genome.fa.s5555.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01005555.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00012878_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  188475

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10684--10717	17	1.9	18	94	5	61	61	0	0	38	0.96
16611--16648	2	19.5	2	94	5	69	50	0	0	50	1.00
19075--19101	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
20694--20921	37	6.1	37	77	11	207	43	3	7	45	1.48
20694--20921	75	3.1	73	81	9	214	43	3	7	45	1.48
20908--20937	15	1.9	16	93	6	53	40	0	6	53	1.27
20795--21048	127	2.0	127	98	0	490	45	5	5	43	1.50
20880--20956	25	3.0	25	72	7	82	46	2	3	46	1.34
20922--21113	40	5.1	37	78	10	174	43	4	5	45	1.48
20923--21097	38	4.6	37	80	8	165	45	4	4	45	1.44
21075--21124	27	1.9	27	84	8	68	40	2	6	52	1.38
21124--21157	16	2.1	17	88	5	52	23	0	0	76	0.79
22243--22291	17	2.8	17	78	15	55	16	8	6	69	1.33
22251--22284	16	2.1	17	88	5	52	14	11	5	67	1.39
23838--23915	31	2.6	31	79	4	88	50	6	3	39	1.46
25768--25792	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
28973--28997	4	6.2	4	100	0	50	52	0	0	48	1.00
32153--32264	59	1.9	59	83	7	147	46	8	5	39	1.58
55922--55969	24	2.0	24	100	0	96	29	29	8	33	1.86
56314--56372	29	2.2	26	76	21	68	25	11	8	54	1.65
56470--56532	23	3.0	20	71	15	63	26	4	15	52	1.63
56722--56785	14	4.6	14	71	11	51	26	4	14	54	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58578--58628	19	2.7	19	80	19	63	23	33	15	27	1.95
58576--58736	65	2.5	64	85	3	207	30	24	16	28	1.96
58528--58756	64	3.5	64	79	7	214	29	24	17	27	1.98
64476--64531	22	2.7	21	83	10	62	30	23	17	28	1.97
67143--67181	19	2.1	19	95	0	69	20	38	15	25	1.92
67081--67289	65	3.2	64	80	8	219	30	25	17	27	1.97
67081--67309	64	3.5	64	81	6	223	29	25	17	27	1.98
73671--74108	110	4.0	110	88	1	632	23	18	23	35	1.95
77749--77843	37	2.4	38	79	11	95	71	2	8	17	1.21
77770--77832	9	6.8	9	78	12	56	74	1	11	12	1.14
77789--77833	23	2.0	23	82	8	56	77	2	6	13	1.05
77770--77832	19	3.4	18	72	14	56	74	1	11	12	1.14
78181--78233	21	2.5	21	84	0	70	20	26	18	33	1.96
78223--78336	20	5.7	20	80	2	129	40	20	18	21	1.92
78328--78366	20	2.0	20	89	0	60	30	23	20	25	1.98
79207--79260	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
81594--81667	20	3.7	21	85	7	109	35	25	20	18	1.96
81659--81734	33	2.3	34	93	2	127	44	19	22	13	1.85
81896--81932	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
83329--83421	42	2.2	42	80	3	107	24	16	37	21	1.93
83901--84005	20	5.6	20	74	19	91	40	22	19	17	1.91
83971--84026	20	2.8	20	86	2	69	25	21	17	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84011--84166	34	4.4	34	74	13	145	17	19	20	42	1.90
84037--84189	20	8.3	20	76	19	136	18	18	20	41	1.91
86066--86135	20	3.5	20	90	0	86	41	25	17	15	1.89
86514--86576	22	2.9	22	75	0	72	22	12	39	25	1.89
86747--86798	20	2.6	20	96	0	95	26	21	21	30	1.98
86785--86857	20	3.7	20	100	0	146	20	20	20	38	1.94
86854--86899	21	2.2	21	88	0	65	36	17	28	17	1.92
88187--88245	3	20.0	3	76	10	59	67	1	0	30	1.00
88181--88244	21	3.1	21	80	10	71	70	1	0	28	0.97
90184--90285	51	2.0	51	94	0	177	41	12	23	22	1.88
92574--92632	3	19.7	3	96	0	109	33	1	0	64	1.04
93101--93146	24	1.9	24	81	0	56	67	6	21	4	1.32
93932--93980	19	2.7	18	87	9	73	16	4	6	73	1.19
94020--94054	12	2.8	13	91	8	56	42	0	0	57	0.99
94752--94796	18	2.5	17	79	10	54	24	0	2	73	0.95
