Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: VEPZ01005263.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00011903_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 75342
ACGTcount: A:0.31, C:0.16, G:0.18, T:0.35
Found at i:3608 original size:54 final size:56
Alignment explanation
Indices: 3545--3657 Score: 140
Period size: 57 Copynumber: 2.0 Consensus size: 56
3535 TTTTGGGAAC
* * * *
3545 AACAACGA-T-TTTTAACCATTTATTTAGTTAATATTATTATTGTTATAACAACAT
1 AACAACGATTCTTTTAACCATTTACTGAATCAATATTATTATTGTTATAACAACAT
* * *
3599 AACAACGATTTCTTTTAAGCATTTACTGAATCGATGTTATTATTGTTATAACAACAT
1 AACAACGA-TTCTTTTAACCATTTACTGAATCAATATTATTATTGTTATAACAACAT
3656 AA
1 AA
3658 ATTTGTAGGT
Statistics
Matches: 49, Mismatches: 7, Indels: 3
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
54 8 0.16
56 1 0.02
57 40 0.82
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (56 bp):
AACAACGATTCTTTTAACCATTTACTGAATCAATATTATTATTGTTATAACAACAT
Found at i:3986 original size:22 final size:24
Alignment explanation
Indices: 3926--3997 Score: 121
Period size: 24 Copynumber: 3.1 Consensus size: 24
3916 TTGGAATAAA
*
3926 ATTCAAAGTATGATTAATACATCT
1 ATTCAAAGTATGATTAATAAATCT
3950 ATTCAAAGTATGATTAATAAATCT
1 ATTCAAAGTATGATTAATAAATCT
3974 ATTC-AA-TATGATTAATAAATCT
1 ATTCAAAGTATGATTAATAAATCT
3996 AT
1 AT
3998 CTAATCTGTT
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 1, Indels: 2
0.94 0.02 0.04
Matches are distributed among these distances:
22 18 0.38
23 2 0.04
24 27 0.57
ACGTcount: A:0.44, C:0.10, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (24 bp):
ATTCAAAGTATGATTAATAAATCT
Found at i:11198 original size:24 final size:23
Alignment explanation
Indices: 11162--11214 Score: 56
Period size: 24 Copynumber: 2.3 Consensus size: 23
11152 AAAAAAATAA
11162 AAAAATAATTATTTA-TATATTTT
1 AAAAATAATTA-TTAGTATATTTT
*
11185 ATAAAATCAA-TATTAGTTTATTTT
1 A-AAAAT-AATTATTAGTATATTTT
11209 AAAAAT
1 AAAAAT
11215 TACATGTATT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 1, Indels: 6
0.79 0.03 0.18
Matches are distributed among these distances:
23 9 0.35
24 15 0.58
25 2 0.08
ACGTcount: A:0.49, C:0.02, G:0.02, T:0.47
Consensus pattern (23 bp):
AAAAATAATTATTAGTATATTTT
Found at i:13831 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 13822--13860 Score: 78
Period size: 6 Copynumber: 6.5 Consensus size: 6
13812 TCTCTCCGGT
13822 TCTGTC TCTGTC TCTGTC TCTGTC TCTGTC TCTGTC TCT
1 TCTGTC TCTGTC TCTGTC TCTGTC TCTGTC TCTGTC TCT
13861 TTTTTTTCTT
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
6 33 1.00
ACGTcount: A:0.00, C:0.33, G:0.15, T:0.51
Consensus pattern (6 bp):
TCTGTC
Found at i:14330 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 14322--14422 Score: 157
Period size: 3 Copynumber: 33.7 Consensus size: 3
14312 TTAATATATT
* * *
14322 TAA TAA TAA TAG TAA AAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA AAA TAA TAA
1 TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA
* *
14370 TAT TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAT TAA TAA TAA TAA TAA TAA
1 TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA
14418 TAA TA
1 TAA TA
14423 TGGATAAAAA
Statistics
Matches: 88, Mismatches: 10, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 88 1.00
ACGTcount: A:0.65, C:0.00, G:0.01, T:0.34
Consensus pattern (3 bp):
TAA
Found at i:14947 original size:113 final size:113
Alignment explanation
Indices: 14713--15615 Score: 1324
Period size: 113 Copynumber: 8.0 Consensus size: 113
14703 AGATAATATC
* *
14713 AAAC-AAAGGTTGAACAAACTCTTCTCATTATGAACTTCTTCTTCCTTCTTCAGATGAGTTCTTC
1 AAACAAAAAGTTGAACAAATTCTTCTCATTATGAACTTCTTCTTCCTTCTTCAGATGAGTTCTTC
*
14777 TCATTCATGAACTTTCTCTGGCAATGTTGATCCATCAAATGATGAATTT
66 TCATT-ATGAACTTTCTCTGGTAATGTTGATCCATCAAATGATGAATTT
*
14826 AAAC-AAAAGTTGAACAAGTTCTTCTCATTATGAACTTCTTCTTCCTTCTTCAGATGAGTTCTTC
1 AAACAAAAAGTTGAACAAATTCTTCTCATTATGAACTTCTTCTTCCTTCTTCAGATGAGTTCTTC
14890 TCATTATGAACTTTCTCTGGTAATGTTGATCCATCAAATGATGAATTT
66 TCATTATGAACTTTCTCTGGTAATGTTGATCCATCAAATGATGAATTT
*
14938 AAACAAAAAGTTGAACAAGTTCTTCTCATTATGAACTTCTTCTTCCTTCTTCAGATGAGTTCTTC
1 AAACAAAAAGTTGAACAAATTCTTCTCATTATGAACTTCTTCTTCCTTCTTCAGATGAGTTCTTC
15003 TCATTATGAACTTTCTCTGGTAATGTTGATCCATCAAATGATGAATTT
66 TCATTATGAACTTTCTCTGGTAATGTTGATCCATCAAATGATGAATTT
* *
15051 AAACAAAAAGTTGAACAAGTTCTTCTCATTATGAACCTCTTCTTCCTTCTTCAGATGAGTTCTTC
1 AAACAAAAAGTTGAACAAATTCTTCTCATTATGAACTTCTTCTTCCTTCTTCAGATGAGTTCTTC
15116 TCATTATGAACTTTCTCTGGTAATGTTGATCCATCAAATGATGAATTT
