genome.fa.s5264.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01005264.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00011907_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  146538

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2783--2826	21	2.1	21	100	0	88	40	22	6	29	1.80
9998--10038	21	1.9	22	90	5	66	39	17	19	24	1.92
18192--18246	24	2.3	24	83	0	74	50	16	14	18	1.77
18192--18251	12	5.0	12	72	8	50	48	16	15	20	1.81
20686--20794	24	4.5	24	79	6	123	47	16	17	18	1.83
20688--20757	12	5.8	12	76	6	70	50	18	15	15	1.79
20686--20794	48	2.3	47	85	6	139	47	16	17	18	1.83
23736--23786	21	2.4	21	90	0	84	23	17	15	43	1.88
24405--24442	6	6.5	6	90	3	60	0	13	52	34	1.40
24532--25124	21	28.6	19	71	12	214	36	22	18	22	1.95
24532--24986	42	10.9	42	78	9	348	36	22	18	22	1.95
24535--25028	63	7.9	63	81	7	522	37	22	18	22	1.95
25148--25194	21	2.2	21	92	0	76	21	17	31	29	1.96
33444--33490	2	23.0	2	95	4	85	48	2	0	48	1.13
42116--42191	36	2.1	36	85	7	100	47	1	3	47	1.29
47470--47513	23	1.9	23	95	0	79	52	9	27	11	1.67
50538--50573	18	2.0	18	88	0	54	41	8	19	30	1.81
53733--53807	35	2.0	36	82	10	89	40	0	5	54	1.23
60223--60428	37	5.8	37	78	7	221	30	16	9	43	1.80
60337--60396	18	3.3	18	70	21	61	30	16	6	46	1.73
60318--60382	19	3.5	18	71	21	62	21	20	12	46	1.83
60302--60450	74	2.0	73	85	1	199	28	18	10	41	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60565--60667	34	2.9	35	81	7	109	29	22	10	37	1.88
60642--60820	74	2.4	74	80	6	191	33	18	7	39	1.80
60883--61134	51	4.7	54	73	15	141	31	10	17	40	1.84
61179--61257	41	1.9	41	92	0	131	24	20	15	40	1.90
62158--62510	105	3.4	105	90	0	544	37	16	21	24	1.94
65176--65206	16	2.0	16	93	6	55	45	9	6	38	1.63
66771--66941	62	2.7	62	79	10	150	35	20	19	25	1.96
67518--67578	23	2.7	23	92	0	95	19	27	26	26	1.99
71788--71839	21	2.5	21	81	3	61	38	19	25	17	1.93
71828--71922	20	4.7	20	79	7	93	32	25	18	23	1.97
72110--72153	22	2.0	22	100	0	88	22	45	13	18	1.84
72416--72474	20	3.0	20	87	0	73	16	18	22	42	1.89
73792--73836	18	2.5	18	92	0	72	26	42	15	15	1.87
74318--74384	20	3.4	20	81	2	73	38	23	22	14	1.92
74373--74430	14	3.9	14	79	16	71	48	24	17	10	1.78
74357--74447	32	2.8	33	94	3	166	47	21	18	12	1.81
74489--74544	20	2.8	20	86	7	71	16	23	23	37	1.93
75484--75639	31	5.0	31	88	1	224	35	21	20	21	1.96
76330--76374	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
78795--78859	19	3.7	19	80	15	86	47	18	20	13	1.82
78877--78954	21	3.9	20	91	6	131	15	21	25	37	1.93
78877--78954	41	2.0	40	94	5	140	15	21	25	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79160--79214	18	2.9	18	89	5	74	20	27	23	29	1.99
79951--80001	23	2.2	23	89	0	75	23	17	21	37	1.94
80174--80198	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
82471--82595	33	3.8	33	88	4	198	43	19	22	15	1.88
82472--82604	66	2.0	66	95	0	239	41	18	22	17	1.90
82471--82601	19	7.7	19	66	23	103	42	19	22	15	1.88
82596--82671	19	4.3	19	75	16	72	14	21	21	43	1.87
82628--82672	19	2.4	19	96	0	81	13	20	20	46	1.83
82779--82815	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
84170--84236	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
84170--84292	42	2.9	41	79	7	113	22	18	36	21	1.95
