genome.fa.s5466.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01005466.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00012523_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1151987

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
577--810	129	1.8	129	97	0	441	12	17	23	45	1.83
577--843	129	2.1	129	90	1	419	13	18	22	45	1.85
2678--2738	23	2.7	23	76	11	65	54	0	0	45	1.00
2733--2788	25	2.2	25	78	6	60	46	1	3	48	1.30
6495--6521	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
9710--9759	23	2.2	23	96	0	91	32	14	20	34	1.92
11362--11394	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
11383--11853	240	1.9	245	92	4	805	23	12	4	59	1.50
23105--25017	105	18.3	105	94	0	3246	32	25	18	23	1.97
26377--26867	241	2.0	241	92	5	825	23	12	4	59	1.50
33348--33464	55	2.1	55	88	0	171	58	4	7	29	1.45
33362--33470	55	2.0	55	94	0	191	56	2	7	33	1.41
36111--36157	24	2.0	24	100	0	94	34	19	8	38	1.82
39224--39270	20	2.3	20	92	0	76	46	10	17	25	1.79
39234--39277	20	2.3	19	84	7	54	52	9	18	20	1.72
41638--41726	37	2.6	34	88	11	144	46	0	5	48	1.26
41645--41719	37	2.0	37	100	0	150	42	0	5	52	1.24
45373--45428	27	2.1	26	83	3	67	50	1	8	39	1.44
45418--45450	16	2.1	16	100	0	66	42	12	0	45	1.41
45763--45813	25	2.0	25	84	0	66	35	13	25	25	1.93
51652--51681	11	2.8	11	95	5	53	53	0	0	46	1.00
54168--54330	79	2.0	81	90	2	258	39	6	13	39	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54438--54465	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
54491--54550	28	2.1	28	81	6	68	45	5	6	43	1.52
59578--59747	57	3.0	57	100	0	340	35	17	1	45	1.59
63976--64145	57	3.0	57	100	0	340	35	17	1	45	1.59
67660--67697	19	2.0	19	100	0	76	31	36	21	10	1.87
67712--67782	32	2.2	32	92	0	115	30	30	29	8	1.87
67770--67864	29	3.3	29	95	0	163	13	30	32	23	1.93
67891--68002	49	2.4	49	88	8	171	20	36	19	23	1.95
68217--68255	16	2.3	18	86	8	55	38	0	5	56	1.22
68360--68449	46	1.9	47	84	10	123	41	0	11	47	1.39
68475--68526	12	4.3	12	85	7	70	30	0	17	51	1.45
68507--68586	34	2.5	32	84	9	94	38	0	12	48	1.41
68622--68652	8	3.9	8	95	0	53	16	0	19	64	1.29
68622--68656	8	4.4	8	96	0	52	20	0	17	62	1.32
68630--68676	16	3.0	16	84	9	53	29	0	10	59	1.31
68651--68681	15	2.1	14	94	5	53	38	0	6	54	1.26
70539--70648	30	3.7	30	90	0	175	10	19	46	23	1.81
70655--70766	29	3.9	29	97	0	206	8	27	43	20	1.80
71683--71710	6	4.7	6	100	0	56	32	50	17	0	1.47
72307--72359	22	2.4	22	87	0	88	35	28	16	18	1.93
72348--72424	21	3.7	21	75	3	84	33	29	18	18	1.94
72351--72428	41	1.9	41	94	0	138	34	28	19	17	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74228--74284	26	2.3	25	75	6	62	43	0	1	54	1.10
83574--83599	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
88408--88457	21	2.4	21	83	9	66	22	0	4	74	0.99
89873--89929	29	2.0	29	92	0	96	22	31	31	14	1.93
89924--89987	31	2.1	31	93	0	110	26	12	42	18	1.86
89966--90004	20	2.0	20	89	0	60	17	7	46	28	1.76
90029--90112	29	2.9	29	94	0	141	19	26	36	17	1.94
90200--90299	44	2.3	44	92	0	164	22	27	24	27	1.99
90672--90741	28	2.5	27	82	11	79	30	0	15	54	1.42
90712--90821	46	2.4	46	81	10	138	41	0	9	48	1.41
90714--90814	47	2.2	46	80	10	116	43	0	7	47	1.39
91128--91154	14	1.9	14	100	0	54	7	3	14	74	1.18
94209--94242	15	2.2	16	94	5	61	55	5	0	38	1.24
94689--94735	13	3.5	13	77	11	51	2	38	0	59	1.09
94734--94791	26	2.3	26	84	3	73	10	34	10	44	1.73
