genome.fa.s5294.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01005294.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00011985_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  212260

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2878--2920	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
5073--5157	30	2.9	30	85	1	118	29	1	40	29	1.64
22093--22165	30	2.4	30	95	0	128	30	24	20	24	1.99
22151--22276	31	4.1	31	86	2	137	32	20	18	28	1.96
23445--23605	64	2.5	62	84	8	189	26	21	18	34	1.96
26823--26895	30	2.4	30	95	0	128	30	24	20	24	1.99
26878--26987	31	3.6	31	86	1	141	29	19	19	32	1.96
26878--27004	31	4.1	31	83	3	132	30	18	19	30	1.96
28172--28295	64	1.9	63	85	6	169	26	17	16	38	1.91
28171--28313	64	2.2	62	81	9	164	26	17	18	37	1.93
31525--31621	30	3.2	30	98	0	185	31	24	19	23	1.98
31525--31644	60	2.0	60	86	0	168	33	24	20	22	1.97
31613--31738	31	4.1	31	86	2	137	33	20	17	28	1.95
32394--32430	2	18.5	2	94	0	65	45	0	2	51	1.15
32938--33078	64	2.2	63	82	5	167	26	17	18	36	1.93
43178--43206	15	1.9	15	100	0	58	48	27	6	17	1.72
43333--43718	182	2.1	183	91	3	627	43	2	7	46	1.47
59053--59091	19	2.1	19	85	0	51	48	12	10	28	1.74
60951--61022	32	2.2	32	82	4	92	20	13	30	34	1.92
62504--62528	11	2.3	11	100	0	50	32	16	12	40	1.84
65671--65734	3	22.0	3	81	12	62	65	1	4	28	1.21
65890--66222	46	7.8	43	73	12	195	25	19	31	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66000--66266	40	6.2	45	73	15	208	22	19	32	25	1.97
65932--66253	40	7.6	40	73	12	177	24	18	32	24	1.97
65972--66138	82	2.0	84	84	7	221	25	19	30	24	1.98
65917--66266	128	2.7	128	91	2	533	23	19	32	24	1.98
66279--66332	28	1.9	28	85	7	74	50	16	12	20	1.78
66664--66707	15	2.9	15	93	0	70	43	4	20	31	1.72
67013--67081	28	2.5	28	90	4	104	42	14	8	34	1.77
67193--67347	29	5.5	29	91	3	219	46	14	9	29	1.76
68021--68096	28	2.7	28	93	0	134	27	0	25	47	1.52
68030--68095	12	4.8	12	75	23	51	28	0	24	46	1.52
68033--68083	4	12.8	4	79	8	59	31	0	21	47	1.51
69247--69284	11	3.4	11	89	7	58	5	13	10	71	1.30
69902--69983	26	3.4	26	69	19	86	40	9	25	24	1.86
69890--69983	46	2.1	45	89	2	143	37	9	26	26	1.87
72208--72269	32	2.0	32	96	3	117	61	9	14	14	1.57
76049--76115	3	23.0	3	82	11	68	65	1	4	28	1.21
76272--76604	46	7.8	43	73	12	195	25	19	31	24	1.98
76382--76648	40	6.2	45	74	15	217	22	20	32	24	1.98
76314--76635	40	7.6	40	73	12	177	24	18	32	24	1.97
76354--76520	82	2.0	84	84	7	221	25	19	30	24	1.98
76299--76648	128	2.7	128	91	2	542	23	19	32	24	1.98
76661--76714	28	1.9	28	85	7	74	50	16	12	20	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77046--77088	14	2.9	15	86	6	61	41	4	20	32	1.73
77393--77461	28	2.5	28	90	4	104	42	14	8	34	1.77
77574--77728	29	5.5	29	91	3	219	46	14	9	29	1.76
78404--78479	28	2.7	28	93	0	134	27	0	25	47	1.52
78413--78478	12	4.8	12	75	23	51	28	0	24	46	1.52
78416--78466	4	12.8	4	79	8	59	31	0	21	47	1.51
79630--79667	11	3.4	11	89	7	58	5	13	10	71	1.30
80285--80366	26	3.4	26	69	19	86	40	9	25	24	1.86
80273--80366	46	2.1	45	89	2	143	37	9	26	26	1.87
82588--82647	30	2.0	31	90	9	97	60	10	15	15	1.60
86433--86499	3	23.0	3	82	11	68	65	1	4	28	1.21
87999--88025	5	5.4	5	100	0	54	0	18	0	81	0.69
93317--93351	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
96499--96576	3	26.0	3	84	10	106	32	1	1	65	1.09
97696--97770	13	5.8	13	77	10	57	34	4	2	58	1.31