84506--84689	91	2.0	90	88	7	273	46	18	12	22	1.83
86381--86433	20	2.7	19	80	8	61	41	20	24	13	1.88
86398--86494	33	2.9	33	89	1	149	41	22	24	11	1.87
86495--86539	19	2.4	19	80	0	54	6	13	26	53	1.64
87086--87138	20	2.7	20	93	0	88	26	20	28	24	1.99
87147--87200	20	2.7	20	94	0	90	27	18	22	31	1.97
87087--87203	61	1.9	61	83	0	153	24	17	23	33	1.97
87087--87221	61	2.2	61	80	2	146	23	20	23	32	1.98
93990--94028	3	12.7	3	83	5	51	35	0	0	64	0.94
96053--96098	2	24.0	2	89	8	69	52	2	0	45	1.13
96047--96097	16	3.3	16	86	8	70	50	3	0	45	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96047--96098	14	3.7	14	85	10	61	50	3	0	46	1.20
96188--96241	2	27.0	2	100	0	108	50	0	0	50	1.00
96298--96341	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
100639--100733	20	4.7	20	83	5	127	41	18	22	17	1.91
100636--100752	41	2.8	42	87	2	148	41	17	23	17	1.91
100639--100752	21	5.5	21	76	3	106	40	18	23	17	1.91
100738--100815	41	1.9	41	86	0	111	39	21	16	21	1.92
100741--100835	20	4.7	20	80	2	91	34	24	17	23	1.96
101023--101066	22	2.0	22	90	0	70	22	43	15	18	1.88
101320--101357	20	1.9	20	88	0	58	13	15	21	50	1.78
101974--102282	155	2.0	155	98	0	600	23	21	24	30	1.99
102819--102863	18	2.5	18	85	0	63	26	42	15	15	1.87
103334--103400	20	3.4	20	81	2	73	38	23	22	14	1.92
103389--103460	14	4.9	14	83	12	99	48	26	16	8	1.74
103373--103446	32	2.3	33	95	2	132	45	24	18	10	1.81
103389--103477	46	1.9	47	97	2	171	49	24	16	8	1.75
103495--103552	14	3.9	14	79	16	71	8	17	25	48	1.75
103490--103568	32	2.4	33	95	2	142	8	18	24	48	1.77
103490--103568	14	4.8	17	71	22	62	8	18	24	48	1.77
103553--103643	19	4.8	19	84	8	123	15	25	24	35	1.94
103541--103639	36	2.6	37	90	4	146	14	24	24	37	1.92
105460--105495	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
105608--105670	18	3.7	18	80	19	82	44	19	22	14	1.86
105695--105730	19	1.9	18	88	5	54	19	25	16	38	1.92
105699--105741	19	2.2	20	80	12	54	23	23	20	32	1.98
106103--106138	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
107373--107431	24	2.5	24	82	0	73	28	16	18	35	1.93
109921--110018	19	5.7	19	67	22	81	43	19	23	13	1.86
109921--110014	33	2.8	33	95	0	170	43	19	23	13	1.86
110014--110056	20	2.2	20	87	4	61	16	18	23	41	1.89
110042--110075	14	2.4	14	85	0	50	8	23	20	47	1.78
113694--113878	19	10.1	19	77	14	174	43	22	22	12	1.86
113694--113878	33	5.1	38	81	10	174	43	22	22	12	1.86
113874--113918	19	2.4	19	92	0	72	8	15	26	48	1.74
114469--114562	20	4.7	20	77	2	80	23	17	24	35	1.95
114551--114646	41	2.3	41	98	0	147	18	23	17	39	1.92
114551--114643	20	4.6	20	78	4	96	18	24	18	38	1.92
116204--116734	107	5.0	107	96	0	965	37	21	11	30	1.88
116204--116734	213	2.5	214	96	0	974	37	21	11	30	1.88
117608--117788	76	2.4	77	87	4	253	19	22	34	23	1.97
117608--117810	76	2.6	77	86	6	252	19	23	33	23	1.97
118424--118465	17	2.7	15	82	13	57	57	28	0	14	1.38
118428--118461	17	2.0	17	94	0	59	55	32	0	11	1.36
125914--126122	76	2.8	77	88	2	298	20	23	32	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
126714--126791	32	2.5	30	85	6	93	41	0	1	57	1.07
126821--126852	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
141946--141995	9	5.1	10	76	13	50	28	28	24	20	1.99

Tables:   1

The End!