genome.fa.s5382.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01005382.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00012321_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  128595

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2716--2742	2	13.5	2	100	0	54	51	0	48	0	1.00
12693--12769	23	3.4	23	68	21	63	70	3	10	15	1.30
12783--12906	12	10.2	11	67	21	52	74	2	10	12	1.17
12772--12843	25	2.8	25	77	8	83	75	0	11	13	1.06
12784--12843	19	3.1	18	76	21	59	76	0	11	11	1.02
12771--12888	12	10.0	11	70	17	60	73	1	11	12	1.17
14386--14416	16	1.9	16	93	0	53	61	9	0	29	1.28
14464--14817	38	10.0	36	77	14	283	46	6	2	44	1.42
14481--14721	69	3.4	68	79	12	233	46	4	2	45	1.39
14746--14771	11	2.4	11	100	0	52	42	7	7	42	1.62
14464--14823	36	10.1	36	78	13	212	46	6	2	45	1.41
14642--14884	74	3.4	72	78	13	211	45	7	2	43	1.47
14550--14884	36	9.3	37	75	13	204	45	7	2	44	1.44
14570--14879	107	2.9	104	78	10	272	45	7	2	44	1.45
15517--16883	84	16.6	83	77	5	1275	25	20	24	29	1.99
15534--16883	492	2.7	491	93	1	2263	25	20	24	29	1.99
15485--16885	248	5.7	249	89	2	2108	25	20	24	29	1.99
22030--22092	24	2.6	24	72	22	60	69	4	12	12	1.33
22030--22121	23	4.0	23	70	26	61	68	4	11	15	1.35
22122--22199	20	4.0	20	75	15	65	73	0	16	10	1.10
22185--22237	27	1.9	28	88	3	81	69	3	15	11	1.31
22165--22253	27	3.5	26	72	15	78	71	3	14	10	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23743--23773	16	1.9	16	93	0	53	61	9	0	29	1.28
23812--24251	36	12.2	36	72	17	240	45	6	3	45	1.44
23891--24033	76	1.9	76	85	5	200	46	4	1	47	1.32
24102--24158	11	5.3	11	72	4	53	47	7	1	43	1.40
24069--24216	71	2.1	71	84	6	192	43	6	4	45	1.49
23813--24139	144	2.3	141	79	11	339	45	5	3	45	1.43
23813--24249	108	4.1	104	76	13	288	45	6	3	45	1.44
24237--24278	2	22.0	2	90	9	70	52	0	0	47	1.00
24238--24284	22	2.1	22	100	0	94	55	0	0	44	0.99
24533--24587	21	2.6	21	77	8	58	34	21	20	23	1.97
24575--24843	20	13.4	20	85	4	251	38	26	17	17	1.92
25536--25582	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
25757--25781	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
28044--28275	34	6.8	34	76	14	210	45	18	22	12	1.84
28077--28299	19	12.7	19	75	21	227	45	17	22	13	1.84
28183--28255	14	4.5	15	72	21	51	45	19	23	12	1.84
28107--28293	52	3.5	53	96	3	351	45	17	24	13	1.84
28308--28394	19	4.8	19	82	15	114	13	22	16	47	1.82
28289--28394	52	2.0	52	96	3	196	13	24	16	45	1.83
28484--28520	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
29993--30033	21	2.0	21	85	0	55	24	14	34	26	1.94
30440--30593	19	8.6	19	74	14	130	46	22	20	11	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30458--30588	33	3.8	33	88	5	172	47	22	20	9	1.79
30457--30593	52	2.6	51	73	12	134	46	21	21	10	1.80
30605--30663	14	3.9	14	74	20	55	6	15	28	49	1.70
