genome.fa.s5576.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01005576.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00012937_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113624

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8502--8528	13	2.1	13	100	0	54	33	22	14	29	1.94
12350--12386	17	2.2	17	95	0	65	45	0	21	32	1.52
14489--14542	21	2.6	21	96	0	99	20	38	20	20	1.93
14669--14714	18	2.6	18	80	13	58	47	2	0	50	1.13
14757--14822	24	2.8	23	77	6	62	54	0	1	43	1.09
18267--18297	12	2.5	12	94	5	53	58	0	3	38	1.15
18392--18458	23	2.9	23	84	2	80	73	2	2	20	1.10
18382--18469	8	10.6	8	72	17	56	71	2	4	21	1.15
18388--18468	31	2.5	33	82	11	105	71	2	3	22	1.14
20022--20101	3	26.7	3	79	14	85	68	1	2	27	1.10
20166--20262	30	3.2	30	86	4	124	48	4	4	43	1.41
20229--20491	38	7.1	36	81	7	296	44	6	3	45	1.46
20234--20493	75	3.5	73	82	8	292	45	6	3	45	1.47
20228--20491	111	2.4	112	84	7	335	44	6	3	45	1.47
21083--22078	84	12.0	83	79	5	1048	25	19	25	30	1.98
21093--22068	248	3.9	248	85	4	1155	25	19	25	30	1.98
21094--22078	413	2.4	412	89	2	1483	25	19	25	30	1.98
27073--27102	12	2.4	13	94	5	53	53	0	6	40	1.27
27231--27286	4	14.8	4	78	17	66	76	0	1	21	0.87
27931--27972	22	1.9	22	85	9	59	2	9	23	64	1.35
28509--28599	21	4.6	20	71	25	68	68	1	2	28	1.09
28516--28608	18	5.0	17	74	20	71	66	2	2	29	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28508--28585	3	26.7	3	75	17	67	66	1	2	29	1.13
28648--28744	30	3.2	29	89	4	131	49	3	4	43	1.37
28710--28976	38	7.2	36	79	9	268	44	6	3	44	1.46
28710--28976	77	3.6	76	83	10	295	44	6	3	44	1.46
28978--29014	6	6.5	6	87	12	60	83	0	0	16	0.64
28979--29014	11	3.3	11	92	7	56	83	0	0	16	0.65
28978--29014	17	2.2	17	100	0	74	83	0	0	16	0.64
29763--29801	20	1.9	20	84	5	51	79	5	2	12	1.00
30089--30171	37	2.3	36	87	6	114	37	2	16	43	1.62
34629--34737	35	3.1	34	88	6	148	32	3	20	44	1.69
34629--34740	37	3.2	35	88	6	156	32	3	20	43	1.69
35165--35189	10	2.5	10	100	0	50	16	20	32	32	1.94
38164--38249	3	27.0	3	88	9	118	34	0	0	65	0.93
41933--41995	31	2.1	30	80	13	69	17	17	6	58	1.58
41942--42003	32	2.0	32	93	3	108	14	16	9	59	1.60
45134--45171	11	3.4	11	89	7	58	71	10	13	5	1.30
46347--46374	14	2.0	14	100	0	56	50	28	0	21	1.49
46917--47034	36	3.3	36	81	8	141	33	16	12	37	1.86
46917--47051	71	1.9	72	81	4	166	32	19	14	34	1.91
47137--47218	36	2.3	36	74	4	85	36	20	12	30	1.89
47192--47430	105	2.3	102	82	7	279	30	20	11	37	1.87
47376--47495	36	3.4	36	77	11	106	30	21	12	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
47735--47808	29	2.6	29	91	2	114	29	10	16	43	1.82
47872--48136	30	8.1	30	69	17	163	32	10	12	43	1.78
47889--48247	67	5.4	67	95	0	630	32	11	11	44	1.76
48478--48598	59	2.0	63	83	6	160	33	13	11	42	1.80
48755--48798	15	2.9	15	93	0	70	31	20	4	43	1.72
49295--49348	28	1.9	28	85	7	74	22	16	16	44	1.86
49361--49525	40	3.8	43	74	10	133	26	31	20	22	1.98
49361--49613	129	2.0	129	92	3	420	27	30	18	23	1.98
49374--49640	43	6.2	43	70	15	158	26	31	17	23	1.97
49806--49874	3	22.0	3	85	11	86	34	0	0	65	0.93
53689--53756	30	2.3	30	97	0	127	16	23	19	41	1.90
53764--53907	72	2.0	72	100	0	288	34	6	6	51	1.56
54921--54999	41	1.9	41	89	0	122	49	26	7	16	1.72
55737--55775	20	2.0	20	100	0	78	46	25	5	23	1.73
55739--55782	20	2.2	20	91	0	70	52	20	6	20	1.69
57644--57711	22	3.1	21	71	14	57	73	1	7	17	1.13
64839--64878	3	13.3	3	100	0	80	32	0	0	67	0.91
66001--66045	19	2.3	20	81	11	58	64	2	0	33	1.06
67601--67944	166	2.1	167	84	2	440	24	17	34	23	1.95
70184--70230	3	16.0	3	85	12	62	65	2	0	31	1.04
76201--76490	21	14.2	21	70	11	199	20	19	24	35	1.96
76226--76559	40	8.3	40	88	6	480	21	18	23	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76226--76559	82	4.2	82	92	2	520	21	18	23	36	1.95
76414--76559	77	1.9	75	91	2	238	23	17	19	39	1.93
76247--76553	21	15.4	20	63	21	74	21	18	22	37	1.94
78535--78572	16	2.4	16	83	12	51	39	2	2	55	1.28
78537--78572	17	2.2	16	90	5	54	38	2	2	55	1.29
84790--84834	22	2.0	22	91	8	74	31	0	13	55	1.38
86936--87033	45	2.1	48	86	5	139	28	13	19	38	1.89
93956--93980	13	1.9	13	100	0	50	32	24	20	24	1.98
93968--94031	20	3.1	20	68	16	58	23	21	25	29	1.99
93968--94048	42	1.9	42	89	0	126	25	20	22	30	1.98
94098--94185	42	2.1	42	91	0	140	27	13	21	37	1.91
93969--94254	122	2.3	122	90	0	455	29	18	21	30	1.97
94139--94464	80	4.1	80	91	0	526	32	16	20	29	1.95
94139--94464	160	2.0	160	97	0	616	32	16	20	29	1.95
94467--94553	42	2.1	42	93	0	147	27	18	20	33	1.96
94477--94547	22	3.3	22	67	15	67	25	18	21	35	1.95
94894--95101	53	3.9	53	87	1	274	29	22	25	22	1.99
94896--95124	53	4.3	51	81	7	215	29	20	24	25	1.99
96290--96334	22	2.0	22	91	8	74	31	0	13	55	1.38
96734--96766	12	2.5	14	90	9	52	45	0	9	45	1.35
98456--98489	15	2.3	15	90	10	52	61	8	5	23	1.47
98900--98933	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00

Tables:   1

The End!