genome.fa.s5330.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01005330.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00012074_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  169095

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2913--2956	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
2959--3009	19	2.6	20	82	11	61	21	7	0	70	1.12
3151--3202	23	2.2	24	86	3	70	15	11	1	71	1.23
3149--3217	34	2.1	33	83	8	86	18	10	1	69	1.24
14884--15289	106	4.0	101	79	12	429	33	24	19	21	1.97
14884--15288	201	2.0	204	85	3	550	34	24	19	21	1.97
17288--17339	23	2.2	24	86	3	70	15	11	1	71	1.23
17286--17354	34	2.1	33	83	8	86	18	10	1	69	1.24
17926--17994	30	2.3	29	81	16	79	39	1	20	39	1.61
18358--18486	31	4.1	31	76	13	111	27	18	20	33	1.96
18408--18497	31	2.9	31	85	1	110	24	18	25	31	1.98
20867--21143	137	2.0	137	100	0	554	38	15	19	26	1.91
25218--25346	60	2.2	60	100	0	258	31	13	25	29	1.94
28531--28847	156	2.0	156	94	0	553	25	22	21	31	1.98
35486--35539	27	2.1	27	82	6	67	37	12	11	38	1.79
35638--35696	29	2.1	28	83	3	73	38	18	10	32	1.84
35673--35722	26	1.9	26	87	0	73	40	14	14	32	1.85
42233--42272	21	1.9	22	90	10	66	12	10	40	37	1.77
42301--42342	21	2.0	21	95	0	75	26	28	21	23	1.99
42521--42580	29	2.0	31	90	6	97	41	15	6	36	1.73
42888--42935	16	2.9	16	90	3	69	52	14	6	27	1.66
43810--43857	19	2.5	20	82	3	62	29	12	6	52	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46817--46841	11	2.3	11	100	0	50	76	0	0	24	0.80
54674--54881	76	2.8	76	86	2	267	24	30	23	21	1.99
56007--56090	23	3.7	23	88	0	123	21	25	26	27	1.99
56355--56389	12	2.7	13	91	8	54	57	0	8	34	1.29
57819--57868	22	2.2	23	92	7	93	36	22	4	38	1.73
61674--62042	20	18.5	20	84	5	451	34	26	18	20	1.96
62722--62768	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
62943--62967	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
65248--65521	19	15.4	19	81	15	354	47	18	20	14	1.83
65248--65543	71	4.2	74	82	13	314	46	18	20	14	1.83
65276--65543	109	2.5	104	90	6	446	46	17	21	14	1.83
65248--65559	161	2.0	157	91	5	502	46	18	20	15	1.84
65276--65543	52	5.0	52	90	4	437	46	17	21	14	1.83
65550--65651	19	5.6	19	85	12	151	14	23	17	44	1.86
65758--65794	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
67751--67807	14	3.7	14	77	20	60	45	22	21	10	1.82
67732--67824	33	2.8	33	95	0	168	47	21	20	10	1.80
67695--67829	19	7.6	19	76	16	128	45	23	19	11	1.82
67825--67953	19	7.3	19	75	17	125	8	17	28	45	1.77
67825--67916	33	2.8	33	93	3	150	7	18	28	45	1.76
67997--68468	93	5.1	93	98	1	912	46	18	12	22	1.83
67997--68468	185	2.6	185	99	0	926	46	18	12	22	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70172--70261	14	5.7	14	74	23	81	42	23	25	8	1.83
70164--70278	33	3.5	33	95	0	212	45	20	24	9	1.81
70171--70283	19	6.8	18	72	23	88	43	22	24	9	1.83
70295--70349	14	3.6	14	73	21	56	9	25	23	41	1.83
70279--70349	33	2.2	33	94	0	124	8	22	25	43	1.81
70290--70371	33	2.5	33	89	2	119	9	25	21	42	1.84
70302--70390	20	4.8	20	72	19	75	12	24	19	43	1.85
70470--70540	33	2.2	33	92	0	115	47	18	22	11	1.80
70720--70774	22	2.5	22	81	0	74	20	16	40	23	1.91