66 TCATTATGAACTTTCTCTGGTAATGTTGATCCATCAAATGATGAATTT
* *
15164 AAACAAAAAGTTGAACAAGTTCTTCTCATTATGAACCTCTTCTTCCTTCTTCAGATGAGTTCTTC
1 AAACAAAAAGTTGAACAAATTCTTCTCATTATGAACTTCTTCTTCCTTCTTCAGATGAGTTCTTC
* * * * *
15229 TCATTATGAACCTTCTCTGGTAATGATGATCCACCAAATGATGGATTC
66 TCATTATGAACTTTCTCTGGTAATGTTGATCCATCAAATGATGAATTT
*** *
15277 AGGTAAAAGGTTGAACAAATTCTTCTCATTATGAACTTCTTCTTCCTTCTTCAGATGAGTTCTTC
1 AAACAAAAAGTTGAACAAATTCTTCTCATTATGAACTTCTTCTTCCTTCTTCAGATGAGTTCTTC
**** * * * * * *
15342 TCATTATGAACTCGAACTGGAAAAGATGATCCACCAAATGATGGATTC
66 TCATTATGAACTTTCTCTGGTAATGTTGATCCATCAAATGATGAATTT
*** *
15390 AGGTAAAAGGTTGAACAAATTCTTCTCATTATGAACTTCTTCTTCCTTCTTCAGATGAGTTCTTC
1 AAACAAAAAGTTGAACAAATTCTTCTCATTATGAACTTCTTCTTCCTTCTTCAGATGAGTTCTTC
**** * * * * * *
15455 TCATTATGAACTCGAACTGGAAAAGATGATCCACCAAATGATGGATTC
66 TCATTATGAACTTTCTCTGGTAATGTTGATCCATCAAATGATGAATTT
*** *
15503 AGGTAAAAGGTTGAACAAATTCTTCTCATTATGAACTTCTTCTTCCTTCTTCAGATGAGTTCTTC
1 AAACAAAAAGTTGAACAAATTCTTCTCATTATGAACTTCTTCTTCCTTCTTCAGATGAGTTCTTC
* * * * *
15568 TCATTATGAACTTTTTCTGGAAAAGCTGATCCATCAAATGATGGATTT
66 TCATTATGAACTTTCTCTGGTAATGTTGATCCATCAAATGATGAATTT
15616 GAATCTTTGC
Statistics
Matches: 759, Mismatches: 30, Indels: 2
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
112 46 0.06
113 713 0.94
ACGTcount: A:0.29, C:0.20, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (113 bp):
AAACAAAAAGTTGAACAAATTCTTCTCATTATGAACTTCTTCTTCCTTCTTCAGATGAGTTCTTC
TCATTATGAACTTTCTCTGGTAATGTTGATCCATCAAATGATGAATTT
Found at i:16436 original size:83 final size:83
Alignment explanation
Indices: 16341--16714 Score: 685
Period size: 83 Copynumber: 4.5 Consensus size: 83
16331 GTTCCTACTG
16341 AATCAGATCAGATAACTCAAAGAACACTTCCAGAAGATGCTATGAACACATTTATGTTCCGAATT
1 AATCAGATCAGATAACTCAAAGAACACTTCCAGAAGATGCTATGAACACATTTATGTTCCGAATT
16406 CAATGATTGGTTTTGCCA
66 CAATGATTGGTTTTGCCA
16424 AATCAGATCAGATAACTCAAAGAACACTTCCAGAAGATGCTATGAACACATTTATGTTCCGAATT
1 AATCAGATCAGATAACTCAAAGAACACTTCCAGAAGATGCTATGAACACATTTATGTTCCGAATT
16489 CAATGATTGGTTTTGCCA
66 CAATGATTGGTTTTGCCA
16507 AATCAGATCAGATAACTCAAAGAACACTTCCAGAAGATGCTATGAACACATTTATGTTCCGAATT
1 AATCAGATCAGATAACTCAAAGAACACTTCCAGAAGATGCTATGAACACATTTATGTTCCGAATT
16572 CAATGATTGGTTTTGCCA
66 CAATGATTGGTTTTGCCA
* * * * *
16590 AATCAGATCAGATAACTCAAAGAACACTTCCAGAAGATGCTATTGAGCAAATTCATCTTCCAAAT
1 AATCAGATCAGATAACTCAAAGAACACTTCCAGAAGATGCTA-TGAACACATTTATGTTCCGAAT
*
16655 TCAATGATTGGTTCTGCCA
65 TCAATGATTGGTTTTGCCA
16674 AATCAGATCAGATAACTCAAAGAACACTTCCAGAAGATGCT
1 AATCAGATCAGATAACTCAAAGAACACTTCCAGAAGATGCT
16715 GATTCTGTTC
Statistics
Matches: 284, Mismatches: 6, Indels: 1
0.98 0.02 0.00
Matches are distributed among these distances:
83 208 0.73
84 76 0.27
ACGTcount: A:0.37, C:0.20, G:0.15, T:0.28
Consensus pattern (83 bp):
AATCAGATCAGATAACTCAAAGAACACTTCCAGAAGATGCTATGAACACATTTATGTTCCGAATT
CAATGATTGGTTTTGCCA
Found at i:16958 original size:136 final size:136
Alignment explanation
Indices: 16590--17037 Score: 880
Period size: 136 Copynumber: 3.3 Consensus size: 136
16580 GGTTTTGCCA
16590 AATCAGATCAGATAACTCAAAGAACACTTCCAGAAGATGCTATTGAGCAAATTCATCTTCCAAAT
1 AATCAGATCAGATAACTCAAAGAACACTTCCAGAAGATGCTATTGAGCAAATTCATCTTCCAAAT
16655 TCAATGATTGGTTCTGCCAAATCAGATCAGATAACTCAAAGAACACTTCCAGAAGATGC-TGATT
66 TCAATGATTGGTTCTGCCAAATCAGATCAGATAACTCAAAGAACACTTCCAGAAGATGCTTGATT
16719 CTGTTC
131 CTGTTC
16725 AATCAGATCAGATAACTCAAAGAACACTTCCAGAAGATGCTATTGAGCAAATTCATCTTCCAAAT
1 AATCAGATCAGATAACTCAAAGAACACTTCCAGAAGATGCTATTGAGCAAATTCATCTTCCAAAT
*
16790 TCAATGATTGGTTCTGCCAAATCAGATCAGATAACTCAAAGAACATTTCCAGAAGATGCTTGATT
66 TCAATGATTGGTTCTGCCAAATCAGATCAGATAACTCAAAGAACACTTCCAGAAGATGCTTGATT
16855 CTGTTC
131 CTGTTC
16861 AATCAGATCAGATAACTCAAAGAACACTTCCAGAAGATGCTATTGAGCAAATTCATCTTCCAAAT
1 AATCAGATCAGATAACTCAAAGAACACTTCCAGAAGATGCTATTGAGCAAATTCATCTTCCAAAT
16926 TCAATGATTGGTTCTGCCAAATCAGATCAGATAACTCAAAGAACACTTCCAGAAGATGCTTGATT
66 TCAATGATTGGTTCTGCCAAATCAGATCAGATAACTCAAAGAACACTTCCAGAAGATGCTTGATT
16991 CTGTTC
131 CTGTTC
16997 AATCAGATCAGATAACTCAAAGAACACTTCCAGAAGATGCT
1 AATCAGATCAGATAACTCAAAGAACACTTCCAGAAGATGCT
17038 TGATTCTGTC
Statistics
Matches: 310, Mismatches: 2, Indels: 1
0.99 0.01 0.00
Matches are distributed among these distances:
135 123 0.40
136 187 0.60
ACGTcount: A:0.38, C:0.21, G:0.15, T:0.27
Consensus pattern (136 bp):
AATCAGATCAGATAACTCAAAGAACACTTCCAGAAGATGCTATTGAGCAAATTCATCTTCCAAAT
TCAATGATTGGTTCTGCCAAATCAGATCAGATAACTCAAAGAACACTTCCAGAAGATGCTTGATT