96425--96478	14	3.8	14	82	4	63	24	14	9	51	1.71
102890--103666	112	6.9	112	96	1	1342	37	12	19	30	1.88
102890--103666	225	3.5	224	95	1	1360	37	12	19	30	1.88
103982--104056	3	24.7	3	94	2	132	33	1	0	65	1.01
104530--104566	18	2.0	20	89	10	60	70	5	18	5	1.27
104525--104575	23	2.2	23	82	3	57	66	7	21	3	1.34
105348--105393	18	2.7	17	87	9	67	17	4	6	71	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
105431--105465	12	2.8	13	91	8	56	42	0	0	57	0.99
110270--110346	38	2.0	38	100	0	154	28	40	5	25	1.77
116045--116072	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
117280--117337	20	2.9	21	79	7	75	34	32	12	20	1.90
117364--117406	20	2.2	20	87	4	61	23	18	18	39	1.92
117530--117575	22	2.1	22	87	0	65	28	39	10	21	1.87
119870--119911	4	10.5	4	89	0	66	26	0	2	71	0.98
120057--120173	21	5.6	21	78	8	112	22	34	21	22	1.97
120055--120173	42	2.8	42	87	2	159	21	34	21	22	1.97
121523--121681	64	2.5	64	93	4	266	29	1	17	50	1.56
121705--121753	20	2.5	20	100	0	98	40	12	28	18	1.86
121763--121872	40	2.8	40	84	0	166	34	20	23	21	1.97
121760--121861	20	5.1	20	84	0	141	36	20	20	22	1.95
123254--123306	22	2.4	22	96	0	97	37	15	26	20	1.92
123495--123546	25	2.1	25	92	0	86	46	15	7	30	1.74
123652--123764	49	2.3	48	84	1	136	30	19	21	28	1.97
124001--124036	18	2.0	18	94	0	63	19	2	22	55	1.56
126300--126353	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
126300--126367	24	2.8	24	84	0	64	39	19	17	23	1.92
127093--127132	16	2.6	15	84	4	53	67	0	5	27	1.11
129240--129272	11	3.0	11	90	0	57	18	30	33	18	1.94
133838--133876	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
137497--137525	14	2.1	14	100	0	58	27	6	0	65	1.18
141076--141589	258	2.0	257	97	0	974	30	20	19	29	1.97
141589--141619	16	1.9	16	93	0	53	48	29	6	16	1.70
141796--142459	106	6.3	106	91	1	1030	33	24	18	23	1.96
141796--142459	316	2.1	318	90	1	1030	33	24	18	23	1.96
142379--142509	57	2.2	62	84	9	166	32	25	12	29	1.93
142273--142614	161	2.1	161	87	7	489	34	26	15	23	1.95
142198--142717	267	2.0	261	92	5	868	34	25	15	24	1.95
141957--142928	470	2.0	477	88	4	1437	33	24	17	24	1.96
142442--143369	106	8.9	106	86	7	1231	33	24	17	23	1.97
142109--142823	364	1.9	370	91	3	1163	34	24	16	24	1.96
142442--143369	329	3.0	313	85	7	1280	33	24	17	23	1.97
142713--143365	223	3.0	224	87	6	925	33	24	19	23	1.97
145192--145220	14	2.1	14	100	0	58	27	6	0	65	1.18
146595--146653	31	1.9	31	85	0	82	28	18	15	37	1.91
148733--148784	24	2.2	24	82	0	59	50	17	11	21	1.77
148756--148871	24	4.8	24	82	6	137	40	18	14	25	1.89
148756--148889	24	5.6	24	80	5	119	42	18	13	25	1.87
151415--151451	18	2.1	18	100	0	74	10	21	48	18	1.78
152350--152385	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
161376--161456	30	2.7	31	81	7	80	34	2	1	61	1.17
161426--161472	20	2.3	22	79	20	57	44	2	4	48	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
172726--172758	15	2.2	15	89	10	50	54	0	3	42	1.15
175663--175701	6	6.8	6	94	2	55	25	56	17	0	1.41
176535--176604	20	3.5	20	69	18	63	41	21	22	14	1.89
176532--176632	41	2.5	41	95	0	184	39	22	21	15	1.92
176635--176695	20	3.0	21	63	4	52	32	26	19	21	1.97
178781--178812	15	2.2	15	94	5	57	21	0	12	65	1.25
178934--178979	13	3.5	13	80	16	51	28	6	0	65	1.17
179024--179068	5	8.8	5	80	4	54	24	2	0	73	0.95
179045--179086	15	2.8	16	82	10	52	21	7	0	71	1.09
179137--179178	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2