1.77
111192--111222	13	2.4	13	94	0	53	16	48	19	16	1.81
111259--111325	29	2.3	29	84	0	80	26	8	25	38	1.85
119617--119654	15	2.6	15	88	12	53	52	5	0	42	1.24
126745--126812	29	2.3	29	97	0	127	38	35	0	26	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
130384--130421	19	2.0	19	100	0	76	26	10	5	57	1.53
146756--146789	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
147056--147534	243	2.0	241	92	0	805	38	14	14	32	1.87
147592--147633	17	2.5	17	80	7	50	30	2	7	59	1.37
157093--157120	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
169475--169569	29	3.2	29	65	19	70	36	23	1	38	1.62
170689--170755	31	2.1	31	83	8	82	34	23	4	37	1.75
183824--183859	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
185724--185787	24	2.5	26	82	14	71	15	6	7	70	1.31
188357--188404	4	12.0	4	95	0	51	39	0	10	50	1.37
188358--188438	8	9.6	8	83	10	81	34	1	14	49	1.52
188362--188438	12	6.4	12	86	0	91	33	1	15	49	1.53
188378--188436	4	14.8	4	89	0	91	28	1	20	49	1.59
193247--193318	18	4.0	18	88	0	108	20	19	30	29	1.97
193227--193318	36	2.5	37	87	3	123	22	17	29	30	1.97
200082--200154	18	3.9	18	81	13	85	21	16	31	30	1.95
212175--212797	311	2.0	311	99	0	1237	32	26	13	28	1.93
217516--217557	13	3.2	13	77	12	50	19	9	7	64	1.46
219369--219398	6	5.0	6	95	0	51	20	16	33	30	1.94
238190--238233	21	2.2	20	87	4	61	31	27	25	15	1.96
239764--240072	146	2.1	146	92	4	509	27	16	21	34	1.95
240041--240084	23	1.9	23	85	0	61	22	25	25	27	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
241474--241545	28	2.5	28	84	4	90	25	2	8	63	1.36
241498--241562	28	2.3	28	84	5	69	26	6	7	60	1.48
242241--242267	14	1.9	14	100	0	54	59	29	3	7	1.42
242878--243264	149	2.7	146	88	5	572	18	29	11	40	1.86
243024--243077	27	2.0	28	81	3	65	18	37	1	42	1.61
244727--244768	17	2.7	15	86	13	66	54	4	9	30	1.53
244733--244766	17	2.0	17	100	0	68	52	5	11	29	1.61
246146--246191	18	2.4	18	83	16	58	50	0	0	50	1.00
246143--246191	19	2.6	17	82	17	62	53	0	0	46	1.00
252099--252142	15	2.9	15	82	0	52	31	0	0	68	0.90
253679--253732	27	2.0	27	92	0	90	24	20	22	33	1.97
254131--254455	161	2.0	162	99	0	643	31	14	14	38	1.87
255042--255073	16	2.0	16	100	0	64	31	6	25	37	1.81
257015--257047	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
261400--261471	31	2.4	30	88	4	101	38	15	11	34	1.83
266129--266200	31	2.4	30	83	4	92	36	13	13	36	1.85
266287--266384	29	3.3	29	76	5	106	40	12	10	36	1.77
269655--269706	17	3.2	17	75	10	54	32	3	13	50	1.60
271535--271607	31	2.4	31	85	0	101	30	20	15	34	1.93
271905--271971	34	1.9	34	82	14	84	20	11	19	47	1.81
272865--272915	22	2.3	22	86	3	75	31	19	21	27	1.97
273357--273513	64	2.4	63	80	10	158	28	18	20	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
279667--279718	22	2.3	23	83	6	79	30	17	23	28	1.97
281319--281379	21	3.2	21	65	29	64	31	4	21	42	1.74
281313--281427	35	3.3	35	91	3	178	30	5	19	45	1.72
285916--285976	21	3.2	21	65	29	64	31	4	21	42	1.74
285910--286014	35	3.0	35	94	2	176	30	5	19	44	1.73
287938--288005	26	2.6	26	95	0	118	39	4	1	54	1.30
289982--290021	19	2.1	19	86	9	55	57	2	0	40	1.12
292006--292256	36	7.0	36	91	1	382	17	26	24	31	1.97
300202--300239	19	2.1	18	85	14	51	65	2	2	28	1.19
300758--300782	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
301836--301886	26	2.0	26	100	0	102	41	3	0	54	1.19
307931--308008	38	2.1	38	95	0	138	29	42	10	17	1.83
309702--309745	7	6.3	7	100	0	88	29	15	13	40	1.86
309695--309740	21	2.2	21	92	0	74	28	19	10	41	1.85
316153--316226	29	2.6	29	100	0	148	24	29	31	14	1.95
320646--320720	37	2.0	37	82	10	91	44	1	4	50	1.29
321182--321234	21	2.5	21	87	0	79	20	24	18	35	1.95
321224--321276	20	2.7	20	96	0	97	37	22	20	18	1.94
321473--321538	22	3.0	22	88	0	96	25	36	13	24	1.92
321875--321944	20	3.5	20	86	1	97	11	14	22	51	1.74
323827--323984	20	8.6	20	75	19	130	40	23	19	16	1.91
323883--324013	19	7.3	19	74	19	75	43	22	18	16	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
323830--324013	53	3.5	53	71	12	160	42	22	19	15	1.89
324027--324115	20	4.4	20	85	0	106	20	16	22	40	1.91
324601--324642	21	2.2	19	87	12	59	21	35	19	23	1.96
324596--324706	42	2.6	42	75	8	109	22	36	18	23	1.95
326245--326298	14	3.5	14	73	22	54	44	20	24	11	1.83
326225--326313	33	2.6	33	91	3	133	43	19	23	13	1.86
326314--326407	33	2.8	34	88	3	136	13	23	20	42	1.88
326379--326483	20	5.2	20	90	2	167	17	22	24	35	1.95
328898--328951	24	2.2	24	90	0	81	40	20	16	22	1.91
329793--329839	20	2.3	20	88	0	67	25	19	23	31	1.98

Tables:   1   2