30589--30712	33	3.7	33	89	1	176	8	16	27	46	1.77
30589--30647	19	3.4	19	77	22	83	6	15	30	47	1.71
30589--30680	19	5.4	18	67	24	56	7	16	28	47	1.73
30810--31308	92	5.4	93	98	1	959	45	19	13	21	1.85
32993--33056	20	3.2	20	82	4	92	46	15	25	12	1.81
32991--33055	21	3.1	21	82	4	96	47	15	26	10	1.78
33081--33188	19	5.7	19	75	16	82	12	19	20	48	1.80
33127--33200	21	3.5	21	80	7	96	14	20	17	47	1.83
33280--33350	33	2.2	33	94	0	124	47	16	23	11	1.79
33730--33902	20	8.6	20	88	3	251	19	19	27	33	1.96
33870--33921	20	2.6	21	87	6	72	13	17	26	42	1.86
47895--48055	65	2.5	64	85	5	209	31	21	19	27	1.97
53658--53690	16	2.0	17	88	5	50	30	6	30	33	1.82
57049--57107	21	2.7	22	86	5	84	28	22	22	27	1.99
57031--57107	23	3.4	23	78	10	88	25	23	20	29	1.99
59722--59883	65	2.5	64	82	5	193	33	20	16	29	1.95
62941--63024	2	42.0	2	100	0	168	50	0	0	50	1.00
64635--64725	40	2.3	37	83	9	101	41	4	10	42	1.60
64663--65012	34	9.8	34	77	13	255	44	3	7	45	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64663--64946	36	7.8	36	77	15	266	43	3	7	45	1.50
64702--64946	109	2.3	107	86	8	320	44	3	6	45	1.47
64633--65012	37	10.6	36	74	15	222	43	3	7	45	1.47
64702--65012	37	8.8	34	77	12	231	44	2	6	45	1.44
64996--65069	18	4.0	19	76	20	68	35	0	2	62	1.10
65011--65046	16	2.4	14	90	9	54	36	0	0	63	0.94
66861--66917	10	5.5	10	77	8	51	68	5	7	19	1.33
66861--66917	11	5.5	11	76	14	50	68	5	7	19	1.33
66861--66917	21	2.8	20	73	7	60	68	5	7	19	1.33
70656--70698	21	2.0	21	86	0	59	30	27	25	16	1.97
71386--71430	23	2.0	23	81	0	54	22	26	24	26	2.00
72421--74177	722	2.5	714	95	1	3161	35	13	16	34	1.87
74843--74887	23	2.0	23	81	0	54	26	31	24	17	1.97
74866--75169	149	2.0	149	97	1	574	34	20	17	27	1.95
76052--76086	18	1.9	18	88	11	54	22	17	5	54	1.64
76663--76707	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
79973--80017	23	2.0	23	81	0	54	26	31	24	17	1.97
81027--81061	18	1.9	18	88	11	54	22	17	5	54	1.64
81642--81686	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
88927--88961	12	2.8	13	86	8	54	45	8	5	40	1.58
90079--90710	334	1.9	335	89	3	993	42	8	5	43	1.57
92921--93050	45	3.0	44	81	5	165	26	6	16	50	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93409--93455	18	2.8	17	90	6	69	8	27	0	63	1.23
93402--93458	7	8.9	7	77	12	52	7	29	0	63	1.21
94661--94728	23	3.0	22	80	8	82	52	16	5	25	1.65
98045--98087	16	2.7	16	85	7	52	51	20	4	23	1.66
100022--100080	23	2.6	23	83	0	73	30	22	25	22	1.99
121783--121830	3	15.7	3	83	12	62	68	0	2	29	1.01
122010--122277	135	2.0	134	85	2	367	27	16	24	30	1.96
122326--122453	41	3.1	41	72	2	114	31	14	14	39	1.86
122366--122482	41	2.9	41	69	13	98	31	14	13	40	1.85
122326--122474	81	1.8	81	88	0	226	30	13	14	42	1.83
122448--122675	41	5.7	40	70	14	155	31	13	16	38	1.88
122309--122685	161	2.3	161	80	5	395	32	13	16	37	1.88

Tables:   1

The End!