98127--98180	23	2.5	22	77	14	58	57	1	0	40	1.09
103959--104007	19	2.6	19	96	0	89	22	26	18	32	1.97
112341--112381	18	2.2	20	91	8	68	29	9	4	56	1.53
113832--113894	20	3.2	20	62	20	51	41	9	23	25	1.85
114216--114302	3	30.0	3	82	11	92	35	1	0	63	1.02
114216--114302	26	3.6	24	79	11	106	35	1	0	63	1.02
114243--114302	17	3.5	17	88	6	68	33	1	0	65	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115621--115695	13	5.8	13	77	10	57	34	4	2	58	1.31
116038--116105	23	3.1	22	76	14	61	55	1	1	41	1.18
127103--127212	3	36.7	3	94	3	195	35	0	0	64	0.94
127660--127729	16	4.4	16	72	3	52	70	12	17	0	1.18
127803--127864	28	2.3	27	94	2	106	24	41	22	11	1.86
128678--128723	13	3.5	13	82	11	58	41	2	0	56	1.11
128663--128713	21	2.3	23	75	21	56	49	0	0	50	1.00
128690--128877	90	2.1	92	83	5	231	42	9	9	38	1.69
129362--129403	23	1.9	23	85	9	61	28	0	2	69	1.01
140015--140077	9	7.0	9	79	13	76	85	0	12	1	0.66
140015--140077	10	5.9	10	82	10	72	85	0	12	1	0.66
140018--140070	12	4.3	13	80	17	60	86	0	11	1	0.64
140398--140434	16	2.3	16	90	0	56	32	8	5	54	1.53
140404--140452	19	2.8	18	84	9	66	34	6	8	51	1.57
141222--141515	83	3.5	83	95	0	518	27	13	21	38	1.90
142243--142796	113	4.9	113	95	0	959	37	13	18	30	1.89
143115--143167	3	17.7	3	96	0	97	33	1	0	64	1.05
144648--144686	13	3.0	13	82	10	53	41	0	0	58	0.98
144660--144847	98	1.9	96	81	6	227	39	10	10	39	1.73
149231--149387	21	7.5	21	85	5	194	28	22	22	26	1.99
149231--149428	104	1.9	104	86	6	285	27	22	22	27	1.99
149231--149433	21	9.8	21	80	14	120	27	22	22	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
149397--149443	21	2.2	21	88	0	67	27	25	21	25	1.99
150169--150224	21	2.7	21	85	0	85	30	19	21	28	1.98
157558--157662	36	2.9	35	91	5	174	30	7	18	43	1.77
157631--157775	67	2.2	63	82	9	159	39	11	21	27	1.88
157724--157916	37	5.1	36	78	11	172	42	15	19	23	1.88
157724--157873	42	3.9	41	79	13	165	44	15	19	21	1.87
158179--158314	60	2.3	60	90	0	209	27	13	22	36	1.92
159013--159057	23	2.0	23	90	0	72	24	26	26	22	2.00
160704--160748	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
163980--164024	23	2.0	23	90	0	72	24	26	26	22	2.00
165659--165703	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
167007--167089	31	2.6	32	82	3	96	28	26	16	27	1.97
168128--168195	19	3.5	20	82	8	77	1	16	4	77	0.99
171183--171237	21	2.7	20	81	10	58	61	1	18	18	1.43
171254--171298	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
171367--171458	16	5.9	15	69	16	53	68	1	2	28	1.08
171394--171450	24	2.5	22	77	11	60	70	1	1	26	1.07
180232--180435	105	1.9	105	98	0	399	37	9	14	39	1.78
181094--181182	8	11.7	7	73	19	56	78	6	13	1	1.00
181094--181169	9	8.4	9	76	16	61	78	6	14	0	0.93
181121--181150	15	1.9	16	93	6	53	83	6	10	0	0.81
181819--181861	22	1.9	22	85	4	59	39	23	13	23	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
182701--182825	37	3.4	38	79	11	145	24	18	14	43	1.87
182855--182927	37	2.0	37	89	5	112	26	19	13	41	1.88
182943--183063	36	3.3	35	77	6	116	23	20	14	41	1.89
182755--183019	102	2.6	102	93	1	453	27	20	13	38	1.90
183303--183946	106	6.1	106	88	2	915	33	26	18	21	1.97
183303--183946	205	3.1	206	89	3	957	33	26	18	21	1.97
183358--183931	311	1.8	311	91	0	941	32	25	18	22	1.97
188425--188493	32	2.2	32	86	5	95	28	11	21	37	1.89
190347--190415	23	3.0	23	84	0	84	26	23	27	23	2.00
191063--191105	21	2.0	21	81	0	50	18	25	27	27	1.98

Tables:   1   2