CTGTTC
Found at i:17001 original size:52 final size:52
Alignment explanation
Indices: 16945--17046 Score: 204
Period size: 52 Copynumber: 2.0 Consensus size: 52
16935 GGTTCTGCCA
16945 AATCAGATCAGATAACTCAAAGAACACTTCCAGAAGATGCTTGATTCTGTTC
1 AATCAGATCAGATAACTCAAAGAACACTTCCAGAAGATGCTTGATTCTGTTC
16997 AATCAGATCAGATAACTCAAAGAACACTTCCAGAAGATGCTTGATTCTGT
1 AATCAGATCAGATAACTCAAAGAACACTTCCAGAAGATGCTTGATTCTGT
17047 CCAGAAGTAT
Statistics
Matches: 50, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
52 50 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.21, G:0.16, T:0.26
Consensus pattern (52 bp):
AATCAGATCAGATAACTCAAAGAACACTTCCAGAAGATGCTTGATTCTGTTC
Found at i:17890 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 17878--17946 Score: 54
Period size: 9 Copynumber: 7.3 Consensus size: 9
17868 TTGACCCCCT
17878 TTCTTTTTC
1 TTCTTTTTC
17887 TTCTCTTTT-
1 TTCT-TTTTC
17896 TTCTATTTTC
1 TTCT-TTTTC
*
17906 TAT-TTTTTT
1 T-TCTTTTTC
17915 TTCTTTTTC
1 TTCTTTTTC
17924 TT-TTCTTTC
1 TTCTT-TTTC
17933 TTTTCTTTTTC
1 --TTCTTTTTC
17944 TTC
1 TTC
17947 AAGCATAATA
Statistics
Matches: 49, Mismatches: 3, Indels: 16
0.72 0.04 0.24
Matches are distributed among these distances:
8 3 0.06
9 31 0.63
10 6 0.12
11 7 0.14
12 2 0.04
ACGTcount: A:0.03, C:0.19, G:0.00, T:0.78
Consensus pattern (9 bp):
TTCTTTTTC
Found at i:17906 original size:7 final size:6
Alignment explanation
Indices: 17877--17945 Score: 61
Period size: 6 Copynumber: 11.0 Consensus size: 6
17867 CTTGACCCCC
*
17877 TTTCTT TTTC-T TCTCTTT TTTCTAT TTTCTAT TTT-TT TTTCTT TTTCTT
1 TTTCTT TTTCTT TTTC-TT TTTCT-T TTTCT-T TTTCTT TTTCTT TTTCTT
*
17926 TTCTTTCT TTTCTT TTTCTT
1 TT-TCT-T TTTCTT TTTCTT
17946 CAAGCATAAT
Statistics
Matches: 53, Mismatches: 4, Indels: 12
0.77 0.06 0.17
Matches are distributed among these distances:
5 8 0.15
6 23 0.43
7 19 0.36
8 3 0.06
ACGTcount: A:0.03, C:0.17, G:0.00, T:0.80
Consensus pattern (6 bp):
TTTCTT
Found at i:17915 original size:20 final size:18
Alignment explanation
Indices: 17877--17945 Score: 79
Period size: 19 Copynumber: 3.7 Consensus size: 18
17867 CTTGACCCCC
17877 TTTCTTTTTC-TTCTCTTT
1 TTTCTTTTTCTTTCT-TTT
17895 TTTCTATTTTCTATT-TTTT
1 TTTCT-TTTTCT-TTCTTTT
17914 TTTCTTTTTCTTTTCTTTCT
1 TTTCTTTTTC-TTTCTTT-T
17934 TTTCTTTTTCTT
1 TTTCTTTTTCTT
17946 CAAGCATAAT
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 0, Indels: 11
0.80 0.00 0.20
Matches are distributed among these distances:
18 12 0.27
19 19 0.42
20 12 0.27
21 2 0.04
ACGTcount: A:0.03, C:0.17, G:0.00, T:0.80
Consensus pattern (18 bp):
TTTCTTTTTCTTTCTTTT
Found at i:17943 original size:15 final size:14
Alignment explanation
Indices: 17876--17945 Score: 56
Period size: 15 Copynumber: 4.9 Consensus size: 14
17866 CCTTGACCCC
*
17876 CTTTCTTTTTCTTCT
1 CTTTTTTTTTCTT-T
*
17891 CTTTTTTCTAT-TTT
1 CTTTTTT-TTTCTTT
*
17905 C-TATTTTTT-TTT
1 CTTTTTTTTTCTTT
17917 CTTTTTCTTTTCTTT
1 CTTTTT-TTTTCTTT
17932 CTTTTCTTTTTCTT
1 CTTTT-TTTTTCTT
17946 CAAGCATAAT
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 5, Indels: 10
0.75 0.08 0.17
Matches are distributed among these distances:
12 6 0.13
13 7 0.16
14 6 0.13
15 23 0.51
16 3 0.07
ACGTcount: A:0.03, C:0.19, G:0.00, T:0.79
Consensus pattern (14 bp):
CTTTTTTTTTCTTT
Found at i:22539 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 22507--22562 Score: 112
Period size: 24 Copynumber: 2.3 Consensus size: 24
22497 TGATTGATCC
22507 AGAGGCATTCTTTGAAGTGTAACT
1 AGAGGCATTCTTTGAAGTGTAACT
22531 AGAGGCATTCTTTGAAGTGTAACT
1 AGAGGCATTCTTTGAAGTGTAACT
22555 AGAGGCAT
1 AGAGGCAT
22563 CAAGTTGAGA
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
24 32 1.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.12, G:0.27, T:0.30
Consensus pattern (24 bp):
AGAGGCATTCTTTGAAGTGTAACT
Found at i:24910 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 24874--24933 Score: 77
Period size: 30 Copynumber: 2.0 Consensus size: 30
24864 GATTTGTATA
* *
24874 GGTGGAATACC-AGAGTGATAAATTGGTTCT
1 GGTGGAAAACCTAGAG-GATAAATGGGTTCT
*
24904 GGTGGAAAACCTAGAGGATATATGGGTTCT
1 GGTGGAAAACCTAGAGGATAAATGGGTTCT
24934 TGGTCAAAAG
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 3, Indels: 2
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
30 22 0.85
31 4 0.15
ACGTcount: A:0.30, C:0.10, G:0.32, T:0.28
Consensus pattern (30 bp):
GGTGGAAAACCTAGAGGATAAATGGGTTCT
Found at i:28628 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 28587--28628 Score: 50