70920--71112	20	9.6	20	80	5	210	19	19	25	35	1.96
70920--71112	60	3.2	60	81	0	242	19	19	25	35	1.96
71168--71219	20	2.6	20	96	0	95	21	13	26	38	1.90
71458--71551	28	3.4	28	72	11	75	43	7	6	42	1.58
72834--72872	3	13.0	3	94	0	51	33	7	0	58	1.26
73772--73805	14	2.4	14	90	9	52	58	0	0	41	0.98
75114--75178	34	1.9	34	84	3	87	36	24	9	29	1.86
82182--82260	3	28.0	3	86	12	114	65	0	1	32	1.00
82182--82259	11	7.0	11	84	8	104	65	0	1	33	1.01
82182--82260	14	5.6	15	86	11	114	65	0	1	32	1.00
90680--90773	42	2.2	42	84	3	118	35	20	21	23	1.96
90693--90784	42	2.2	42	78	3	96	38	19	20	21	1.94
90516--91063	303	1.8	305	89	3	872	33	20	16	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90978--91058	41	2.0	42	90	2	128	33	20	19	25	1.97
98849--98900	25	2.1	25	81	0	59	71	3	3	21	1.18
101070--101108	19	2.1	19	90	0	60	10	20	35	33	1.86
101353--101397	22	2.0	22	86	4	63	28	8	24	37	1.86
101606--101672	30	2.2	31	79	10	77	34	2	16	46	1.62
102747--102811	31	2.1	31	100	0	130	24	12	26	36	1.91
108038--108083	13	3.7	13	78	18	53	50	0	0	50	1.00
108221--108261	16	2.6	16	88	7	57	65	2	4	26	1.25
110250--110277	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
115385--115665	95	3.0	95	89	1	413	32	18	18	30	1.95
116863--117841	84	11.8	83	78	5	911	30	24	19	25	1.98
116930--117837	249	3.6	249	89	1	1345	31	24	18	25	1.98
121519--121547	14	2.1	14	100	0	58	27	6	24	41	1.80
122004--122050	20	2.4	19	89	10	76	55	8	19	17	1.67
121791--122265	182	2.6	182	87	3	632	43	13	16	27	1.85
122177--122223	20	2.3	20	82	7	51	57	6	12	23	1.58
122377--122429	24	2.2	24	86	6	72	54	11	7	26	1.62
124451--124491	21	2.0	21	90	0	64	41	12	26	19	1.87
124529--124593	33	2.0	33	90	0	103	26	0	50	23	1.49
126383--126430	19	2.6	19	93	3	80	33	2	10	54	1.46
126549--128054	200	7.7	198	92	4	2481	36	14	17	30	1.91
126549--128054	395	3.8	382	94	4	2219	36	14	17	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
130086--130150	25	2.6	25	97	0	121	40	10	12	36	1.78
130496--130558	23	2.7	23	85	0	81	41	4	15	38	1.69
130975--131038	23	2.8	23	90	0	101	35	4	21	37	1.75
130150--131441	479	2.7	480	96	1	2383	41	7	9	40	1.67
135636--135745	55	2.1	52	80	12	129	18	11	25	44	1.83
135653--135766	55	2.1	55	96	1	212	19	14	25	41	1.89
143637--143668	2	16.0	2	93	0	55	46	0	3	50	1.17
147629--147679	4	12.8	4	76	15	52	72	1	1	23	1.05
149195--149263	18	3.6	19	73	11	61	71	1	2	24	1.09
149255--149352	34	2.7	36	79	10	110	46	5	3	44	1.40
149316--149381	29	2.3	29	83	0	78	43	4	4	46	1.44
149345--149601	36	7.3	34	75	15	193	43	6	3	45	1.48
149258--149524	101	2.6	100	77	10	238	43	5	4	46	1.47
149383--149594	66	3.1	67	76	16	177	43	7	3	45	1.49
149353--149642	36	7.9	38	72	18	118	43	6	3	45	1.48
149347--149595	137	1.8	137	81	9	310	43	6	4	45	1.49
149484--149646	41	4.2	41	76	8	135	45	7	2	44	1.44
153189--153267	39	2.0	39	100	0	158	49	15	2	32	1.58
156098--156130	17	2.0	17	88	5	50	21	3	42	33	1.68
160364--160556	51	3.8	50	84	2	242	44	15	14	25	1.84
160364--160553	102	1.9	101	88	1	290	44	15	14	25	1.84
160646--160694	26	2.0	25	81	14	59	57	0	2	40	1.10

Tables:   1

The End!