genome.fa.s5579.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01005579.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00012946_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  288874

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9448--9501	23	2.3	22	81	15	56	40	12	14	31	1.84
22420--22464	19	2.4	19	100	0	90	37	8	28	24	1.86
23878--23923	23	2.0	23	83	8	58	36	6	8	47	1.60
25238--25287	19	2.6	20	84	12	61	24	12	0	64	1.27
25541--25596	8	6.4	9	75	20	57	80	1	17	0	0.80
25539--25588	17	2.9	17	80	19	59	78	4	18	0	0.91
25540--25597	9	6.2	9	77	15	64	81	1	17	0	0.78
28477--28522	23	2.0	23	83	8	58	36	6	8	47	1.60
29835--29884	19	2.6	20	84	12	61	24	12	0	64	1.27
31907--31960	24	2.2	25	87	6	76	61	11	16	11	1.57
31955--31983	6	5.0	6	91	8	51	82	0	17	0	0.66
31915--31966	24	2.1	24	82	3	59	63	11	17	7	1.50
31955--31987	11	3.1	11	91	4	50	81	0	18	0	0.68
31955--31987	17	2.0	16	94	5	57	81	0	18	0	0.68
35033--35079	23	2.0	24	83	4	60	65	12	10	10	1.46
39913--39964	24	2.2	24	82	0	59	32	19	19	28	1.96
44206--44236	5	6.2	5	92	0	53	0	19	3	77	0.90
44389--44434	24	1.9	24	81	0	56	23	19	23	32	1.97
52704--52742	20	2.0	20	84	0	51	48	7	15	28	1.72
66112--66162	24	2.1	25	85	7	70	11	15	11	60	1.58
67035--67080	22	2.1	22	84	11	60	23	21	23	30	1.99
69849--69880	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71947--71987	11	3.8	10	87	12	55	14	12	0	73	1.11
72311--72339	11	2.6	11	100	0	58	93	6	0	0	0.36
78398--78443	24	1.9	24	90	0	74	32	23	19	23	1.97
79455--79593	72	1.9	71	82	7	174	21	17	20	39	1.92
84328--84374	22	2.1	23	84	4	60	65	2	12	19	1.35
93153--93191	20	2.0	20	90	10	62	66	0	10	23	1.22
94106--94165	30	2.0	31	86	3	86	53	10	8	28	1.63
95264--95325	24	2.6	25	80	15	76	32	17	14	35	1.90
97843--97902	30	2.0	31	86	3	86	55	8	8	28	1.59
102636--102682	23	2.0	23	87	4	67	61	12	10	14	1.56
102684--102713	5	6.2	5	92	7	53	80	0	20	0	0.72
103946--104002	24	2.4	24	96	0	105	29	24	14	31	1.94
103946--104037	24	3.8	24	82	2	80	31	20	18	29	1.96
111185--111366	90	2.0	91	86	1	258	20	27	23	28	1.99
117711--117763	23	2.2	24	90	3	81	9	16	11	62	1.54
128113--128164	21	2.6	21	90	6	81	34	13	5	46	1.67
132076--132127	21	2.6	21	90	6	81	34	13	5	46	1.67
133782--133823	13	3.2	13	82	3	57	0	14	4	80	0.86
133776--133833	18	3.1	18	75	18	55	0	13	6	79	0.93
133774--133823	27	2.0	24	88	11	73	0	16	4	80	0.87
133992--134053	32	1.9	32	84	12	83	58	0	27	14	1.37
137855--137923	33	2.1	33	83	5	86	31	1	36	30	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
137909--137973	13	5.4	12	75	21	57	29	3	35	32	1.73
137894--138006	36	3.2	36	91	3	167	27	3	35	33	1.74
143130--143172	23	1.9	21	81	13	50	34	13	18	32	1.90
144406--144483	29	2.8	29	84	11	108	11	16	14	57	1.65