Period size: 19 Copynumber: 2.2 Consensus size: 19
28577 TATTAATAAG
* *
28587 AAAATATATAAATACTATG
1 AAAATATATAAATAATATA
28606 AAAATA-ATAAATATATATA
1 AAAATATATAAATA-ATATA
28625 AAAA
1 AAAA
28629 ATTTTGAAAA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 2
0.83 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
18 7 0.35
19 13 0.65
ACGTcount: A:0.67, C:0.02, G:0.02, T:0.29
Consensus pattern (19 bp):
AAAATATATAAATAATATA
Found at i:30265 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 30256--30282 Score: 54
Period size: 6 Copynumber: 4.5 Consensus size: 6
30246 TCTCTCCGGT
30256 TCTGTC TCTGTC TCTGTC TCTGTC TCT
1 TCTGTC TCTGTC TCTGTC TCTGTC TCT
30283 TTTTTTCTTG
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
6 21 1.00
ACGTcount: A:0.00, C:0.33, G:0.15, T:0.52
Consensus pattern (6 bp):
TCTGTC
Found at i:30751 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 30743--30819 Score: 154
Period size: 3 Copynumber: 25.7 Consensus size: 3
30733 TTAATATATT
30743 TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA
1 TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA
30791 TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TA
1 TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TA
30820 TGGATAAAAA
Statistics
Matches: 74, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 74 1.00
ACGTcount: A:0.66, C:0.00, G:0.00, T:0.34
Consensus pattern (3 bp):
TAA
Found at i:32889 original size:67 final size:67
Alignment explanation
Indices: 32660--32890 Score: 290
Period size: 67 Copynumber: 3.5 Consensus size: 67
32650 CATAGAGAGG
* * * *
32660 TAAA-TGGAAGTTATTGCTGATGCAGGGGATTTAATTATTCTTTTTGTCGTGTTCGATGTGGTTG
1 TAAATTGGAAGTTGTTGGTCATGCAGGGGATCTAATTATTCTTTTTGTCGTGTTCGATGTGGTTG
32724 AT
66 AT
** * *
32726 TAAATTGGAAGTTGTTGGTCATGTTGGGGATCTAATTGTTCTTTTTGT--TGCTTACGATATGGT
1 TAAATTGGAAGTTGTTGGTCATGCAGGGGATCTAATTATTCTTTTTGTCGTG-TT-CGATGTGGT
32789 TGAT
64 TGAT
* * *
32793 TAAATGGGAAGTTGTCGTTCATGTC-GGGGATCTAATTATTCTTTTTGTCGTGTTCGATGTGGTT
1 TAAATTGGAAGTTGTTGGTCATG-CAGGGGATCTAATTATTCTTTTTGTCGTGTTCGATGTGGTT
32857 GAT
65 GAT
* *
32860 TAAATTGGAAGTTCTTGGTAATGCAGGGGAT
1 TAAATTGGAAGTTGTTGGTCATGCAGGGGAT
32891 TTGATCTTAA
Statistics
Matches: 139, Mismatches: 19, Indels: 13
0.81 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
65 2 0.01
66 7 0.05
67 126 0.91
68 2 0.01
69 2 0.01
ACGTcount: A:0.21, C:0.08, G:0.28, T:0.43
Consensus pattern (67 bp):
TAAATTGGAAGTTGTTGGTCATGCAGGGGATCTAATTATTCTTTTTGTCGTGTTCGATGTGGTTG
AT
Found at i:47912 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 47897--47927 Score: 53
Period size: 3 Copynumber: 10.3 Consensus size: 3
47887 TGTTCTGTCT
*
47897 TTA TTA ATA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA T
1 TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA T
47928 ACAGTTGTCT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 2, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 26 1.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.00, G:0.00, T:0.65
Consensus pattern (3 bp):
TTA
Found at i:52825 original size:190 final size:190
Alignment explanation
Indices: 52473--52830 Score: 576
Period size: 190 Copynumber: 1.9 Consensus size: 190
52463 AAAGATAATT
* * * *
52473 TTTAATTTGAATATTAGTATGATAATTACTCTTTTAATAAGTCAATTTGAAAAGGTATTTGTTAT
1 TTTAATTTGAATATTAGTATGATAATTACTCTTTGAATAAGTCAACTTAAAAAGGTATTTGTTAC
* * *
52538 CTTTTTAATTTTGAATATTAAAAGATGATTATATACTTTTTTATATTTCAAATTAAAATAATATA
66 CTTTTTAACTTTGAATATTAAAAGATAATTATATACTTTTGTATATTTCAAATTAAAATAATATA
*
52603 TGTTTAAGTTTGAATAGTAAAAGGAGTTTATCTTTTGACCATTGCAAATTAAATATATTA
131 TATTTAAGTTTGAATAGTAAAAGGAGTTTATCTTTTGACCATTGCAAATTAAATATATTA
*
52663 TTTAATTTGAATATTAGTATGATAATTACTCTTTGAATATGTCAACTTAAAAAGGTATTTGTTAC
1 TTTAATTTGAATATTAGTATGATAATTACTCTTTGAATAAGTCAACTTAAAAAGGTATTTGTTAC
*
52728 CTTTTTAACTTTGAATGTT-AAAGATAATTATATACTTTTGTATATTTCAAATTAAAATAATACT
66 CTTTTTAACTTTGAATATTAAAAGATAATTATATACTTTTGTATATTTCAAATTAAAATAATA-T
* *
52792 -TATTTAAGTTTGAATGGTAAAATGAGTTTTATCTTTTGA
130 ATATTTAAGTTTGAATAGTAAAAGGAG-TTTATCTTTTGA
52831 ATATTTCAAA
Statistics
Matches: 154, Mismatches: 12, Indels: 4
0.91 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
189 64 0.42
190 90 0.58
ACGTcount: A:0.37, C:0.06, G:0.11, T:0.46
Consensus pattern (190 bp):
TTTAATTTGAATATTAGTATGATAATTACTCTTTGAATAAGTCAACTTAAAAAGGTATTTGTTAC
CTTTTTAACTTTGAATATTAAAAGATAATTATATACTTTTGTATATTTCAAATTAAAATAATATA
TATTTAAGTTTGAATAGTAAAAGGAGTTTATCTTTTGACCATTGCAAATTAAATATATTA
