genome.fa.s5316.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01005316.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00012036_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  155458

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2944--3150	98	2.1	98	92	3	346	23	12	22	42	1.86
3136--3164	2	14.5	2	100	0	58	0	0	48	51	1.00
4189--4477	142	2.0	142	94	1	508	32	18	16	32	1.94
14851--14881	2	15.0	2	93	6	53	48	0	3	48	1.17
18879--18948	35	2.0	35	97	0	131	35	11	4	48	1.59
20369--20413	21	2.1	21	95	0	81	37	0	0	62	0.96
35811--35860	17	2.9	17	90	0	82	32	16	20	32	1.94
36077--36180	32	3.3	31	86	7	140	27	19	18	34	1.95
36973--37012	19	2.1	19	85	4	53	40	15	7	37	1.75
47700--47859	65	2.5	63	82	8	180	31	25	16	26	1.97
57272--57329	24	2.5	21	75	25	55	39	5	22	32	1.76
59575--59604	15	2.0	15	100	0	60	40	13	33	13	1.83
64252--64309	24	2.5	21	75	25	55	39	6	20	32	1.79
64507--64584	20	3.9	20	80	10	70	23	19	28	29	1.98
65270--65313	19	2.3	19	84	0	61	79	2	11	6	1.01
66043--66098	23	2.5	23	94	2	96	26	33	21	17	1.96
69577--69625	22	2.2	22	88	0	71	51	2	0	46	1.12
69663--69762	19	5.2	20	71	21	63	50	1	2	47	1.19
70263--70319	30	1.9	30	85	0	78	31	7	14	47	1.70
70918--71640	216	3.4	213	89	4	1108	50	8	11	29	1.68
71718--71926	2	108.0	2	65	21	90	46	2	3	47	1.32
71718--71874	9	17.3	9	68	22	64	47	2	2	47	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71817--71926	25	4.5	24	74	16	84	46	2	3	47	1.34
72006--72059	11	5.2	11	76	17	53	51	12	1	33	1.51
72073--72109	13	2.8	13	87	0	56	48	8	5	37	1.56
72041--72364	55	5.9	55	66	17	172	41	7	6	44	1.58
72173--72290	2	55.5	2	67	17	51	39	5	3	51	1.41
72173--72290	7	18.5	6	71	15	51	39	5	3	51	1.41
72173--72290	9	13.9	8	67	17	51	39	5	3	51	1.41
72162--72196	18	1.9	18	88	0	52	45	5	2	45	1.41
72160--72329	33	5.4	33	78	9	160	41	5	4	48	1.46
72209--72241	17	1.9	17	100	0	66	36	6	3	54	1.41
72207--72273	13	4.8	13	74	22	57	37	5	2	53	1.41
72207--72272	25	2.4	28	82	12	75	37	6	3	53	1.41
72226--72285	23	2.8	21	80	16	61	38	6	1	53	1.37
72287--72414	18	6.8	18	66	22	50	42	7	8	41	1.64
72284--72406	29	3.9	29	68	18	86	43	7	8	41	1.62
72286--72364	42	1.9	41	84	5	106	45	7	6	40	1.58
72358--72435	24	3.5	24	68	20	69	39	7	10	42	1.68
72418--72476	24	2.4	25	81	13	70	40	8	6	44	1.61
72469--72742	7	39.9	7	68	23	72	45	7	4	42	1.51
72456--72552	33	3.0	30	75	16	86	44	8	3	44	1.49
72456--72599	53	2.8	52	79	19	178	43	8	3	44	1.51
72503--72589	29	3.2	29	72	21	105	42	8	3	45	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72703--72735	9	3.7	9	84	15	50	54	6	0	39	1.25
72469--72742	2	127.0	2	66	21	83	45	7	4	42	1.51
72698--73090	51	7.4	51	80	13	404	44	7	6	41	1.58
72670--72897	69	3.3	68	80	9	221	45	6	4	42	1.51
72769--73046	33	8.8	33	71	19	216	44	7	6	41	1.58
72873--73090	58	3.9	58	89	5	317	44	7	7	41	1.60
72906--73012	25	4.0	25	71	17	79	43	8	7	40	1.63
73498--74031	103	5.2	103	87	1	730	32	29	6	30	1.83
74176--74302	6	21.5	6	76	3	96	45	43	4	6	1.50
74274--74310	18	2.1	18	89	0	56	51	35	0	13	1.41
76882--76919	10	3.8	10	80	13	51	10	7	21	60	1.54
76882--76942	20	3.0	20	90	0	86	13	11	18	57	1.65
77035--77088	23	2.3	23	87	0	72	24	12	25	37	1.91
77681--77771	18	4.9	18	72	17	62	60	4	3	31	1.33
81566--81639	6	12.5	6	98	1	141	0	16	51	32	1.45
81749--82297	20	26.8	20	82	13	565	16	19	26	37	1.93