95032--95091	29	2.1	29	90	0	93	23	23	33	20	1.97
96162--96293	60	2.2	61	80	4	142	40	6	19	34	1.76
100219--100262	21	2.1	21	87	4	63	29	0	15	54	1.42
106923--107155	117	2.0	117	85	6	312	55	5	10	29	1.55
107114--107185	29	2.5	29	81	4	83	59	4	6	29	1.42
109128--109160	15	2.1	17	88	11	52	33	15	6	45	1.70
109161--109202	19	2.4	17	84	8	57	73	7	2	16	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109097--109487	114	3.6	111	85	10	464	45	7	5	41	1.57
109179--109487	96	3.1	95	77	16	359	46	7	6	39	1.57
109268--109320	19	2.8	18	86	8	70	75	3	3	16	1.10
110306--110350	23	2.0	23	86	8	65	64	8	22	4	1.40
120257--120336	29	2.6	31	74	5	83	25	16	6	52	1.66
123389--123487	49	2.0	50	96	2	182	33	12	4	50	1.58
123772--124107	166	2.0	169	97	1	642	50	11	5	31	1.63
125604--125638	17	2.1	17	88	0	52	34	0	0	65	0.93
125582--125612	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
125579--125635	10	5.9	10	82	14	57	42	0	0	57	0.98
127569--127608	21	1.9	21	89	0	62	25	15	25	35	1.94
127698--127757	21	2.9	21	92	0	93	26	30	20	23	1.98
134182--134237	28	2.0	28	100	0	112	39	21	7	32	1.80
134310--134373	31	2.1	31	87	0	92	42	10	10	35	1.75
138111--138156	22	2.0	23	87	4	67	63	10	2	23	1.38
138352--138394	16	2.6	16	88	3	59	48	2	0	48	1.14
139976--140052	36	2.1	35	81	9	84	7	7	58	25	1.53
140072--140139	30	2.3	30	84	5	84	7	2	58	30	1.40
140111--140172	18	3.4	18	80	8	72	9	8	59	22	1.55
140168--140279	27	4.1	27	66	21	63	10	6	57	25	1.56
140165--140493	36	9.2	36	67	14	108	10	4	58	26	1.51
140196--140239	15	2.9	15	80	9	54	15	6	59	18	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
140258--140325	30	2.3	29	82	7	82	10	4	60	25	1.48
140267--140403	24	6.0	24	66	19	67	10	5	59	24	1.50
140312--140388	30	2.6	30	80	0	91	9	5	59	25	1.49
140177--140562	102	3.7	102	82	5	382	12	4	58	24	1.52
140417--140462	24	1.9	24	90	0	74	10	0	60	28	1.30
140447--140496	12	4.2	12	77	10	57	6	2	58	34	1.34
140333--140505	36	4.8	36	71	16	115	11	2	58	27	1.47
140450--140564	12	9.6	12	72	3	52	13	2	57	26	1.50
140390--140618	36	6.2	36	68	8	120	13	4	57	24	1.55
140483--140642	72	2.3	66	76	6	158	16	5	56	21	1.60
140351--140586	18	12.8	18	71	7	105	12	3	58	25	1.52
140526--140594	18	3.8	18	75	3	50	13	5	57	23	1.57
140663--140741	18	4.4	18	73	6	61	11	5	55	27	1.56
140772--140841	24	2.9	24	91	4	106	11	8	55	24	1.63
140777--140850	24	3.1	24	85	14	84	13	9	54	22	1.68
142631--142696	30	2.2	30	80	0	78	13	1	57	27	1.45
142949--143041	36	2.6	36	86	3	116	25	4	51	18	1.64
142973--143179	84	2.4	86	85	4	276	22	6	51	19	1.69
143095--143193	51	1.9	51	83	0	126	19	8	52	20	1.70
145918--146016	31	3.2	31	95	1	171	29	8	42	20	1.80
152771--152811	17	2.2	18	87	12	57	46	0	0	53	1.00
164159--164183	13	1.9	13	100	0	50	48	0	12	40	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
166074--166112	21	1.9	21	89	5	62	17	10	7	64	1.48
167669--167710	18	2.3	18	80	16	50	42	0	2	54	1.13
172289--172347	30	2.0	30	83	6	75	47	3	6	42	1.46
175428--175483	14	4.3	14	80	17	66	10	14	23	51	1.73
175435--175503	24	2.9	24	91	4	104	13	11	18	56	1.66
176237--176301	16	4.1	16	89	0	103	9	10	21	58	1.59
176371--176403	16	2.1	16	100	0	66	6	12	24	57	1.57
184340--184380	17	2.4	17	100	0	82	17	24	24	34	1.96
188779--188831	24	2.3	23	78	12	56	47	7	1	43	1.42
189295--189357	28	2.3	28	76	13	69	49	4	6	39	1.49

Tables:   1   2   3   4