Found at i:52837 original size:62 final size:63
Alignment explanation
Indices: 52731--52848 Score: 159
Period size: 62 Copynumber: 1.9 Consensus size: 63
52721 TTGTTACCTT
* * *
52731 TTTAACTTTGAATGTTAAAGATAATTATATACTTTTGTATATTTCAAATTAAAATAATACTTA
1 TTTAACTTTGAATGGTAAAGATAATTATATACTTTTGAATATTTCAAATGAAAATAATACTTA
* * *
52794 TTTAAGTTTGAATGGTAAA-ATGAGTTTTAT-CTTTTGAATATTTCAAATGAAAATA
1 TTTAACTTTGAATGGTAAAGAT-AATTATATACTTTTGAATATTTCAAATGAAAATA
52849 TATTGATATC
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 6, Indels: 3
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
62 25 0.52
63 23 0.48
ACGTcount: A:0.40, C:0.05, G:0.10, T:0.45
Consensus pattern (63 bp):
TTTAACTTTGAATGGTAAAGATAATTATATACTTTTGAATATTTCAAATGAAAATAATACTTA
Found at i:54883 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 54858--54900 Score: 86
Period size: 20 Copynumber: 2.1 Consensus size: 20
54848 TGCATGTACT
54858 GAAGAAGAAGGGATATAGGG
1 GAAGAAGAAGGGATATAGGG
54878 GAAGAAGAAGGGATATAGGG
1 GAAGAAGAAGGGATATAGGG
54898 GAA
1 GAA
54901 AAGTCCCTTC
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 23 1.00
ACGTcount: A:0.47, C:0.00, G:0.44, T:0.09
Consensus pattern (20 bp):
GAAGAAGAAGGGATATAGGG
Found at i:60512 original size:27 final size:25
Alignment explanation
Indices: 60454--60517 Score: 78
Period size: 23 Copynumber: 2.6 Consensus size: 25
60444 GTAAAATAAT
*
60454 ACTGAATGATTCAGCATAGAAGTAC
1 ACTGAATGATTCAGCACAGAAGTAC
*
60479 A-T-AATGATTCATCACAGAAGTAC
1 ACTGAATGATTCAGCACAGAAGTAC
60502 ATTCTGAATGATTCAG
1 A--CTGAATGATTCAG
60518 AGCCACTATC
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 3, Indels: 6
0.78 0.07 0.15
Matches are distributed among these distances:
23 20 0.62
24 1 0.03
25 1 0.03
26 1 0.03
27 9 0.28
ACGTcount: A:0.39, C:0.16, G:0.17, T:0.28
Consensus pattern (25 bp):
ACTGAATGATTCAGCACAGAAGTAC
Found at i:62633 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 62613--62643 Score: 53
Period size: 15 Copynumber: 2.1 Consensus size: 15
62603 AGCTGGGTGA
*
62613 GCGGATGTGGGGCGG
1 GCGGATGCGGGGCGG
62628 GCGGATGCGGGGCGG
1 GCGGATGCGGGGCGG
62643 G
1 G
62644 TAATGTCTCA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 15 1.00
ACGTcount: A:0.06, C:0.16, G:0.68, T:0.10
Consensus pattern (15 bp):
GCGGATGCGGGGCGG
Found at i:63751 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 63728--63773 Score: 56
Period size: 18 Copynumber: 2.6 Consensus size: 18
63718 TTCACGGAAT
*
63728 ATAAGATTACCGACAGTA
1 ATAAGATTACCGACAGGA
* * *
63746 ATAAGATTATCGGCGGGA
1 ATAAGATTACCGACAGGA
63764 ATAAGATTAC
1 ATAAGATTAC
63774 TAAGAATGTT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 5, Indels: 0
0.82 0.18 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 23 1.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.13, G:0.22, T:0.24
Consensus pattern (18 bp):
ATAAGATTACCGACAGGA
Found at i:65791 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 65781--65974 Score: 66
Period size: 2 Copynumber: 98.0 Consensus size: 2
65771 ATTGAAAAAA
* * * *
65781 AT AT A- AT AT AT AT AT AT AT AT A- AT AT AG GT TT AT AT AT AA
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
* * *
65821 AT -T AT AT AT AT AA ACT AT AT TT AT AT -T AT AA ACT AT AT AT -T
1 AT AT AT AT AT AT AT A-T AT AT AT AT AT AT AT AT A-T AT AT AT AT
* * * * * *
65862 AT A- AG CT AT AT AT AA AT -T AT GT TT AT AT GA- ACT AT AT AT GT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT -AT A-T AT AT AT AT
* * * * * * *
65903 AA ACT AT AT AT GT AT AA AT -T AT AA AA AGT AT AT AGT TT AT AA
1 AT A-T AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A-T AT AT A-T AT AT AT
65945 ACT AT A- AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1 A-T AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
65975 TATTCAAAGT
Statistics
Matches: 139, Mismatches: 35, Indels: 36
0.66 0.17 0.17
Matches are distributed among these distances:
1 10 0.07
2 121 0.87
3 8 0.06
ACGTcount: A:0.48, C:0.03, G:0.05, T:0.44
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:65803 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 65781--65864 Score: 72
Period size: 17 Copynumber: 5.2 Consensus size: 17
65771 ATTGAAAAAA
65781 ATATAATATATATATAT
1 ATATAATATATATATAT
** *
65798 ATATAATATAGGTTTAT
1 ATATAATATATATATAT
65815 ATATAA-AT-TATATAT
1 ATATAATATATATATAT
*
65830 ATA-AACTATATTTATAT
1 ATATAA-TATATATATAT
65847 -TATAA-ACTATATAT-T
1 ATATAATA-TATATATAT
65862 ATA
1 ATA
65865 AGCTATATAT
Statistics