153574--153617	23	2.0	22	90	0	61	50	18	13	18	1.79
159073--159121	16	2.9	16	84	6	53	16	22	0	61	1.34
160425--160504	36	2.2	36	91	2	126	28	3	37	30	1.75
162894--162943	25	2.0	24	85	11	66	62	0	24	14	1.32
162906--162956	25	2.0	24	82	14	59	62	0	23	13	1.31
163585--163627	11	3.8	11	79	14	52	27	2	37	32	1.70
163584--163636	22	2.3	23	93	3	90	26	1	37	33	1.68
166908--166957	25	2.0	24	85	11	66	60	0	24	16	1.36
167168--167206	11	3.7	10	83	10	51	0	17	2	79	0.84
167596--167633	11	3.5	11	79	13	51	28	5	34	31	1.80
167590--167642	22	2.3	23	96	3	99	26	3	37	32	1.74
170898--170947	25	2.0	24	85	11	66	60	0	22	18	1.37
171590--171669	35	2.2	36	93	2	135	27	3	38	30	1.74
172261--172293	12	2.8	12	95	4	59	30	27	15	27	1.96
173282--173339	24	2.4	24	97	0	107	27	13	20	37	1.91
182957--183015	27	2.2	27	100	0	118	32	20	25	22	1.98
185732--185815	35	2.4	36	82	4	100	30	2	36	29	1.70
186233--186266	16	2.1	16	100	0	68	23	8	32	35	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
188356--188405	17	2.9	17	82	11	57	0	12	10	78	0.98
195929--195958	15	2.1	15	93	6	53	0	20	3	76	0.92
195961--196009	24	2.0	24	84	7	64	8	14	20	57	1.63
205292--205350	24	2.4	23	81	10	73	6	20	16	55	1.63
208105--208180	24	3.2	23	77	7	71	32	19	15	31	1.94
213344--213434	6	14.5	6	70	14	51	3	15	3	78	1.02
213363--213439	15	5.4	13	73	17	64	2	15	2	79	0.96
213342--213439	23	4.3	23	71	13	62	3	15	3	78	1.00
213342--213437	36	2.8	34	82	14	110	3	15	3	78	1.01
213349--213441	18	5.5	17	69	29	65	3	15	4	77	1.05
218252--218283	15	2.1	15	100	0	64	46	12	21	18	1.82
221842--221894	23	2.3	23	83	6	72	62	11	16	9	1.54
224531--224560	13	2.4	13	94	5	53	43	0	30	26	1.55
227273--227312	20	1.9	20	85	10	53	32	7	32	27	1.85
228645--228674	13	2.4	13	94	5	53	26	30	0	43	1.55
231481--231505	11	2.3	11	100	0	50	16	36	8	40	1.77
232804--232843	20	1.9	20	85	10	53	32	7	32	27	1.85
242260--242311	26	2.0	26	81	11	61	50	1	13	34	1.53
243677--243724	12	4.1	11	80	19	53	77	4	18	0	0.93
250897--250949	23	2.2	24	90	3	81	9	16	11	62	1.54
256275--256304	13	2.2	14	94	5	53	0	20	0	80	0.72
257045--257083	20	1.9	21	84	5	53	33	0	38	28	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
257420--257471	19	2.6	21	90	6	81	46	7	13	32	1.72
260575--260646	34	2.2	32	83	16	87	5	18	4	72	1.21
260574--260654	18	4.7	17	70	18	60	4	18	4	71	1.22
260975--261013	20	1.9	21	84	5	53	33	0	38	28	1.57
261350--261401	19	2.6	21	90	6	81	46	7	13	32	1.72
262839--262877	20	1.9	21	84	5	53	33	0	38	28	1.57
263214--263265	19	2.6	21	90	6	81	46	7	13	32	1.72
270567--270622	13	4.7	11	74	21	51	0	19	1	78	0.84
270567--270622	18	3.1	18	82	17	71	0	19	1	78	0.84
275036--275087	24	2.2	24	82	0	59	40	11	15	32	1.83
284633--284683	24	2.1	24	85	0	66	33	17	11	37	1.86

Tables:   1

The End!