81741--82358	42	15.1	40	89	5	636	16	19	25	38	1.92
82308--82358	19	2.6	20	78	12	52	11	17	25	45	1.83
83348--83418	2	35.5	2	100	0	142	49	0	0	50	1.00
93637--93701	23	2.8	23	76	0	76	29	23	27	20	1.98
95242--95298	24	2.4	24	93	0	105	28	28	15	28	1.96
98455--98497	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98802--98865	23	2.8	23	80	0	74	31	25	28	15	1.96
100413--100465	24	2.2	24	96	0	97	26	30	13	30	1.94
102125--102285	39	4.1	39	80	7	175	32	24	26	15	1.95
103063--103117	25	2.2	25	86	0	74	32	21	25	20	1.97
104089--104131	20	2.2	20	86	0	59	30	13	20	34	1.92
111714--111748	13	2.7	13	86	0	52	11	25	0	62	1.28
113396--113422	5	5.4	5	100	0	54	18	18	18	44	1.87
114377--114419	20	2.2	20	86	0	59	30	13	20	34	1.92
119857--119947	42	2.2	42	83	0	110	12	4	18	64	1.42
119877--119945	28	2.5	28	85	0	84	13	2	18	65	1.39
119857--119927	18	3.8	18	76	7	61	11	4	18	66	1.39
119875--119936	14	4.4	14	85	0	79	12	1	19	66	1.33
119875--119945	14	5.1	14	85	0	70	14	2	18	64	1.40
120136--120161	13	2.0	13	100	0	52	23	7	7	61	1.49
120167--120218	10	4.8	10	76	17	50	5	13	23	57	1.57
120152--120217	24	2.8	24	92	0	114	7	15	21	56	1.64
120153--120198	14	3.6	14	75	22	55	6	17	21	54	1.65
120441--120477	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
121895--122079	60	3.1	60	92	0	289	36	13	22	27	1.92
122862--123021	39	4.1	39	79	4	171	31	23	27	17	1.97
122865--123013	77	1.9	76	82	4	183	31	24	26	17	1.97
125094--125142	19	2.5	20	83	3	64	30	10	4	55	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
128600--128646	20	2.3	20	89	7	69	44	12	2	40	1.54
129557--129694	20	6.7	21	69	12	72	35	23	18	21	1.96
129660--129915	20	12.6	20	67	15	80	38	24	17	19	1.93
129718--129912	81	2.4	81	87	2	284	40	23	16	19	1.91
129701--129912	41	5.2	41	87	1	293	39	24	17	19	1.92
130472--130579	19	5.9	19	74	12	100	48	22	19	10	1.78
130474--130579	33	2.9	36	77	14	119	47	22	19	10	1.80
130546--130588	19	2.3	19	91	0	68	46	25	18	9	1.79
130595--130717	19	6.6	19	79	12	130	13	21	20	44	1.85
130641--130708	20	3.5	20	88	6	86	13	23	23	39	1.90
132413--132792	94	4.1	94	93	3	633	21	12	18	48	1.80
132929--133016	19	4.8	19	68	16	69	14	21	15	47	1.82
132965--133016	21	2.6	19	81	6	59	15	19	15	50	1.79
133469--133535	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
133417--133535	42	2.8	42	81	5	107	22	36	18	22	1.95
134887--134922	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
135029--135079	14	3.1	17	72	21	54	45	17	23	13	1.84
135029--135122	33	2.8	33	90	3	136	45	21	21	11	1.83
135029--135087	19	3.4	19	73	22	74	45	18	22	13	1.84
135061--135137	19	4.3	19	76	18	76	45	23	18	12	1.84
135133--135257	19	6.7	19	76	12	125	14	22	19	44	1.86
135170--135297	20	6.8	19	75	12	104	17	21	21	39	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
135170--135290	59	2.2	56	84	11	151	15	22	21	40	1.91
137777--137828	24	2.2	24	82	0	59	36	21	19	23	1.95
138666--139147	20	23.9	20	71	12	115	22	18	24	34	1.96
138674--139147	40	11.8	40	74	10	196	21	18	24	35	1.96
138758--138803	21	2.2	21	84	0	56	39	17	26	17	1.91
138875--139086	41	5.2	41	89	2	304	19	17	24	38	1.93
139141--139193	21	2.5	21	73	11	54	24	18	24	32	1.97
139135--139229	20	4.7	20	69	18	61	21	18	27	32	1.97
145515--145569	9	6.1	9	80	16	69	34	16	12	36	1.87
145523--145571	18	2.7	18	90	0	80	34	14	14	36	1.86

Tables:   1   2