Matches: 53, Mismatches: 8, Indels: 13
0.72 0.11 0.18
Matches are distributed among these distances:
14 2 0.04
15 9 0.17
16 14 0.26
17 28 0.53
ACGTcount: A:0.49, C:0.02, G:0.02, T:0.46
Consensus pattern (17 bp):
ATATAATATATATATAT
Found at i:65829 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 65793--65881 Score: 92
Period size: 32 Copynumber: 2.9 Consensus size: 30
65783 ATAATATATA
*
65793 TATATATATAA-TATAGGTTTATA-TATAAAT
1 TATATATATAACTATA--TTTATATTATAAAC
65823 TATATATATAAACTATATTTATATTATAAAC
1 TATATATAT-AACTATATTTATATTATAAAC
* *
65854 TATATATTATAAGCTATATATAAATTAT
1 TATATA-TATAA-CTATATTTATATTAT
65882 GTTTATATGA
Statistics
Matches: 51, Mismatches: 3, Indels: 8
0.82 0.05 0.13
Matches are distributed among these distances:
30 15 0.29
31 16 0.31
32 20 0.39
ACGTcount: A:0.47, C:0.03, G:0.03, T:0.46
Consensus pattern (30 bp):
TATATATATAACTATATTTATATTATAAAC
Found at i:65852 original size:18 final size:20
Alignment explanation
Indices: 65816--65864 Score: 75
Period size: 18 Copynumber: 2.5 Consensus size: 20
65806 TAGGTTTATA
*
65816 TATAAATTATATATATAAAC
1 TATATATTATATATATAAAC
65836 TATAT-TTATAT-TATAAAC
1 TATATATTATATATATAAAC
65854 TATATATTATA
1 TATATATTATA
65865 AGCTATATAT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 1, Indels: 3
0.87 0.03 0.10
Matches are distributed among these distances:
18 12 0.44
19 11 0.41
20 4 0.15
ACGTcount: A:0.49, C:0.04, G:0.00, T:0.47
Consensus pattern (20 bp):
TATATATTATATATATAAAC
Found at i:65948 original size:53 final size:51
Alignment explanation
Indices: 65847--65977 Score: 124
Period size: 53 Copynumber: 2.5 Consensus size: 51
65837 ATATTTATAT
* *
65847 TATAAACTATATATTATAAGCTATATATAAATTATGTTTATATGAACTAT-ATA
1 TATAAACTATATATTATAA-AT-TATAAAAATTATGTTTATA-GAACTATAATA
*
65900 TGTAAACTATATATGTATAAATTATAAAAAGTATATAGTTTATA-AACTATAATA
1 TATAAACTATATAT-TATAAATTATAAAAA-T-TAT-GTTTATAGAACTATAATA
* *
65954 TATATA-TATATATATATATATTAT
1 TATAAACTATATAT-TATAAATTAT
65978 TCAAAGTGAG
Statistics
Matches: 66, Mismatches: 7, Indels: 10
0.80 0.08 0.12
Matches are distributed among these distances:
52 7 0.11
53 37 0.56
54 15 0.23
55 7 0.11
ACGTcount: A:0.47, C:0.04, G:0.05, T:0.44
Consensus pattern (51 bp):
TATAAACTATATATTATAAATTATAAAAATTATGTTTATAGAACTATAATA
Found at i:66129 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 66091--66140 Score: 57
Period size: 19 Copynumber: 2.7 Consensus size: 19
66081 AATATAGATA
*
66091 AATTGAG-AATTTATAAGG
1 AATTGAGAAATTTAGAAGG
*
66109 AATTGAGAAATTTAGAGGG
1 AATTGAGAAATTTAGAAGG
* *
66128 AATAGAAAAATTT
1 AATTGAGAAATTT
66141 GGGAAGTTGG
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 4, Indels: 1
0.84 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
18 7 0.26
19 20 0.74
ACGTcount: A:0.48, C:0.00, G:0.22, T:0.30
Consensus pattern (19 bp):
AATTGAGAAATTTAGAAGG
Found at i:66349 original size:4 final size:4
Alignment explanation
Indices: 66340--68750 Score: 4651
Period size: 4 Copynumber: 606.8 Consensus size: 4
66330 CTTTTAATTT
*
66340 TATG TATG TATA TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
66388 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
66436 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
66484 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
66532 -ATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
66579 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
66627 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
66675 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
66723 TATG TATG TATG TATG TATG TATG -ATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
66770 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
66818 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
66866 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
66914 TATG TA-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
66961 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
67009 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
67057 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
67105 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
67153 TATG TATG TATG TATG TATG TA-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
67200 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
67248 TA-- TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG --TG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
67292 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
