genome.fa.s546.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000546.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00001057_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  159753

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3662--3698	18	2.1	18	89	0	56	29	18	18	32	1.96
3769--3915	55	2.7	55	79	2	179	25	25	19	29	1.99
5361--5387	7	3.9	7	100	0	54	85	0	14	0	0.61
8765--9205	161	2.7	160	90	1	695	30	16	11	41	1.83
8969--9037	23	3.3	23	64	35	64	37	13	8	40	1.75
8975--9039	20	3.2	20	63	16	53	35	13	7	43	1.73
9049--9117	23	3.3	23	61	23	60	33	13	15	37	1.86
8764--9232	201	2.3	201	90	1	717	30	16	11	40	1.84
8764--9205	40	11.0	40	90	1	670	30	16	11	41	1.83
9182--9298	36	3.2	36	87	3	153	24	22	14	38	1.92
9279--9310	15	2.1	15	94	0	55	18	31	18	31	1.95
9202--9344	36	3.9	36	84	4	153	21	24	16	37	1.93
9376--9550	37	4.8	36	64	5	100	27	21	15	36	1.93
9359--9606	73	3.4	73	84	1	300	27	20	15	36	1.93
9449--9569	36	3.3	36	64	6	91	23	19	16	40	1.91
10702--10845	68	2.1	70	87	5	206	47	14	26	11	1.79
20159--20221	28	2.2	28	100	0	126	39	6	17	36	1.75
27302--27334	17	2.0	17	88	5	50	21	0	42	36	1.53
34770--34811	7	6.0	7	91	8	68	71	14	14	0	1.15
37077--37125	22	2.2	22	96	0	89	46	20	16	16	1.83
41954--42048	23	4.3	22	80	14	99	31	27	17	23	1.97
45779--45829	21	2.4	21	90	0	75	47	27	7	17	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51802--51833	2	15.5	2	93	6	55	50	0	3	46	1.17
52082--52205	63	2.0	62	84	4	160	28	18	20	32	1.97
52113--52206	31	3.0	30	76	3	98	24	17	22	36	1.95
52165--52231	30	2.2	31	81	2	73	19	19	28	32	1.96
65141--65176	13	2.8	13	91	8	56	83	0	13	2	0.76
65183--65260	17	4.4	17	81	15	95	70	0	17	11	1.16
66586--66657	37	2.0	36	94	2	126	36	18	22	23	1.95
66672--67146	55	8.7	55	84	6	517	28	16	24	31	1.96
66730--67146	111	3.8	111	89	2	583	27	16	24	31	1.96
66672--67146	166	2.9	165	84	5	565	28	16	24	31	1.96
70700--70795	31	3.1	30	85	8	131	23	16	23	35	1.95
72993--73052	22	2.7	22	89	0	93	20	38	10	31	1.85
74431--74482	23	2.3	23	96	0	95	36	11	26	25	1.90
77843--78163	103	3.1	103	97	0	597	37	24	13	24	1.91
79568--79627	21	2.9	20	76	16	68	25	13	25	36	1.92
79921--79988	2	34.0	2	100	0	136	50	0	0	50	1.00
82667--82707	22	2.0	21	85	9	57	34	7	21	36	1.82
82826--82903	23	3.4	23	87	1	113	16	23	24	35	1.95
82826--82913	23	3.9	22	84	1	104	20	22	21	35	1.96
84832--84870	16	2.4	16	86	0	60	41	25	17	15	1.89
85205--85239	10	3.5	10	84	0	52	17	5	11	65	1.43
85199--85239	20	2.0	20	95	0	73	14	4	17	63	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85209--85323	47	2.4	47	88	0	158	11	9	17	61	1.55
85239--85357	23	5.1	22	79	16	116	9	10	18	61	1.55
85225--85357	47	2.8	46	82	9	130	10	10	17	61	1.55
86015--86226	45	4.7	45	84	5	286	28	25	11	35	1.90
86016--86226	90	2.3	90	90	1	325	28	25	10	35	1.90
86663--86716	19	2.6	22	80	8	69	31	18	16	33	1.93
86739--86790	20	2.6	21	78	9	63	19	25	17	38	1.93
91685--91740	26	2.2	26	100	0	112	42	3	10	42	1.56
94361--94395	18	1.9	18	94	0	61	20	20	34	25	1.96
107599--107659	18	3.3	18	70	17	52	22	14	29	32	1.94
114523--114583	18	3.3	18	72	17	61	22	16	29	31	1.96
121152--121222	18	3.8	18	83	7	97	19	19	32	28	1.97
122792--122899	31	3.4	30	77	7	90	30	16	21	31	1.95
122775--122899	63	2.0	63	84	3	162	30	16	20	32	1.95
123691--123716	11	2.4	11	100	0	52	34	7	15	42	1.75
123829--123877	21	2.4	21	83	6	66	22	20	12	44	1.84
126462--126487	13	2.0	13	100	0	52	38	0	30	30	1.58
128052--128091	19	2.0	20	86	13	57	20	25	32	22	1.98
128901--129006	31	3.4	30	77	11	97	28	17	19	33	1.95
128901--129025	63	2.0	63	85	3	171	27	17	21	33	1.96
128898--129026	32	4.1	31	75	6	125	26	17	21	34	1.95
129432--129483	20	2.6	20	81	6	61	36	0	17	46	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
129801--129846	11	4.2	11	80	0	56	28	8	23	39	1.84
129831--129873	19	2.1	21	83	8	54	34	13	27	23	1.93
129914--129958	12	3.8	12	78	0	54	22	22	17	37	1.94
129916--129967	24	2.3	23	86	6	70	21	19	17	42	1.89
129962--130009	21	2.4	19	83	13	53	25	16	10	47	1.78
130408--130503	31	3.1	31	81	3	104	26	15	23	34	1.95
135902--135961	21	2.9	20	76	16	68	23	15	25	36	1.93
139139--139245	23	4.8	23	81	6	114	14	23	27	35	1.93
141545--141605	23	2.6	24	92	2	97	6	13	21	59	1.57
141587--141624	20	1.9	20	88	0	58	10	10	15	63	1.52
142337--142548	45	4.7	45	87	0	280	29	23	10	36	1.88
142353--142548	90	2.2	90	91	0	311	30	22	10	36	1.88
142986--143037	19	2.5	21	84	9	72	34	19	17	28	1.94
143060--143111	20	2.6	21	87	9	81	17	26	17	38	1.92
144108--144167	22	2.8	22	92	2	95	28	26	16	28	1.97
145651--145690	21	2.0	21	85	5	55	32	22	0	45	1.53

Tables:   1

The End!