67340 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
67388 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
67436 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
67484 TA-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
67531 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
67579 TATG TATG TATG TATG TATG TAGG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
67627 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-G
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
67674 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
67722 TATG TATG TATG TATG TATG TA-- TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
67768 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
67816 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
67864 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
67912 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
67960 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG --TG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
68006 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-G TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
68053 TATG TA-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
68100 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
68148 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG -GTG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
68195 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-G TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
68242 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
68290 TAGTG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TA-TG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
68339 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
68387 TTATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 -TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
68436 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
68484 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
68532 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
68580 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
68628 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
68676 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
68724 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TAT
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TAT
68751 ATAAATATAT
Statistics
Matches: 2381, Mismatches: 6, Indels: 40
0.98 0.00 0.02
Matches are distributed among these distances:
2 8 0.00
3 29 0.01
4 2336 0.98
5 8 0.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.00, G:0.25, T:0.50
Consensus pattern (4 bp):
TATG
Found at i:68932 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 68910--68967 Score: 53
Period size: 14 Copynumber: 4.1 Consensus size: 14
68900 GTTTATTAGA
*
68910 AAACTCTAAACCCT
1 AAACACTAAACCCT
*
68924 AAACACTAAATCCT
1 AAACACTAAACCCT
** *
68938 AAACTTTAAACCAT
1 AAACACTAAACCCT
* *
68952 ATACACTAAACTCT
1 AAACACTAAACCCT
68966 AA
1 AA
68968 TGTAAATAGA
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 12, Indels: 0
0.73 0.27 0.00
Matches are distributed among these distances:
14 32 1.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.28, G:0.00, T:0.24
Consensus pattern (14 bp):
AAACACTAAACCCT
Found at i:69474 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 69423--69480 Score: 55
Period size: 14 Copynumber: 4.1 Consensus size: 14
69413 TAGTTTATAG
*
69423 AAACCCTAAACCTT
1 AAACCATAAACCTT
*
69437 AAATCATAAA-CTAT
1 AAACCATAAACCT-T
* * *
69451 ACACCCTAAACTTT
1 AAACCATAAACCTT
69465 AAACCATAAACCTT
1 AAACCATAAACCTT
69479 AA
1 AA
69481 TGTAAATGAA
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 9, Indels: 4
0.72 0.20 0.09
Matches are distributed among these distances:
13 2 0.06
14 30 0.91
15 1 0.03
ACGTcount: A:0.48, C:0.28, G:0.00, T:0.24
Consensus pattern (14 bp):
AAACCATAAACCTT
Found at i:70313 original size:17 final size:19
Alignment explanation
Indices: 70276--70316 Score: 59
Period size: 19 Copynumber: 2.3 Consensus size: 19
70266 AATATGTATG
70276 TATAAAACAATGTATAGTA
1 TATAAAACAATGTATAGTA
*
70295 TATAAAACTAT-TATA-TA
1 TATAAAACAATGTATAGTA
70312 TATAA
1 TATAA
70317 CCTATATATA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 2
0.88 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
17 7 0.33
18 4 0.19
19 10 0.48
ACGTcount: A:0.54, C:0.05, G:0.05, T:0.37
Consensus pattern (19 bp):
TATAAAACAATGTATAGTA
Found at i:70456 original size:13 final size:14
Alignment explanation
Indices: 70431--70463 Score: 50
Period size: 13 Copynumber: 2.4 Consensus size: 14
70421 TAACCCTAAT
70431 CATAAATTCTAAAC
1 CATAAATTCTAAAC
*
70445 CCTAAATT-TAAAC
1 CATAAATTCTAAAC
70458 CATAAA
1 CATAAA
70464 CCATAAACAC
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 2, Indels: 1
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
13 10 0.59
14 7 0.41
ACGTcount: A:0.52, C:0.21, G:0.00, T:0.27
Consensus pattern (14 bp):
CATAAATTCTAAAC
Found at i:70463 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 70453--70493 Score: 57
Period size: 7 Copynumber: 5.9 Consensus size: 7
70443 ACCCTAAATT
70453 TAAACCA
1 TAAACCA
70460 TAAACCA
1 TAAACCA
70467 TAAA-CA
1 TAAACCA
*
70473 CTAAATCA
1 -TAAACCA
70481 TAAACCA
1 TAAACCA
70488 TAAACC
1 TAAACC
70494 TAATATAAAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 1, Indels: 4
0.86 0.03 0.11
Matches are distributed among these distances:
6 2 0.06
7 27 0.87
8 2 0.06
ACGTcount: A:0.56, C:0.27, G:0.00, T:0.17
Consensus pattern (7 bp):
TAAACCA
Found at i:70482 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 70453--70496 Score: 70
Period size: 21 Copynumber: 2.1 Consensus size: 20
70443 ACCCTAAATT
70453 TAAACCATAAACCATAAACAC
1 TAAACCATAAACCATAAAC-C
*
70474 TAAATCATAAACCATAAACC
1 TAAACCATAAACCATAAACC
70494 TAA
1 TAA
70497 TATAAATGGA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 1
0.92 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
20 4 0.18
21 18 0.82
ACGTcount: A:0.57, C:0.25, G:0.00, T:0.18
Consensus pattern (20 bp):
TAAACCATAAACCATAAACC
Found at i:70737 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 70730--70782 Score: 92
Period size: 2 Copynumber: 27.5 Consensus size: 2
70720 CCGCCCCGAT
70730 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T- TA T- TA TA TA TA TA TA TA
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
70770 TA TA TA TA TA TA T
1 TA TA TA TA TA TA T
70783 TTTTATATTT
Statistics
Matches: 49, Mismatches: 0, Indels: 4
0.92 0.00 0.08
Matches are distributed among these distances:
1 2 0.04
2 47 0.96
ACGTcount: A:0.47, C:0.00, G:0.00, T:0.53
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:70816 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 70787--70843 Score: 96
Period size: 25 Copynumber: 2.3 Consensus size: 25
70777 ATATATTTTT
*
70787 ATATTTTTTATATTAATTATATATA
1 ATATTTTTCATATTAATTATATATA
*
70812 GTATTTTTCATATTAATTATATATA
1 ATATTTTTCATATTAATTATATATA
70837 ATATTTT
1 ATATTTT
70844 CGGGTTCGGG
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 3, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
25 29 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.02, G:0.02, T:0.60
Consensus pattern (25 bp):
ATATTTTTCATATTAATTATATATA
Found at i:70832 original size:34 final size:33
Alignment explanation
Indices: 70728--70838 Score: 115
Period size: 30 Copynumber: 3.4 Consensus size: 33
70718 CCCCGCCCCG
*
70728 ATTATATATATATATATATATATATTATTATA-T-
1 ATTATATATA-AT-TATATATATATTTTTATATTA
*
70761 A-TATATAT-ATATATATATATATTTTTATATTT
1 ATTATATATAAT-TATATATATATTTTTATATTA
*
70793 TTTATAT-TAATTATATATAGTATTTTTCATATTA
1 ATTATATATAATTATATATA-TATTTTT-ATATTA
70827 ATTATATATAAT
1 ATTATATATAAT
70839 ATTTTCGGGT
Statistics
Matches: 67, Mismatches: 4, Indels: 12
0.81 0.05 0.14
Matches are distributed among these distances:
30 20 0.30
31 1 0.01
32 16 0.24
33 15 0.22
34 11 0.16
35 4 0.06
ACGTcount: A:0.41, C:0.01, G:0.01, T:0.57
Consensus pattern (33 bp):
ATTATATATAATTATATATATATTTTTATATTA
Found at i:71353 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 71334--71371 Score: 58
Period size: 16 Copynumber: 2.4 Consensus size: 16
71324 AGTCAGATTA
71334 AAAACAGGTCAGGTAG
1 AAAACAGGTCAGGTAG
* *
71350 AAAACATGTCAGGTGG
1 AAAACAGGTCAGGTAG
71366 AAAACA
1 AAAACA
71372 AGTCGGGTAA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 20 1.00
ACGTcount: A:0.47, C:0.13, G:0.26, T:0.13
Consensus pattern (16 bp):
AAAACAGGTCAGGTAG
Found at i:72140 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 72113--72147 Score: 52
Period size: 18 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
72103 GCATATAAAA
*
72113 TTTTAAAATAATTTTAT
1 TTTTAAAATAATATTAT
72130 TTTTAAAAATAATATTAT
1 TTTT-AAAATAATATTAT
72148 AATAAAAAAA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
17 4 0.25
18 12 0.75
ACGTcount: A:0.46, C:0.00, G:0.00, T:0.54
Consensus pattern (17 bp):
TTTTAAAATAATATTAT
Done.